Свои функции высшего органа власти Генеральная Рада часто передавала Старшинской Раде, в которую входили генеральная старшина, полковники, сотники, представители войска, духовенства, местной власти. Сам гетман сосредоточил в своих руках административную, военную, финансовую и судебную власть, созывал рады, издавал универсалы, вел дипломатические переговоры, руководил Генеральной канцелярией. Богдан Великий мечтал собрать под гетманскую булаву все украинские земли. Польский разведчик в Чигирине докладывал в Варшаву: «Замысел Хмельницкого — править абсолютно и независимо, не подчиняясь никакому монарху, и владеть всей землей, которая начинается от Днестра и идет до Днепра и далее до московской границы».
Московские власти в конце концов решили, что союз с Украиной даст им дорогу на Балканы, на Черное море, на запад. В случае разгрома Хмельницкого опять бы начались постоянные набеги крымских татар и нападения поляков на Московское государство. К тому времени Украина имела десятки тысяч опытных, лучших в Европе воинов, имевших «постоянную практику». Москва всегда платила военные долги, а долг Польской Короны за вмешательство в русскую Смуту начала XVII века был огромным. Пришло время вернуть его польской Элите.
1 октября 1653 года Земский собор вынес решение о вхождении Украины в Московское царство. Через месяц московские послы уже были на границе Украины. Эта торопливость, несвойственная царской дипломатии, подтверждала заинтересованность Москвы в украинских делах.
8 января 1654 года в Переяславе была созвана общеукраинская Рада, которая вынесла решение о присоединении, вхождении Украины в состав России. На Раде был гетман Богдан Хмельницкий со всей старшиной, многие полковники и сотники, заслуженные казаки.
В марте 1654 года посольство Богдана Хмельницкого получило в Москве от царя Алексея Михайловича документ, определявший статус Украины и ее отношения с Московским царством — «Статьи Богдана Хмельницкого». Из 23 пунктов проект договора Москва утвердила 11. «Статьи Богдана Хмельницкого» устанавливали автономию Украины. Украинцы сами избирали гетмана, который сохранял право дипломатических отношений со всеми государствами, кроме Турции и Польши, но с обязательным уведомлением о переговорах царя, если от послов будут предложения, направленные против России. Подтверждались права украинского митрополита и духовенства. Особыми грамотами подтверждались сословные привилегии украинской шляхты и права городов. Казачий реестр установлен в 60 000 воинов.
Выдающиеся европейские историки называли присоединение-воссоединение Украины к России по разному — унией, союзом, конфедерацией, автономией, вассальными отношениями, протекторатом. Украина осталась отдельным государством под верховным протекторатом московского царя. Однако Россия постоянно старалась расширить свою власть на украинских землях, где de facto было ликвидировано крепостное право.
Украинский народ был связан с русским народом единством религии. С 1654 года на Украине прекратились религиозные гонения, а вместе с ними и покушения на полное подавление национальной самобытности украинского народа, который в кровавой и отчаянной борьбе спас себя от политической и национальной гибели. Недаром, спасаясь от польской оккупации, украинцы шли в пределы Московского царства.
Многие историки присоединение Украины к России в тех исторических условиях называли «наименьшим злом». Господство султанской Турции или шляхетской Польши над Украиной, скорее всего, было бы гибельным для украинского народа. Украина получила союзника в борьбе с Польшей, а Россия была теперь гарантирована от польской интервенции образца начала XVII века. Огромное значение имело сближение двух народов для их культурного развития.
Во время правления Богдана Великого Украина была для Московского царства самостоятельной державой. Даже в единственном сохранившемся историческом источнике — «Статейном списке» посла-боярина В. Бутурлина было написано: «Московское государство и Войска Запорожского Украина». Сам Богдан избегал употреблять в переговорах с Москвой слово «Украина». Он всегда использовал слова «Войско Запорожское», возможно, для того, чтобы у его преемников была возможность маневрирования. Такая политика производила сильный эффект, если преемник великого правителя не уступал ему в харизме и профессиональном мастерстве.
Московские власти считали, что договор с Украиной действовал только на время жизни Богдана Хмельницкого. Они возобновляли его с каждым новым гетманом, каждый раз внося изменения в свою пользу. Когда некоторые историки писали о неверном — московском — выборе Богдана Хмельницкого, они не учитывали, что московские власти брали только то, что им разрешали брать, хотя и создавали для этого соответствующие условия.
Весной 1654 года польские войска вошли в Подолию, устроив на украинских землях страшную резню. Подошедшие казацкие полки отбросили жолнеров. Объединенное русско-украинское войско воевало в белорусских землях — у поляков отобрали Смоленск, Оршу, Минск, Могилев, жители которых сами открывали ворота казакам. В это же время польское войско опять напало на Подолию. У Умани поляков остановили казаки Ивана Богуна, на помощь которому вышли казацкие полки и царское войско В. Батурлина.
В январе 1655 года недалеко от города Ахматова на Дрожиполье произошло кровопролитнейшее сражение, начавшееся ночью в лютый мороз. Ненависть сражающихся была так велика, что воины дрались даже оглоблями и пленных не брали.
На польской стороне теперь воевали крымские татары. Бой начался с нападения поляков Станислава Потоцкого и татар Ислам Гирея на казаков и стрельцов и сразу превратился в ожесточеннейшую резню. Потери убитыми составили более 15 000 человек с обеих сторон. Победителей не было. Хмельницкий отошел к Белой Церкви, а поляки покинули Украину. Их больше не поддерживал Ислам Гирей, который вернулся в Крым и вскоре умер.
15 сентября 1655 года при Слонегородке объединенное русско-украинское войско Хмельницкого, Бутурлина и Ромодановского разгромило польскую армию Понятовского.
Галичину до Люблина взяли полки Богдана. Вскоре близ урочища Озерная Стрелка русские и украинские полки остановили орду нового крымского хана Мухаммед Гирея. Сохранилось предание о встрече после боя крымского хана и украинского гетмана. Хан угрожал Хмельницкому объединенным татарским нашествием. Богдан ответил: «Ужели ты думаешь, хан, устрашить меня, как малоумного хлопца. Война подобна обоюдоострому мечу. Добытое Батыем потеряно Мамаем».
На части белорусских земель было введено гетманское правление, образован Гомельский полк. На Польшу напали войска шведского короля Карла-Густава. На Речь Посполитую надвигался Потоп — так сами поляки называли этот трагический период в истории Польши.
В 1655 году в Вильно Московское царство и Речь Посполитая подписали перемирие в войне — без участия гетмана. Богдан Хмельницкий сразу же начал переговоры со Швецией о возможном протекторате. Он писал царю Алексею Михайловичу:
«Шведы — люди честные: пообещав дружбу и союз, они держат слово. А царь, подписав перемирие с поляками и имея намерение вернуть нас в их руки, поступил с нами бессердечно».
Польская Корона и Московское царство в сентябре 1656 года делили украинские земли так, как будто бы там никто не жил. Именно с того времени началось политическое разделение украинских земель на Левобережную и Правобережную Украину. Богдан Хмельницкий попытался создать новую антипольскую коалицию, чтобы сохранить территориальную целостность Украины. Великий гетман не успел. Богдан Михайлович Хмельницкий умер в пять часов утра 27 июля 1657 года в Чигирине и был похоронен в Субботове — «народ, прощаясь с любимым батько, плакал навзрыд». Многие исследователи сравнивают его достижения с делами Оливера Кромвеля в Англии. Он умел достичь многого, имея очень мало. Создатель украинской государственности стал героем украинской истории навсегда.
Гетманство Богдана Хмельницкого открыло одну из важнейших эпох в истории Украины. Впереди было еще много лет борьбы и войн, прежде чем пришел период относительного покоя и целые столетия до образования независимого украинского государства. Богдан Хмельницкий оставил после себя созданную им и украинским народом Казацкую Державу. Великий Григорий Сковорода писал через столетие о великом гетмане:
«Будь славен во век, о муже избране,
Вольности отче, герою Богдане!»
После смерти Хмельницкого главой Гетманщины был его юный сын, но старшина уговорила подростка оставить гетманство и выбрала правителем войскового писаря Ивана Евстафьевича Выговского, который был главным советником Богдана. Выговский собрал в войсковой канцелярии много талантливых сотрудников. При его руководстве должность войскового писаря стала главной в генеральной старшине. Когда хотели что-то решить или попросить у гетмана, посредником выбирали Выговского, имевшего много сторонников.