Москва была занята польским гарнизоном, вся московская царская администрация находилась под польским влиянием. Король Сигизмунд из-под Смоленска распоряжался в Московском царстве как государь. Русские начали освобождаться от польских оккупантов.
В январе 1611 года на Москву двинулось первое ополчение во главе с Прокофием Ляпуновым. Патриарх Гермоген из Кремля рассылал грамоты по русским городам, призывая не признавать Владислава русским царем. Он освободил народ от присяги королевичу. Поляки и бояре требовали от Гермогена остановить двинувшееся на Москву ополчение, но патриарх ответил: «Если все изменники и королевские люди выйдут из Москвы вон, то я опишу ратным людям, чтобы они вернулись назад». Патриарха заключили в подземелье Чудова монастыря и уморили голодом, но народ уже поднимался на защиту Отечества. Народным приговором 30 июля 1611 года из членов первого ополчения был создан «Совет всей земли», возложивший всю полноту власти на князя Д. Трубецкого, дворянина П. Ляпунова и атамана И. Заруцкого. В казачьих и дворянских лагерях ополченцев под Москвой были созданы приказы, восстановившие управление страной. Власти ополчения сменили переметнувшихся к полякам воевод и провели мобилизацию служилых людей, установив им фиксированное жалованье. Земли изменников конфисковывались и раздавались дворянскому ополчению.
Весной 1611 года, на Вербное воскресенье, в Москве начались уличные бои. Восставших москвичей, погибавших сотнями, поддержали отряды земского ополчения князя Дмитрия Пожарского. Поляки были отброшены в Кремль, где смогли удержаться с поддержавшими их московскими боярами. Поляки успели поджечь Москву, которая горела три дня и была полностью разграблена. С кремлевских стен польские солдаты стреляли в русских жемчужинами.
Через три дня в сожженную Москву вошло стотысячное ополчение П. Ляпунова. Недалеко от него расположились казацкие отряды Д. Трубецкого и И. Заруцкого. Польский гарнизон во главе с Гонсевским, насчитывал всего три тысячи человек. Совет всей земли постановил, что три амбициозных руководителя восставших «должны были строить землю и всяким ратным людям промышлять». Кремль штурмовать никто не спешил.
«Приговор» Совета всей земли постановил направить во все казачьи отряды служилых людей для контроля и прекращения грабежей. В казаки запрещалось принимать беглых холопов. Приговор подписали все руководители и представители двадцати пяти русских городов.
О трениях И. Заруцкого, Д. Трубецкого и П. Ляпунова донесли полякам и Гонсевский подбросил казакам поддельную грамоту с приказом Ляпунова земским людям «убивать казаков как собак». Ляпунова позвали в казачий круг и, не дав сказать ни одного слова, быстро зарубили. Дворянское ополчение отказалось от союза с казаками и разошлось по домам. На уходящие из Москвы многотысячные русские полки с кремлевских стен с удовольствием смотрел С. Гонсевский.
Польские начальники отправились в Варшаву праздновать победу над Московским царством. Пьянствовать начали уже на выезде из Москвы. После кутежа под Можайском пьяные паны на переправе через реку утопили шапку Мономаха и другие царские регалии. Для династии Романовых на коронацию шапка, держава, скипетр, бармы и все государевы символы были изготовлены по старым рисункам и образцам московскими мастерами.
Пока поляки праздновали в Нижнем Новгороде был созван Земской собор из представителей всех сословий Московского царства. Собор принял решение о сборе нового «ополчения всей земли». 18 августа 1612 года Кузьма Минин и Дмитрий Пожарский с войском подошли к Москве. С другой стороны на усиление польского гарнизона шел большой отряд гетмана Я. Ходкевича. У поляков был почти год, чтобы укрепиться в Москве, но им не хватило одного дня. С третьей стороны встали лагерем казаки Трубецкого и Заруцкого, тут же пригласившие на переговоры князя Пожарского. Он видел, как погиб зарубленный Ляпуков и в казачий круг не поехал. Пожарский попросил атаманов хотя бы не пропустить отряд гетмана Ходкевича на соединение с польским гарнизоном в Кремле. Ходкевич в яростных атаках потерял много своих знаменитых гусар и прорваться к Кремлю не смог. Остатки его отряда покинули Москву. В октябре ополчение полностью обложило Кремль, в котором в заложниках было много не переметнувшихся бояр. Полякам обещали жизнь и 28 октября 1612 года они ушли из Кремля, отпустив боярских заложников, среди которых был пятнадцатилетний Михаил Романов со своей матерью.
К зиме Московское царство покинули все большие отряды оккупантов, хотя небольшие польские, казацкие и разбойничьи шайки бродили по русской земле до 1618 года. Смута на Руси почти закончилась, но по Деуминскому мирному договору 1618 года поляки оставили за собой Смоленск и Чернигов. Шведы ушли из Новгорода, но оставили за собой устье Невы и все побережье Финского залива. Европейские земли царства заметно уменьшились. Впереди у страны было много работы.
Начало династии Романовых
После окончания Смуты в стране было необходимо восстановить государственную власть. Символом власти на Руси был государь — необходимо было выбрать нового царя и новую династию, которую бы признала Россия.
Желающих одеть шапку Мономаха в державе было много всегда. Один из главных кандидатов Василий Васильевич Голицын находился в польском плену. На московский престол претендовали королевич Владислав и шведский наследник Карл-Филипп. Раздавались голоса в поддержку Дмитрия Пожарского. В январе 1613 года в Москве был созван Земский Собор. Люди всей земли спорили недолго — всех устроила кандидатура шестнадцатилетнего Михаила Романова, представителя древнего боярского рода, известного со времен Ивана Калиты. Большое значение имело то, что Михаил был внучатым племянником первой жены Ивана Грозного Анастасии Романовой, а его отец Федор Никитич Романов, также находившийся в польском плену, являлся двоюродным братом сына Ивана Грозного Федора. Принцип наследования царской власти, основанный на родстве с ушедшей династией, члены Земского Собора посчитали главным залогом устойчивости власти и порядка в государстве.
21 февраля 1613 года победившее в Смуте дворянско-казацкое ополчение сыграло решающую роль в избрании династии Романовых на московский трон. Новый царь находился в Костроме и был поставлен перед фактом своего признания. Послы с сообщениями о воцарении династии Романовых отправились в Англию, Данию, Священную Римскую империю, Персию и Турцию.
Дворян — победителей Смуты — устраивала новая перепись их поместий, многие из которых были переведены в вотчины. Им выдали новые грамоты на землю, отличившихся наградили. Иная ситуация была с казачеством. Многие крестьяне и посадские, ставшие казаками в Смутное время, не хотели возврата в крепостные и холопы.
Слово «казак» на половецком языке означало «страж передовой, ночной, дневной». С XIV века по окраинам русских земель стали селиться смелые, свободолюбивые люди для несения сторожевой — «станичной» и пограничной — «полевой» службы. Их стали называть казаками, первое упоминание о которых в русских летописях относится к 1444 году. За линией сторожевых укреплений на южной и юго-восточной границе Московского государства селились беглые крестьяне и посадские люди, которых также называли казаками. Непрерывные боевые действия на границах способствовали объединению этих великолепных степных воинов в товарищества донских, волжских, запорожских казаков. Казаками считались и вольные люди, работавшие по найму, несшие военную службу в пограничных районах. Их называли городовыми и сторожевыми казаками. Наблюдательные посты и казачьи разъезды постоянно находились в бассейнах рек Дон, Хопер, Сосна. По южной и юго-восточной границе Московского царства образовалась линия из служилых и вольных казаков. Стали образовываться отдельные казачьи войска. Каждое войско делилось на станицы, состоявшие из нескольких казачьих поселений, называемых хуторами и поселками. Площадь владений каждой станицы называлась станичным юртом. Донское и Уральское казачье войско имело земли, завоеванные или занятые ими самими. Остальные казачьи войска получали земли за несение ими пограничной и военной службы.
В Смуте участвовали многие служилые и вольные казаки, число которых значительно увеличилось за счет крестьян и посадских, ставших казаками «по праву сабли». Казаки воевали на всех сторонах, многие грабили, разбойничали, даже мучили население, выпытывая места тайников с родовым добром. Именно казаки зарубили руководителя первого земского ополчения П. Ляпунова, почти изгнавшего польских оккупантов из Москвы. Казачье руководство часто уклонялось и от совместных операций в 1611 — 1612 годах со вторым земским ополчением К. Минина и Д. Пожарского. Большую опасность при воцарении династии Романовых представляли действия казачьих отрядов И. Заруцкого и его «супруги» авантюристки Марины Мнишек, бывшей женой Лжедмитрия I. С трудом отряды Заруцкого были разбиты в Астрахани, где мятежный атаман попытался создать собственное ханство. Вместо ханского трона Заруцкого посадили на кол, а его «походная жена» закончила свою жизнь в коломенской тюрьме. Шайки разбойников и грабителей еще долго ловили по всем городам и землям. Современник писал: «Жилища человеческие превратились в логовища зверей. Медведи, волки, лисицы и зайцы свободно гуляли по городским площадям и птицы вили гнезда на человеческих трупах. Люди сменили зверей в их лесных убежищах, скрывались в пещерах, непроходимых кустарниках, искали темноты, желали скорейшего наступления ночи, но ночи были ясны. Вместо луны зарево пожаров освещало поля и леса, охота за зверями теперь сменилась охотой за людьми, следы которых отыскивали гончие собаки. Казаки, если где не могли истребить сельских запасов, то сыпали их в воду и грязь и топтали лошадьми; жгли дома, с неистовством истребляли всякую домашнюю рухлядь. Где не успевали жечь домов, там портили их, рассекали двери и ворота, чтобы сделать жилища неспособными к обитанию. Звери поступали лучше людей, потому что звери наносили одну телесную смерть».