Летом 1683 года Оружейная палата привезла в Преображенское уже шестнадцать настоящих пушек. В августе для него там был построен потешный городок с десятью «потешными конюхами».
К лету 1685 года потешный город у Преображенского значительно вырос. Сохранилось описание Пресбурга: «Настоящая маленькая крепость на островке на реке Яузе. С трех сторон обнесена деревянными стенами, а с четвертой, у входа, землею в виде вала, с настоящим подъемным мостом. Вся окружена водой. Четыре маленькие башни в ней заменяли бастионы. В середине против входа были сделаны большие ворота с башней наверху». На въездной башне Пресбурга были сооружены часы с боем восьми колоколов. Через Яузу были переброшены мосты, построены царские хоромы, избы для офицеров потешных отрядов, приказная изба, казенный и оружейный амбары, конюшня. В Преображенское и Коломенское везли молотки, «снасти для каменщиков», плотничий инструмент, столярное оборудование. С детства Петр интересовался разными ремеслами, любовь к которым он сохранил на всю жизнь. Петр был прекрасным каменщиком, плотником, столяром, кузнецом. Тогда же современники писали о его любви к правде и искренности — «говори ему правду и ничего не солги, хотя бы что и худо было; он де больше рассердится, буде что солжешь».
В 1684 году Австрийская империя, Речь Посполитая, Венецианская республика и Мальтийский рыцарский орден создали Священную лигу. Они хотели вовлечь Россию в борьбу с Турцией и это удалось сделать. За участие в Священной лиге Россия получила не соблюдавшийся «вечный мир» с Польшей и уже принадлежавший ей Киев. Правительница Софья и е фаворит князь В. Голицын хотели, чтобы их считали образованными людьми, талантливыми политиками и прекрасными дипломатами. Не обладавший никакими полководческими талантами В. Голицын в 1687 и 1688 годах загубил в безводных степях Дикого поля дворянское ополчение и не был наказан. Бесславные крымские походы, сопровождавшиеся массовой гибелью российского дворянства, сильно пошатнули власть правительницы.
К «забавам» Петра Софья относилась с презрением и смеялась над Преображенскими конюхами. Потешные полки «привели царя в охранение от сестры» и стали основой его новой армии. С 1685 года для «конюхов» шли поставки пистолей, мушкетов, пищалей, алебард, «ухватов, что людей хватают», фитилей, барабанов, лошадей. С оружием Петр получил глобус и астролябию и сам изучал военное дело, фортификацию, артиллерийскую стрельбу. Сохранились тетради Петра, в которых он определял широту и долготу разных мест на земном шаре, вычислял полет мортирной бомбы. По всем проблемам, касающимся специальных знаний, со времен Алексея Михайловича обращались в Немецкую слободу, где жили иностранцы на русской службе. От Преображенского до слободы было около двух километров. У Пресбурга на Яузе для поездок к «немцам» всегда стояли «потешные суда» — гребной струг и парусная лодка. Петра консультировали доктор Гульст, математик Тиммерман, артиллерист Зоммер. Петр не получил полноценного богословского и гуманитарного образования. Он стал прекрасным военно-техническим специалистом. Эти необычные способности Петра, его любознательность привели к возникновению любви к морю. Он сам водил в измайловских прудах английский ботик, ставил паруса на Переяславском озере и «положил намерение прямо видеть море».
В стрелецких мятежах и неудачных крымских походах прошло семь лет правления царевны Софьи. Настал 1699 год, в котором Петру исполнялось семнадцать лет. В мае Петр становился совершеннолетним и выходил из-под опеки сестры. Чтобы стать из правительницы самодержицей, Софье было необходимо лишить Петра права на престол. Сделать это легально было невозможно. Ее власть, подчинившая российскую внешнюю политику интересам Польши и Австрии, и для этого введшая тяжелые налоги, не была популярной. В 1687 году на прямой вопрос Софьи о ее поддержке при ее венчании на царство стрельцы дали уклончивый ответ.
Софья уже давно в грамотах именовала себя рядом с именами царей — «Великие государи-цари и великие князья Иоанн Алексеевич и Петр Алексеевич и великая княжна Софья Алексеевна, всея Великие и Малые и Белые России самодержцы». Вместе с официальными царями Софья участвовала в церемониях и торжествах. Был отпечатан портрет правительницы в царском облачении, в короне и со скипетром в руках, в окружении ее семи добродетелей — разума, благочестия, щедрости, великодушия, правды, целомудрия и божественной надежды. Такой же портрет с текстом на латинском языке предполагалось распространить и за границей. Известно высказывание В. Голицина: «Жаль, что в стрелецкий бунт не уходили царицу Наталью с братьями, теперь бы ничего не было». Стрелецкий начальник Ф. Шакловитый добавлял Софье: «Чем тебе, государыня, не быть, лучше царицу извести».
На Петра натравили стрельцов. Стрелецкий полковник Н. Чермный, получавший жалованье в сто раз больше рядовых, совершенно открыто говорил: «Хотя и всех побить, а корня не выведешь; надобно уходить старую медведицу, царицу; чего и царю спускать, зачем стало?» Люди Шакловитого под видом Нарышкиных ночами избивали караульных стрельцов.
Наталья Кирилловна знала о планах Софьи и озлобление между обеими сторонами росло. 30 мая 1689 года Петру исполнялось семнадцать лет и царица вызвала его из Переяславля в Москву.
Первое публичное столкновение произошло 8 июля, в день празднования Казанской иконы Божьей Матери. Софья взяла икону и в нарушение обычая собиралась идти с государями крестным ходом из Успенского в Казанский собор. Петр потребовал, чтобы Софья не нарушала правила. Она отказалась. После громкого скандального спора в соборе Петр покинул процессию и уехал в Коломенское. Через две недели Петр отказался подписать манифест о награждении В. Голицына за проваленный крымский поход. Петра с трудом уговорили подписать грамоту, но самого фаворита он не принял. 27 июля Софья заявила стрелецким полковникам: «Годны ли мы вам? Буде годны, вы за нас стойте, а буде не годны, мы оставим государство. Житье наше становится коротко, царя Иоанна Алексеевича ставят ни во что, а меня в Преображенском называют девкою, будто бы я и не дочь царя».
Ф. Шакловитый набирал наемников. Стрельцам разрешили безнаказанно разграбить дома побитых сторонников Петра: «А как их побьют, и кто что в их домах возьмет, и сыску никакого не будет. Даст Бог будет ярмарка — станем боярские дворы и торговых людей лавки грабить и сносить в дуван. А мутит всем царица Наталья Кирилловна. А вас всех хотят по городам разослать».
28 июля 1689 года находившийся на русской службе шотландец П. Гордон писал в дневнике: «все предвидели ясно открытый разрыв, который, вероятно, разрешится величайшим озлоблением». 4 августа в Измайлове праздновали именины вдовствующей царицы Евдокии Федоровны. Поздравить царицу приехал Шакловитый и Петр потребовал у него выдать одного из подстрекателей назревавшего бунта стрельца Стрижова. Шакловитый отказался, был задержан, но по требованию из Кремля отпущен. 7 августа люди Шакловитого в Кремле подобрали подметное письмо о походе потешных на Москву. В Кремль был вызван большой отряд стрельцов, второй отряд собрался на Лубянке. Стрельцам говорили, что они будут сопровождать Софью в Донской монастырь, то, что они должны оборонять Кремль от «Преображенских конюхов» и собираться «постращать в Преображенском». Несколько человек из самого преданного правительнице Стременного полка помчались в Преображенское, чтобы предупредить о готовящемся нападении на государя. Петра разбудили ночью, он выскочил из дворца даже не успев одеться и верхом в сопровождении нескольких человек всю ночь скакал в Троице-Сергиев монастырь. Утром 8 августа Петр был в Троице, измученный нравственно и физически. Впоследствии он говорил об этой ночи: «все члены во мне трепещут, помня о том, заснуть не могу».
Через несколько часов после Петра в Троицу в полном вооружении с барабанным боем прибыли его потешные — Преображенский и Семеновский полки. Подошел оставшийся верным Петру стрелецкий полк Сухарева. Приехала царица Наталья Кирилловна. Начали собираться верные бояре. Троице-Сергиев монастырь несколько раз выдерживал жестокие осады поляков, в 1607 году спас русскую государственность. Он стал в России символом веры и суверенитета. Это была и первоклассная крепость, высокие стены которой венчали восемь башен. Оборону Троице-Сергиева монастыря возглавил двоюродный брат фаворита Софьи Б. Еолицын.
Днем 8 августа об отъезде Петра в Троицу доложили Софье. В Кремле сделали вид, что не придали этому значения. Официально заявили, что Петр «изволил идти скорым походом в одной сорочке». Ф. Шакловитый заявил: «Вольно ему, взбесяся бегать».
Чем больше кремлевские стрельцы говорили о «побеге в сорочке», тем больше проигрывали. Законного государя преследовали убийцы чуть ли не в Троице, святыни святого Сергия Радонежского. Негодование против узурпации власти Софьей в народе быстро росло и почва начала уходить у правительницы из-под ног.