Во главе стояли головы, назначаемые Стрелецким приказом из дворян. Головам подчинялись полутысячники, сотники, пятидесятники, десятники. В двадцати московских полках в особых слободах служили сорок тысяч стрельцов. Их нечасто использовали в полевых сражениях — стрелецкие пищали били на очень маленькие расстояния. Стрельцы, показавшие себя героями в Смутное время, уже через семьдесят лет превратились в гарнизонное войско, избалованное царскими подачками и выполнявшее полицейские функции. Современники сравнивали их с янычарами и стрельцы сознавали свою видную роль на Москве.
Во главе заговора встал И. Милославский. Днем из Кремля агенты с деньгами и обещаниями от царевны Софьи расходились по стрелецким слободам, а по ночам выборные от полков собирались в усадьбе Милославского. Причина для возбуждения стрельцов нашлась быстро.
Деградировали не только рядовые стрельцы, полюбившие сладко поспать, хорошо поесть и выпить за казенный счет. Стрелецкие полковники, пользуясь полной бесконтрольностью, вели себя в полках, как в своих поместьях. Полковники разворовывали стрелецкое жалованье, брали взятки за уклонение от службы, заставляли стрельцов работать на своих огородах. После подавления восстания Степана Разина 1670 года стрельцы мало занимались военным делом. Бывшие грозные воины занимались мелкой торговлей и промыслами. Стрельцы хорошо понимали, что они могут натворить в государстве, если захотят: «Когда бунтовал Разин и я с ним ходил, еще и на старости лет тряхну».
Стрелецкий костер мог вспыхнуть от маленькой искры, а Милославские поднесли горящее полено. Соперничающие в борьбе за власть редко думали о государственной пользе. Выборные от стрелецких полков пришли в Кремль с обвинениями против своих полковников. Челобитные требовали выдачи жалованья, смещения и наказания командиров, чинивших «налоги, обиды и всякие тесноты». О военных делах не упоминалось — разложившиеся полувоины почувствовали себя хозяевами положения. В феврале 1917 года запасным полкам Петроградского гарнизона было с кого брать пример.
Шестеро Нарышкиных уступили стрельцам и сразу потеряли поддержку руководителей войска. Шестнадцать полковников из двадцати были биты батогами, сняты и разжалованы. Войско разом потеряло всех начальников и поняло, что теперь Москва в их власти. Руководитель Стрелецкого приказа заносчивый князь Ю. Долгоруков потерял на московские полки всякое влияние. Стрельцы выдвинули своего начальника. Болтун и хвастун князь И. Хованский прославился в русско-польских войнах лобовыми атаками на вдвое большего противника. При этом потери Хованского всегда составляли половину войска, а боевая задача не выполнялась. Милославские выпустили джина из бутылки и джин почти сумел поменяться с ними местами.
12 мая в Москву приехал боярин А. Матвеев. Перед этим Милославские вручили стрельцам «черный список бояр-изменников», которых нужно было уничтожить, иначе начнутся опалы и казни. 15 мая 1582 года стрельцы по набату ворвались в Кремль «спасать царевича Ивана от Нарышкиных». Вооруженной толпе с Красного крыльца показали царевичей Ивана и Петра. Стрельцы почти успокоились и их стал оскорблять сын начальника Стрелецкого приказа М. Долгоруков. Его тут же зарубили и кровавое убийство возбудило стрельцов, понявших, что надо идти до конца. Перед кремлевским крыльцом разорвали А. Матвеева, А. и И. Нарышкиных, П. Салтыкова, Г. Ромодановского, П. Языкова, Л. Иванова. Стрельцы волокли боярские трупы по земле и приговаривали: «Вот боярин Артамон Сергеевич, вот Долгоруков, вот думный едет, дайте дорогу!» Правительство Нарышкиных было свергнуто. Царями провозгласили Ивана и Петра, который своими глазами видел ужасную смерть своих родных и близких, насилие и кровь.
Стрельцы гуляли в Кремле целую неделю. Был разгромлен Холопий приказ, изодраны кабальные грамоты. В монахи был пострижен дед Петра и отец царицы Кирилл Полуэктович, остальные Нарышкины сосланы. 26 мая 1682 года первым царем был провозглашен Иван. Через три дня стрельцы объявили свою волю боярам, чтобы по молодости царей правление государством было поручено царевне Софье. Боярская Дума согласилась и Софья получила юридическую власть над страной. Это был только призрак власти. Хозяином России стал новый начальник Стрелецкого приказа князь И. Хованский — «Тараруй», удовлетворявший все требования стрельцов. Софья начала изымать у населения серебряные вещи и чеканить монету, чтобы расплатиться со стрельцами. По городам Московского царства были разосланы грамоты с изложением примера из истории Древнего Рима о правлении после смерти императора Феодосии его старшей дочери Пульхерии, по малолетству ее маленьких братьев Аркадия и Гонория.
В течение всего лета 1682 года стрельцы диктовали свою волю правительнице. Московский гарнизон получил титул «Надворной пехоты», а на Красной площади поставили каменный столб-памятник с описанием их «подвигов» 15 — 18 мая. Стрельцы потребовали, чтобы новая власть признала все убийства, совершенные ими во время бунта, справедливым и необходимым делом для народа и государства, а «все побития были сделаны за дом пречистые Богородицы и царское пресветлое величество и за неистовство к великим государям». По городским торгам читали грамоты, в которых власти требовали стрельцов бунтовщиками и изменниками не называть, «в ссылку не ссылать, не бить и не казнить». Софья выполняла все требования стрельцов и платила, платила, платила.
20 августа 1682 года правительница Софья с царями Иваном и Петром выехала в Коломенское, оттуда — в Савино-Сторожевский монастырь и, наконец, в Троице-Сергиеву лавру. Софья хотела реальную власть и сделала ставку на поместное дворянство. По уездам были разосланы грамоты с предписанием служилым людям собираться к государям в Троицу. Отовсюду в монастырь собиралось дворянское ополчение, презиравшее избалованных москвичей. Разнузданным стрельцам было далеко до отчаянных пограничных воинов.
14 сентября Софья от имени царей предложила всем боярам, стольникам и дворянам прибыть в село Воздвиженское под Троицу для встречи украинской и казацкой делегации — «а которые бояре и окольничии и думные люди в отпуску, и им из своих деревень быть к великим государям, всем». На Хованского была возложена обязанность обеспечить приезд такого количества бояр и служилых людей, чтобы их «было людно».
Князь И. Хованский с большой охраной выехал, наконец, из укрепленного Кремля. Пограничному воеводе князю М. Лыкову с товарищами тут же полетел указ Софья «князя Ивана Хованского и сына его князя Андрея взять в дороге». Лыков со своими пограничниками у села Пушкина ворвался в лагерь Хованского, порубил стрельцов, на коне влетел в шатер Тараруя, схватил князя за шиворот, бросил поперек седла и привез к царевне Софье. 17 сентября, в день именин правительницы на площади села Воздвиженского в пыли И. Хованскому с сыном отрубили головы.
На свободе остался второй сын Хованского. Он вернулся в Москву и убедил стрельцов, что на них с дворянским войском идет правительница. Стрельцы заперлись в Кремле, и это уже было настоящее восстание против власти.
Из Троицы в Москву была отправлена грамота, чтобы стрельцы «не верили прелестным и лукавым словам, а царского гнева на них нет». Гарнизон столицы испугался, к Софье отправились выборные. Правительница поставила стрельцам условия, которые они обязались выполнять под присягой. Столб «15 — 19 мая 1682 года» на Красной площади снесли. Стрельцам запретили собираться в круги по-казачьи, несколько выданных ими зачинщиков бунта казнили, нескольких сослали, остальных не тронули. Руководителем Стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Ф. Шакловитый, жестко восстановивший строгую дисциплину в стрелецких полках. 2 ноября 1682 года царский двор вернулся в Москву. Хованщина кончилась. Началось семилетнее правление царевны Софьи.
Нарышкины опять остались не у дел. Царица Наталья Кирилловна с сыном подолгу жила в царских подмосковных селах. Петр со старшим братом Иваном постоянно появлялся на придворных церемониях и церковных праздниках в Кремле.
Двенадцатилетний Петр читал азбуку и букварь, иллюстрированную библию, книгу «о луне и всех планетах небесных», летопись Стрыйковского, Четьи-Минеи, часослов, псалтырь. Он быстро научился писать. Саму Софью учил выдающийся просветитель Симеон Полоцкий — грамматике, риторике, пиитике, диалектике, философии, латинскому и греческому языкам. Правительница понимала значение образования и не собиралась заботиться об обучении Петра. Его детские хоромы были наполнены игрушечными пистолями, карабинами, пищалями, пушечками, топориками, луками, сабельками, барабанами.
Летом 1683 года Оружейная палата привезла в Преображенское уже шестнадцать настоящих пушек. В августе для него там был построен потешный городок с десятью «потешными конюхами».