Второй вопрос, на который патриарх Филарет обратил свое внимание, был вопрос о невинных страдальцах за исправление церковных книг: архимандрите Троицкого монастыря Дионисии, старце Арсении Глухом и священнике Иване Наседке, который хотя не томился в заключении, но отлучен был от Церкви и от священнослужения. Когда патриарх Иерусалимский Феофан прибыл в Москву, он нашел здесь еще «любопрящихся мнозех о прилозе (и огнем)», как сам свидетельствует в грамоте, присланной им впоследствии в Россию, и скоро узнал «от многих истинных ведцов», какая участь постигла людей, предлагавших исключить этот прилог из известной церковной молитвы. Феофан понял, что они были правы, но своею властию не счел себя вправе отменить состоявшееся об них решение Собора. Он только «подаде Дионисию руку помощи, да вознесется правда его» и постарался немедленно облегчить его участь, может быть объяснив государю невинность справщиков: по крайней мере Дионисий освобожден был из своего заключения еще до прибытия Филарета Никитича из Польши и встречал его в селе Хорошове вместе с бывшим своим судиею и обвинителем Крутицким митрополитом Ионою. А лишь только Филарет сделался патриархом, то Феофан посоветовал ему пересмотреть дело об осужденных справщиках.
В то же время один из справщиков, Наседка, чтобы познакомить нового патриарха с своим делом, подал ему обширную «Речь», в которой подробно изложил, за что он и его товарищи были обвинены. «Речь» эту, состоящую из 30 глав, хотя Наседка вел и от своего лица, по справедливости должно назвать речью от лица всех трех обвиненных справщиков, потому что он поместил в ней, большею частию дословно, почти все то, что мы видели в речи архимандрита Дионисия ко всем православным христианам и в речи, или послании, старца Арсения к боярину Салтыкову. Наседка только расположил все это в другом порядке, не говоря, откуда заимствовал, а от себя прибавил несколько вставочных рассуждений и объяснений и указал несколько новых примеров повреждения церковных песней и молитв. В первых 12 главах он раскрывал, почему справщики исключили из молитвы на Богоявление прибавку «и огнем», в остальных 22 – почему они марали концы некоторых молитв, и привел многочисленные примеры таких молитв. В «Речи» своей, поданной патриарху Филарету, Наседка сначала только униженно просил себе прощения за тот соблазн и смуту, какие произведены им в царствующем граде (гл. 1), но потом именем Христа Бога и ответственностию на Страшном суде умолял первосвятителя не отвергнуть этой представляемой ему «Речи», или просьбы, как еретической, а с рассуждением исследовать ее и, если справщики заблудили от истины, обратить их на путь правый, а если они верны истине, то оправдать их (гл. 13). Вместе с своею «Речью» Наседка, как сам свидетельствует (в гл. 12), представил Филарету и свое сочинение против Антония Подольского.
Спустя неделю после поставления Филарета Никитича, следовательно, 2 июля оба патриарха повелели Ионе, митрополиту Крутицкому, предложить дело Дионисия и его товарищей на Соборе. Это был уже Собор не одного московского духовенства, судивший прежде и осудивший исправителей Требника, но Собор всех русских архиереев с подчиненными им духовными лицами в присутствии двух патриархов и самого государя. На Соборе происходили многие прения и изыскания от Божественных писаний, Дионисий стоял в ответе более восьми часов и опровергал возражения всех своих обвинителей-клеветников. И все они были посрамлены вместе с Крутицким митрополитом Ионою. А преподобный Дионисий был похвален и прославлен от самого царя Михаила Федоровича и явился как истинный страдалец, стоявший крепко за Божественное писание. Патриархи же, и митрополиты, и архиепископы, и весь освященный Собор удивлялись ему, целовали его все любезно и благословляли его радостною душою. Дионисий с великою честию и со многими дарами отпущен был в лавру. Здесь он в скором времени имел радость принимать у себя своего главного благодетеля – патриарха Феофана, пожелавшего посетить знаменитую обитель русскую и поклониться мощам ее основателя. Дионисий со всею братиею сделал Феофану царскую встречу и потом оказывал ему всевозможные почести. Патриарх совершил в Троицком соборе литургию, присутствовал за братскою трапезою и почти непрерывно плакал, но плакал, как сам объяснил, слезами радости, видя святую обитель, потерпевшую столько бед и скорбей во время продолжительной осады от врагов, но спасенную милостию Божиею и теперь радующуюся и торжествующую. Пожелал видеть всех тех иноков, которые во дни осады возлагали на себя броню, брали оружие в руки и крепко ратовали. Таких оказалось более двадцати. Патриарх всех их благословил, любезно целовал и отпустил с похвалами. Пред отъездом из лавры, помолившись у мощей преподобного Сергия, Феофан снял с себя клобук, положил его у ног великого чудотворца, потом поцеловал и с молитвою возложил на главу архимандрита Дионисия, завещав, чтобы как Дионисий, так и преемники его носили этот клобук на благословение от Иерусалимского патриарха, а братии повелел записать об этом на память будущим родам. Вместе с Дионисием оправданы были на Соборе и его сотрудники: Арсений и Наседка. Арсений не только освобожден был из своего заточения, но, как человек просвещенный и благонадежный, сделан был справщиком печатных книг и много лет потрудился на Печатном дворе. А поп села Клементьева Иван Наседка не только получил разрешение священнодействовать, но удостоился быть священником и ключарем московского кафедрального Успенского собора. Согласившись на оправдание Дионисия и его товарищей, Филарет Никитич не решился, однако ж, тотчас исключить из молитвы на Богоявление слово «и огнем». Он просил Феофана пред самым выездом его из Москвы (4 февраля 1620 г.) посоветоваться об этом с прочими патриархами, выписать означенную молитву из древних греческих богослужебных книг и прислать за подписями всех патриархов, а до того времени приказал печатать ее в Требнике по-прежнему, с прибавлением «и огнем», и только на поле припечатать: «Быти сему глаголанию до соборнаго указу». Патриарх Феофан, отпущенный из Москвы с богатою милостынею, хотя обещался исполнить желание Московского первосвятителя, не мог исполнить этого скоро. Долго пробыл он в Киеве, потом в Валахии, где находился еще в двадцатых числах марта следующего года. А когда возвратился к своей пастве, то немало времени потребовалось на сношения его с прочими патриархами по возложенному на него поручению.
В это-то время, когда в Москве ожидали ответа патриархов по занимавшему всех вопросу, ключарь Успенского собора Иван Наседка, конечно, с благословения своего первосвятителя (иначе было невозможно) написал новое сочинение против незаконной прибавки «и огнем» в богоявленской молитве. Сочинение написано в спокойном духе, без резкой полемики, какою отличались прежние сочинения Наседки в том же роде, и разделено на сорок небольших глав с особыми надписаниями. Первая озаглавлена «О обновлении апостольском и о действе Духа Святаго над крещаемыми верными не огненным явлением, но невидимым». Вторая – «О крещении огняном и о муце вечней». Третья – «О Бозе, яко не огнь есть Бог, но действо Его огнь». В четвертой главе изложено то, что «на Соборе дано (было) Крутицкому Ионе о самой молитве, о нейже раздор» и чем справщики доказывали незаконность в ней прибавки «и огнем» и оправдывали себя. В следующих главах говорится о Крещении Господнем и о всемирном крещении, о разделении даров Святого Духа, о силе Святого Духа и Его действиях, о различии явлений Божиих и пр. и пр. Сочинитель доказывал, что Сам Господь крестился водою и Духом, а не огнем; апостолы крестили водою и Духом, а не огнем; все освящается, следовательно и вода, Духом Святым, а не огнем; в Боге только Три Лица, а нужно было бы допустить и четвертое, если бы вода освящалась не одним Духом Святым, но и огнем, и подобное. В основу своих мыслей автор приводил места из Священного Писания, а больше из толкового Евангелия и Апостола, из писаний Дионисия Ареопагита, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Дамаскина и еще больше из песней и молитв церковных. Но, раскрывая таким образом во всех подробностях незаконность прибавки «и огнем» в молитве на Богоявление, Наседка делал, однако ж, в своем сочинении следующие заметки: «А еже рещи: „Духом Святым и огнем“, то с греческими переводы достоит справитися» (гл. 30), или в другом месте: «И аще в греческих переводех будет писано, да будет се приятно; аще ли же несть, мы, безумнии, сего не вемы» (гл. 27). Отсюда можно догадываться, что сочинение Наседки писано, когда еще не был получен ответ от Восточных патриархов, и имело целию показать, что патриарх Филарет поступил правильно, когда, с одной стороны, признал на Соборе незаконность прибавки «и огнем» и оправдал прежде осужденных справщиков, а с другой – не решился тотчас исключить этой прибавки из церковной молитвы, но просил навести справки о ней по греческим спискам и ожидает ответа Восточных первосвятителей.