Руководство операцией ввиду сложившейся ситуации было передано новому командующему Объединенной группировкой Министерства обороны России генерал-лейтенанту Г. Трошеву.
Действия в Кадарской зоне начали развиваться аналогично плану, который применил и разработал в борьбе с экстремистами в Ботлихской зоне командующий войсками СКВО. Сюда стягивались армейские части, усиленные авиацией, ствольной артиллерией и реактивными системами залпового огня. Велась непрерывная разведка. Руководители операции во избежании случайных жертв среди мирного населения объявили запретной для несанкционированного перемещения зону радиусом в 10 км.
Уже 1 сентября фронтовая и армейская авиация, артиллерия нанесли удары по позициям боевиков. В течение последующих трех дней кольцо вокруг экстремистов продолжало сжиматься, а интенсивность огневых налетов на позиции боевиков возрастала.
3 сентября в Махачкалу прибыл министр внутренних дел России В. Рушайло, который провел в МВД республики совещание с участием начальника Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации А. Квашнина, командующего войсками СКВО В. Казанцева и министра внутренних дел Дагестана М. Магомедтагирова. Речь шла о принятии эффективных мер по завершению специальной операции.
Федеральные силы были готовы к решающему удару по ваххабитам, но события резко осложнились.
Вечером 4 сентября в центре Буйнакска террористы взорвали жилой дом. Погибли 17 и были ранены более 40 мирных жителей. Еще один взрыв у госпиталя удалось предотвратить. Цель изуверской акции была ясна: раскачать обстановку в Дагестане, ослабить натиск федеральных войск в Кадарской зоне, принять условия боевиков, которые намеревались выйти из сел с оружием в руках и перебазироваться в Чечню. А на рассвете 5 сентября в предгорный Новолакский район Дагестана вторглись две тысячи чеченских боевиков. Рейдовые группы экстремистов заняли села Гамиях, Шушия, Чапаево, Тухчар, Ахар и незамедлительно приступили к карательным акциям. Казни милиционеров и захваченных в плен военнослужащих отличались изощренной жестокостью и снимались изуверами на видеокамеры.
Ожесточенное сопротивление боевиков встретили в райцентре Новолакское, где они пытались захватить райотдел милиции. Этим же днем боевики пытались прорваться в соседний Казбековский район, но были остановлены милицией и ополченцами у населенного пункта Калинин-аул, а также получили решительный отпор при попытке выйти к городу Хасавюрт.
И вновь на передовых позициях появился командующий войсками СКВО генерал Казанцев. Предвидя подобное развитие событий еще в августе, во время боевых действий в Ботлихе, Казанцев не оставлял надежды экстремистам на то, что кольцо войск вокруг Кадарской зоны будет ослаблено и условия боевиков приняты. Кончилось время «Хасавюртовских компромиссов»! Вместо уступок боевики подверглись ракетно-бомбовым ударам на территории Чечни в Ножай-Юртовском районе, где находились их тылы. По указанию Казанцева усилилось огневое воздействие в Кадарской зоне. И вновь экстремисты поняли, что оказались в ловушке, но организовать отход, столь стремительный, как захват мирных сел, уже не удалось. Они буквально завязли в позиционных боях с милицией, ополченцами и внутренними войсками.
К исходу 8 сентября федеральные силы достигли полного контроля над Кадарской зоной и, стянув бронегруппы к границам Новолакского района, поставили экстремистов перед фактом окружения. Командующий войсками СКВО не спешил вводить в бой мотострелковые подразделения. Он добивался усиления ударов с воздуха и повышения эффективности артобстрелов. Эта стратегическая установка была поддержана и начальником Генерального штаба А. Квашниным, прибывшим в Дагестан 10 сентября. Он подтвердил, что группировка федеральных сил на данном этапе наращивает свою огневую мощь и численность, и «в самое ближайшее время федеральные силы нанесут по формированиям религиозных экстремистов в различных районах республики мощные удары».
К этому времени относятся две оценки ситуации в Дагестане, представляющие значительный интерес, поскольку исходили они от «первых лиц» России.
«Как так получилось, что мы потеряли целый район в Дагестане… Это можно объяснить только разгильдяйством военных», — сказал Президент России Б. Ельцин 7 сентября в Москве на совещании руководителей силовых структур.
«Войсковая операция в Дагестане по вытеснению бандформирований осуществляется исходя из того, что жизнь каждого военнослужащего федеральных сил имеет первостепенное значение. Мы не намерены приурочить завершение этой операции применительно к каким-либо датам». — Это из заявления Председателя Правительства России В. Путина, сделанного им 10 сентября.
Между тем операция в Кадарской зоне близилась к завершению. И именно тот факт, что командующий войсками СКВО не принял навязываемую экстремистами тактику «пожарного» реагирования, определил ее успешный исход при минимальных потерях армейцев. 11 сентября от боевиков было освобождено селение Кадар, в селении Карамахи началась «зачистка», были уничтожены четыре узла сопротивления боевиков, командный пункт, захвачено девять складов с оружием. К исходу 13 сентября Кадарская зона уже полностью находилась под контролем федеральных сил. Теперь обстановка позволяла перебросить значительную часть подразделений на Новолакское направление, что и было сделано командующим уже 14 сентября. В этот же день Кадарская зона вновь перешла под ответственность внутренних войск и милиции.
В ходе операции в Кадарской зоне В. Казанцев умело использовал возможность десантников. Они действовали на наиболее сложных направлениях, захватывая огневые позиции на господствующих высотах и укрепрайоны экстремистов. Общее число бойцов «крылатой пехоты» в момент тех событий достигало 2,5 тысяч. В пяти усиленных батальонах ВДВ на вооружении состояло около 150 единиц бронетехники. Не обошла десантников стороной и общая горечь потерь. Сорок воинов «крылатой пехоты» отдали свою жизнь за свободу Дагестана и целостность России. В общем числе погибших военнослужащих Министерства обороны (свыше ста человек с начала боевых действий) почти каждый второй — десантник.
15 сентября группировка федеральных сил атаковала экстремистов на нескольких направлениях и установила контроль над всеми господствующими высотами, подтянув на них артиллерию. Были освобождены от противника райцентр Новолакское, села Гамиях и Тухчар. В панике боевики сочли за лучшее без сопротивления оставить населенные пункты Ахар и Шушия.
Посетивший район боевых действий министр обороны России И. Сергеев заявил, что на административной границе Чечни и Дагестана по-прежнему находятся несколько тысяч боевиков. Министр не исключил возможности нового вторжения и поддержал предложения командующего войсками СКВО по дальнейшему усилению федеральной группировки войск в Дагестане.
Вот слова из Обращения руководства республики к гражданам Дагестана от 16 сентября 1999 года.
«Прошло ровно сорок пять дней после вторжения бандитских формирований из Чеченской Республики на территорию Дагестана. Враг, прикрывающийся исламом, не имеющий ни чести, ни совести, ни жалости, предпринял попытку изменить конституционный строй, нарушить территориальную целостность республики, оторвать ее от Российской Федерации, поставить Дагестан на колени. Однако бандиты с первого же дня натолкнулись на яростный гнев и ненависть дагестанцев, воспринявших нападение на свою землю как оскорбление чести и достоинства народа. Весь Дагестан в едином патриотическом порыве поднялся на защиту республики, конституционного строя Дагестана и России.
В результате совместных действий подразделений Министерства обороны и Внутренних войск МВД Российской Федерации, сил милиции, других правоохранительных органов Республики Дагестан и ополченцев было сломлено сопротивление бандитских формирований. Все населенные пункты Цумадинского, Ботлихского, Буйнакского и Новолакского районов перешли под контроль конституционных органов власти. Бандиты, посягнувшие на Дагестан, на жизнь и безопасность наших граждан, уничтожены и отброшены за пределы республики.
Эта победа досталась непростой ценой. Мы с глубокой скорбью склоняем головы перед светлой памятью погибших воинов Российской армии и Внутренних войск, сотрудников милиции, ополченцев, мужественно и до конца исполнивших свой воинский, служебный и гражданский долг. Их имена навсегда останутся в благодарной памяти дагестанцев».
Со 2 августа по 20 сентября 1999 года в боевых действиях на территории Дагестана погибли 275 и ранены 973 военнослужащих федеральных сил. По данным Министерства обороны России, потери армейских подразделений и частей составили 104 человека убитыми, в том числе 24 офицера, 291 военнослужащий получил ранения, среди которых 74 офицера, неопознано 7 тел военнослужащих.