«Харьковский центр» широко развернул работу по руководству вредительством на предприятиях Донбасса. В 1926 г. «шахтинцы» создали вредительскую группу и в Москве. В нее вошли бывший акционер — директор Ирининского каменноугольного общества, занимавший пост председателя научно-технического совета каменноугольной промышленности ВСНХ, Л. Г. Рабинович, работник плановых органов Н. И. Скорутто и другие. Группа должна была объединить вредителей из числа работников наркоматов, трестов, плановых органов, имеющих отношение к управлению угольной промышленностью. Предполагалось, что она впоследствии возьмет на себя руководство вредительской работой в угольной промышленности во всесоюзном масштабе.
Между тем так называемая «концессионная тактика» вредительских организаций не оправдала возлагаемых на нее капиталистами надежд. Успешный ход социалистической реконструкции народного хозяйства, быстрое экономическое укрепление страны сделали совершенно безнадежными прежние расчеты бывших владельцев шахт и рудников, как и всей буржуазии в целом, на получение ими в порядке денационализации или концессии «своих» предприятий. И тогда контрреволюционные круги пришли к выводу о необходимости ускорения антисоветского переворота путем искусственного ухудшения экономической жизни страны. Теперь они все чаще стали возвращаться к идее военной интервенции со стороны капиталистических стран против СССР. В 1926–1927 гг. шахтинские вредители усилили подрывную деятельность. Участились случаи взрывов и затопления шахт. Вредители портили дорогостоящее оборудование, закупали за границей негодные машины. Чтобы вызвать недовольство рабочих Советской властью, занижали зарплату, нарушали советский Кодекс законов о труде, срывали железнодорожное строительство.
Многие свидетели — рабочие и честные специалисты — рассказали на предварительном следствии (а затем и на суде) о вредительских актах, совершенных обвиняемыми, их антисоветском поведении и издевательском отношении к рабочим. «Нет почти ни одной области в производстве, — говорилось в обвинительном заключении, — где бы рабочие не указывали следствию на конкретные случаи вредительства и на определенных виновников его. Уличенные этими показаниями обвиняемые были вынуждены признать свою вредительскую работу».
Десятки свидетелей характеризовали бывшего шахтовладельца и управляющего рудниками акционерного общества «Грушевский антрацит», а в 1920—23 гг. заведующего шахтой Емельяна Колодуба. Рабочий Вайлов на очной ставке с ним заявил: «Много сирот, вдов и матерей плачут от действий этого палача при царизме и при власти его соратников белогвардейцев… Пусть он скажет, как обирал рабочих и загонял их в могилу. Пусть он скажет, как нажитые эксплуатацией рабочих 30000 денег отправил в германский банк». Рабочий Федор Куропаткин рассказывал, что Колодуб до революции «всегда ходил с толстой палкой, рабочих считал за собак. Эта палка Колодуба в 1913 году ходила и по моей спине».
Некоторые из обвиняемых «шахтинцев» во времена господства белогвардейцев в Донбассе были связаны с деникинской контрразведкой. Их разоблачили рабочие-шахтеры. Это же подтвердили и арестованные бывшие сотрудники шахтинской контрразведки. Константин Клатько показал: «Контрразведку посещали и были связаны с ней специалисты с рудника Петропавловского механик-инженер Абрам Борисович Башкин, техник Калганов Николай Ефимович и инженер Николай Николаевич Березовский. Все эти лица были связаны лично с головкой контрразведки ротмистром Прудентовым и его помощниками… Эти лица, безусловно, давали сведения о лицах, сочувствующих Советской власти… Контрразведка по этим донесениям принимала меры арестов и расстрелов рабочих. Рабочие расстреливались пачками». Бывший начальник шахтинской контрразведки ротмистр Павел Прудентов также показал: «Инженер Калганов имел тесную связь с шахтинской контрразведкой, и не один раз его экипаж останавливался у подъезда, где помещалась наша контрразведка. В свои посещения контрразведки Калганов делился с нами сведениями о настроениях рабочих в Петропавловске, указывая на тех рабочих, которые выделялись среди последних или как агитаторы, или как большевистски настроенные». Прудентов подтвердил также связи с шахтинской контрразведкой Н. Н. Березовского, Емельяна и Андрея Колодубовых.
По окончании расследования 53 участника вредительской организации предали суду. Среди них оказались четыре бывших шахтовладельца. Основную массу обвиняемых составили старые инженеры и техники, занимавшие при капиталистах крупные посты.
Согласно обвинительному заключению, составленному старшим помощником Прокурора РСФСР Н. В. Крыленко и Прокурором Верховного суда СССР П. А. Красиковым, привлеченные к суду обвинялись в том, что «состояли членами вредительской контрреволюционной организации, действовавшей с 1920 по 1928 г., разновременно вступив в нее и поставив своей целью подрыв советской каменноугольной промышленности в контрреволюционных целях, для достижения чего производили:
1. Разрушение и срыв производства на местах.
2. Срыв работы организационного центра каменноугольной промышленности Донбасса — «Донуголь».
3. Срыв работы центральных органов, руководивших каменноугольной промышленностью.
Для достижения этих целей означенная контрреволюционная организация не только использовала аппараты советских учреждений, противодействуя их нормальной деятельности, но и, связавшись с пребывающими за границей и на территории СССР враждебными СССР лицами, группировками и органами, выполняла их враждебные в отношении СССР задания, передавала им сведения об экономическом состоянии каменноугольной промышленности для использования этих сведений во вред СССР и получала от заграничных контрреволюционных объединений и иных органов денежные средства для продолжения и дальнейшего развития своей контрреволюционной деятельности».
Большинство подсудимых как на предварительном, так и на судебном следствии признало свою вину. Их показания подтверждались и другими материалами расследования (технической экспертизой, свидетельскими показаниями и др.)-
Верховный суд СССР 6 июля 1928 г. после тщательного разбирательства, продолжавшегося более полутора месяцев, приговорил: 4 подсудимых — оправдать; других 4 подсудимых — к условному наказанию; 10 подсудимых — к лишению свободы сроком от 1 до 3 лет; 21 подсудимого — к лишению свободы сроком от 4 до 8 лет; троих подсудимых (Н. И. Скорутто, А. В. Детера, Д. М. Сущевского) — к 10 годам лишения свободы; И. Н. Горлецкого, Н. Н. Березовского, Г. А. Шадлуна, А. И. Казаринова, И. Н. Бояршинова, Ю. Н. Матова, С. В. Братановского, Й. К. Кржижановского, В. Я. Юсевича, С. 3. Будного, Н. А. Бояринова — к высшей мере наказания — расстрелу. Верховный суд СССР счел нужным довести до сведения Президиума ЦИК СССР, что ряд осужденных к расстрелу признали свою вину и стремились раскрыть преступную деятельность организации; что эти лица относятся к числу высококвалифицированных технических специалистов. В связи с этим суд ходатайствовал перед Президиумом ЦИК СССР о замене высшей меры наказания в отношении Березовского, Братановского, Казаринова, Матова, Шадлуна и Бояринова другой мерой наказания. Президиум ЦИК СССР согласился с ходатайством суда и заменил указанным лицам высшую меру наказания — расстрел — 10 годами лишения свободы.
Шахтинское дело послужило серьезным уроком для советского народа. Оно обсуждалось на апрельском (1928 г.) объединенном Пленуме ЦК и ЦКК Коммунистической партии. Пленум констатировал, что шахтинское дело «вскрыло новые формы и новые методы борьбы буржуазной контрреволюции против пролетарского государства, против социалистической индустриализации».
На основе материалов шахтинского дела Пленум ЦК вскрыл недостатки в хозяйственной и политической работе советских и партийных организаций Донбасса и всей страны. Эти недостатки проявились в неправильном подборе хозяйственных кадров, плохой подготовке и недостаточном выпуске советских специалистов из среды трудящихся. Пленум констатировал, что в ряде мест существует слепое доверие к буржуазным специалистам; что руководящие хозяйственные кадры мало втягивают широкие рабочие массы в дело управления промышленностью. На предприятиях нарушались советские законы о труде, правила техники безопасности и не велась надлежащая борьба с этими ненормальными явлениями.
Коммунистическая партия и Советское правительство приняли решительные меры к устранению этих недостатков. Наряду с систематическим выкорчевыванием очагов вредительства всем хозяйственным и партийным организациям было предложено принять меры к созданию благоприятных условий для работы честных и добросовестных специалистов, привлекать массы старых специалистов к активному участию в социалистическом строительстве.