Киприан был вызван из Тобольска на Крутицу в Москве, чтобы занять место известного митрополита Ионы, который более шести лет правил патриаршеством, а теперь волею или неволею удалился на покой в Спасо-Прилуцкий монастырь. По-видимому, митрополит этот обладал довольно просвещенным умом, отстаивая мысль, что не должно перекрещивать латинян при обращении их к православию, хотя потом и покорился соборному определению о перекрещивании их. Но он имел недоброе сердце, что и засвидетельствовал, когда обвинил и подверг тяжкому наказанию совершенно невинных справщиков книг и затем еще глумился всенародно над одним из них, архимандритом Дионисием. Так же несправедливо и жестоко поступил Иона во время своего управления патриаршеством и с Вологодским архиепископом Нектарием, которого, как мы видели в своем месте, без всякого расследования и суда лишил (около 1616 г.) кафедры и сана и сослал в качестве простого старца в Кириллов монастырь. Узнав об этом в 1621 г., может быть, по жалобе самого же Нектария, патриарх Филарет вызвал его в Москву, и здесь на Соборе расспрашивали его и делали подробные разыскания, за что он так пострадал. И пришли к заключению, и объявили самому Нектарию, что он «отлучен от святительства неповинно, не по делу, без сыску». Хотели уже подписывать приговор, как патриарх обратил внимание на одно из показаний Нектария, что он, находясь в Кириллове монастыре, при прежнем игумене (Флавиане) причащался в епитрахили, а при теперешнем (Савватии) без епитрахили, потому что игумен не позволил ему причащаться в епитрахили. Филарету это показалось сомнительным; он подумал, не своею ли волею Нектарий причащался без епитрахили, и потребовал письменных объяснений от игумена Кириллова монастыря Савватия и соборного старца Евстафия, у которого Нектарий, вероятно, находился под началом, а двух бывших духовников его вызвал даже в Москву. И только тогда, когда игумен отвечал, что действительно он не дозволял Нектарию, несмотря на все его просьбы, причащаться в епитрахили, потому что Нектарий прислан был в монастырь в качестве простого старца, а не архиепископа, и, когда потвердили то же самое и соборный старец, и духовник Нектария, патриарх решился наконец, уступая притом новым просьбам Нектария, разрешить его и благословил «святительская вся действовати» и совершать Божественную литургию (в мае 1621 г.). Случай, показывающий, с какою строгостию относился Филарет к самым, по-видимому, незначительным отступлениям в церковной обрядности. Разрешенному Нектарию приказано было жить на Богоявленском подворье впредь до назначения ему кафедры, и он оставался в Москве до смерти Вологодского архиепископа Корнилия (17 марта 1625 г.), когда вновь занял свою прежнюю кафедру, на которой и скончался (3 июня 1626 г.). Митрополит Иона, осудивший некогда Нектария, был свидетелем его оправдания на Соборе и просил прощения у патриарха и у самого Нектария. Вот за такие-то и, может быть, другие подобные поступки митрополит Иона и должен был наконец расплатиться потерею своей кафедры.
С самого вступления своего на патриарший престол Филарет Никитич обратил свое внимание на печатание богослужебных книг, которое во дни междупатриаршества совершалось очень медленно и, «зельною ревностию одержим быв к Божественным книгам, повелел печатанию строитися беспрестанно и предавать книги по всей Русской земле св. Божиим церквам». В 1620 г. типография перенесена была из Кремля, где помещена была временно после разорения ее поляками, на прежнее свое место, на старый Печатный двор на Никольском крестце, и имела уже семь книгопечатных станов. Справщиками при ней являются люди более или менее образованные книжным учением и знакомые с грамматикою и риторикою, каковы были старец Арсений Глухой, старец Антоний Крылов, священник-ключарь Иван Васильев Наседка, или Наседкин, богоявленский игумен Илия и светское лицо Григорий Онисимов. Первый и два последние несомненно знали и греческий язык. При типографии находилось особое помещение – «правильня», где занимались справщики с состоявшими при них чтецами и писцами и вели исправление текста и корректуру печатавшихся книг. В пособие этим справщикам царь и патриарх «повелеста от градов книги харатейныя добрых переводов древних собрата и от тех древних Божественных писаний стихословия исправляти, яже неисправлением от преписующих и многолетних обычаев погрешена быша», и таким образом положили начало знаменитой впоследствии Типографской библиотеке. При Филарете Никитиче вышло из Московской типографии больше книг, нежели сколько было напечатано их во все предшествовавшее время от ее начала. Изданы были все двенадцать Миней месячных, печатание их продолжалось одиннадцать лет: книги за сентябрь и октябрь вышли в 1619 г., а книга за август в 1630 г.. Служебник издавался шесть раз (1620, 1623, 1627, 1630, 1632, 1633). Часослов – пять раз (1628, 1631 – дважды, 1632, 1633). По четыре раза изданы были Апостол (1621, 1623, 1631, 1633), Требник (1623, 1625, 1633 – дважды) и Минея общая (1623, 1626, 1629, 1632). По три раза – Евангелие (1627, 1628, 1633), Псалтирь (1620, 1624, 1632), Псалтарь следованная (1626, 1628, 1632), Устав церковный (1631, 1633 – дважды), Триодь постная (1621, 1628, 1630). По два раза – Триодь цветная (1621, 1630), Шестоднев (1625, 1626), Евангелие учительное (1629, 1633). По одному разу – Октоих (1631) и Каноник (1631). Все эти книги печатались по благословению святейшего патриарха Филарета. В послесловиях многих из них сказано, что они и свидетельствованы были самим же Филаретом. В тех же послесловиях нередко упоминается, что книги были исправлены и напечатаны по древним харатейным славянским спискам, но нигде не замечено, чтобы хоть одна книга сличалась и с греческим текстом, и с греческими списками. Значит, и при Филарете Никитиче исправление книг совершалось так же, как прежде. Лучше и образованнее были теперь справщики, но и они, ограничиваясь только славянскими списками, хотя и древними, не могли избежать многих погрешностей, в чем сознавались и сами в послесловиях к книгам, и просили себе снисхождения у православных. Дав приказание исправлять книги по харатейным спискам и печатать, царь и патриарх имели в виду «в единогласие привести вся потребы и чины церковнаго священноначалия» – эта цель действительно достигалась, но не вполне, так как в разных изданиях одной и той же книги допускались некоторые разности. Например, в Служебнике 1633 г. по вынутии Агнца из просфоры положено каждение в монастырях, а по вынутии частиц из прочих просфор положены молитвы, произносимые священником и диаконом, – в прежних филаретовских Служебниках ничего этого нет. В Требниках 1625 и 1633 гг. есть чин на чадотворение и братотворение, молитвы над вином и медом, молитвы над солию – в Требнике 1623 г. этого чина и молитв нет. Впрочем, такие разности совсем уже ничтожны сравнительно с теми разностями, какие представляли между собою рукописные богослужебные книги, прежде употреблявшиеся в церквах. А с другой стороны, весьма важно и то, что печатанием книг предотвращалась возможность дальнейшего умножения этих разностей на будущее время.
Печатая в таком огромном количестве богослужебные книги, царь и патриарх рассылали их по городам для раздачи в церкви, монастыри и торговым людям в лавки и приказывали брать за книги «деньги по той цене, во что те книги стали в печати, без прибыли, чтоб теми книгами св. Божия церкви просвещались и имя бы Божие славилось, а за них бы, государей. Бога молили». В некоторые же церкви и монастыри, например Сибирского края, книги рассылались даже бесплатно. Вместе с тем патриарх Филарет отнюдь не запрещал употреблять и книг, которые были напечатаны в Москве при прежних патриархах и во дни междупатриаршества, только не считал этих книг свободными от недостатков и погрешностей, которые и старался исправлять или устранять в своих изданиях. Так, в Служебниках 1602 и 1616 гг., в чине крещения было напечатано, что «если младенец болен, то в купели должна быть вода теплая и (священник) погрузит его в воде по выю и возливает ему на главу воду от купели десною рукою трижды, глаголя: „Крещается раб Божий...“ Такого правила Филарет, по своему строгому взгляду на обливательное крещение, разумеется, не мог допустить и не допустил ни в одном из напечатанных при нем Служебников. Еще гораздо строже поступил он с церковным Уставом, напечатанным в 1610 г. и употреблявшимся уже более двадцати лет, в том числе более десяти при нем самом, патриархе Филарете. В июле 1633 г. он издал окружную грамоту, которою приказывал отобрать экземпляры этого Устава из всех церквей и монастырей России и прислать в Москву для сожжения по той причине, как объяснялось в грамоте, что „те Уставы печатал вор, бражник, Троицкаго Сергиева монастыря крылошанин чернец Логин без благословения святейшаго Ермогена, патриарха Московскаго и всея Русии, и всего священнаго Собора, и многия в тех Уставех статьи напечатаны не по апостольскому и не по отеческому преданию, своим самовольством“. Устав действительно был отобран и сожжен. Но некоторые экземпляры его уцелели доселе. И что же оказывается? В предисловии к книге прямо сказано, что она благословлена и свидетельствована патриархом Гермогеном. Остается предположить одно из двух: или Филарет Никитич не знал об этом, или признал это ложью, считая невероятным, чтобы Гермоген мог пропустить и одобрить такую книгу.