Как королевский офицер по особым поручениям Иван Мазепа побывал в Голландии, Франции, Италии, германских княжествах, овладел французским, немецким, итальянским, татарским языками. Он прекрасно знал латынь, историю, философию, поэзию, музыку. Мазепа с королевскими поручениями ездил к гетманам Ивану Выговскому, Юрию Хмельницкому, Павлу Тетере. Иван Мазепа был сторонником Годячского трактата.
В 1669 году Иван Степанович Мазепа поступил на службу к гетману Петру Дорошенко и служил сотником гвардии, генеральным есаулом, генеральным писарем. В 1674 году Мазепа ездил с поручением в Крым и был взят в плен запорожцами. Мазепу передали И. Самойловичу.
Своим дипломатическим талантом и опытом Иван Мазепа убедил И. Самойловича сделать его доверенным лицом. В 1682 году он стал генеральным есаулом и исполнителем важнейших гетманских миссий. Иван Мазепа стал свояком Самойловича, почти ежегодно ездил в Москву с важными поручениями, имел большое влияние на гетмана. В Москве Иван Мазепа познакомился со многими членами Боярской думы, знал фаворита правительницы — царевны Софьи Василия Голицына, тогдашнего фактического правителя Московского царства.
В падении гетмана Самойловича в 1687 году Мазепа, возможно, не играл большой роли. Однако он сумел в полной мере воспользоваться арестом Ивана Самойловича. Великолепное образование, иезуитская школа, прекрасное владение искусством интриги, дипломатический талант, харизма и обаяние помогли пятидесятилетнему Ивану Степановичу Мазепе получить гетманскую булаву. Не помешала и взятки «культурнейшему политику XVII столетия» Василию Голицыну.
На Коломацкой раде были утверждены новые «Статьи», в основу которых лег Глуховский трактат 1672 года. Это был очередной шаг на пути дальнейшего ограничения автономных прав Украины, сделанный боярами-холопами.
В Коломацкой раде участвовали две тысячи казаков. Всем старшинам, принимавшим участие в заговоре против Самойловича, были повышены чины, для «охраны» Мазепы в гетманскую столицу Батурин был введен стрелецкий полк. Новый гетман не мог производить кадровых изменений в руководстве войском без согласия Москвы. «Сила солому ломит» — Коломацкие статьи впервые возражали против государственного характера гетманской власти, а следовательно и против государственности Украины.
В 1687 году изменить что либо в «Статьях» у Мазепы не было никаких шансов — гетманом на Коломаке просто стал бы кто-то другой, более покладистый. Однако новый российско-украинский договор не был реализован. Побеждать можно не только в кровопролитных битвах, убивая при этом множество людей с обеих сторон.
В 1690 году со свитой из трехсот человек гетман Иван Мазепа приехал в Москву, в которой только что пришел к власти семнадцатилетний Петр I. У Петра и Мазепы сложились почти дружеские отношения. Современники писали, что «царь скорее не поверит ангелу, чем Мазепе». Возможно, особые доверительные отношения царя и гетмана и вызвали такую резкую реакцию на русско-украинско-шведские события 1708 года.
Гетман Иван Мазепа вернулся домой с триумфом, с благосклонностью и доверием Петра I. Новый обладатель булавы опирался только на старшину, увеличивая народное недовольство. К сожалению, Мазепа не обратил большого внимания на судьбу Ивана Выговского. Рядовые казаки и посполитые временами восставали, раздраженные действиями гетмана. Во главе оппозиции стоял фастовский полковник Семен Палий, поддерживаемый запорожцами.
Борьба за украинскую власть обострилась в 1691 году. Старший канцелярист Генеральной войсковой канцелярии и родственник генерального писаря Василия Кочубея Петр Иваненко-Петрик ушел в Запорожскую Сечь, где был выбран войсковым писарем и стал агитировать против Мазепы, старшины и Москвы: «Я стою за посполитый народ, за бедных и простых. Богдан Хмельницкий освободил украинский народ из ляшской неволи, а я хочу освободить его из новой неволи — от москалей и своих панов».
Слухи о запорожских волнениях пошли по всей Украине. Посполитые говорили: «когда придет Петрик с Запорожским войском, пристанем к нему, побьем старшину, арендарей и сделаем по старому, чтобы все были казаками, панов не было». Запорожцы все же не поддержали Петрика, который с немногими единомышленниками ушел в Крым. 26 мая 1692 года он подписал с крымским ханом договор между Крымским ханством и «Удельным Княжеством Киевским, Черниговским и всего войска Запорожского, Городового и Народа Украинского».
В июле 1692 года «борец за народное счастье» Петрик с татарской ордой выступил в поход на Украину. У Каменного Затона прошла немногочисленная черная рада, избравшая Петрика своим гетманом. Крымский калга вручил ему «гетманские клейноды» — булаву, бунчук, знамя. К Петрику присоединились только пятьсот добровольцев-запорожцев.
Гетман Мазепа выслал против Петрика и орды четыре казацких полка и один компанейский, а сам с пятью — сердюцкими полками встал под Гадячем и разослал по Украине универсалы против Петрика — «гибельного сына», несущего на Украину новую Руину.
Население Петрика не поддержало. Татары разграбили округу, набрали пленных и ушли за Перекоп, прихватив с собой и Петрика. Бывший канцелярист опять попытался взбаламутить запорожцев, но получил от них резкий ответ: «Ты вдался в мятеж, забыл Бога. Пошел ты в Крым без нашего ведома, без нас и поход делай, а нас не морочь!»
Трижды Петрик с ордой под свободолюбивыми лозунгами грабил украинское пограничье, пока не был зарублен в одной из стычек.
Шестидесятилетний Мазепа стал советником Петра I в турецких и польских делах. В 1699 году он писал царю, что за двенадцать лет гетманства совершил одиннадцать походов, в которых Украина ничего не получила для себя. Самого гетмана называли «отчимом Украины».
В 1699 году по Карловецкому миру Польша «вернула» России Подолию. Авторитетным вождем на Правобережье много лет являлся фастовский полковник Семен Палий. В Фастове собирались все казаки и селяне, готовые бороться за свободу своей родины. Палия поддерживали богуславский полковник Самойло Самусь, корсунский полковник Захар Искра, брацлавский полковник Андрей Абазин. Запорожцы писали: «Как станет Палий гетманом, то сможет управиться со всей начальной старшиной, и будет при нем, как при Хмельницком».
Как кандидат в гетманы Семен Палий для Ивана Мазепы был более чем реальной угрозой. Он опирался на рядовых казаков, на селян, которых переводил в казаки, на горожан. Палий был тесно связан с православным духовенством и поддерживал его. Коронный гетман Потоцкий заявлял на сейме в Варшаве: «Палий пытается идти по следам Хмельницкого и зажигает факел холодной войны».
Семен Палий зажег факел — на Правобережье началось антипольское восстание. Незадолго перед этим польский сейм вынес решение об уничтожении казачества. Правобережным полковникам было приказано распустить казаков. Когда офицеры польного гетмана Яблоновского явились в Фастов с приказом о ликвидации казачества, Палий отказался его выполнять: «Я поселился в вольной Украине, и Речи Посполитой нет никакого дела до этого края. Только я, настоящий казак и вождь казацкого народа, имею право командовать тут».
В сентябре 1700 года казаки Палия разбили пятитысячное польское войско, пытавшееся осадить Фастов. Палий начал создавать армию казаков Правобережья, советовался с запорожцами, посылал гонцов на Левобережье. По всему правому берегу Днепра начались селянские восстания. Палия полностью поддерживал и назначенный поляками правобережный гетман С. Самусь. Казаки Палия и Самуся двинулись на Белую Церковь, польскую опору на правом берегу Днепра. Разбив польские заслоны под Бердичевом, казаки взяли Белую Церковь.
Уже началась Северная русско-шведская война. На территорию Речи Посполитой вошли шведские войска Карла XII. Король преследовал саксонского курфюрста и выборного польского короля Августа, союзника Петра I. Оказать помощь Палию на Правобережье стало невозможным по дипломатическим причинам, хотя к Палию с Левого берега Днепра шли и шли казаки-добровольцы.
К 1702 году шведы взяли Варшаву и Краков и выдвинули своего кандидата на польский трон — познанского воеводу Станислава Лещинского. Вся Польша разделилась на два лагеря. Поляки под напором шведов отступали на Правобережье и положение Палия стало почти критическим. Несмотря ни на что, он упорно держался в Белой Церкви.
Весной 1704 года пятьдесят тысяч казаков Мазепы перешли на правый берег Днепра. Задача, поставленная гетману Петром I, была дополнена самим Мазепой, решившим присоединить Правобережье к Гетманщине. Мазепа быстро занял Киевщину и Волынь и устроил штаб-квартиру в Бердичеве. Ему было необходимо договориться и объединиться с народным героем Палием, но Мазепа этого не сделал. Нежелание делиться властью свойственно всем государям и правителям. Гетман совершил стратегическую ошибку, которая меняет судьбы правителей и государств.