Власти сразу выпустили огромное количество медных монет, что содействовало началу их обесценивания. Боярин и тесть царя И. Милославский из своей меди также чеканил новые деньги, от него не отставали и другие исполнители. За взятки они позволяли чеканить монеты всем желающим. Посадские тайно также начали подделывать деньги. Медные монеты не стали стоить ничего, и множество москвичей в июле 1662 года пошли к царю в Коломенское «просить управы на бояр». Милославского, конечно, никто не наказал, а бунд подавили войска. Медные деньги, правда, пришлось отменить, но генеральная репетиция бунта Стеньки Разина была проведена.
Иностранные послы и разведчики докладывали своему руководству, что «у государя нет умных и понимающих что-нибудь советников». В народе распространялись послания, что «всему великому мздоимству в стране Москва корень». К тому времени об Алексее Михайловиче писали, что он так проникся властностью, что «неповиновение раздражало его настолько, что не оставалось места никакому терпению». Сам царь часто говорил, что «таково наше житие — вчерась здорово, а ныне мертвы».
На очень религиозного Алексея Михайловича большое впечатление произвела смерть патриарха Иосифа. Многие люди, при жизни патриарха искавшие его милостей, даже не стали отпевать главу церкви, что было положено им «по чину». Патриаршие слуги просто разъехались по домам. Возможно, именно поэтому на патриарший престол был выдвинут незнатный Никита Минин, ставший патриархом Никоном. Воинственный ревнитель православия не смог унять свои вселенские амбиции и его деятельность, чуть не разрушившая церковь, привела к Расколу.
Реформирование церкви и церковной жизни после ужасающей Смуты стало одной из главных государственных задач. Царем и патриархом была принята программа реформ — устные проповеди, устройство странноприимных домов, приютов для сирот, закрытие кабаков, исправление обрядов и богослужебных книг. Патриарх Никон изменил суть церковной реформы, попытавшись сделать из нее средство для возвышения церковной власти в стране. Никон хотел уравнять власть патриарха с властью царской. «Церковь не стены каменные, но каноны и пастыри духовные» — говорил Никон. Начав с нравственного очищения государственной и общественной жизни, патриарх стал подчинять русский церковный обряд греческому.
В русском обществе давно считали, что после падения Константинополя в 1453 году именно Москва стала первым православным центром, сохраняющим чистоту веры. Не все русские люди приняли то, что Никон пригласил в Москву многих греческих священников, занявшихся церковными исправлениями. Поправки Никона к московским церковным обрядам ревнители старины называли еретическими. Никон же называл ересями старые русские обряды. При этом спора о догматах веры не было.
В 1658 году патриарх Никон, посмевший сравниться с царем, был удален с престола. Партия противников Никона быстро увеличивалась, в церкви начался раскол. Открытый бунт в Соловецком монастыре царским воеводам удалось подавить только в 1676 году. Учителя-раскольники распространяют свои послания по всему государству. Церковный собор 1666 года в Москве официально осудил раскол и пригрозил анафемой всем, кто ослушается его постановлений. Все раскольники были поставлены в положение еретиков. Эта анафема не уничтожила церковную смуту, а только усилила ее. С 1667 года количество раскольников значительно увеличилось.
Церковно-религиозные течения, возникшие в результате раскола на Руси, стали называть старообрядничеством. Столкновения «никониан» и «староверов» принимали резкие формы. Различный социальный состав и территориальная разбросанность старообрядцев вызвало в их среде появление разных течений — толков. Во главе старообрядческих общин крестьян и посадских людей обычно стояли купцы. Главными обрядовыми требованиями староверов были — креститься двумя перстами, не пользоваться четырехконечным крестом, произносить и писать имя «Исус», а не «Иисус». Старообрядцы спорили с официальной церковью о регистрации браков, приемлемости молитвы за царя. Выдающийся российский историк Л. Н. Гумилев писал: «Стране предстоял троякий выбор: изоляционизм — путь Аввакума; создание теократической вселенско-православной империи — путь Никона, вхождение в «концерт» европейских держав — выбор Петра, с неизбежным подчинением церкви государству».
В 1670 году возникла серьезная опасность политическому режиму Московского царства — Степан Разин. Впервые восставшие не выдвигали экономических требований, не протестовали против местных административных злоупотреблений. Разинцы выступили против власти — «царь на все глядит изо рта бояр; они всем владеют; он все видит, да молчит; черт у него ум отнял».
Много людей с выжженной каленым железом на лбу буквой «б» — «бунтовщик» было сослано в низовья Волги в царствование второго Романова. Кроме недовольных властью ссыльных, на нижней Волге всегда было много беглого люда со всей страны. Кроме беглых посадских, крестьян, холопов в Поволжье жили татары, башкиры, мордва, чуваши. Им жилось туго — далеко от центральной власти помещики не церемонились с местным населением. Пограничные служилые люди, почти не получавшие разворовываемое жалованье, находились в плачевном положении. Поволжские помещики отправляли в московские приказы челобитные, которые никто не читал — о том, что они «обеднели, обнищали и стали наги и босы, лошадей купить не на что, вконец погибают и помирают голодной смертью». Бояре и дьяки, не проносившие деньги из казны мимо собственных всегда бездонных карманов, напрасно надеялись на верность этих служилых пограничников. XVII век собрал в Поволжье множество враждебных правительству людей, которым для мятежа был нужен только внешний возбуждающий толчок. Он пришел — с Дона.
С давних времен на Дону жили казаки жившие военной добычей и рыбными промыслами. Население пополнялось выходцами из Московского царства, купцами, промышленниками. На Дон бежало много крестьян, посадских, холопов. Казаки принимали всех и никогда никого не выдавали — все великие казацкие войска на Дону, Днепре, Волге и Яике были созданы беглецами.
Ко второй половине XVII века Тихий Дон переполнился множеством беглых, не стеснявшихся грабежа. Пришлые люди мешали налаженной казацкой жизни, ссорили казаков с московским правительством. Казацкое войско получало из Москвы денежное содержание, хлеб, оружие, свинец, порох. Привозного хлеба не хватало, и в 1667 году на Дону чуть не возник голод. Единственным выходом стал поход за военной добычей, в который бы ушла голытьба, не считавшаяся с установившимися на Дону традициями.
Черное море было блокировано турками. Разбойничьи шайки много лет грабили на Волге, совершая «походы за зипунами». Туда и отправился с Дона отряд казаков и голытьбы во главе с атаманом Степаном Разиным. Стенька разграбил несколько торговых караванов на Волге и совершил успешный грабительский поход в Персию, ограбив побережье Каспийского моря. В 1669 году казаки Разина с богатой добычей вернулись на Дон. Слава о подвигах и богатстве их атамана быстро разошлась вокруг и к Разину со всего царства повалила голытьба. Количество отрядов Стеньки росло по мере увеличения количества его добычи и грабежей. Физическая сила, энергия, ум, несокрушимая воля привлекали к атаману людей, стали источником его власти.
Персидские власти пожаловались на Разина в Москву и царские воеводы попытались разоружить разинцев и отобрать награбленное на Каспийском море — «отдайте дары, шаховы и купчинины товары и великие пожитки сполна, да и полоненных людей отдайте». Персам никто ничего отдавать не собирался, ответ послам шаха был поразителен: «Эти казаки — холопы великого государя, а не разбойники; уже вина им отдана. Что взяли они грабежом ясырь и имущество на войне, так это зачтено им в жалованье и до того нет никому дела».
На попытки воевод его унять Степан Разин не обратил никакого внимания, а на призывы отдать награбленное для обогащения царских холопов просто рассмеялся. Атаман понял, что власти его боятся, «чтобы он вновь шатости к воровству не учинил и не пристали бы к его воровству иные многие люди». Степан Разин заявил, что казаки — сила! Он ответил астраханскому воеводе князю Прозоровскому:
«Как ты смел придти ко мне с такими непочтительными словами, чтобы я выдал друзей своих, которые ко мне пристали ради любви и приятства. Вы еще смеете грозить немилостью? Я не боюсь ни воеводу, ни того, кто повыше его. Воевода дурак и трус. У меня силы и власти больше, чем у него. Я не холоп. Я вольный человек. Я расплачусь с этими негодяями, как следует расплачусь!»
Тайные правительственные агенты попытались выяснить планы Разина на лето 1670 года, но неудачно: «а какая у него мысль, про то и его казаки многие ведают, и никакими мерами у них, воровских казаков, про то доведаться нельзя». Казачья верхушка на Дону разделилась на два лагеря. Одни занялись ростовщичеством, снаряжая голытьбу в поход за половину привезенной добычи, другие боролись против отчаянного атамана — «он, Стенька, с товарищами своими, хотел учинить страх, добрых казаков побивал и в воду метал». Зимой 1669 года атаман Степан Тимофеевич Разин решил восстать против власти — «хотели мы Москву взять и всех бояр и дворян и приказных людей перебить на смерть, убить мирских кровопийцев, вывести воевод на Руси и бояр на Москве».