Исходя из анализа обстановки и состояния войск командование фронта обратилось в Ставку за разрешением временно прекратить наступление и в течение 10–12 дней подготовить новую наступательную операцию. Предлагалось также расформировать полевое управление Черноморск. группы, а ее командующего генерала И.Е. Петрова назначить начальником штаба фронта. 16 марта Ставка утвердила эти предложения и приказала начать наступление в первых числах апреля, чтобы предоставить войскам больше времени на подготовку. На этом Краснодарская наступательная операция завершилась.
Войскам Северо-Кавказского фронта вновь не удалось выполнить поставленную задачу – окружить северокавказскую группировку противника. Это обусловливалось слабым управлением войсками со стороны командования фронтом и армиями, плохим снабжением наступавших частей и соединений всеми видами материальных средств, тяжелыми погодными условиями. Не сумев окружить всю северокавказскую группировку врага, советские войска теперь должны были уничтожить его силы на Таманском п-ве.
Немецкое командование придавало удержанию Таманского полуострова большое значение. 10 марта 1943 на совещание в ставку Гитлера были вызваны командующий группой армий «А» Э. Клейст, командующий 17-й А генерал р. Руофф и командующий 4-м воздушным флотом генерал В. Рихтгофен. При обсуждении планов на 1943 Гитлер заявил: «…желательно, чтобы Новороссийск был удержан нами и включен в состав Таманского плацдарма, с одной стороны, из соображений политического влияния на тюрков и, с другой – в целях удержания русского Черноморского флота вдали от Крыма». 13 марта группа армий «А» получила приказ Гитлера «удержать во что бы то ни стало Таманский плацдарм и Крым».
Выполняя его, командование 17-й А предприняло интенсивные меры по укреплению «Голубой линии». Ее общая глубина увеличилась до 20–25 км. Главная полоса глубиной 5–7 км включала 3–4 позиции, прикрывалась минными полями (на отдельных участках до 2500 мин на 1 км фронта) и 3–6 рядами проволочных заграждений. В 10–15 км от главной находилась вторая полоса. Обе полосы были насыщены дотами, дзотами и пулеметными площадками, соединенными сетью траншей и ходов сообщения. В глубине готовились еще 3 рубежа и отсечные позиции. Все господствующие высоты и населенные пункты, расположенные в их пределах, были превращены в опорные пункты и узлы сопротивления, приспособленные к круговой обороне.
Особенно сильно укреплялся Новороссийск: на подступах к нему с моря создавалась мощная противодесантная оборона, подходы к порту прикрывались минными заграждениями, огнем артиллерии, минометов и стрелкового оружия. На «Голубую линию» отводились все войска 17-й А. Весной и летом армии Северо-Кавказского фронта неоднократно пытались прорвать оборонительный рубеж противника, но успеха не добились. Это удалось сделать лишь в сентябре 1943.
В апреле-июне развернулись ожесточенные бои за господство в воздухе, получившие в отечественной литературе название «воздушные сражения на Кубани 1943 г.». К середине апреля немецкое командование сосредоточило на аэродромах Крыма и Тамани 820 самолетов 4-го воздушного флота, а также привлекло до 200 бомбардировщиков, базировавшихся в Донбассе и на юге Украины. В составе авиационной группировки были лучшие части люфтваффе, укомплектованные опытными летчиками и самолетами новой модификации. С советской стороны в сражениях принимала участие авиация Северо-Кавказского, частично Южного и Юго-Западного фронтов, Черноморск. флота и группа авиации дальнего действия – всего 1048 боевых самолетов, большинство которых также были новыми. Общее руководство их действиями осуществлял командующий ВВС Красной Армии маршал авиации А.А. Новиков, а непосредственное – командующий ВВС Северо-Кавказского фронта (с мая 1943 командующий 4-й воздушной А) генерал-лейтенант авиации К.А. Вершинин.
Первое воздушное сражение произошло 17–24 апреля в ходе боев на Малой земле. В нем участвовало около 650 самолетов противника и 500 советских самолетов. Последующие сражения происходили в районах станиц Крымская (29 апреля – 10 мая), Киевская и Молдаванская (26 мая и 7 июня) и длились непрерывно многие часы. В отдельные дни на сравнительно небольшом пространстве (20–30 км) происходило до 40 групповых воздушных боев с участием 50–80 самолетов с обеих сторон. Одновременно наносились удары по аэродромам.
Достигнутые сов. авиацией результаты явились важным этапом на пути завоевания стратегического господства в воздухе, которое было достигнуто в ходе Курской битвы. Советские летчики продемонстрировали мужество, смелость, изобретательность; 52 из них удостоились звания Героя Советского Союза.
В это же время войска Северо-Кавказского фронта продолжали подготовку к наступательной операции по полному освобождению территории Северного Кавказа от врага. В августе в связи с благоприятной обстановкой, сложившейся на Юго-Западном стратегическом направлении, Ставка дала указание командующему фронтом (в мае его возглавил генерал-лейтенант И.Е. Петров) о подготовке наступательной операции с целью завершения разгрома таманской группировки противника и недопущения отхода ее в Крым. Замысел операции состоял в том, чтобы нанести внезапный комбинированный удар с моря и суши по Новороссийску, овладеть им, а затем развивать наступление на Анапу с целью охвата с юга всей группировки врага, оборонявшей «Голубую линию».
Одновременно севернее и южнее р. Кубань главные силы фронта должны были нанести рассекающие удары, перерезать противнику пути отхода в Крым и уничтожить его по частям. В операции участвовали три общевойсковые и одна воздушная А, в которых насчитывалось свыше 317,4 тыс. человек, более 4,4 тыс. орудий и минометов, более 300 танков и самоходных артиллерийских установок, около 700 самолетов. Привлекались также около 150 кораблей и вспомогательных судов Черноморск. флота (контр-адмирал Л.А. Владимирский) и Азовской военной флотилии (контр-адмирал С.Г. Горшков). Противостоявшие им соединения немецкой 17-й А под командованием генерала Э. Енеке имели свыше 400 тыс. человек, до 2,9 тыс. орудий и минометов, более 100 танков и штурмовых орудий, 300 самолетов.
Войска тщательно готовились к наступлению. В специальных городках, оборудованных по типу немецкой обороны в горной местности, они обучались прорывать сильно укрепленные позиции противника. Силы флота тренировались в высадке десантов и взаимодействии между группами кораблей боевого обеспечения и десантными судами. Большое внимание уделялось подготовке торпедных катеров к уничтожению боно-сетевых и минных заграждений, к нанесению огневого удара по противнику в районах высадки.
Чтобы обеспечить скрытность подготовки наступления, были приняты меры по оперативной маскировке. Не велось никакой переписки и переговоров по средствам связи о готовившейся операции. Ее план разработал лично командующий фронтом, все документы оформлялись ограниченным кругом лиц в части, их касающейся, и только в одном экземпляре, от руки. Перегруппировка войск производилась, как правило, ночью. С целью дезинформации противника активизировалась разведка на второстепенных направлениях. Эти мероприятия дезориентировали немецкое командование. Враг приступил к перегруппировке своих войск на участки, где главные удары фронта не планировались. Большая работа была проведена по материально-техническому обеспечению войск и сил флота.
Новороссийско-Таманская стратегическая наступательная операция сов. войск началась в ночь на 10 сентября 1943 мощной артиллерийской и авиационной подготовкой и высадкой 3 отрядов морского десанта в Новороссийском порту. Одновременно войска ударной группировки 18-й А генерал-лейтенанта К.Н. Леселидзе (вступил в командование армией 16 марта 1943) перешли в наступление восточнее и южнее Новороссийска. Противник оказывал упорное сопротивление, бросая в контратаку свои резервы. В первый день соединения 18-й А успеха не имели. Немецкое командование стало спешно перебрасывать в район Новороссийска ближайшие резервы. Ценой больших потерь противнику удалось разобщить один десантный отряд, окружить и изолировать другой, но приостановить наступление третьего десантного отряда он был не в силах. Командующий фронтом усилил восточную группировку 18-й А стрелковыми соединениями и танками. Одновременно в помощь десанту был направлен еще один стрелковый полк. В целях воспрещения маневра резервами противника 9-й А генерал-майора А.А. Гречкина приказывалось с утра 11 сентября перейти в наступление. Это позволило нарастить силу удара.
Еще больше осложнилось положение противника с переходом в наступление 14 сентября 56-й А генерал-лейтенанта А.А. Гречко. Прорвав «Голубую линию», она стала быстро продвигаться в глубину, рассекая главную группировку 17-й А. В это же время ожесточенные бои шли в Новороссийске. Возобновили наступление и обе группы 18-й А. Ее восточная группа прорвала оборону противника северо-восточнее города, пробилась к вокзалу и стала обходить Новороссийск. Западной группе армии также удалось сломить сопротивление врага и вклиниться в его оборону. В ночь на 16 сентября остатки новороссийского гарнизона мелкими группами начали отход на северо-запад, а днем город и порт Новороссийск был полностью освобожден от врага. Москва торжественно салютовала воинам Северо-Кавказского фронта и Черноморского флота в честь одержанной победы.