Рост средств ПВО для прикрытия глубинных объектов страны продолжался до 1945 г. Так, 16 июня 1943 г. Постановлением ГКО № 3588сс5 «Об усилении ПВО важнейших промышленных центров, мостов и электростанций» предписывалось выделить: 85-мм зенитных орудий — 390; 37-мм зенитных орудий — 530, 20-мм защитных орудий — 125; зенитных пулеметов ДШК — 1400.
В том числе для обороны городов:
— Ярославля — 36 орудий среднего калибра (СК);
— Горького — 60 орудий СК;
— Казани — 60 орудий СК и 81 зен. пулемет.
— Ульяновска — 12 зен. орудий СК и 60 зен. орудий малого калибра (МК);
— Куйбышева — 60 зен. орудий СК и 60 зен. орудий МК;
— Сызрань-Батраки — 60 орудий МК;
— Саратова — 60 орудий СК и 60 орудий МК;
— Коврова — 12 зен. орудий СК; 12 зен. орудий МК;
— Грозного — 60 зен. орудий МК;
— Баку — 60 зен. орудий МК;
— Батуми — 24 зен. орудий МК; 27 зен. пулеметов ДШК
(1 зенпульбат);
— Пензы — 27 зен. пулеметов ДШК;
— Ижевска — 100 зен. орудий СК;
— Молотова — 12 зен. орудий МК; 36 зен. орудий СК;
— Уфы — 36 зен. орудий СК; 12 зен. орудий МК; 27 зен. пулеметов ДШК;
— Котовска — 27 зен. пулеметов ДШК;
— Московскому фронту ПВО — 12 зен. орудий СК, 81 зен. пулеметов ДШК;
— 3 батальона ВНОС (по одному в Ижевск, Уфу, Молотов).
В период Великой Отечественной войны фашистская авиация специально не вела действий по разрушению каналов и гидротехнических сооружений на них, на руслах рек и морском побережье.
Тем не менее обороне этих объектов ГКО придавал большое значение. При наличии в настоящее время целого каскада плотин на Волге, Енисее, Оби, Лене и других реках России вопрос об их прикрытии и сейчас стоит особенно остро, так как вывод из строя даже одного сооружения такого типа может привести к серьезным последствиям.
Именно поэтому более 50 лет назад уже в первом месяце войны ГКО принял ряд постановлений, в том числе № 210сс от 19.07.41 г., по противовоздушной обороне плотины озера Волхов, выделив для его прикрытия 4 орудия 85-мм калибра, 8 орудий 37-мм калибра, 4 крупнокалиберных пулемета и 4 прожектора.
А в постановлении № 233сс6 от 22.07.41 г. были поставлены задачи по прикрытию Аненского шлюза, плотины Селихово, плотин-шлюзов — Трудовая Коммуна, Андреевка, Софрино.
Постановлением № 3506сс7 от 4.06.43 г. выделялись силы и средства ПВО для защиты плотин на территории Закавказья и Беломорско-Балтийского канала.
К середине 1943 г. в системе ПВО рыбинских плотин уже имелось 32 орудия калибра 85 мм и 20 орудий калибра 37 мм, 24 пулемета ДШК. А на прикрытии Угличской плотины — 20 орудий калибра 85 мм, 18 орудий калибра 37 мм и 24 ДШК.
Кроме того, для защиты наиболее важных плотин (Рыбинская, Рублевская, Акуловская, Истринская) были установлены противоторпедные сети.
Особое внимание Государственный Комитет уделял противовоздушной обороне трассы через Ладожское озеро, которую прикрывали Ладожский и Свирский бригадные районы ПВО (с лета 1942 г. Ладожский дивизионный район ПВО).
На юге страны для обороны портов Поти и Батуми были образованы бригадные районы ПВО.
С первых дней войны железнодорожный транспорт стал объектом ожесточенных налетов немецких ВВС. Только за первое полугодие войны самолеты противника совершили около 6000 налетов на прифронтовые коммуникации, сбросив на железнодорожные объекты свыше 46 тыс. различных авиабомб. Задача их прикрытия приобрела стратегическое значение.
В первом периоде войны для прикрытия железнодорожных коммуникаций были привлечены войска пяти западных зон ПВО. Они обеспечили эвакуацию промышленности в восточные районы, уничтожив с 22 июня по 3 июля 150 вражеских самолетов. В дальнейшем прикрытие железнодорожных объектов организовывалось на основе постановлений ГКО и Ставки ВГК на глубину 300—500 км от линии фронта. Благодаря успешному действию войск ПВО только за 40 первых дней войны было перевезено 2,5 млн человек с техникой, вооружением и боеприпасами. По неполным данным, с конца июня по 20 ноября 1941 г. было перебазировано с Украины, из Белоруссии и из Прибалтики в тыл страны более 900 тысяч вагонов с оборудованием промышленных предприятий.
С целью усиления ПВО коммуникаций Постановлением ГКО № 619сс8 от 2 сентября 1941г. «О мерах по противовоздушной обороне железнодорожных узлов, мостов и транспортов» были приняты конкретные меры. С этого времени на прикрытие путей сообщения использовалось от 10 до 34% истребительной авиации, от 25 до 55% зенитных орудий МК и до 60% зенитных пулеметов.
Во втором периоде войны приемы ВВС противника изменились: от ударов мелкими группами авиация немцев перешла к массированным действиям.
Советское командование противопоставило этому массирование зенитных средств и истребительной авиации, усиление противовоздушной обороны объектов и железнодорожных коммуникаций.
В Сталинградской битве коммуникации Юго-Западного, Донского и Сталинградского фронтов прикрывал Сталинградский корпусной район ПВО войска которого уничтожили почти 700 самолетов — около четверти всех сбитых в сталинградском небе.
Воздушные сражения на Кубани по своим масштабам вышли за рамки операций Северо-Кавказского фронта. Немалый вклад в создание реальных предпосылок для завоевания господства в воздухе внесли Ростовский район ПВО и 105-я истребительная дивизия ПВО.
В гигантской битве под Курском перед войсками ПВО стояла задача: во взаимодействии с войсками ПВО сухопутных войск и ВВС надежно прикрыть железнодорожные коммуникации в полосах Брянского, Центрального, Воронежского и Степного фронтов. К ее выполнению были привлечены Тульский, Ряжско-Тамбовский, Воронежско-Борисоглебский и Харьковский дивизионные районы ПВО, а также 125, 36, 101-я и 310-я истребительные дивизии ПВО. Они имели 760 орудий СЗА и МЗА, 560 крупнокалиберных пулеметов ДШК, 125 прожекторных станций и 200 самолетов-истребителей. Для прикрытия железнодорожных узлов выделялось 70 орудий СЗА, 50 орудий МЗА, 45 зенитных пулеметов, 100 прожекторов и 35 бронепоездов.
Среди задач, решаемых войсками ПВО страны, важное место занимало прикрытие переправ через реку Днепр у Киева и Днепропетровска (осень 1943 и весна 1944 гг.), через Керченский пролив (весна 1944 г.), Вислу (январь 1945 г.), Одер и Дунай (весна 1945 г.). В районе Киева переправу прикрывали 350 зенитных орудий, 72 зенитных пулемета и 150 истребителей.
Для обороны переправ через Одер в полосе 1-го Белорусского фронта действовали 530 зенитных орудий, 237 зенитных пулеметов 5-го корпуса ПВО и 120 самолетов-истребителей 148-й истребительной авиационной дивизии.
Особое место в деятельности ГКО занимало совершенствование организационной структуры войск ПВО страны.
Исходя из опыта противовоздушных сражений во второй половине 1941 г. и особенно начального периода войны, Государственный Комитет Обороны принял Постановление № 874сс от 9.11.41 г. «Об усилении и укреплении противовоздушной обороны территории страны». Подлинник документа показывает, что им занимался лично Сталин. Им сделаны поправки по наименованиям, границам и составу районов ПВО, по вопросам подчиненности и срокам формирования, а также по структуре органов управления.
Командующим войсками ПВО страны был назначен генерал-лейтенант М. С. Громадин, были определены Военный совет, штаб ПВО, Управление истребительной авиации, Управление зенитной артиллерии и Главное управление боевой подготовки.
Постановлением также был определен боевой состав, количество зенитных средств, истребителей, прожекторов и т. д.
Важность этого постановления заключается в том, что был создан самостоятельный вид Вооруженных Сил, с централизованным управлением, с наделением командования войск ПВО страны определенными полномочиями.
Сосредоточение крупных сил авиации противника над Москвой и Ленинградом, вызвало необходимость совершенствования оргструктуры войск ПВО страны. Для этого постановлениями № 1541сс от 5.04.1942 г. и № 1544сс от 5.04.1942 г. на базе Московского, Ленинградского и Бакинского корпусных районов ПВО были сформированы Московский фронт ПВО, а также Лениградская и Бакинская армии ПВО.
С переходом Красной Армии к широким наступательным действиям и в связи с тем, что авиация противника действовала в прифронтовых тылах и в глубине страны, появилась необходимость приблизить органы управления к войскам.
Учитывая это, Государственный Комитет Обороны издал Постановление № 3660сс9 от 29.06.1943 г. «О мерах по улучшению управления частями ПВО».
Суть постановления состояла в создании двух фронтов ПВО: Западного — со штабом в г. Москве (командующий генерал-лейтенант М. С. Громадин) и Восточного — со штабом в г. Куйбышеве (командующий генерал-лейтенант Г. С. Зашихин).
Этим же постановлением Московский фронт ПВО был преобразован в особую Московскую армию ПВО (командующий генерал-лейтенант артиллерии Д. А. Журавлев).