Иван III прекрасно знал механизм власти двух исчезнувших империй — Византии и Золотой Орды. В 1474 году он купил вторую половину Ростовского княжества. Наступил черед Великого Новгорода.
Яжелбицкий договор 1456 года почти установил новые юридические нормы во взаимоотношениях Москвы и Новгорода, боярам которого уже не удавалось просто откупаться от москвичей. В Новгороде уже несколько лет действовал княжеский суд, принимавший жалобы обиженных новгородцев. Вече было лишено статуса высшей судебной инстанции. В городских документах уже часто ставили великокняжескую печать.
Иван III несколько лет готовился к решающей схватке с боярской республикой. Поводом к ее разгрому послужил Новгородско-литовский договор 1471 года, ставший попыткой Новгорода перейти под власть Великого княжества Литовского. Война продолжалась меньше двух месяцев. После разгрома новгородских войск в Шелонской битве стало окончательно ясно, что новгородский колосс держится на глиняных ногах. Народ давно перестал поддерживать зарвавшуюся новгородскую олигархию. Иван III казнил руководителей «литовской партии» и Новгород Коростынским договором 1471 года был почти присоединен к Москве. Тогда же Великая Пермь также была присоединена к государству Ивана III.
Зимой 1477 года Иван III с войсками всей Русской земли встал у новгородских стен, но в город входить не стал. Разбушевавшееся народное вече сцепилось с боярскими олигархами. В начале 1478 года новгородцы присягнули великому князю — «вечу и колоколу не быть, посаднику не быть, а государство все князю держать!» В феврале новгородские олигархи во главе с Марфой Борецкой были отправлены в Москву, а их земли конфискованы. В течение последующих десяти лет тысячи богатых новгородцев были заменены москвичами и владимирцами. Ликвидация боярской республики была завершена зимой 1480 года арестом выборного новгородского архиепископа Феофила, обвиненного в контактах с католиками. Новгород пал и все северные земли России были присоединены к Московскому княжеству — «и привезен был вечевой колокол в Москву, и вознесли его на колокольню на площади, и стал он с прочими колоколами звонить».
Новгородская история закончилась очень вовремя. Золотоордынский хан Ахмат заключил союз с польским королем и великим князем Литовским Казимиром, направленный против Руси. Это уже было не великое государство Батыя и Джанибека. Золотая орда распалась на Большое, Казанское и Крымское ханство, в ней шла гражданская война. В 1476 году Иван III отказался платить дань хану Большой Орды и по легенде растоптал ханскую басму — отпечаток ноги хана — на глазах татарских послов. Только через четыре года хан Ахмат пошел на Московскую Русь. Ахмата встретил союз Московской Руси и Крымского ханства. Когда орды Ахмата подошли к московским границам, братья великого князя Борис и Андрей потребовали у Ивана III удовлетворения своих имущественных притязаний, начав в княжестве смуту. Они обратились за помощью к польскому королю Казимиру и тот с удовольствием вмешался в русские дела. Тут же Ливонский орден ворвался в псковские земли. Иван III боролся с Большой Ордой при наличии сильной коалиции врагов и тяжелых внутренних противоречий.
Летом 1480 года войска Ивана III пошли навстречу ордам Ахмата и блокировали переправы на Оке. Войско Большой Орды повернулось и двинулось к литовской границе на соединение с Казимиром. Русские полки успели их опередить и раньше татар заняли левый берег реки Угры, не допуская Ахмата к переправам. Москвичей было меньше, чем ордынцев и идти в открытое сражение Иван III не захотел. Он вообще старался достигать цели без пролития большой крови — к победе всегда ведут несколько путей и великий московский князь обладал искусством выбора самого бескровного и эффективного. Иван III дал несколько город своим недовольным братьям и они прислали на замерзшую Угру свои дружины. Это произошло очень вовремя — хан Ахмат атаковал Ивана Московского. Четыре дня лед Угры заливала кровь, но русские полки не сдвинулись ни на шаг. У них была сильная позиция и Ахмат попытался прорваться в других местах. Ордынцев отбросили повсюду. Великое противостояние кончилось в начале ноября, когда хан Большой Орды развернул войска и ушел в степь. Казимир войска не привел, желая ослабления хана и великого князя. Сорокадневное стояние на реке Угре закончилась победой Москвы. Ахмата зарезали той же зимой 1480 года, а через 22 года в битве у Перекопа Крымское ханство разгромило Большую Орду, которая вскоре исчезла с политической карты мира. Иван III больше не ждал ханских ярлыков. 12 ноября 1480 года стало первым днем рождения независимой Московской Руси. Этой же зимой Иван III прошел с войсками к Пскову и разбил войско крестоносцев. Разгром Ахмата и Ливонского ордена произвели большое впечатление в Европе и в будущей России. В 1483 году великий рязанский князь признал себя младшим братом Ивана III. Через два года было ликвидировано Тверское княжество. Великое Московское княжество стало общерусским. Итальянский посол докладывал миланскому герцогу: «Границы России на востоке распространяются до Татарии и Кавказа, с юга и запада она граничит с Литвой, которая находится между Россией, Богемией и Польшей. На север от России простирается большая пустынная равнина и океан».
В Москве была создана высокопрофессиональная дипломатическая служба, в столицу зачастили дипломатические миссии. Русские посольства встречали Рим, Венеция, германские княжества, Венгрия, Дания, Турция, Персия. Германский посол предложил Ивану Васильевичу королевский титул от императора Священной Римской империи и получил резкий ответ: «Мы, Божией милостью, государь на своей земле изначала, и поставление имеем от Бога, а поставления ни от кого не хотели и теперь не хотим».
Иван III соединил двуглавого орла из византийского герба с Георгием Победоносцем из московского герба. Из добытого на своем севере серебра началась чеканка монет.
В новой пасхалии 1492 года митрополит Зосима впервые назвал Ивана III «государем и самодержцем всея Руси, новым царем Константином новому граду Константина — Москве». Титул, происходивший от римского «цезарь», являлся высшим, после императорского монархического, титулом. Слова «царь, государь и самодержец» означали независимого, самостоятельного правителя, никому не платящего дани и никому не дающего ни в чем отчета.
Новая политическая теория о русском царстве, занявшем место Византийской империи, была сформулирована в посланиях старца Филофея: «Церкви старого пали неверием апполинариевой ереси. Церкви второго Рима — Константинополя агаряне секирами рассекли за то, что греки предали православную греческую веру в латинство. Московский государь — единственный царь христиан, в единое царство которого сошлись все пришедшие в конец царства. Два Рима пали, а третий стоит, а четвертому не быть».
В 1498 году произошло первое венчание наследника московского престола шапкой Мономаха, ставшей символом русского самодержавия. Позднее выработался весь ритуал возведения на царство — возложение венца-короны, барм, скипетр, державы, облачение в порфиру, произнесение символа исповедания веры и миропомазание. Гдинодержавие стало самодержавием. Созданное в этот период «Сказание о князьях владимирских» говорило о венчании русских князей короной как продолжателей цезарского рода.
Усилению экономической мощи Московского государства способствовало развитие внешней торговли, поощряемой Иваном III. В 1466 — 1472 годах за три моря ходил тверской купец Афанасий Никитин. С конца XV века установились постоянные контакты Москвы с Кавказом, Средней Азией, Крымом.
К концу XV века в Московском государстве действовала ямская ганьба, строились дороги, создавались постоянные пути сообщения. На важнейших дорогах на расстоянии тридцати километров были созданы почтовые станции — ямы, на которых местное население поставляло подводы, лошадей, корм. Если ям стоял на реке, то перевозки осуществлялись на судах специальными людьми — ямщиками. Ям состоял из двора с несколькими избами, конюшнями, сенниками, пашней, сенокосами. Ямы действовали на дорогах из Москвы в Новгород, Псков, Муром, Серпухов, Можайск, Калугу, Брянск, Воротынск. Хорошие и благоустроенные дороги содействовали подъему внешней торговли, наполнению казны и процветанию государства. Основными экспортными товарами являлись пушнина и воск. Белку экспортировали сотнями тысяч, шкурки горностая, соболя, куницы тысячами. Большую прибыль приносил воск, стоивший в двадцать раз дороже соли. По преданию, после сожжения пограничного Ивангорода по реке из растаявшего воска можно было плыть на лодке.
В начале XVI века стали экспортировать кожу, сало, ворвань, лен, пеньку, поташ. Бояре ввозили ткани, соль, благородные и цветные металлы, сельдь, вино, орехи, сыр, пряности, лекарства. Всесторонние экономические связи Русского государства с европейскими странами постоянно росли, хотя часто сопровождались торговыми войнами.