Этим же постановлением Московский фронт ПВО был преобразован в особую Московскую армию ПВО (командующий генерал-лейтенант артиллерии Д. А. Журавлев).
Авиация фронта была сведена в 1-ю воздушную истребительную армию ПВО (командующий генерал-майор Борман).
Дальневосточная, Забайкальская и Среднеазиатская зоны ПВО передавались в подчинение военным советам соответствующих фронтов и округов, а Ленинградская армия ПВО и Ладожский дивизионный район ПВО оставались в подчинении Военного совета Ленинградского фронта.
Однако вскоре Главное управление командующего войсками ПВО было расформировано. Контроль за действиями войск ПВО, а также укомплектование войск рядовым и начсоставом, боевой техникой и вооружением возлагался на командующего артиллерией маршала артиллерии Н. Н. Воронова, при котором были сформированы Центральный штаб ПВО, Центральный штаб ИА ПВО, управление боевой подготовки, Главная инспекция ВПВО и центральный пост ВНОС.
Это был шаг назад, так как, во-первых, нарушался принцип централизованного управления войсками и, во-вторых, Восточный фронт был практически бездействующим, особенно когда Красная Армия стала успешно продвигаться на запад. В-третьих, у командующего артиллерией Н. Н. Воронова хватало дел и по своим прямым обязанностям, к тому же он работал в составе группы представителя Ставки (или самостоятельно был представителем Ставки ВГК). Ему было невозможно и руководить еще войсками ПВО. Примером того были трагические дни 22 и 23 июня 1941 г., когда он, находясь в Генштабе, ни разу не связался с командующими западных зон ПВО, не отдал ни одной команды и не получил докладов о положении дел от своих подчиненных.
В третьем периоде войны основные усилия войск ПВО направлялись на прикрытие от ударов с воздуха крупных центров страны, коммуникаций и объектов над освобождаемой территорией. На противовоздушную оборону Киева, в частности, были поставлены 7 КПВО и 9 ИАК ПВО.
А в конце завершающего периода войны войска ПВО прикрывали и фронтовые группировки войск, и объекты фронтового тыла, коммуникации, мосты на реках Висла, Варта, Нейсе. Участвовали также в блокаде окруженных войск противника в районе Бреслау (4-й корпус ПВО и 3-й КПВО прикрывал войска 2-го Белорусского, 1-го Белорусского, 1-го Украинского фронтов).
Наращивание системы ПВО осуществлялось маневрированием сил и средств для прикрытия Киева, Минска, Таллина, Риги, Вильнюса, Кишинева, Львова, Одессы.
Для более эффективного управления войсками при выполнении поставленных задач ГКО принял постановление № 5508сс10 от 29.03.44 г. «О реформировании фронтов ПВО и их передислокации».
Согласно данному постановлению Западный фронт переформировался в Северный фронт ПВО со штабом в Москве (командующий генерал-полковник М. С. Громадин), а Восточный — в Южный фронт ПВО со штабом в Харькове (командующий генерал-лейтенант Г. С. Зашихин). Закавказская зона ПВО была преобразована в Закавказский фронт ПВО со штабом в Тбилиси (командующий генерал-лейтенант артиллерии П. Е. Гудыменко). В состав Северного фронта вошли Особая Московская армия ПВО и 10 корпусных и дивизионных районов ПВО, а также 1-я отдельная бригада ПВО и части Курского корпусного района ПВО.
В Южный фронт ПВО вошли Львовский, Киевский, Харьковский, Одесский, Донбасский и Сталинградский корпусные районы и пять дивизионных районов ПВО, а также части Курского корпусного района ПВО в пределах фронта.
Граница между Северным и Южным фронтами ПВО была установлена на линии Луцк — Нежин — Новгород — Северский — Севск — Елец — Мичуринск — Пугачев.
В результате оба управления фронтами ПВО стали более активными, а управление подчиненными войсками стало более оперативным.
В апреле 1944 года все дивизионные и корпусные районы ПВО были преобразованы в дивизии и корпуса ПВО с присвоением им определенных номеров, как и в других видах Вооруженных Сил, в то же время истребительные и зенитно-артиллерийские дивизии делились по родам войск ПВО.
Кроме того, в штаты фронтов и входившие в них штаты корпусов и дивизий ПВО вошли тыловые учреждения (склады, мастерские, госпитали, лазареты и т. д.). Словом, была создана самостоятельная система снабжения всеми видами довольствия.
Это мероприятие было полезным, так как соединения получили определенную самостоятельность и мобильность. Войска ПВО стали носить общепринятые организационные наименования (бригады, дивизии, корпуса) и имели структуры с определенным статусом и положением. Это упрощало отработку документов и их обращение.
В условиях успешного продвижения наших войск было необходимо наращивать систему ПВО, а для этого — разрабатывать общепринятые директивы и приказы, пользоваться едиными уставами Красной Армии. К примеру, отдать директиву на передислокацию, скажем, Рыбинско-Ярославскому корпусному району выглядело нелепо, так как район остается на бумаге, а маневр совершают войска, то есть полки, дивизии, корпуса, имеющие определенный штат и организационную структуру.
По мере продвижения советских войск территория Северного и Южного фронтов быстро расширялась на запад и юго-запад, поэтому часть дивизий и корпусов ПВО перебрасывалась из глубины страны и сюда, и за пределы Советского Союза.
Все это усложняло управление войсками ПВО страны и взаимодействие их с силами и средствами войсковой ПВО фронтов при проведении ими стратегических операций.
Назрела необходимость приведения структуры войск ПВО в соответствие с решаемыми задачами и условиями обстановки.
24 декабря 1944 г. Государственный Комитет Обороны издает Постановление № 7205сс11 «О реорганизации фронтов ПВО и их перегруппировке».
В соответствии с его требованиями Северный фронт ПВО был переименован в Западный фронт ПВО со штабом в Вильнюсе (командующий генерал-полковник артиллерии Д. А. Журавлев), а Южный фронт ПВО — в Юго-Западный фронт ПВО со штабом во Львове (командующий генерал-полковник М. С. Громадин).
Закавказский фронт ПВО оставался в прежнем составе. Данное крупное мероприятие стратегического характера приблизило управление к войскам. Практически эта реорганизация была завершена к январю 1945 г. К этому времени на обороне Киева стояли 7-й КПВО и 9-й ИАК, которые при такой организации успешно выполнили свои задачи, в том числе отражение массированного удара 225 бомбардировщиков 6 мая 1944 г., когда к городу прорвались только одиночные самолеты противника.
Из состава ЮЗФ ПВО в 1944—1945 гг. были выдвинуты 5-й КПВО генерал-лейтенанта М. В. Антоненко из района Саратова в Польшу, 6-й КПВО (командир генерал-лейтенант П. Л. Кривко) — в Югославию, а затем — в Румынию и Австрию, 9-й Сталинградский Краснознаменный корпус ПВО (командир генерал-майор Е. А. Райнин) из района Могилев — Подольск — в Венгрию и Австрию, 12-й корпус ПВО (командир генерал-майор Янковский) с юга Украины и Молдавии — в Румынию, 10-й корпус ПВО (командир генерал-майор Слепченко) из Донбасса — в Польшу и Германию, 9-й истребительный авиакорпус (командир генерал-майор Королев) — в Польшу и Германию, 10-й Ростовский ИАК (командир генерал-майор Л. Г. Рыбин) — в Польшу, Чехословакию и Германию.
В апреле 1945 г. было издано Постановление ГКО № 7951сс12 от 2 апреля «Об охране г. Бенеша», согласно которому выделялся батальон НКВД и один ЗЕНАП (48 орудий 85-мм, 36 орудий 37-мм калибра, 33 зенитных пулемета, 46 прожекторов и один ИАП — 32 истребителя).
Последним и самым важным мероприятием по формированию войск ПВО было Постановление № 7828сс13 от 14.03.45 г. «Об усилении ПВО Дальнего Востока и Забайкалья».
Верный своему долгу по антигитлеровской коалиции и в соответствии с решениями Тегеранской и Ялтинской конференций глав-государств «большой тройки», ГКО стал заблаговременно создавать группировку войск на Дальнем Востоке. Руководствуясь принципом, что войска ПВО первыми вступают в сражение и последними выходят из него, на Дальнем Востоке стала создаваться группировка ПВО.
Это было необходимо, потому что нельзя было допустить, чтобы воздушная разведка велась во время стратегической перегруппировки войск. И кроме того, необходимо было прикрыть сосредоточение и развертывание войск, наиболее важные объекты фронтов (КП, танковые и артиллерийские группировки, районы базирования авиации), усилить ПВО Тихоокеанского флота.
Упомянутым Постановлением ГКО были образованы Приморская, Приамурская и Забайкальская армии ПВО в составе:
— Приморская армия ПВО — 1-й корпус ПВО, 2 дивизии ПВО и 1-я истребительная авиадивизия;
— Приамурская — 2 корпуса ПВО и 2 дивизии ПВО;
— Забайкальская — 3 дивизии ПВО и 1 дивизия со штабами в Ворошилове, Хабаровске и Чите.
Командующими армиями были назначены:
— генерал-лейтенант А. В. Герасименко (ПримАПВО);