Но прошел год, и все изменилось. Иван Васильевич помирился с женою и сыном, охладел к Елене и внуку, разгневался на своих бояр, противников Софии. Самолюбие его было оскорблено тем, что Патрикеев и Ряполовские взяли большую силу; вероятно, Иван Васильевич хотел показать и себе самому и всем другим свою самодержавную власть, перед которою все без изъятия дожны поклоняться. 5 февраля 1498 года князю Семену Ряполовскому отрубили голову на Москве-реке за то, что он «высокоумничал» с Патрикеевым, как выражался Иван. Та же участь суждена была Патрикеевым, но митрополит Симон выпросил им жизнь. Князь Иван Юрьевич Патрикеев и старший сын его Василий должны были постричься в монахи, а меньшой Иван был посажен под стражу.
После того Иван Васильевич провозгласил своего сына великим князем государем Новгорода и Пскова. Такое странное выделение двух земель поразило псковичей, недавно признавших своим будущим государем Димитрия Ивановича. Они не понимали, что все это значит, и решили послать троих посадников и по три боярина с конца к великому князю за объяснениями. «Пусть, – били они челом, великий государь держит свою отчину по старине: который будет великий князь на Москве, тот и нам был бы государем». В то же время псковичи не дозволили приехавшему к ним владыке Геннадию поминать на ектеньях Василия. Великий князь принял псковских послов гневно и сказал: «Разве я не волен в своих детях и внуках? Кому хочу, тому и дам княжение». С этим ответом он послал назад во Псков одного из посадников, а прочих послов засадил в тюрьму. Псковичи покорились, позволили поминать в церкви Василия и послали новых послов с полною покорностью воле великого князя. Тогда Иван Васильевич переменил тон, сделался ласковым и отпустил заключенных.
Венчанный Димитрий продолжал несколько времени носить титул великого князя владимирского и московского, но находился с матерью в отдалении от деда; наконец, 11 апреля 1502 года государь вдруг положил опалу на него и на его мать. Как видно, в этом случае действовали внушения не только Софии, но и духовных лиц, обвинявших Елену в том, что она принимала участие в явившейся в то время «жидовской ереси». Василий объявлен был великим князем всея Руси. Запретили поминать Димитрия на ектеньях. Через два года Елена умерла в тюрьме в то самое время, когда только что в Москве совершены были (1504 г.) жестокие казни над еретиками. Несчастный сын ее должен был пережить мать и деда и изнывать в тяжком заключении по воле своего дяди, преемника Иванова. Событие с Димитрием и Василием было проявлением самого крайнего, небывалого еще на Руси самовластия; семейный произвол соединялся вместе с произволом правительственным. Ничем не осенялся тот, кто был в данное время государем: не существовало права наследия; кого государь захочет, того и облечет властию, тому и передаст свой сан; венчанный сегодня преемник завтра томился в тюрьме; другой, сидевший в заключении, возводился в сан государя; подвластные земли делились и соединялись по произволу властелина и не смели заявлять своего голоса. Государь считал себя вправе раздать по частям русскую землю кому он захочет, как движимое свое имущество. В это время Иван Васильевич, привыкший так долго повелевать и приучивший так долго и многообразно всех повиноваться себе, выработался окончательно в восточного властелина: одно его явление наводило трепет. Женщины – говорят современники – падали в обморок от его гневного взгляда; придворные, со страхом за свою жизнь, должны были в часы досуга забавлять его, а когда он, сидя в креслах, предавался дремоте, они раболепно стояли вокруг него, не смея кашлянуть или сделать неосторожно движения, чтоб не разбудить его. Таков был Иван Васильевич, основатель московского единоначалия.
В последние годы XV века Иван Васильевич, заключивши союз с Данией, в качестве помощи союзникам, вел войну со Швецией: война эта, кроме взаимных разорений, не имела никаких последствий. Важнее был в 1499 поход московского войска в отдаленную Югру (в северо-западный угол Сибири и восточный край Архангельской губернии). Русские построили крепость на Печоре, привезли взятых в плен югорских князей и подчинили югорский край Москве. Это было первым шагом к тому последовательному покорению Сибири, которое решительно началось уже с конца XVI века.
В 1500 году вспыхнула война с Польшею и Литвою. Натянутые отношения между тестем и зятем разразились явною враждою по поводу новых переходов на сторону Москвы князей, подручных Литве. Сначала отрекся от подданства Александру и поступил на службу к Ивану Васильевичу князь Семен Иванович Бельский, за ним передались потомки беглецов из московской земли, – внук Ивана Андреевича Можайского Семен и внук Шемяки Василий; они отдавали под верховную власть московского государя пожалованные их отцам и дедам владения: первый владел Черниговом, Стародубом, Гомелем и Любечем, второй Новгород-Северским и Рыльском. Так же поступили князья Мосальские, Хотетовские, мценские и серпейские бояре. Предлогом выставлялось гонение православной веры. Александр дозволял римско-католическим духовным совращать православных и хотел посадить на упраздненный престол киевской митрополии смоленского епископа Иосифа, который был ревностным сторонником флорентийского соединения церквей вопреки прежним митрополитам, которые, кроме преемника Исидорова, Григория, все сохраняли восточное православие. Иван Васильевич нарушил договор с зятем; по этому договору запрещено было принимать с обеих сторон князей с вотчинами, а Иван Васильевич их принял.
Иван Васильевич послал зятю разметную грамоту и вслед за тем отправил на Литву войско. Русская военная сила в те времена делилась на отделы, называемые полками: большой или главный полк, по бокам его – полки правой и левой руки, передовой и сторожевой.
Ими начальствовали воеводы. Между начальниками уже в то время существовал обычай местничества: воеводы считали долгом своей родовой чести находиться в такой должности, которая бы не была ниже по разряду другой, занимаемой лицом, которого отец или дед были ниже отца или деда первого. Это счет переходил и на родственников, а также принимались во внимание случаи, когда другие, посторонние, но равные по службе, занимали места выше или ниже. В татарский период между князьями нарушилось древнее равенство: одни стали выше, другие ниже; то же, вероятно, перешло и к боярам; когда же князья и бояре сделались слугами московского государя, тогда понятие об их родовой чести стало измеряться службою государю. Обычай этот, впоследствии усложнившийся в том виде, в каком мы застаем его в период московского государства, мог быть еще недавним при Иване Васильевиче. С одной стороны, он был полезен для возникавшего самодержавия, так как потомки людей свободных и родовитых стали более всего гордиться службой государю, и потому понятно, отчего все государи до конца XVII века не уничтожали его; но, с другой стороны, этот обычай приносил также много вреда государственным делам, потому что начальники спорили между собою в такое время, когда для успеха дела нужно было дружно действовать и сохранять дисциплину. Иван Васильевич, конечно, мог бы уничтожить местничество в самом его зародыше. Он этого не сделал, но умерял его своею самодержавною волею. Таким образом, когда в походе против Литвы боярин Кошкин, начальствуя сторожевым полком, не хотел быть ниже князя Даниила Щени, то государь приказал ему сказать: «Ты стережешь не Даниила Щеню, а меня и мое дело. Каковы воеводы в большом полку, таковы и в сторожевом. Это тебе не позор». Итак, Иван Васильевич на этот раз лишил местничество своей силы на время войны. Этим он оставил пример своим преемникам в известных случаях прекращать силу местничества, объявляя наперед, что все начальники будут без мест, но все-таки не уничтожая местничества в своем основании. Кроме русского войска, московский государь отправил на Литву татарскую силу под начальством бывшего казанского царя Махмет-Аминя, которого он, по желанию казанцев, недавно заменил другим. Со своей стороны, неизменный союзник Ивана Менгли-Гирей сделал нападение на южную Русь. Война шла очень успешно для Ивана; русские брали города за городами; многие подручные Александру князья попались в плен или же сами предавались Москве: так сделали князья трубчевские (Трубецкие). 14 июля 1500 года князь Даниил Щеня поразил наголову литовское войско и взял в плен гетмана (главного предводителя) князя Острожского, потомка древних волынских князей: Иван силою заставил его вступить на русскую службу. Владения Александра страшно потерпели от разорения. Мало помогло Александру то, что в следующем году, по смерти брата своего Альбрехта, он был избран польским королем и заключил союз с ливонским орденом. Ливонские рыцари под начальством своего магистра Плеттенберга сначала, вступавши в русские края, одерживали было верх над русскими, но потом в их войске открылась жестокая болезнь: рыцари, потерявши множество людей, ушли из псковской области, а русские воеводы, вслед за ними, ворвались в ливонскую землю и опустошили ее. Так же мало оказал Александру помощи союз с Шиг-Ахметом, последним ханом, носившим название царя Золотой Орды. Шиг-Ахмет колебался и, служа Александру, в то же время предлагал свои услуги московскому государю против Александра, если московский государь отступит от Менгли-Гирея. Но Иван Васильевич естественно нашел более выгодным дорожить союзом с крымским ханом. Менгли-Гирей поразил Шиг-Ахмета и вконец разорил остатки Золотой Орды. Шиг-Ахмет бежал в Киев, но Александр, вероятно, узнавший об его предательских намерениях, заточил его в Ковно, где он и умер.