Во внешней политике Грузия при Шеварднадзе придерживалась типичной для большинства постсоветских стран политики «качелей»: стараясь сохранять терпимые отношения с Москвой, она в то же время играла на противоречиях между Россией и Западом. Со временем, однако, грузинские «качели» отклонялись все дальше на запад. Грузия не могла обойтись без западной помощи, составлявшей значительную часть государственного бюджета. Вступив при Шеварднадзе с опозданием в СНГ, Тбилиси предпринимал все возможные меры, чтобы избавиться от односторонней экономической, энергетической, транспортной и политической зависимости от России, компенсировать недостатки своего геополитического положения.
Грузия с энтузиазмом поддержала строительство нефтепроводов Баку – Супса и Баку – Тбилиси – Джейхан в обход России, что вызвало в Москве явное неудовольствие. Постоянным и все большим раздражителем в двусторонних отношениях оставалась политика Кремля по отношению к Абхазии и Южной Осетии. С одной стороны, поддерживая суверенитет и территориальную целостность Грузии, Россия сыграла важнейшую роль в прекращении огня и выполняла посреднические функции между сторонами. С другой, она прямо или косвенно оказывала непризнанным республикам экономическую поддержку. Грузинское руководство повело линию на вытеснение российских миротворцев и замещение их «международными» (т. е. западными) силами.
Вскоре после начала второй чеченской войны Россия обвинила Грузию в помощи чеченским сепаратистам. Действительно, расположенные вблизи границы с Чечней на территории Грузии чеченские аулы в Кистинском ущелье использовались боевиками как перевалочная база, через которую они получали жизненно важную для них внешнюю поддержку, там формировались и отдыхали чеченские отряды. Раненые боевики лечились в тбилисских больницах. Россия потребовала ликвидировать базы в Кистинском ущелье, пропустить через территорию Грузии подразделения своих пограничников, чтобы блокировать Чечню, и предложила совместно охранять чеченский участок границы. Тбилиси пропустить российских военнослужащих отказался, сославшись на нежелание быть еще глубже вовлеченным в кавказские конфликты, и в свою очередь, обвинил Москву в бомбардировках и обстрелах грузинской территории.
Шеварднадзе заявил о том, что Грузия скоро «громко постучится в двери НАТО». Укреплялось военно-техническое сотрудничество между Грузией и США, которые бесплатно предоставили ей подержанную военную технику. Под предлогом борьбы с международным терроризмом после террористических актов в США, в Грузии появились американские военные инструкторы. В ответ Москва ввела в 2000 г. визовый режим, что явилось для Грузии чувствительным ударом.
После парламентских выборов в ноябре 2003 г. было объявлено, что проправительственный блок, получив чуть более 20 % голосов, одержал победу. Еще около 18 % набрала партия, контролируемая «хозяином» Аджарии Абашидзе, склонным тогда к сотрудничеству с режимом. Остальные оппозиционные партии получили более половины мест, чего, однако, было недостаточно для формирования большинства. Радикальная оппозиция – партия, возглавляемая бывшим министром юстиции, молодым юристом Михаилом Саакашвили, получившим образование в США, и партия спикера парламента, бывшего преподавателя Тбилисского университета Нино Бурджанадзе, по официальным данным, завоевали вместе 27 % голосов. Саакашвили вел предвыборную кампанию в резко критическом тоне, обвиняя Шеварднадзе в том, что он «украл все, что только можно было украсть». Радикалы не признали результаты выборов, обвинили правящий режим в фальсификациях, вывели на площади Тбилиси многотысячные толпы своих сторонников, число которых все прибывало, и потребовали отставки Шеварднадзе. Оппозицию открыто поддержали США.
Правительство стало стягивать в столицу полицию и войска. Абашидзе выступил против оппозиции и заявил о введении в Аджарии чрезвычайного положения и закрытии границы с Грузией. Возникла реальная опасность новой гражданской войны. У Шеварднадзе не было верной ему и сильной армии и спецслужб. Силы порядка начали переходить на сторону манифестантов. Толпа стала захватывать государственные учреждения. В этот решающий момент в Тбилиси прибыл министр иностранных дел России Игорь Иванов, уроженец Тбилиси, который обратился к манифестантам на грузинском языке. Ему удалось стать посредником в переговорах правительства и оппозиции и уговорить Шеварднадзе уйти в отставку под гарантии неприкосновенности для него лично и его семьи.
Оппозиция объявила о проведении новых парламентских и президентских выборов, на которых с подавляющим перевесом победил Саакашвили. События ноября 2003 г. в Грузии назвали «революцией роз». Причины ее успеха многообразны. Оппозицию финансировали и консультировали западные фонды, США и другие западные страны оказали ей весомую моральную и политическую поддержку. Сказалась слабость режима Шеварднадзе. И Запад, и Россия хотели восстановления стабильного и дееспособного грузинского государства. Но, безусловно, огромную роль сыграл и всеобщий протест против прогнившего кланово-коррупционного режима, страстная вера самых широких слоев населения в возможность очистить страну от коррупции, построить современное правовое государство. Именно поэтому правящий режим пал столь быстро и бескровно.
Одним из главных предвыборных обещаний Саакашвили было быстрое восстановление целостности страны. Поначалу обстановка складывалась для него благоприятно. Когда колонны сторонников Саакашвили двинулись на Батуми и возникла реальная возможность, что многие жители Аджарии, уставшие от многолетнего господства клана Абашидзе, встанут на сторону молодого президента, глава Аджарии под нажимом России счел за благо бежать на российском самолете в Москву. Во время своего первого визита в Кремль Саакашвили надеялся быстро договориться с российскими руководителями о решении проблемы Абхазии и Южной Осетии. Однако Россия не могла просто «сдать» ему эти непризнанные республики на грузинских условиях, без каких-либо гарантий – хотя бы потому, что в отличие от Аджарии, их судьба напрямую связана с обстановкой на Северном Кавказе.
Таким образом, после «революции роз» руководство Грузии стало видеть в России врага – главное препятствие на пути интеграции страны. Саакашвили подтвердил объявленный еще Шеварднадзе курс на вступление в НАТО. Грузинские власти требовали скорейшего закрытия российских военных баз в Грузии (включая расположенную в Абхазии базу в Гудауте) и чинили препятствия их нормальной деятельности. В итоге трудных переговоров было достигнуто соглашение о выводе российских частей с территории Грузии до конца 2008 г. В 2004 г. грузинские власти инспирировали возобновление огня в зоне югоосетинского конфликта. На территорию автономии были введены грузинский спецназ и тяжелая бронетехника. Новую вспышку насилия удалось прекратить с большим трудом.
Москву все больше раздражала ярко выраженная прозападная и проамериканская политика, резкая, воинственная, а порой и просто провокационная и оскорбительная антироссийская риторика Саакашвили, попытки «выдавить» Россию из Грузии и всего Закавказья. В политике Саакашвили Москва увидела угрозу национальной безопасности и ввиду возможного вступления Грузии в НАТО, и из-за попыток силового решения югоосетинской проблемы, которые могли дестабилизировать обстановку в Северной Осетии и на всем Северном Кавказе.
В 2006 г. в российско-грузинских отношениях наступил кризис. Весной Тбилиси вновь обострил ситуацию вокруг Южной Осетии. В ответ Москва прибегла к политике санкций. Как и в случае с Молдовой, был запрещен ввоз в Россию грузинского вина и минеральной воды, «поскольку в них были найдены следы вредных для здоровья веществ». Осенью 2006 г. грузинский парламент принял постановление о замене российских миротворческих сил в зонах абхазского и югоосетинского конфликтов международными. Грузия отозвала свое согласие на вступление России в ВТО (для которого, как известно, требуется консенсус всех членов этой организации). Грузинское руководство требовало от российской стороны выполнить договоренности 2004 г. о легализации таможенно-пропускных пунктов на абхазском и югоосетинском участках грузино-российской границы. Затем в Тбилиси были арестованы по обвинению в шпионаже и подготовке террористических актов четыре российских офицера. На официальном сайте МВД Грузии были помещены расшифровки телефонных разговоров российских военных со своими грузинскими агентами и видеоматериалы встреч между ними.
Хотя офицеры под давлением западных стран, не заинтересованных в новом конфликте, были вскоре освобождены, Москва ответила беспрецедентно жесткими мерами. Началась эвакуация российских граждан из Грузии, был отозван посол и созван Совет Безопасности ООН, прервано сообщение между двумя странами и прекращена выдача виз гражданам Грузии, частично возобновившаяся лишь в середине 2007 г. Были приняты также меры против грузинского бизнеса в России и грузин, работающих и проживающих в стране. Сотни грузинских граждан были высланы из России за нарушение правил регистрации. Опергруппы посетили десятки ресторанов, кафе и магазинов, игорных заведений и даже грузинский культурный центр на Старом Арбате. В школах милиция собирала информация о грузинских детях, планируя через них выйти на их родителей и проверить наличие регистрации, уплату налогов и соблюдение трудового российского законодательства.