Наконец 5 апреля 1625 г., следовательно, спустя более пяти лет со времени отъезда Иерусалимского патриарха из Москвы прибыли от него к нашему государю и патриарху послы: архимандрит Кирилл, келарь Акакий да старец Герман – и привезли от патриархов Александрийского Герасима и Иерусалимского Феофана грамоты и греческие списки молитвы на Богоявление. Александрийский патриарх адресовал свою грамоту (писанную еще в 1623 г.) на имя самого государя Михаила Федоровича и, выражая ему свои приветствия и благожелания, свидетельствовал, что Кормчие Восточной Церкви неуклонно сохраняют все апостольские предания, писаные и неписаные, без всяких прибавлений и убавлений и что он при всех изысканиях в греческих книгах нигде не нашел прилога «и огнем» в молитве великого освящения воды. Затем удивлялся, откуда появился этот прилог в Русской Церкви, разве только «от некиих мненомудрых», и выводил заключение: «Тем же убо сему прилогу всячески не подобает в вас пребывати, но паче отвержену быти далече». Наконец, умолял государя не допускать у себя любопрения о таких вещах и неподвижно хранить предания святых отцов, писанные и неписанные. Грамота Иерусалимского патриарха была несравненно обширнее и обращена ко всем православным христианам и епископам Великия и Малыя России. Сказав, что он сам, когда находился в Москве, нашел многих любопрящихся о прилоге «и огнем» в молитве на освящение воды и, выразив недоумение, «како, от древняго ли обычая или от неуков, и неписменных мужей, и неискусных, множицею книги любодействующих, удержася и случися сей прилог», Феофан старался доказать православным «нелепость» этого прилога. Вы ссылаетесь, говорил первосвятитель, на слова Иоанна Крестителя о Христе: Той вы крестит Духом Святым и огнем (Мф. 3. 11). Но Креститель разумел два различных крещения: крещение Духом Святым здесь и крещение огнем, геенское, в жизни будущей, как видно из всего хода речи. Когда Иоанн, как повествует евангелист, увидел многих фарисеев и саддукеев, идущих к нему креститься, то сказал им: Порождения ехидны! Кто внушил вам бежать от будущего гнева? Сотворите же достойный плод покаяния. Уже и секира при корне дерев лежит; всякое дерево, не приносящее доброго плода, срубают и бросают в огонь. Я крещу вас водою в покаяние, но идущий за мною... Он будет крестить вас Духом Святым и огнем. Лопата Его в руке Его, и Он очистит гумно Свое, и соберет пшеницу Свою в житницу, а солому сожжет огнем неугасимым (Мф. 3. 7–12). То есть Иоанн сказал фарисеям и саддукеям: «Если вы идете ко мне действительно с покаянием и принесете достойные плоды покаяния, то Христос крестит вас Духом Святым, а если идете ко мне без покаяния и не принесете плодов покаяния, то не убежите от будущего гнева: Христос крестит вас огнем, как бросают в огонь всякое дерево, не приносящее плода, и, как солому, сожжет огнем неугасимым». В подтверждение своего толкования Феофан привел следующий тропарь из службы на Богоявление: «Огнем крещает конечным Христос неверующих и небогомудрствующих Его, Духом же обновляет и водою благодати познавающих Того Божество». Далее Феофан указывал на слова Спасителя к апостолам: Иоанн крестил есть водою, вы же имате креститися Духом Святым (Деян. 1. 5) без прибавления «и огнем», на разные тексты Священного Писания о всеосвящающей силе Духа Святого, на церковные молитвы, в которых выражается та же самая мысль, и объяснял, что если веровать, будто вода на Богоявление освящается не одним Духом Святым, но и огнем, то этим огонь представляется таким же Божеским Лицом, каков и Дух Святой, и в Боге вместо Троицы вводится четверица. Удостоверял также, подобно Александрийскому патриарху, что не нашел нигде в греческих книгах прилога «и огнем», и убеждал: «Тем же, о христолюбивый, не подобает глаголати: „Духом Твоим Святым и огнем“, но довлеет едино глаголати: „Духом Твоим Святым“. Эти патриаршие грамоты, принесенные в Москву вместе с списками из греческих книг молитвы богоявленской на освящение воды за подписями патриархов, рассеяли наконец сомнения патриарха Филарета, и он 9 декабря 1625 г. издал окружной указ, которым предписывал духовным властям отобрать из всех подведомых церквей печатные Требники, замарать в них прибавку „и огнем“, равно как и сделанную касательно ее на поле заметку, с тем чтобы впредь эта прибавка никогда уже не читалась в молитве на Богоявление.
Третий вопрос, давно уже ожидавший патриаршего решения, касался православных, отшедших по Столбовскому договору (27 февраля 1617 г.) под владычество шведов. Еще при заключении этого договора шведы настаивали, чтобы в уступленных Швеции городах Кореле, Орешке, Иван-городе, Копорье и Яме и в их уездах оставалось русское духовенство. В следующем году, когда шведские послы приходили в Москву для утверждения Столбовского договора, они просили, чтобы из названных городов и уездов дозволено было игуменам, попам и дьяконам приезжать для поставленья и благословенья к Новгородскому митрополиту и чтобы митрополит принимал их, и благословлял, и разрешал в духовных делах по-прежнему. Но в Москве митрополиты, архиепископы и епископы, а с ними и бояре сказали, что совершенного ответа на это учинить не могут, потому что «в то время в Российском государстве крайнего и высочайшего святителя, святейшего патриарха, не было», и дело было отложено до избрания патриарха. Когда же патриарший престол в Москве занят был наконец Филаретом Никитичем, тогда сам митрополит Новгородский Макарий, переведенный в Новгород из Вологды 22 июля 1619 г., переезжая чрез Москву, спрашивал царя и патриарха: как относиться ему к духовенству тех городов и уездов, которые уступлены Швеции, давать ли этому духовенству антиминсы и благословение? Вместо ответа царь и патриарх в августе прислали Макарию «образцовый список грамоты», с которою он должен был обратиться к игуменам, попам и дьяконам означенных городов и уездов. Этою грамотою Макарий извещал их, что, прибыв недавно на новую свою кафедру, Новгородскую, он с благословения святейшего патриарха не только не хочет отвергать и отлучать их от себя, хотя они находятся теперь под иноземною властию, напротив, желает иметь их по-прежнему членами своей духовной паствы, что они могут приходить к нему по всем делам духовным и получать от него благословение, посвящения на церковные степени, антиминсы и все относящееся к благоустройству храмов и что с повеления великого государя царя Михаила Федоровича приезд им в его царскую отчину по духовным делам будет вольный, и обид, и задержанья, и укоризненных слов ни от кого и ни в чем им не будет и сомневаться в этом они не должны, потому что «благочестивая вера утесненья никому не творит, но паче всем всюду мир и благословенье простирает». Спустя три года Макарий снова обращался в Москву с вопросом: давать ли ему разрешение и благословение на исправление ветхих церквей и на постройку новых и выдавать ли антиминсы христианам, которые во множестве приходят к нему с просьбами о том из городов и уездов, отошедших к Швеции? Царь и патриарх отвечали (в ноябре 1622 г.) своими грамотами Новгородскому митрополиту и воеводе, чтобы митрополит относился к этим христианам, как ему уже было разрешено прежде, благословлял им постройку и обновление церквей, выдавал антиминсы, ставил попов и пр., но под условием, если христиане те будут приходить к нему и просить его по своим делам духовным с ведома и дозволения местных шведских градоначальников и державцев, а не тайно, и чтобы в таких случаях сносился с этими светскими начальниками не сам митрополит, лицо духовное, а новгородский воевода с ведома и совета митрополичьего. Скоро, однако ж, шведы начали лютеранскую пропаганду между православными, находившимися под их властию, и еще в 1624 г. новгородскому воеводе велено было отвечать шведским державцам, требовавшим выдачи перебежчиков, чтобы они, шведы, «нашим людям в вере тесноты не чинили и не гонили, а учнут в вере теснить и гоненье чинить, и им поневоле будет бегать». В следующем году король Густав Адольф завел даже в Стокгольме с целью той же пропаганды славянскую типографию, в которой напечатан был Лютеров Катехизис на русском языке и на финском славянскими буквами. И эта пропаганда была, вероятно, не без успеха, потому что, когда в 1629 г. новгородские воеводы спросили государя, пускать ли им в кремль и Софийский собор для поклонения угодникам Божиим русских людей, которые приходят из уступленных Швеции городов и уездов и сами просят о том, от государя последовал приказ, чтобы воеводы предварительно разведывали, не пошатнулись ли эти русские люди в православии и не пристали ли к Лютеровой вере; тех, которые окажутся еще твердыми в православии, пускать в церкви, находящиеся в посаде, но не в кремль и не в Софийский собор, а тех, которые уже пошатнулись в православии и пристали к Лютеровой вере, не пускать и в посадские церкви, чтобы «нашей православной вере поруганья не было».