Оружейная палата, арсенал, ведал изготовлением и хранением оружия, боеприпасов и военного снаряжения. Палатой заведовал Оружейный приказ.
Со времен Ивана IV большую роль в управлении государством стали играть воеводы, руководившие войсками Московского царства. Конница состояла из дворян и детей боярских, служилых татар и царского полка. В артиллерию входили полевой и крепостной «наряды». Наряд обслуживали воротники, затинщики, кузнецы, плотники. Большую роль в победах русского войска играл «гуляй-город» — передвижная деревянная крепость.
Еуляй-город принимал на себя ожесточенные атаки противника, потом из-за него атаковала русская конница. Пехота состояла из пеших городовых казаков, московских пеших и стременных стрельцов и пеших «даточных людей». Во второй половине в семидесятитысячное русское войско входили 35 000 всадников поместной конницы, 12 000 стрельцов, 6 000 городовых казаков, 10 000 служилых татар, 4 000 наемных иностранцев, пушечный наряд из 3 000 человек. В военный поход обычно ходила половина войска. Оно состояло из большого полка, полков правой и левой руки, передового, сторожевого и ертаульного полков, «наряда» и «гуляй-города». Конный ертаульный полк вел разведку и охранял войско. Царский полк состоял из служилых московских людей, охранял царя, участвовал во всех придворных церемониях, сопровождал государя во всех походах. В боевых действиях царский полк участвовал только вместе с царем. В 1550 году Иван IV учредил и особый конный отряд — «Избранную тысячу», личную охрану.
Стрельцы были только пехотинцами, вооруженными огнестрельным оружием. Этот род войск создал царь — «учинил у себя выборных стрельцов из пищалей три тысячи человек, а велел им жить в Воробьевой слободе». Из московских стрельцов был образован особый царский отряд, стоявший в караулах во дворце. Ивана IV охраняли Избранная тысяча, Государев и Стремянной полки.
Пять тысяч стрельцов постоянно находились в Москве, семь тысяч служили в пограничных городах. Стрельцы служили не только в своих полках, но и в приказах. Они служили пожизненно, служба передавалась по наследству. За службу стрельцы получали не земельное, а хлебное и денежное жалованье, при Иване IV четыре рубля в год. Стрельцы получали в слободах участки земли и денежное пособие для строительства дома, не платили налоги, получали льготы при торговле, особенно своим товаром, производимым в слободах. Руководил стрельцами свой приказ.
В войско входили особые отряды опричников, созданные Иваном IV для борьбы с боярами в 1564 году. Первый опричный отряд насчитывал тысячу дворян и детей боярских. Вскоре он был увеличен до шести тысяч человек, а потом еще и еще. Основной обязанностью опричников являлась защита царской власти. Опричное войско, прославившееся трусостью, подлостью, издевательствами над беззащитными людьми, полной несостоятельностью во время боевых действий, в 1572 году было ликвидировано самим царем.
Все русские войска назывались ратями, в каждую из которых входило от трех до семи полков разной численности. Полки делились на сотни, пятидесятки и десятки. Во главе рати стоял «большой воевода» с заместителями — «товарищами». Большому воеводе подчинялись полковые воеводы, воеводы у «наряда», гулевой и ертаульный воевода, головы, сотники, пятидесятники и десятники. Для управления войсками воеводы при себе имели небольшие медные барабаны, привязанные к седлам. Большой воевода имел большой барабан-«набат», в которых били сразу восемь человек. При воеводах находились дьяки и подьячие, писавшие приказы, хранившие полковую казну и ведшие журналы боевых действий. Все свои приказы воеводы должны были согласовывать с инструкциями Разрядного приказа. Они писали туда подробные отчеты о состоянии войск и укреплений, количестве военных запасов и продовольствия.
Традиционный боевой порядок русских войск в полевом сражении сформировался очень быстро. В центре на удобной позиции выстраивалась пехота, прикрытая «гуляй-городом». На флангах и впереди пехоты находилась конница, первой вступавшая в бой. Артиллерийский «наряд» находился или в гуляй-городе, или в боевых порядках пехоты. Большой отряд всегда находился в резерве или в засаде. От монголо-татар русские переняли и активно использовали прием заманивания противника ложным отступлением в бою и вывод его на засаду. От монгольского «урранх» произошел и русский боевой клич «ура».
В XVI веке не существовало отдельной военной и гражданской службы Воеводой мог быть назначен приказной дьяк. Разрядным приказом всегда руководил думный дьяк — организатор русского войска, имевший мало военной практики. Перед военным походом воеводы получали подробные приказы и инструкции о порядке движения и ведения боевых действий из гражданского Разрядного приказа. Все полки имели знамена с изображением Спаса или Святого Георгия. Знамя и знаменосцев охраняли особые воеводы и головы, входившие в состав свиты царя и больших воевод. Развертывание боевых знамен служило сигналом для начала полевого сражения или осады вражеской крепости. Для подачи команд и сигналов, для воодушевления войск воеводы использовали трубы, сурны, гобои, барабаны.
С середины XVI века появились городовые воеводы, возглавлявшие военное и гражданское управление города с уездом. Первые воеводы появились в пограничных городах, потом и во внутренних районах страны. Они заменили наместников и городовых приказчиков, представителей администрации великого князя.
Воеводы назначались по воле и усмотрению царя Разрядным приказом и утверждались Боярской Думой. Они подчинялись территориальному приказу, ведавшему городом. В большие города назначались два воеводы, один из которых являлся старшим. Воеводами назначались в основном дворяне из «московского списка». Чины и звания воевод соответствовали политическому, военному и экономическому статусу города — от детей боярских в небольших крепостях до бояр в крупных городах. Воеводская служба продолжалась три года, на окраинах и в Сибири дольше. Жалованье выдавалось в Москве, в территориальных приказах, четях. Воеводы ведали обороной и хозяйством городов и уездов, четом и распределением земли, полицейским надзором. Отношения с московскими приказами были запутанными. Эта неопределенность сильно увеличивала права воевод и вела к их злоупотреблениям. В руках воевод постепенно сосредоточилась вся административная, полицейская и судебная власть в уездах.
Лучший период царствования Ивана IV связан с деятельностью «Избранной рады» в 1550 — 1560 годах. В 1552 году было завоевано Казанское, в 1556 году занято Астраханское ханство, в стране были проведены серьезные реформы.
Казанское ханство, в котором воцарились крымские Гиреи, попыталось стать наследницей Золотой Орды. Его войска ежегодно разоряли русские земли, доходя до Владимира, Костромы, Вологды. Русских пленных продавали в Астрахани, Крыму, Средней Азии. Казань была взята с третьего раза. Ожесточенно защищавшийся город был взят благодаря таланту воевод А. Горбатого и А. Курбского. В 1556 году без боя была взята Астрахань. Все течение Волги теперь контролировалось Московским царством. Русские вышли к Каспийскому морю и Кавказу.
В 1550 году был реформирован Судебник 1497 года. Он ликвидировал судебные привилегии удельных князей, регламентировал положение домашних рабов-холопов. По настоянию «Избранной рады» была отменена система кормлений, тормозившая развитие государства. Однако введение местного самоуправления натолкнулось на сопротивление царя. Второй конфликт Ивана IV с «Избранной радой» произошел в 1558 году из-за желания царя начать Ливонскую войну. Зная положение в государстве, его советники прекрасно понимали, что война не будет выиграна. Иван IV необоснованно обвинил «Избранную раду» в смерти своей жены Анастасии и сослан. Царь начал править сам.
В начавшейся в 1558 году Ливонской войне после первых успехов русские войска были разбиты армиями польского короля Стефана Батория, с трудом остановленного под Псковом. По Ям-Запольскому мирному договору 1582 года Россия потеряла завоеванные западные земли. Швеция получила устье Невы и побережье Балтийского моря, издавна принадлежавшее русским князьям. Виновником поражения был Иван IV, которого из-за непомерной жестокости в Европе стали называть Ужасным.
Воспитанный на презрении к человеческой жизни, Иван IV любил издеваться над людьми. После того, как он сжег бороды пришедшим к нему челобитчикам, в Москве началось восстание. Вооруженные москвичи ворвались в Кремль и перепуганный царь с трудом сбежал в подмосковное село Воробьеве. Разъяренная боярскими и царскими грабежами толпа двинулась и туда, и ее появление повергло царя в ужас. Используя веру народа в высшую власть, бояре обманом успокоили горожан, а потом жестоко подавили восстание. Бояре не предвидели, что скоро их начнут убивать. Блестящая гвардия Ивана III Великого сошла с исторической сцены, а внуки талантливых сподвижников создателя Русского государства не захотели подняться до уровня своих дедов. Бояре-холопы А. Д. Басманов и А. Вяземский предложили царю создать особый отряд дворцовой охраны.