Сношения возобновились по делу англичанина Антона Мерша, который набрал в долг денег у Годунова, бояр, служилых людей, у купцов, монахов и объявил, что эти деньги на общий расход, в общие товары; но товарищи его отказались платить долги, объявили, что Мерш брал деньги без их ведома, на себя. Годунов в 1588 году велел известному уже нам Бекману отвезти этого Мерша в Англию. Королева не скоро приняла Бекмана: "Я долго не пускала тебя до своих очей, - сказала она ему, - потому что была нездорова, очень грустила о смерти своего дворецкого (графа Лейстера); да великая досада была у меня на тебя за то, что ты в речах своему государю применил наш потешный сад к капустному огороду, где сеют лук да чеснок; за такое дело ты достоин был пени, но мы тебе не мстили". Бекман отвечал: "Бью челом вашему величеству, вели безопально выговорить". Елисавета позволила, и Бекман стал говорить: "Я этого не думал, не только что не говорил, в чем бог свидетель; если в царской грамоте об этом написано, или кто сможет на имя довести, то я у вашего величества милости не прошу, хочу за мою вину терпеть наказанье; нанес на меня это лихой человек, который хотел моей доброй славе поруху учинить, и я надеюсь, что тот камень упадет на его голову". Елисавета отвечала, что она об этом деле забудет. Мерш, позванный к допросу, объявил, что он заплатил деньги, взятые им из царской казны; в частных долгах - в одних винился, в других запирался и сказал, что его собственных денег задержано в Москве 15000 рублей. Когда лорд казначей сказал об этом показании Бекману, тот отвечал, что надобно верить царской грамоте, а не бездельным речам Мерша. "Это правда, - возразил казначей, - но зачем было Мершу давать такие деньги? Он был гость небольшой, скорей был простой слуга у гостей, а большие гости кабал не подписывали". Бекман отвечал: "Мерш был на гостином дворе, покупал, продавал, деньги занимал и сам в долг давал, не как слуга, а как большой гость, на котором все положено; сверх того, он умеет по-русски читать и писать, и ваши большие гости не объявили, что ему не верить".
Еще до возвращения Бекмана, осенью 1588 года, приехал в Москву посол от Елисаветы - Флетчер. Он объявил царю, что с королевною Елисаветою многие государи в братстве, дружбе и любви, но ни с кем не имеет она такой дружбы и любви, как с ним, царем. "Если некоторые англичане, - продолжал Флетчер, поступили здесь нехорошо, то его величество за немногих виновных на других невинных нелюбья не держал бы, не велел оглашать и поругать всей земли за одного человека, потому, что нет такой земли и торговли, где бы не было лихих людей; хотя бы подданные королевины и лихие люди были, то все в них столько худого не было бы, если б государевы люди с ними в безделье не мешались. Королева надеется, что государь последует примеру отца своего, будет продолжать сердечное приятельство к ней; да чем ему следовать примеру отцовскому, лучше смотреть на свой собственный образец, потому что он сам подданных королевиных жаловал своею государскою ласкою". Флетчер подал длинный список статей, в которых заключались просьбы Елисаветы к царю: Елисавета просила, чтоб государь подтвердил ее купцам последнюю жалованную грамоту с прибавлением некоторых новых статей из прежней грамоты Грозного; купцы английские прекратили бы торговлю с Россиею, если бы не надеялись вперед на государево жалованье, что государь не отнимет у них грамоты из такого небольшого дела, как Мершево. На это Флетчеру отвечали: "Английским гостям государево жалованье стало ни во что; а тем нечем грозить, что они не поедут торговать в наше государство: много гостей, и кроме англичан, приезжают к нам торговать". Королева просила, чтоб приказные люди не отнимали силою товаров у английских купцов, как недавно случилось. Ответ: насилия никакого никаким гостям казначеи и дьяки не делают, английских же гостей больше других берегут; а если кто взял товар у английского гостя и денег не заплатил или кто-нибудь его обидел, то ты скажи, кто это сделал именно, и государь велит расправу учинить. Королева просила, чтоб английские купцы не платили долгов за Мерша, потому что он набрал денег взаймы, когда не был с ними в товарищах, а торговал сам по себе, и дана была ему от царских приказных людей особенная грамота на торговлю за морем во всех местах; об этой грамоте купцы английские и прикащики их не знали; притом эти купцы и прикащики их сказывали русским людям, которые теперь ищут на Мерше своих денег, чтоб они ему не верили и с ним не торговали, а русские люди отвечали, что они с ним не торгуют; королеве известно также, что Мершевы деньги остались на сохраненье в государевой земле и они не отданы его заимодавцам. Чтоб вперед в таких делах царю докуки не было, королева бьет челом, чтоб приказные люди считали членами компании только тех англичан, которых имена принесет к ним прикащик. На это отвечали: сыскано подлинно, что, в то время как Мерш занимал деньги, английские купцы жили на своем дворе все вместе и торговали заодно; на то, чтоб считать принадлежащими к компании только тех англичан, о которых прикащик даст знать, согласились. Королева просила, чтоб позволено было английским купцам покупать все товары без вывета; на это отвечали, что позволение уже дано, исключая воск, который позволено променивать только на селитру, порох и серу. Елисавета просила, чтоб не пытать англичан, которые будут обвинены в каком-нибудь преступлении; на это отвечали, что англичан никогда не брали и за недельщика не давали, о пытке же никогда и помину не было и вперед не будет. Елисавета просила, чтоб суд над англичанами поручен был самому Годунову; на это отвечали: дело несходное судить купеческие дела Борису Федоровичу; Борису Федоровичу приказаны дела государственные, которыми государство держится; английских купцов будут судить приказные люди, а вершить дела будут, докладывая Борису Федоровичу. Елисавета просила, чтоб царь позволил английским гостям проезжать чрез свою землю в Бухарию, Шемаху, Казбин, Персию, а другим гостям туда ездить запретил бы, кроме своих посланников; на это отвечали, что государь велит пропускать английских купцов в эти страны беспошлинно, но и государевы люди в те земли будут также ходить: как тому можно статься, чтоб государевым людям туда не ходить? И то велико государево жалованье к английским гостям, что им позволено ходить в такие дальние государства, а другим иноземцам за версту дальше Москвы ходить не велено. Елисавета просила, чтоб позволено было англичанам на Вычегде двор поставить, руды железной искать и железо выделывать, и лесу дать им верст на семь или на восемь около тех мест, где станут дворы и мельницы железные ставить, за что англичане будут платить тамги по московке за каждый фунт. Отвечали, что царь этим англичан пожалует. Королева просила, чтоб английским купцам позволено было держать у себя и нанимать барышников и скупщиков, которым они будут платить наем по договору. Ответ: тому быть непригоже; в этих барышниках и наймитах большая смута и воровство бывает. Прежде с такими барышниками английские гости, Роман Романов с товарищами, дошли до большой вины: был у них на дворе в купчинах торговый человек, ярославец Вахруш Семенов, и когда английские гости посылали людей своих тайком чрез Литовскую землю, без проезжих грамот, то Вахруш этим промышлял, извощиков нанимал под тех воров, которые от гостей ездили с грамотами, а в грамотах Роман писал непригожие дела про наше государство. Елисавета просила, чтоб позволено было денежным мастерам во всех мостах переделывать на английских гостей ефимки в деньги беспошлинно, гости будут платить только за уголье и мастерам за работу. На это согласились, но пошлина оставлена общая. Елисавета опять просила, чтоб царь запретил торговать в своей земле англичанам, не принадлежащим к компании и другим иноземцам. Ответ: это дело нестаточное и ни в каких государствах этого не ведется; если Елисавета королевна к государю об этом приказывает, то этим нелюбье свое объявляет царскому величеству, к убытку государевой земле хочет дорогу в нее затворить. Елисавета просила, чтоб вольно было купцам английским, их прикащикам и слугам жить по своей вере; на это отвечали: государю нашему до их веры дела нет; многих вер люди живут в нашем государстве, и никого государь от веры отводить не велит, всякий живет в своей вере. Наконец Елисавета просила, что если английские гости пошлют искать Китайской земли, то вольно было бы им брать проводников, судовых людей, суда, корм на людей и всякие другие запасы. Ответ: это дело нестаточное; государю нашему чрез свое государство пускать на отыскивание других государств непригоже.
Вместе с этими ответами Флетчеру дали роспись, что взять на английских купцов по кабалам Мерша; всего приходилось более 23000 рублей, но потом объявлено было послу, что государь, любя сестру свою Елисавету королевну, приказал взыскать только половину этих денег. Между тем Антон Мерш объявил министрам Елисаветиным, что все деньги, которые он занял на имя компании, заняты были по наущению дьяка Андрея Щелкалова, который велел ему и печать сделать такую же, какая была у него, когда он еще служил у гостей, дал слово во всем этом его очистить и помочь собрать все долги, что он, Мерш, не смел ослушаться Щелкалова, который был канцлер и один из самых больших людей у государя, притом же у него, Мерша, не было никакого другого приятеля. Елисавета переслала эти показания в Москву, давая им полную веру, прислала назад и самого Мерша. Но Флетчеру, который представил об этом деле государю, дан был ответ, что Мерш, вор ведомый, сказал ложные слова на государского дьяка Андрея Щелкалова и то диво великое, что люди честные, королевнины думные люди, не умели такого ведомого вора обличить в своей земле, обыскать об его воровстве его же товарищами.