Вместе с этими ответами Флетчеру дали роспись, что взять на английских купцов по кабалам Мерша; всего приходилось более 23000 рублей, но потом объявлено было послу, что государь, любя сестру свою Елисавету королевну, приказал взыскать только половину этих денег. Между тем Антон Мерш объявил министрам Елисаветиным, что все деньги, которые он занял на имя компании, заняты были по наущению дьяка Андрея Щелкалова, который велел ему и печать сделать такую же, какая была у него, когда он еще служил у гостей, дал слово во всем этом его очистить и помочь собрать все долги, что он, Мерш, не смел ослушаться Щелкалова, который был канцлер и один из самых больших людей у государя, притом же у него, Мерша, не было никакого другого приятеля. Елисавета переслала эти показания в Москву, давая им полную веру, прислала назад и самого Мерша. Но Флетчеру, который представил об этом деле государю, дан был ответ, что Мерш, вор ведомый, сказал ложные слова на государского дьяка Андрея Щелкалова и то диво великое, что люди честные, королевнины думные люди, не умели такого ведомого вора обличить в своей земле, обыскать об его воровстве его же товарищами.
Елисавета продолжала льстить Годунову в своих грамотах; Годунов повторял ей в своих, что государь оказал разные милости английским купцам, "любя тебя, сестру свою любительную, а за моим челобитьем и печалованием". Королева присылала ему подарки; однажды он их не взял и извинился в этом таким образом: "Ты, государыня, прислала ко мне свое жалованье, поминки, и я твоего жалованья не взял, потому что посол твой привез от тебя к государю нашему в поминках золотые - в половицу золотой, и в четверть золотой, и в деньгу золотой. Такие поминки между вами, великими государями, прежде не бывали. Государь наш этих поминков брать нс велел, и я поэтому твоего жалованья взять не посмел, а за твое жалованье тебе, великой государыне, челом бью. Я вперед хочу видеть и государя своего умолять и на то наводить, чтоб между вами любовь братская утвердилась навеки и больше прежнего; твое жалованье вперед хочу на себе держать и твоих гостей хочу держать под своею рукою во всяком береженье". Знаменитый министр Елисаветин, Сесиль (который в русских грамотах величается: Вилим Сисель, честнейшего чину рычард подвязочной, то-есть кавалер ордена Подвязки), писал Годунову: "Вздумали было наши гости не торговать больше в вашем государстве для многих обид; но теперь они хотят торговать многими всякими товарами, если ты, Борис Федорович, станешь их беречь, вперед они другого помощника себе не ищут". Сесиль просил уничтожения остающихся кабал, данных Мершем, и беспошлинной торговли. Борис отвечал: "На английских гостях и то взяли только половину долгов, не велю брать и другой половины, убытков им никаких не будет и во всем их стану беречь, по всем приказам от всяких убытков, и торговля им будет повольная по-прежнему, государь не велел брать с дворов их никаких пошлин". Но Сесиль продолжал жаловаться на обиды: "Как приедут английские гости в вашу землю, то им не велят торговать никакими товарами, а велят им покупать государев товар по указной цене, а не по той, чего стоит; и если наши гости не захотят покупать этого товару по такой высокой цене, то их задерживают долгое время в устье Двинском, и они живут в большом страхе, как им идти назад в морозы и бури. Тебе известно, что насилье не годится над торговыми людьми: если будут вперед делать им насилие, навязывать им товары, которые им ненадобны, а надобным товарам цену указывать высокую, то это будет не вольная торговля, а насилие". Борис в ответе своем говорил, что жалобы на насилия несправедливы, и по-прежнему обещал, что торг будет повольный еще больше прежнего.
С Даниею были в царствование Феодора неважные сношения по поводу определения границ с Норвегиею. Гораздо больше внимания московское правительство должно было обращать на юг, где из Крыма ежечасно ожидали нападения и где Турция не переставала грозить отнятием завоеваний Грозного. С 1584 до 1588 года крымцы несколько раз нападали на Украйну; но счастьем для Москвы было то, что в это время, когда ждали войны с Баторием, в Крыму происходили усобицы: хан Магмет-Гирей был убит братом Ислам-Гиреем; сыновья Магмет-Гирея, Сайдет и Мурат, прогнали было дядю, причем опустошили весь Крым, ханскую казну всю разграбили, жен и детей русских и литовских в плен побрали; но были прогнаны опять дядею Исламом и отдались в покровительство московского царя: Сайдету позволено было кочевать с ногаями близ Астрахани, а Мурат стал жить в самой Астрахани. Ислам, боясь племянников, которых любили в Крыму, должен был опираться на турок, позволять им всякого рода насилия, что еще больше ожесточило против него крымцев: "Мы всем Крымским юртом желаем, говорили они, - чтоб был царем Сайдет-Гирей, царевич, а Ислам-Гирея все люди не любят. Турецкими людьми Крымский юрт опустошил, от янычар насильство и убийство великое". До чего дошел Крым во время этих усобиц, видно из слов калги Исламова, Алп-царевича, московскому гонцу: "Государь ваш прислал мне поминки легкие; но мы не думали, чтоб государь ваш в такое время захотел и сноситься с нами". Ислам писал Феодору: "Если захочешь с нами в самом деле быть в дружбе, то ты бы наших недругов, Сайдета и Мурата, у себя не держал, хотя они тебе и в руки попались; ты бы сослал их туда, где бы их не слыхать, не видать; а денег и казны не годится им давать. Если ты с нами подружишься, то мы непременно станем над неверною Литвою промышлять". Московский посол должен был поручиться хану, что Сайдет и Мурат не пойдут на Крым, если только сам хан не пойдет на московские украйны, царевичей не отпустит, султану поход на Астрахань отговорит, а в Москву весть пришлет о замыслах турецких людей.
Большую услугу также оказывали Москве запорожские козаки, которые не давали покоя туркам и татарам, раздражали султана и хана против Литвы, отвлекали внимание их от Москвы. Козаки то приходили войною на крымские улусы, то присылали к хану с предложением своей службы и потом опять нападали на Крым. Так, в 1585 году козаки с атаманом своим Яном Ярышевским два раза приходили на крымские улусы, отогнали лошадей и всякого скота больше 40 000 и людей многих в плен взяли. А потом от этого же Ярышевского и от всех атаманов приехали к хану четыре козака и говорили ему: "Прислали нас атаманы днепровские, чтоб ты, государь, их пожаловал, с ними помирился и давал им свое жалованье; атаманы же и все черкасы тебе хотят служить: куда их пошлешь на своего недруга, кроме литовского короля, и они готовы". Хан отвечал: "Я атаманов и всех черкас рад жаловать, и как они будут мне надобны, то я им тогда свое жалованье пришлю, и они бы были готовы". Но вместо службы хану козаки взяли Очаков, а в 1588 году, в числе 1500, пришли морем в судах на крымские улусы в Туптарахань, между Козлевом и Перекопью, взяли 17 сел. Султан присылал к Ислам-Гирею с угрозою, что если все так будет, то он выгонит его из Крыма. Ислам умер в 1588 году; преемник его, Казы-Гирей, в исполнение воли султана должен был мстить Литве за козацкие опустошения и потому дружелюбно сносился с Москвою; царь отвечал ему таким же образом: "Прежде, как был на крымском юрте Ислам-Гирей, то мы послали рать свою большую на Дон и Волгу со многими воеводами, а идти было им с Мурат-Гиреем царевичем на Ислам-Гирея царя за его не правды. Да и на Днепр за пороги к князю Кирику и к князю Михайлу Ружинским, к атаманам и черкасам послали мы голов Лихарева и Хрущева, велели им идти со всеми черкасами на Крым. Но когда услыхали мы, что ты воцарился, то поход отложили и послали к тебе языка - татарина, которого прислали к нам с Днепра головы Лихарев и Хрущев и князья Ружинские". В Москве считали нужным оказывать хану услуги, по крайней мере на бумаге, услуги в татарском вкусе: Казы-Гирей писал к царю, чтоб тот велел извести одного татарина, Аталык Муслы, попавшегося в плен к русским, потому что он негодный человек; царь отвечал, что просьба ханская исполнена, Аталык изведен.
Впрочем, из тона царских грамот и из небольшого количества поминков видно было, что в Москве не очень боялись хана: царь писал хану только поклон, а не челобитье, а хан в грамотах к Годунову обращался таким образом: "Брата нашего, многого крестьянства государя, большому визирю и доброму карачею и в боярах начальнейшему и в крестьянском законе в своей стране между своих сверстников честнейшему, другу нашему Борису множеством мног поклон". Не посылая в Крым богатых подарков, правитель не хотел кормить и дарить многочисленную толпу татар, которые обыкновенно приходили с гонцами, чтоб попользоваться государевым жалованьем; гонцу Мишурину, отправлявшемуся в Крым, было наказано: царю, царевичам и царевым ближним людям говорить накрепко, чтоб посылали к государю гонцов своих немногих, больше 30 человек не посылали бы, а что посылают многих гонцов, от того государеву и цареву делу поруха. Вот теперь прислал Казы-Гирей царь гонца своего, а с ним пришло 80 человек, чего никогда не бывало. Вперед бы царь велел посылать гонцов немногих, а станут гонцы ходить многие, то им государева жалованья и корму не будет.