К началу XVI века Сибирское ханство было слабо заселено, улусных черных людей насчитывали около тридцати тысяч человек. После захвата Москвой Казанского и Астраханского ханств сибирский хан Едигер стал опасаться за свою власть и более десяти раз посылал богатые меха царю. В 1563 году Едигер был убит и новым сибирским ханом стал Кучум. С ним была большая ногайская орда и между Сибирским ханством и Московским царством начались пограничные конфликты, убийства и захваты купцов. С 1572 года начались постоянные набеги Кучума на пермские земли. В 1573 году родственник Кучума царевич Маметкул перебил плативших дань Москве остяков, убил царского посла Третьяка Чебукова. Кучум-хан писал Ивану IV: «Вольный человек Кучум-царь великому князю — Белому царю. Ныне похош миру — и мы помиримся, а похош воевать — и мы воюемся». Иван IV, терпевший поражения от Крымского ханства и в Ливонской войне, не мог послать ни одного человека на войну с Кучумом. В марте 1574 года в Александрову слободу были вызваны именитые люди Строгановы, талантливые промышленники и купцы, имевшие земли в Сольвычегодске и по реке Тоболу. Иван IV пожаловал Строгановым земли по реке Чусовой. Эти земли входили в состав Сибирского ханства. Присоединение Западной Сибири к Московскому царству осуществили Максим, Семен и Никита Строгановы.
7 апреля 1578 года Строгановы, у которых все взрослое мужское боеспособное население не превышало четырехсот человек, отправили письмо казачьему атаману «Ермаку Тимофееву с товарищами» с предложением прибыть к ним на службу. 28 июня 1578 года отряд волжского атамана прибыл в пермские владения Строгановых. Казаки Ермака стали охранять вотчины Строгановых от набегов сибирских татар и вогуличей.
Сибирский поход Семен Аникиевич, Максим Яковлевич и Никита Григорьевич Строгановы готовили очень тщательно. Для казаков специально отливали новые пищали, на которых писали: «В граде Кергедане на реке Каме дарят Строгановы атаману Ермаку лета 1582.» Строгановы снабдили дружину Ермака всем необходимым для похода: «на каждого человека по три фунта пороха и свинца и ружья и три полковые пушки, по три пуда муки ржаной, по пуду сухарей, по два пуда круп и толокна, по пуду соли и по два полоти и масла и знамена полковые с иконами».
Дружина Ермака очевидно состояла из 540 человек, к которым Строгановы добавили около 300 «охочих людей» из своих вотчин. Сам Ермак был опытнейшим атаманом, воевавшим более двадцати лет. Такими же сильными воинами были и его соратники Иван Кольцо, Яков Михайлов, Никита Пан и Матвей Мещеряк.
Затраты Строгановых на поход Ермака составили более двадцати тысяч рублей — годовое жалованье пяти тысяч стрельцов. Сибирский поход дружины Ермака начался 1 сентября 1581 года.
На десятках деревянных лодках-стругах, каждый из которых брал двадцать человек с грузом, казаки поплыли вверх по рекам Чусавой и Серебрянке. На зимовку дружина Ермака зазимовала в верховьях реки Тагил в построенном острожке. В начале мая 1582 года казацкие дружины по рекам Тагилу и Туре с боями прошли до Чинги-туры, ставшей Тюменью, взяв по дороге городок Епанчин — Туринск. Взяв штурмом Чинги-туру, казаки спустились вниз по Туре и в месте ее впадения в Тобол Ермака встретил хан Кучум. 15 000 воинов хана ждали 800 казаков Ермака.
8 июля 1582 года казаки отбросили авангард племянника Кучума Маметкула, прорвали натянутые татарами поперек реки железные цепи и вошли в реку Тобол. Бой с татарами Кучума произошел 21 июня. Казаки победили и татары «вдавшася бегству». 8 сентября казаки взяли улус Мурзы Карачи, находившийся в семидесяти километрах от столицы Сибирского ханства Искера. К казакам подошло подкрепление из трехсот человек, Которых привел Иван Кольцо. 14 сентября 1582 года Ермак взял прикрывавший Искер городок Атик.
1 октября Ермак атаковал столицу Сибири Искер. Несколько штурмов было отбито, но 26 октября 1582 года Искер пал — казаки «внидоша во град Сибирь». Именно в это время пермский воевода сымитировал налет на Пермь вогулов и остяков. Государственная казна, конечно, тут же исчезла. Воевода послал на Строгановых донос — отправив войско на покорение Сибири, Строгановы-де оголили восточные границы царства. 6 ноября 1582 года Иван IV отправил Строгановым «опальную грамоту». Репрессировать их не успели — в декабре 1582 года в Москву пришло посольство Ермака, объявившее о покорении Сибири.
Иван IV воспринял строгановские победы как простое расширение обширных вотчин именитых людей. Весной 1583 года «для присмотра» за Строгановыми и Ермаком в Сибирь были отправлены триста стрельцов. Продовольствия у них не было и в Искере начался голод. К весне 1854 года у Ермака осталось только сто пятьдесят казаков. Строгановы по указу Ивана IV охраняли восточную границу, больше не могли послать Ермаку ни одного человека. 6 августа 1585 года на иртышском острове в устье Вагал у урочища Атбали в результате обмана Ермак и остатки его дружины погибли в яростном ночном бою.
За труды Строгановых по присоединению Сибири к Московскому царству Иван IV разрешил им торговать беспошлинно на территории своих вотчин.
Московским царем в 1583 году стал сын Ивана IV Федор Иоаннович, начинавший свой день с молитвы: «Дай, Господи, никому не сделать ничего плохого». Правительство возглавил боярин Борис Годунов, чья сестра Ирина была женой царя. Все современники писали, что при Борисе Годунове «народ отдохнул». Борис Годунов заключил мир с Речью Посполитой, укрепил границы, начал восстановление крестьянских хозяйств, разрешенных Иваном IV.
В 1589 году в Московском царстве был введен сан патриарха. Титул патриарха (греч. patriarches — отец, управляю) был установлен в 451 году Халкидонским собором. Так стали называть главу самостоятельной, автокефальной христианской церкви. После разделения в 1054 году церкви на западную — католическую и восточную — православную титул патриарха остался за высшими иерархами восточной церкви. В Византийской империи восточную церковь возглавили четыре патриарха — Константинопольский, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский.
Выбранный в 1589 году московский патриарх Иов был посвящен в сан константинопольским патриархом Иеремией. Назвав Иова «отцом отцов и патриархом всех северных земель», константинопольский патриарх уехал домой, щедро награжденный драгоценными кубками, жемчугом, деньгами, соболями и шелком. Восточные патриархи подтвердили учреждение патриаршества в Московском царстве, что значительно подняло его авторитет, потерянный во время правления Ивана IV Ужасного. По принятому Русской церковью уставу избиравшийся пожизненно патриарх управлял церковью вместе со священным Синодом и подчинялся только Поместному и Архиерейскому соборам.
В 1598 году со смертью Федора Иоанновича династия Рюриковичей пресеклась. Новым царем был избран Борис Годунов. Он в первую очередь завершил присоединение Сибири, построил и укрепил Тюмень, Тобольск, Томск и Туринск. Он строил многие новые города, приглашал из-за границы врачей и аптекарей. Он начал борьбу с народным пьянством, чем многих настроил против себя. Он хотел создать в России школы с изучением иностранных языков и вызвать для этого учителей из Европы. Борис Годунов послал за границу учиться двадцать дворян, которые после учебы в Европе не захотели возвращаться в допетровскую Россию.
Активная внутренняя политика требовала больших денежных средств и в 1597 году Борис Годунов отменил Юрьев день, полностью введя в государстве крепостное право.
«Люди» — так называли простых, лично свободных жителей Древней Руси. Их жизнь защищал закон — «Русская правда». Они не состояли на службе великого князя, но только платили ему дань — натуральный или денежный налог. Большую группу «людей» составляли «смерды» — все свободное сельское население. Их считали государственными крестьянами, жившие на великокняжеской земле. Позже смердов сменили «черные люди» — крестьяне, полностью платившие все виды государственных налогов и повинностей. Холопы не имели никакого отношения к черным людям. Домашние рабы не имели никаких гражданских прав и считались собственностью владельца.
Слово «крестьянин» — «христианин», появилось в конце XIV века. В Московском княжестве этот термин имел религиозно-национальный смысл и обозначал весь русский народ. Крестьяне были прикреплены к земле и были подчинены административной и судебной власти землевладельцев. До отмены Юрьева дня крестьяне имели право перехода от одного помещика к другому. Указ 1597 года закрыл последнюю отдушину для людей, державших на своих плечах российскую государственность. Самодуров-помещиков на Руси всегда было очень много и крестьяне уходили от помещиков. В государстве появилось много беглых и гулящих людей. С конца XVI века это явление приобрело массовый характер. Под давлением помещиков, которым грозило разорение, власти увеличили срок сыска беглых людей до пятнадцати лет. Помещикам не возвращались только крестьяне, ставшие казаками.