В 1939—1941 годах руководил Управлением госбезопасности по Московской области. С августа 1941 по июнь 1946 года возглавлял Управление госбезопасности по Ленинградской области. Одновременно в 1945 году являлся уполномоченным НКГБ СССР по 2-му Прибалтийскому фронту.
В период работы в Ленинграде и пересеклись судьбы члена Политбюро ЦК ВКП(б) и секретаря Ленинградского обкома партии Андрея Александровича Жданова и Петра Николаевича Кубаткина.
Для Кубаткина совместная работа со Ждановым оказалась весьма полезной. Как член Военного Совета Ленинградского фронта, Жданов был в курсе всех планов боевых операций. Функции органов государственной власти также были переданы Военному Совету. Поэтому Кубаткину приходилось едва ли не каждый день общаться со Ждановым, решая повседневно возникавшие проблемы.
После завершения военных операций, связанных с обороной Ленинграда, Жданов получил новое назначение — секретарем ЦК ВКП(б) по идеологической работе. Кубаткин же продолжал трудиться в Ленинграде. В столицу выезжал частенько как по служебным делам, так и для участия в работе сессий Верховного Совета СССР, депутатом которого он был избран по окончании войны.
После освобождения Павла Михайловича Фитина от должности начальника внешней разведки, которую он возглавлял с мая 1939 по июнь 1946 года, Сталин неожиданно дал добро назначить на эту должность Кубаткина. Возможно, мнение Жданова и его рекомендации сыграли в этом вопросе свою роль.
Повышение по службе не предвещало Петру Николаевичу спокойной жизни. Сотрудники внешней разведки трудились над решением первоочередных задач, поставленных перед ними Сталиным. А задачи эти были неимоверно важными и крайне сложными: речь шла о содействии советским ученым в создании ядерного оружия.
Следует заметить, что вскоре после войны иллюзии на мирное сотрудничество с союзниками по антигитлеровской коалиции быстро улетучились. Вновь на горизонте обозначились признаки войны, пока что холодной. Имелись определенные трудности и в послевоенном восстановлении народного хозяйства.
В такой обстановке единственную возможность для нормальной деятельности вверенной ему Службы Кубаткин видел в опоре на надежных людей.
Из Ленинградского управления в центральный аппарат внешней разведки был переведен А.М. Сахаровский. Тогда же на работу во внешнюю разведку был направлен А.А. Крохин, который в годы войны был оперативным сотрудником Особого отдела НКВД Ленинградского округа, переведен в ПТУ МТБ СССР начальник отдела УНКГБ по Ленинградской области А.В. Красавин, на учебу в Высшую разведывательную школу МТБ СССР направлены Н.С. Дерябкин и некоторые другие сотрудники Ленинградского управления госбезопасности.
Едва Петр Николаевич начал глубоко вникать в дела разведки, последовал приказ об освобождении его от должности. В анкете, которую позже заполнял Кубаткин, о службе в разведке он написал так: «С 15 июня по 7 сентября 1946 года — начальник Главного управления МГБ СССР».
Существует ряд версий неожиданного освобождения Кубаткина от должности. Одна из них предполагает, что он сам не считал возможным возглавлять столь ответственный участок, поскольку не имел опыта зарубежной работы и не знал иностранных языков. С этой версией трудно согласиться прежде всего потому, что Кубаткин обладал немалым опытом организаторской работы и уже приступил к формированию коллектива высокопрофессиональных разведчиков. Кроме того, военный человек, генерал-лейтенант Кубаткин, награжденный орденами Ленина, Кутузова I и II степени, Трудового Красного Знамени, двумя орденами Красной Звезды не мог спасовать перед трудностями. Военные люди не обсуждают приказы начальников, а выполняют их.
Если даже он и написал рапорт с просьбой освободить его от занимаемой должности, то это должно было быть вызвано совсем другими причинами. Они таились скорее всего в сфере большой политики, поскольку в это время раскручивалось так называемое «ленинградское дело», подробности которого не подлежали огласке. Сфабрикованные ближайшим окружением Сталина обвинения против «участников этого дела», обвиненных в попытке раскола партии, а также в шпионаже привели к жестокой расправе над ленинградскими руководителями.
Всем осужденным было предъявлено обвинение в том, что, якобы создав антипартийную группу, они проводили вредительскую подрывную работу, направленную на противопоставление Ленинградской партийной организации Центральному Комитету партии, превращение ее в опору для борьбы с партией и ЦК ВКП(б). Жертвами репрессий в связи с «ленинградским делом» стали все руководители областной, городской и районных партийных организаций, почти все советские и государственные деятели, которые после Великой Отечественной войны были выдвинуты из Ленинграда на руководящую работу в центральные партийные и советские аппараты, а также в областные партийные организации. Только в Ленинградской области были освобождены от партийной и советской работы более двух тысяч коммунистов.
Но пока был жив Жданов, Кубаткина не арестовывали. Сначала его направили руководить областным Управлением государственной безопасности в город Горький, а затем — заместителем председателя Саратовского облисполкома. Лишь в июле 1949 года была получена санкция на арест Кубаткина, а 27 октября 1950 года он был расстрелян.
В начале 1954 года по поручению ЦК КПСС Прокуратура СССР произвела ревизию «ленинградского дела» и установила, что оно было от начала и до конца сфальсифицировано. 26 мая 1954 года Петр Николаевич Кубаткин был реабилитирован.
Этот период жизни и службы для Сахаровского был, пожалуй, самым трудным. 30 мая 1947 года Совет Министров СССР принял постановление о создании Комитета информации (КИ) при Совете Министров, на который возлагались задачи политической, военной и научно-технической разведки. В результате разведывательные службы Министерства государственной безопасности и Министерства обороны были слиты воедино. Новый орган возглавил В.М. Молотов, бывший в то время заместителем Председателя Совета Министров СССР и одновременно министром иностранных дел. Его заместителем, который занимался участком внешней разведки, был назначен опытный чекист, в прошлом руководивший работой разведывательных и контрразведывательных подразделений Министерства госбезопасности, П.В. Федотов. Заместителями председателя КИ стали также заместитель министра иностранных дел Я.А. Малик и от министерства обороны Ф.Ф. Кузнецов. Они представляли в Комитете интересы своих ведомств.
В таком статусе Комитет информации просуществовал до февраля 1949 года, когда после ухода В.М. Молотова с поста министра иностранных дел Комитет был передан под эгиду МИД, а его руководителем стал новый министр иностранных дел А.Я. Вышинский. Руководителем КИ он оставался недолго. В том же 1949 году председателем Комитета был назначен заместитель министра иностранных дел В.А. Зорин. Первым заместителем, ответственным за работу разведки, стал С.Р. Савченко, до этого возглавлявший Министерство госбезопасности Украины. Следует отметить, что уже в январе
1949 года правительство приняло решение вывести из Комитета информации военную разведку. Она была возвращена в Министерство обороны. В ноябре 1951 года было принято решение об объединении внешней разведки и внешней контрразведки под руководством Министерства госбезопасности и создании за границей единых резидентур.
* * *Начальный период жизни и службы в Москве для Сахаровского оказался, пожалуй, самым трудным и сложным. С июня 1946 по июль 1953 года, до того как начальником внешней разведки стал Александр Семенович Панюшкин, Сахаровский сменил в разведке и контрразведке восемь должностей, в декабре 1948 года ему было присвоено воинское звание полковника МГБ, в 1951 году он был награжден орденом Красной Звезды, приобрел опыт выполнения серьезных спецзаданий за рубежом, в том числе в Финляндии. С мая 1950 по ноябрь 1952 года находился в длительной командировке в Румынии.
В одном из интервью в 1976 году, отвечая на вопросы журналиста о своей работе, он скажет:«.. .было нелегко, особенно в 1950-х годах...» И в эти несколько слов уложатся и трудоемкая работа тех дней, и крайне нервное напряжение в связи с «ленинградским делом», и сложность развития взаимоотношений с Георгиу-Дежем в Румынии.
Следует отметить, что смена власти в послевоенной Румынии имела свои особенности. Король Румынии Михай 23 августа 1944 года неожиданно изменил политические ориентиры. С помощью демократических политиков и коммунистов он арестовал военного диктатора маршала Иона Антонеску, заключил соглашение с Советским Союзом и объявил войну Германии. Румынию оккупировала Красная Армия, и было создано правительство Национального фронта под руководством буржуазного политика Николае Рэдеску. В этом правительстве коммунисты, которых до войны в Румынии практически не было, заняли несколько важных постов. Рэдеску выступал против коммунистической агитации, и поэтому король Михай был вынужден его заменить на «более гибкого» Петру Гроза. Это произошло 6 марта 1945 года, а в августе 1946 года король попытался сместить Петру Гроза. Однако Гроза отказался уйти в отставку и просто игнорировал решение короля. В декабре 1947 года король Михай был вынужден отречься от престола, коммунисты добились единовластия и была провозглашена Румынская Народная Республика.