Последнее свое распоряжение отец Иоанн сделал 19 декабря, когда около восьми часов вечера игуменья Ангелина просила у него благословения освятить храм-усыпальницу, который был давно готов.
— Да, да, — ответил батюшка, — освятить — и поднял руку в знак благословения. Тотчас игуменья уехала в монастырь исполнять его волю.
Больной вновь впал в полубессознательное состояние. Возле него оставались священник Иоанн Орнатский и племянница матушки Елизаветы Руфина Шемякина. В десять часов вечера Иоанн пожелал встать с кресла и лечь в постель, но через несколько минут попросил вернуть его в кресло. Во втором часу ночи он опять пожелал встать, но силы отказали ему, и его уложили в постель. На какое-то время вернулось полное сознание, а вместе с тем он почувствовал себя чрезвычайно тяжело и стал жаловаться окружающим на страшный жар во всем теле. Все поняли, что это значит: «Батюшка умирает»…
Печальная весть, подобно молнии, в один миг разнеслась по всему Кронштадту. В Андреевском соборе решено было служить утреннюю литургию и после нее причастить Иоанна. Многочисленный народ, присутствовавший при этой ночной литургии, навзрыд плакал; плакали и священнослужители, совершавшие ее.
По окончании литургии священники отправились со Святыми Дарами на квартиру Иоанна Кронштадтского. Около четырех часов утра причастили Иоанна, он мог принять только Святую Кровь, сам вытер уста и на некоторое время успокоился, проговорив затем: «Душно мне, душно», — впал в забытье. Иногда стонал, что свидетельствовало о тяжких страданиях. От всяких лекарств отказывался и пил только святую воду из источника преподобного Серафима Саровского. Дыхание становилось все тише. С шести часов утра протоиерей Орнатский начал читать канон на исход души, и когда по окончании подошел к батюшке, последний лежал неподвижно, с руками, сложенными на груди. Послышалось еще несколько вздохов, и пастырь спокойно предал дух свой Богу. Глаза, доселе закрытые, чуть-чуть приоткрылись, и из них показались чистые, как хрусталь, слезинки. Часы показывали 7 часов 40 минут утра 20 декабря 1908 года.
Прибывшие к одру почившего члены причта Андреевского собора совершили положенное для священников по церковному уставу помазание елеем всего тела почившего, причем дивились крайнему истощению страдальца. После облачения в полное священническое одеяние и в белой митре усопший напоминал собой светлого ангела. Была отслужена тотчас же первая панихида. В то же время торжественно-печально загудел колокол Андреевского собора, извещая жителей Кронштадта о кончине пастыря. О том же было немедленно сообщено по телеграфу в Царское Село, Гатчину, митрополиту Санкт-Петербургскому Антонию и в Синод. На всеподданнейшем докладе митрополита Антония о кончине протоиерея Иоанна Ильича Сергиева государь собственноручно начертал: «Со всеми почитавшими усопшего протоиерея отца Иоанна оплакиваю кончину его».
Утренний выпуск «Кронштадтского вестника» от 21 декабря оповестил горожан о «неожиданной смерти маститого митрофорного протоиерея, настоятеля кронштадтского Андреевского собора Иоанна Ильича Сергиева». С раннего утра громадные толпы народа с плачем двигались по улицам города по направлению к церковному дому, как бы не веря, что подобное несчастье могло случиться. Газеты и людская молва разнесли печальную новость в столицы, в разные города и веси России. Император Николай Александрович выразил свою скорбь в специальном рескрипте: «Неисповедимому Промыслу Божию было угодно, чтобы угас светильник Церкви Христовой и молитвенник земли Русской, всенародно чтимый пастырь и праведник, отец Иоанн Кронштадтский».
По благословению митрополита Санкт-Петербургского Антония и согласно предсмертной просьбе Иоанна, в Кронштадт для отпевания усопшего направился епископ Гдовский Кирилл (Смирнов). В тот же день во всех петербургских церквях началось совершение панихид.
Приехав на квартиру усопшего, Кирилл сразу же совершил панихиду. В дом для прощания впускались только близкие родственники. Ближе к вечеру тело пастыря было положено в дубовый гроб, и преосвященный Кирилл вновь отслужил панихиду, теперь уже при участии местного духовенства и в присутствии представителей местной власти и при множестве почитателей. После панихиды гроб на руках духовенства был вынесен из дома. На дворе его приняли главный начальник Кронштадта генерал-лейтенант Л. К. Артамонов, кронштадтский военный губернатор контр-адмирал И. К. Григорович, комендант крепости, городской голова, соборный староста и другие лица. Под печальный перезвон колоколов Андреевского собора процессия, в предшествии икон и хоругвей, направилась по Андреевской улице к Андреевскому собору. Вдоль улицы стояли войска шпалерами, с трудом сдерживая многочисленную толпу; окна, заборы и даже крыши домов были усеяны народом, жаждавшим взглянуть на перенесение тела почившего пастыря. У Андреевского собора гроб опять взяло на руки духовенство во главе с преосвященным Кириллом и внесло в церковь, где уже находились тысячи молящихся.
Началась литургия, которую совершал Кирилл при участии многочисленного духовенства. Рыдания народа, порою заглушавшие возгласы священнослужителей, производили потрясающее впечатление. После литургии Кириллом была отслужена панихида, и началось прощание с любимым пастырем. Длинная очередь стояла у правого бокового входа в собор, куда пропускали только по двое. Приходилось стоять в очереди многими часами.
Внутри собора гроб располагался на высоком помосте. Вокруг ярко горели свечи. Лицо почившего закрыто воздухом, как это делается у всех умерших священников; видны только исхудалые руки, к которым сегодня приложились многие тысячи народа. В правой руке небольшой позлащенный крест.
В семь часов вечера начался парастас (заупокойная всенощная), который продолжался до 11 часов ночи. Всю ночь с 21 на 22 декабря до шести часов утра собор был открыт. И всю ночь народ беспрестанно шел для прощания с почившим, родным и близким для него человеком. У большинства на глазах были слезы. Слышались сдавленные рыдания и возгласы: «Закатилось наше солнышко! На кого покинул нас, отец родной?! Кто придет на помощь нам, сирым, немощным?!»
Священник собора отец Виноградов произнес простое, но сердечное и трогательное надгробное слово, заключив его словами: «Мы ничем другим не можем отблагодарить нашего дорогого усопшего, как земным поклоном». После этих слов все присутствующие, как один человек, опустились на колени. Трудно передать всё, что происходило в эти минуты в соборе. Возгласы духовенства и пение певчих ежеминутно прерывались рыданиями. От них по временам глухой гул стоял в воздухе.
В половине двенадцатого началась лития, на которую вышло более тридцати священников. В соборе находились начальствующие военные и гражданские лица города. По окончании литии духовенство и некоторые лица в последний раз простились с телом высокочтимого батюшки, и дубовая крышка гроба закрылась. На гроб были возложены крест из живых цветов от императора и императрицы, крест с якорем из живых цветов от кронштадтских моряков, венки от почитателей и духовных детей Иоанна Кронштадтского. Крестным ходом гроб был обнесен вокруг собора и под звон колоколов поставлен на колесницу. Военные оркестры играли «Коль славен».
Процессия двинулась в путь. Впереди шли драгуны со знаменем. За ними — хор, оркестр, духовенство. Далее следовала колесница с гробом и за нею высокие начальствующие лица. И так через весь город. По всему пути следования печальной процессии стояла цепь из нижних чинов, при полном составе офицеров, знаменах и хорах музыки. Во время пути процессия останавливалась для служения литии, против строящегося Морского собора и у церкви Богоявления Господня. При приближении процессии к лютеранским церквям раздался печальный звон на колокольне одной из них, настоятель которой в облачении следовал в печальной процессии.
На берегу Финского залива гроб поставили на сани и вновь двинулись, но теперь по льду на другой берег залива, в сопровождении 94-го Енисейского полка и людской толпы почти в 20 тысяч человек. По приказу главного начальника Кронштадта всем, кто желал проводить дорогого усопшего по морю, предписано было ввиду непрочности льда идти рядами, друг от друга не менее как на два шага. На всем морском пути устроили пять спасательных станций, а через образовавшиеся трещины на льду соорудили мостики. Весь путь был пройден менее чем за три часа[275].