На парламентских выборах 1998 г. ни одна партия не получила решающего перевеса, и было сформировано коалиционное правительство. Новый парламент провозгласил государственным языком румынский. Лучинский попытался преобразовать Молдавию из парламентской республики в президентскую, однако предложенные им поправки к конституции не получили одобрения на референдуме, проведенном в мае 1999 г. Более того, ПКРМ и ее союзники добились принятия своих поправок к конституции. С 2001 г. президент избирается не населением, а парламентом. На досрочных выборах в феврале 2001 г. подавляющее большинство голосов получила ПКРМ, завоевавшая в парламенте 76 мест из 100, и вскоре ее лидер Владимир Воронин стал президентом.
ПКРМ проводила свою предвыборную кампанию под лозунгами усиления социальной политики, поддержки коллективных форм хозяйствования в сельской местности, интеграции Молдавии в Союз России и Белоруссии, провозглашения русского языка вторым государственным языком и решения приднестровского конфликта мирным путем. Определенное сближение с Россией ознаменовали подписанный в 2001 г. договор о дружбе, а также концепция внешней политики, принятая годом позже. Однако попытка Воронина восстановить обязательное изучение русского языка в школах и реформировать программу среднего образования, заменив «историю Румынии» на «историю Молдавии», вызвала демонстрации студентов и лицеистов на улицах Кишинева, инспирируемые наследницей Народного фронта – Христианско-демократической народной партией (ХДНП). Сторонники президента доказывали, что эти демонстрации оплачены из-за рубежа, но, так или иначе, Воронин был вынужден отступить, чтобы удержаться у власти.
Акции оппозиции в Кишиневе, хотя и не поддержанные в провинции, показали администрации Воронина, что ориентироваться только на Россию в противовес Западу невозможно. Молдавия не могла себе позволить испортить отношения с Западом, так как сильно зависела от внешних кредитов и нуждалась в инвестициях.
Поэтому когда в 2003 г. президенту Воронину пришлось выбирать между Россией и Западом, его решение было однозначным. Воронин в последний момент отклонил под давлением Запада уже согласованный российский план урегулирования приднестровской проблемы, известный как «план Козака». Отношения с Россией резко ухудшились. Воронин не только провозгласил целью Молдавии интеграцию в Евросоюз и другие западные структуры, но пошел на открытую конфронтацию с российским руководством. Он предпринял активные попытки реанимировать блок ГУАМ и наладить контакты с руководством Украины и Грузии, пришедшим к власти в результате «цветных революций», «выдавить» российские миротворческие силы и оставшийся небольшой воинский контингент из Приднестровья, заменив его представителями Запада.
Российско-молдавские отношения особенно обострились после парламентских выборов 2005 г., когда власти Молдавии выслали нескольких российских граждан, обвиненных во вмешательстве в предвыборную кампанию и нелегальном пребывании в стране. Россия применила против Молдавии экономические санкции, которые не коснулись, однако, Приднестровья. В ответ на экономическую блокаду Приднестровья, в 2006 г. под предлогом несоответствия санитарным требованиям был запрещен ввоз в Россию молдавского вина и продовольствия. Экспорт в Россию сократился на 40 %. С 2006 г. «Газпром» вдвое повысил для Молдовы цену на газ. Молдавская ГРЭС, расположенная в Приднестровье и перешедшая под контроль «ЕЭС России», прекратила поставки электроэнергии на правый берег Днестра, а она обеспечивала 54 % импорта электроэнергии Молдавии. Эти факты были расценены в Кишиневе как политическое давление с целью заставить молдавское руководство решать приднестровскую проблему в соответствии с российскими интересами и отказаться от идеи европейской интеграции.
На очередных выборах в парламент в марте 2005 г. ПКРМ потеряла часть своего электората, но сохранила большинство мест в парламенте (56 из 100). Второе место занял блок «Демократическая Молдова», получивший 34 места, но он вскоре раскололся. На третьем месте оказалась ХДНП, занявшая 11 кресел. ПКРМ не хватало голосов, чтобы ее лидер В. Воронин был переизбран президентом, но его неожиданно поддержали националисты из ХДНП. Воронин сохранил свой пост еще на 4 года.
Выборы 2005 г. показали, что в Молдове не осталось ни одной значимой пророссийской партии. Для Москвы были неприемлемы ни коммунисты, ни однозначно антироссийские христианские демократы, ни центристские силы из блока «Демократическая Молдова», требовавшие выхода из СНГ и денонсации соглашений с Россией об урегулировании приднестровской проблемы. В отличие от Украины или Грузии, в Молдове не сложилось дихотомии между «архаичной» послесоветской властью и «прогрессивной» прозападной оппозицией.
Как и в Украине, политическая поляризация молдавского общества отразилась в церковном расколе. В стране действуют две православные Церкви – Митрополия Кишиневская и вся Молдовы, входящая как автономная церковь в Московский Патриархат, и Бессарабская митрополия Румынского Патриархата, действовавшая в Молдавии в межвоенное время, когда Бессарабия была частью Румынии.
В экономике Молдовы в последние годы наблюдаются существенные позитивные тенденции. Она организована на рыночных принципах, около 80 % ВВП производится в частном секторе. Растет экспортное производство, в частности, в швейной промышленности, некоторые услуги. Восстанавливаются молдавско-российские экономические связи. В конце 2006 г. президенты Путин и Воронин договорились о возобновлении поставок молдавского вина в Россию.
Тем не менее, современная Республика Молдова – одна из беднейших стран Европы. В советское время республика специализировалась на производстве фруктов, овощей, вина и плодоовощных консервов, табака и зависела от сбыта аграрной продукции в России и других союзных республиках. Сравнительно немногочисленные предприятия машиностроения и других отраслей обрабатывающей промышленности входили в общесоюзные технологические цепочки. Аграрная специализация, нерешительность в рыночных реформах и резкий разрыв хозяйственных связей привели страну к глубокому кризису. В 1997 г. ВВП Молдавии составлял лишь около 40 % от уровня 1991 г. Российский кризис 1998 г. особенно болезненно сказался на положении в Молдове – экономический рост начался лишь с 2001 г. Хозяйство страны все еще находится в восстановительной стадии. Темпы увеличения ВВП ниже, чем в среднем по СНГ. В 2005 г. ВВП достиг лишь 60 % от уровня 1991 г. В пересчете по паритету покупательной способности на душу населения он был менее 2000 долл. (меньше из стран СНГ был только показатель Таджикистана).
Свертывание промышленности привело к переориентации народного хозяйства страны на аграрный сектор. После распада СССР доля сельских жителей в населении выросла до 62 %. На сельское хозяйство приходится 40 % занятых и 20 % ВВП.
Наиболее острая проблема Молдавии – безработица. Возобновление экономического роста не способствовало ее смягчению. Около полумиллиона граждан Молдавии (20 % трудоспособного населения) находятся на заработках за рубежом: около половины из них – в России, другие – в странах Западной Европы, Турции, Израиле. До 90 % мигрантов трудятся там нелегально, в тяжелых условиях. Молдавия получила печальную известность «торговлей людьми»: много молдавских девушек вывозится в качестве «секс-рабынь». Сельские районы и малые города обезлюдели. Денежные переводы мигрантов на родину составляют до порядка 1 млрд долл. в год, или 30–35 % ВВП. Это самый высокий показатель в мире после африканского маленького островного государства Сан-Томе и Принсипи. Однако почти все эти средства не инвестируются, а уходят на потребление членов семей трудовых мигрантов.
Экономическая зависимость Молдавии от России весьма велика. Россия остается одним из ведущих торговых партнеров и главным поставщиком энергоносителей, в России работают сотни тысяч молдавских трудовых мигрантов. Денежные переводы от них составили 27 % ВВП Молдавии.
Из-за массовой эмиграции и снижения рождаемости население правобережной Молдавии (Бессарабии) сократилось с 3657 тыс. чел. в 1989 г. до 3383 тыс. в 2004 г. Изменилась и этническая структура: доля молдаван увеличилась на 6 % и достигла 76 %, а доля русских и украинцев, наоборот, уменьшилась на 5 % и составила около 14 %.
Вступление Румынии в ЕС 1 января 2007 г. отгородило ее от Молдавии визовым барьером. Румыния, рассматривающая Молдавию как свою органическую часть, незаконно отторгнутую в результате сталинской аннексии 1940 г., активно раздавала гражданам Молдавии свои паспорта. Независимо от идентичности, молдавские граждане заинтересованы в них, чтобы свободно перемещаться в поисках заработка по Европе или для обучения в румынских и других зарубежных университетах. К концу 2006 г. число граждан Молдавии, имеющих одновременно румынское гражданство, оценивалось в 300–500 тыс. Президент Румынии Т. Бэсеску выступил за скорейшее воссоединение с Молдовой в рамках ЕС. Поскольку 80 % населения Молдавии живет ниже официального уровня бедности, европейская модель может оказаться для ее граждан настолько привлекательной, что они согласятся с потерей суверенитета. Проживающие на юге Молдавии болгары (65 тыс. чел.) получают паспорта Болгарии, вступившей в ЕС одновременно с Румынией; Турция раздает свое гражданство родственным по языку гагаузам, которых насчитывается 155 тыс. В этих условиях проблема суверенитета Молдавии и конфликт в Приднестровье приобретают особое звучание.