По плану операции в первые сутки войска должны были прорвать оборону противника и выйти из предгорий на равнину. В реальности на это потребовалась неделя. Тем не менее, сов. соединения упорно продвигались вперед. К 23 января войска Черноморск. группы прорвали оборону противника и продвинулись на 15–20 км. В это время в связи с успешными действиями войск Южного фронта на ростовском и батайском направлениях, а также выходом войск Сев. группы Закавказского фронта к Армавиру общая обстановка на Сев. Кавказе резко изменилась. Немецкое командование вынуждено было отводить основную часть своей северо-кавказской группировки не через Ростов, а на Таманский полуостров.
23 января Ставка ВТК в своей директиве констатировала, что Черноморск. группа не смогла выполнить своих задач по выдвижению в район Краснодара и не сможет к сроку выйти к Тихорецку и Батайску. В связи с этим перед Черноморской группой ставилась задача выдвинуться в район Краснодара, захватить позиции на р. Кубань; главные силы направить на захват Новороссийска и Таманского полуострова. В дальнейшем основной задачей войск Петрова было овладение Керченским п-вом. Таким образом, основные усилия Черноморск. группы войск перемещались с центра на ее левый фланг, в полосу 47-й А, в командование которой 25 января вступил генерал-лейтенант К.Н. Леселидзе. Армия усиливалась двумя стрелковыми дивизиями и девятью артиллерийскими полками.
26 января войска армии нанесли удар в направлении на Абинскую, Крымскую. Пять дней они безуспешно пытались прорвать вражескую оборону. Тогда командующий фронтом принял решение нанести удар непосредственно на Новороссийск через окружавшие город горы. Наступление началось 1 февраля после пятичасовой артиллерийской подготовки. Но и на этот раз оно не увенчалось успехом. Удалось овладеть только двумя первыми траншеями. Для содействия войскам армии Леселидзе в ночь на 4 февраля западнее Новороссийска, в районе Южной Озерейки и южнее города, на зап. берег Цемесской бухты был высажен морской десант. Из-за сильного шторма основной десант в районе Южной Озерейки смог высадиться лишь частично. Оставшись без огневой поддержки, он был почти полностью уничтожен противником.
Более успешно осуществлялась высадка вспомогательного десанта в количестве 870 человек в Цемесской бухте. Его составлял отряд особого назначения под командованием майора Ц.Л. Куникова. При подходе катеров к берегу десантники бросались в ледяную воду и вплавь добирались до него. Стремительной атакой отряд Куникова занял небольшой плацдарм в районе Станички, юж. предместья Новороссийска. За ним последовательно высадились еще 2 группы. Плацдарм был расширен до 4 км по фронту и 2,5 км в глубину. Впоследствии он получил название «Малая земля». За несколько ночей здесь были высажены другие части, которые расширили плацдарм до 30 кв. км. В течение 7 месяцев сов. войска героически обороняли Малую землю, отражая атаки крупных сил пехоты и танков врага. В последующем плацдарм сыграл важную роль в успешном проведении Новороссийской наступательной операции.
К исходу 4 февраля войска Черноморск. группы вышли на подступы к Краснодару, но овладеть городом не смогли. Не удалось преодолеть оборону врага и под Новороссийском. В создавшейся обстановке Ставка ВГК с целью объединения усилий войск на Кубанском плацдарме и в районе Ростова переподчинила Черноморск. группу войск Северо-Кавказскому фронту, а 44-ю А и конно-механиз. группу передала Южному фронту. Таким образом, были созданы две сильные группировки со строго определенными задачами. На этом Северо-Кавказская стратегическая наступательная операция закончилась, советские войска приступили к подготовке последующих операций.
9 февраля войска Северо-Кавказского фронта начали Краснодарскую операцию. Ее замыслом предусматривалось концентрическими ударами 58-й (генерал-майор К.С. Мельник) и 9-й (генерал-майор В.В. Глаголев) А, наносивших удар с севера на Славянскую, 37-й и 46-й (в феврале – марте ею командовал генерал-майор А.И. Рыжов) А с востока – на Краснодар, 18-й (с начала февраля командовал генерал-майор К.А. Коротеев) и 56-й А с юга – на Троицкую, окружить и уничтожить краснодарскую группировку противника, не допустив ее отхода в Крым. Черноморск. флот должен был блокировать с моря Керченский полуостров и прибрежную зону от Анапы до Феодосии. Пяти дней, которые были отведены для подготовки операции, оказалось явно недостаточно. Армии правого крыла фронта, преследовавшие перед этим отходившего противника, растянулись и рассредоточились на площади около 2000 кв. км. Артиллерия отстала от войск на 80-100 км, а базы снабжения и склады – на 200–300 км. В результате сосредоточение сил и средств к началу операции не было завершено, часть войск не сумела выйти на свои исходные и огневые позиции. Кроме того, соединения и части, уже пройдя с боями около 600 км, нуждались в отдыхе и пополнении. Тем не менее в установленное время они начали наступать.
58-я и 9-я А в течение 2 суток пытались прорвать оборону противника, но успеха не добились. Войска 37-й и 18-й А с этой задачей справились. Используя их успех, перешла в наступление 46-я А, которая совместно с соединениями 18-й А при содействии партизан 12 февраля освободила Краснодар. Противник, прикрываясь сильными арьергардами и нанося контрудары, стал отходить на заранее подготовленные рубежи обороны и эвакуировать тылы 17-й А в Крым.
В связи с этим Ставка ВГК 22 февраля приказала войскам Северо-Кавказского фронта выйти на пути отхода основных сил 17-й А, окружить и уничтожить их. В течение 23 и 24 февраля 58-я и 9-я А пытались прорвать оборону противника, но успеха не достигли. Безуспешным было также наступление 47-й и 18-й десантной А на левом фланге Черноморск. группы войск. Войска 56-й А сломили упорное сопротивление нем. 44-го армейского корпуса и к 25 февраля продвинулись на запад до 30 км. Используя успех 56-й А, пошла вперед вдоль левого берега р. Кубань 46-я А. Это вынудило нем. командование начать отвод войск и севернее реки. Выполняя требование командующего фронтом о более активных действиях, командующий 58-й А решил нанести удар вдоль приазовских плавней, чтобы отрезать противнику пути отхода на Таманский полуостров.
Для этого на правом фланге армии создавалась ударная группировка из трех дивизий под общим руководством начальника штаба армии генерал-майора М.С. Филипповского. Однако к назначенному времени в район сосредоточения вышли только две из них. Тем не менее генерал К.С. Мельник 26 февраля начал наступление. Войска успешно продвигались вперед, однако плохое управление ими, слабое обеспечение флангов и отставание вторых эшелонов позволили противнику нанести удар под основание прорыва и окружить ударную группировку. Ведя непрерывные бои с контрактовавшим врагом, сов. дивизии израсходовали боеприпасы и продовольствие и удержать занимаемые позиции не смогли. В связи с этим командир группировки, не имевший в течение двух суток связи со штабом армии, принял решение на отход через плавни. 3 марта войска, уничтожив материальную часть, начали отходить отдельными группами и к исходу следующего дня вышли в указанный им район.
Заметного успеха добилась 37-я А, которая, разгромив части противостоявших ей двух немецких пехотных дивизий, продвинулась на 10–12 км и к 6 марта вышла к р. Протоке в районе Славянской. Однако захватить этот крупный узел немецкой обороны не смогла. С 6 по 8 марта на фронте установилось затишье. Лишь на некоторых участках продолжались бои местного значения.
9 марта командование 17-й А, стремясь к дальнейшему сокращению линии фронта и опасаясь удара нависших над ее левым флангом войск 58-й А, стало отводить свои части на новый оборонительный рубеж, получивший наименование «Голубая линия». Он проходил между ранее намеченными позициями «Средний Готенкопф» и «Малый Готенкопф», на флангах выходил на мощные оборонительные узлы, созданные в районах Новороссийска и Темрюка, а в центре – на р. Протоку, представляющую собой достаточно серьезную преграду. «Голубая линия» сооружалась в течение нескольких недель. Ко времени выхода к оборонительному рубежу сов. войск он состоял из двух позиций. Первая имела глубину 1–1,5 км и была оборудована 2–3 траншеями, прикрытыми сплошной полосой проволочных и минных заграждений. За ней проходила вторая, включавшая несколько траншей и подготовленные к круговой обороне населенные пункты. В глубине все доступные для наступления направления и дефиле перекрывались узлами сопротивления и отдельными опорными пунктами.
Войска Северо-Кавказского фронта предприняли попытку с ходу прорвать «Голубую линию», но успеха не добились. Они были измотаны боями, испытывали острый недостаток боеприпасов, горючего, продовольствия. Танковые части фронта из-за отсутствия горючего в течение 10–15 суток не могли не только вести бои, но даже совершить марш к войскам, с которыми они должны были действовать. По этой же причине оказалась прикованной к аэродромам авиация.