Предвоенные планы действий русского флота на море были весьма разнообразны, но они сходились в необходимости удержания господства на море и недопущения свободного судоходства противника к берегам Кореи{1326}. Сразу же после нападения на Порт-Артур адмирал Алексеев приказал отряду немедленно выйти в море и присоединиться к эскадре{1327}. Выполнить этот приказ полностью не удалось. Уже 28 января(10 февраля) крейсера под командованием контр-адмирала К. П. Иессена вышли в Японское море и потопили 2 японских коммерческих парохода. 1(14) февраля, избежав встречи с судами противника, они благополучно вернулись во Владивосток{1328}. Японская эскадра показалась у острова Русский 12 февраля, но она не рискнула войти в артиллерийскую дуель. Через десять дней 5 броненосных и 2 легких крейсера Камимуры вновь появились у острова, но на этот раз уже обстреляли укрепления, но без особых результатов{1329}. Действуя в Японском море, нельзя было поставить под угрозу и основные внешнеторговые коммуникации Японии. На 1902 г. на 3 порта — Иокагама, Кобе и Осака — приходился товарооборот в 474 млн. иен или 90 % внешней торговли империи микадо проходившие по внешней стороне островов, на Тихом океане{1330}. Наиболее посещаемыми были Иокогама, в которую в среднем ежедневно приходило 14,5 пароходов, Кобе — 14 пароходов и Осака — 1,5 парохода, что составляло 43 %, 41 % и 5 % от средне-еженедневного количества судов, приходивших в японские порты{1331}.
Не смотря на частный успех русских крейсеров, сорвать военные перевозки противника не удалось. Это немедленно сказалось на положении дел в Корее. 5(18) февраля японский батальон был высажен в порту Цинампо, превращенный в опорный пункт и место высадки 2 пехотных дивизий, перевозка которых шла до 16(29) марта{1332}. К 27 февраля японцы завершили перевозку третьей дивизии 1-й армии, 12-й дивизии в Чемульпо, был занят Сеул{1333}. Фактически к началу войны японское военное присутствие на полуострове было уже значительным. С целью глубокой разведки было принято решение направить на полуостров конный отряд под командованием генерала Мищенко. Его основой стала Забайкальская казачья бригада — 1-й Читинский и 1-й Аргунский казачьи полки и 1-я Забайкальская казачья батарея — 12 сотен и 6 орудий. Отряд был усилен и конно-охотничьей командой 15-го Восточно-Сибирского стрелкового полка. Линевич поставил перед Мищенко задачу — разгромить кавалерию противника, не допуская при этом, «чтобы наша немногочисленная конница была расстроена в первый же период кампании». Мищенко действовал осторожно, избегая столкновений и растянув свои немногочисленные части в разъездах{1334}.
Между тем русский флот продолжал нести потери — 29 января(11 февраля) 1904 г. в Талиенванский залив был отправлен минный транспорт «Енисей». Так как Дальний не был укреплен, подходы к порту против возможного десанта решили прикрыть минной постановкой. Чрезвычайно тяжелая обстановка вынудила торопиться, не смотря на пургу и сильное волнение на море. 28 января(10 февраля) транспорт поставил 320 мин. К вечеру Талиенванский залив был прикрыт минными позициями. На «Енисее» оставалось еще 82 мины, которые его командир решил установить на следующий день. В ходе постановки корабль наскочил на сорванную с позиции сильным ветром собственную мину. Взрыв привел к детонации боеприпасов. Транспорт затонул за 15 минут. Отправленный для спасения команды крейсер «Боярин» с 4 миноносцами не имел карты минных заграждений и подорвался на одной из мин. Команда оставила корабль, который при крене в 15 градусов погрузился в воду до иллюминаторов. Тем не менее он остался на плаву и затонул только на третий день после шторма. Таким образом, недостаточная подготовленность экипажей и командиров привела к потере еще двух ценных судов{1335}. 15(28) февраля под давлением японцев было принято решение разоружить стоявший в Шанхае стационер — канонерскую лодку «Манджур». Переговоры с киатайцами длились до начала марта, после чего лодка была разоружена и покинула Шанхай только после заключения мира{1336}.
5(18) февраля командующим Тихоокеанской эскадрой с правами командующего флотом и командира портов Тихого океана был назначен вице-адмирал С. О. Макаров{1337}. Получив известие об этом, Наместник покинул Порт-Артур. Перед отъездом в Мукден он передал командование флотом вплоть до приезда Макарова на вице-адмирала О. В. Старка, которому оставил инструкцию беречь корабли флота и особенно броненосцы{1338}. Японское командование не было уверено в прочности своего контроля над морем. Для того, чтобы закрепить успехи первых дней, Того решил сформировать отряд из 5 транспортов, груженых каменным балластом, которые должны были быть затоплены на выходе из гавани Порт-Артура. В случае успеха японцев русская эскадра была бы закупорена на внутреннем рейде. Учитывая узость и мелководность фарватера, это могло привести к длительному вынужденному бездействию русского флота. Команды пароходов формировались из добровольцев. 10(23) и 11(24) февраля попытки транспортов прорваться к фарвартеру были отбиты{1339}.
24 февраля(8 марта) 1904 г. Макаров прибыл в Порт-Артур и заменил безынициативного Старка. Ожидая формальной передачи командования, он сразу же отправился на корабли и поднял свой флаг на крейсере «Аскольд». Его прибытие и даже готовность разместиться на крейсере было воспринято моряками с необыкновенным энтузиазмом. Все с надеждой ждали отказа от тактики «сбережения кораблей» и начала активной наступательной войны{1340}. Весьма символично, что в тот же день в Восточный бассейн внутреннего рейда был введен эскадренный броненосец «Ретвизан». Во время атаки противника он был торпедирован, через пробоину в носу величиной примерно 3,7 на 10 метров принял около 1,5 тыс. тонн воды. Сев носом на мель, один из лучших русских кораблей надолго превратился в неподвижную мишень и препятствовал свободному выходу остальных судов в море{1341}.
Первичный ремонт «Ретвизана» и снятие его с мели были большим успехом. Опыт и обучение пришли во время военных действий и во многом благодаря Макарову. Он сумел оживить действия русского флота, и организовать ремонт поврежденных кораблей{1342}. С ним прибыли и рабочие с Балтийского завода, усилиями которых ремонтные работы пошли гораздо быстрее{1343}. Необходимо было торопиться, наступала весна, в апреле побережье освобождалось от льда и многократно возрастала опасность японского десанта{1344}. Макаров был не похож на своих предшественников. «В его руках, — вспоминал один из офицеров эскадры, — власть и командование не были средствами для проявления тирании, жестокости, произвола или издевательства»{1345}.
Русских мастеровых в Порт-Артуре к началу войны было не более 100, на подсобных работах использовались китайцы, которые покинули их с первыми выстрелами войны. 30 января(12 февраля) 1904 года Балтийский завод получил приказ отправить в Порт-Артур 200 опытных рабочих, которые прибыли туда 16(29) марта и работали на кораблях до сдачи крепости. Именно их усилиями в ходе осады были отремонтированы поврежденные эскадренные броненосцы «Цесаревич», «Ретвизан», «Победа», «Севастополь», броненосный крейсер 1-го ранга «Баян». Пробоины в подводной части судов пришлось заделывать в кессонах[6], которые изготавливась на берегу из дерева, а потом буксировались к поврежденным бортам кораблей. Работы были тяжелейшими и велись в несколько смен круглосуточно. «Ретвизан» был отремонтирован за 67 дней. Благодаря работе этой группы, а также группы рабочих с орудийного Обуховского завода, уже в ходе войны были резко повышены ремонтные возможности Порт-Артурского порта, а позже — и сухопутного фронта крепости{1346}.
Макаров предполагал до завершения ремонта поврежденных кораблей активизировать действия миноносных и крейсерских сил эскадры, скоординировать их с выходами в море владивостокского отряда крейсеров под командованием контр-адмирала Иессена, которые должны были оттянуть на себя часть неприятельского флота. Все это должно было остановить возможную высадку противника на Квантуне. После окончания ремонта Макаров планировал навязать Того решающее сражение за контроль над морем{1347}. Русские и японские легкие силы с переменным успехом вели бои на подступах к Квантуну. 25 на 26 февраля (с 9 на 10 марта) на подступах к Порт-Артуру с моря на дежурстве находились истребители «Решительный» и «Стерегущий». Последний корабль погиб в неравной схватке с противником, попытка Макарова, вышедшегов море на «Новике» вместе с «Баяном», выручить корабль, успехом не увенчалась{1348}. Противнику удалось захватить его после боя, но один из членов команды открыл кингстоны и кликнеты и миноносец затонул. Японцы спасли трех человек из его команды{1349}.