при папском дворе мало-помалу охладел интерес к маранам. Когда же император все энергичнее настаивал на разрешении инквизиции в Португалии, Павел III санкционировал, наконец, учреждение инквизиционного трибунала в португальских владениях (23 мая 1536 г.). Так как доброжелательно относившийся к евреям папа лишь с тяжелым сердцем и под давлением императора дал свою санкцию на учреждение инквизиции, то он установил некоторые ограничения. В первые три года должно было соблюдаться обычное судопроизводство в светских судах, именно публичная очная ставка отдельных свидетелей; конфискация же имущества осужденных маранов должна была последовать лишь через десять лет. Лично папа рекомендовал еще, через посредство португальского посланника, снисходительно относиться к новохристианам, назначить верховным инквизитором не мрачного епископа Ламего, но более мягкого епископа Цеуты, Диого де Силва, и, наконец, разрешить семье Дуарте де Пац беспрепятственно покинуть Португалию. Радость по поводу осуществления его заветной мечты была так велика, что он согласился на все эти условия. Но эта уступка была сделана лишь для виду: на самом же деле к португальским маранам должна была быть применена та же строгость, как и к испанским. Изданное инквизицией увещевание об обязанности каждого христианина под угрозой отлучения от церкви или еще более суровой кары доносить о всяком еретическом поступке или выражении новохристиан, ничем не отличалось от подобного же увещевания, изданного первым кровожадным великим инквизитором Испании, Торквемадой. В ноябре того же года кровавая инквизиция начала свою позорную для человечества деятельность после того, как истек тридцатидневный, так называемый, льготный срок. Старания маранов, при содействии инфанта дона Луи, добиться назначения еще годового срока для образумления не повели ни к чему. Португальская инквизиция действовала почти что более жестоко, чем испанская, потому что её введение стойло долгих и напряженных усилий, которые вызвали ожесточение и раздраженность: к этому присоединилось еще и то, что португальские мараны проявляли большую стойкость, чем испанские, и что чернь была настроена в пользу инквизиции и против новохристиан. Иоао III даже предписал им ношение особого значка для того, чтобы их можно было отличить от старохристиан.
Однако мараны не склонили безропотно свои головы, а, напротив, проявили большую энергию, добиваясь отозвания буллы. При папском дворе снова начались самые запутанные интриги; Дуарте де Пац снова проявил свое дипломатическое искусство. Мараны стали жаловаться на жестокое отношение к ним со стороны инквизиции, которую они обвиняли в несоблюдении папских инструкций. Особенно горько жаловались они на то, что им все еще воспрещено выселиться из Португалии и продавать свою недвижимость.
В петиции к папе они даже дерзнули прибегнуть почти к угрозам: «Если Ваше Святейшество отвергнет мольбы и слезы еврейского племени и, сверх нашего ожидания, откажется помочь нашему горю, как это подобает наместнику Христа, то мы выражаем пред Богом наш протест: с громкими рыданиями и стонами мы будем протестовать пред всей вселенной: мы поведаем миру, что, не находя места, где христианская община захотела бы нас принять в свою среду, находясь под постоянными посягательствами, на нашу жизнь, честь, на наших детей, кровь от крови нашей, на нашу святыню, мы попытаемся стоять вдали от иудаизма; но, если тираны не прекратят своих гонений, мы сделаем то, о чем никто из нас в противном случае не помышлял бы, т. е. мы вернемся к религии Моисея и отречемся от христианства, которое нам хотят насильственно навязать: мы торжественно заявляем, что мы жертвы насилия, и требуем вытекающих отсюда прав, которые Ваше Святейшество признало за нами; покинув отечество, мы будем искать убежища у менее жестоких народов».
Возвратившийся из Португалии нунций, Дела Ровере, который из долголетнего опыта знал положение вещей сумел убедить папу, что разрешение инквизиции было ошибкой, и, так как Павел III сделал это лишь под временным давлением, то он скоро раскаялся в том, что дал свою санкцию. Он зашел так далеко, что передал им же изданную буллу на рассмотрение комиссии с целью установить закономерность её, и в эту комиссию были снова избраны расположенные в пользу маранов кардиналы, Гинучи и Якобачио. Эти два кардинала сумели так восстановить против инквизиции честного, но ограниченного кардинала, Симонету, что последний просил папу, исправить им-же совершенную ошибку и отречься от им же составленной буллы. В Португалию был послан новый нунций, Геронимо Рищенати Каподиферо, который был как бы уполномочен расстраивать все планы инквизиции, направленные против маранов, всячески защищать последних и особенно облегчать им выселение из Португалии. В данной ему папой инструкции чувствуется неприязнь по отношению к королю, а также к партии фанатиков и инквизиторов. Папа прислал нунцию новый эдикт (от августа 1537 года), в коем он всем предоставлял право и даже вменял в долг оказывать помощь и содействие обвиненным маранам, т. е. совершать как раз то, что в Португалии считалось преступлением и ересью. Каподиферо воспользовался предоставленной ему властью в самых широких размерах: он стал спасителем всех несчастных (конечно, за деньги), оправдывал тех, кого осудил трибунал, и помогал им бежать из страны. К папскому двору стала поступать масса жалоб, в том числе и жалобы короля на скандальное покровительство нунция еретикам. Королю, в самом деле, все это не могло не казаться странным. Он добился, наконец, буллы, трибунала, великого инквизитора с коллегией и всей организацией для истребления людей во славу Бога, и все же результаты были равны почти нулю. Ибо Каподиферо парализовал всю деятельность инквизиции, а великий инквизитор, де-Силва, который был избран именно за свой мягкий характер, не очень то усердствовать в смысле сожжения людей, желая угодить папскому нунцию.
Между тем слепой случай сыграл на-руку королю и партии фанатиков. Однажды (в феврале 1539 года) к дверям собора и других церквей в Лиссабоне были приклеены записки, содержание коих сводилось к тому, что Мессия еще не пришел, что Иисус не был Мессией и что христианство — ложь. Конечно, вся Португалия была возмущена этим кощунством, и было снаряжено строжайшее следствие для отыскания виновника. Король обещал за открытие его вознаграждение в 10,000 крузад (дукатов). Но и Каподиферо обещал вознаграждение в 5,000 крузад, так как он вместе со многими другими был того мнения, что все это было совершено врагами маранов с целью еще более фанатизировать короля и поставить нунция в затруднительное положение. Чтобы снять с себя всякое подозрение, новохристиане расклеили на тех же местах записки следующего содержания: «Я, автор, не испанец и не португалец, я англичанин, и, хотя бы вы увеличили вознаграждение до 20000 дукатов, вы все же не узнаете моего имени». И все же виновник был найден в лице марана Эмануила