Договор не был выполнен, поскольку ситуация резко изменилась и к началу апреля никакой Советской Украины уже не существовало. 3 марта 1918 года правительство Ленина подписало Брест-Литовский сепаратный договор с Германией, Австро-Венгрией, Турцией и Болгарией. Как писал американский дипломат Э. Сиссон, «Германия заключила русский мир с собственным подставным правительством, ложно называющимся Советом Народных Комиссаров… Германия не отказалась от большевистских главарей, признавая их дальнейшую пользу для Германской мировой кампании, направленной на внутреннюю дезорганизацию народов, с которыми она воюет». Москва становилась фактическим союзником Германии, снабжая кайзеровскую армию хлебом и маслом, отпуская из плена целые корпуса, выплачивая миллионные контрибуции золотом. Очень возможно, что и румынским тоже. Кроме того, большевики признали независимость Украины, и в Киеве теперь правила Центральная Рада, которая тоже подписала договоры с Германией и Австро-Венгрией и пригласила на свою территорию немецкие войска. Рада априори считала Бессарабию составной частью «самостийной и вольной Украинской Народной Республики», во всяком случае, к России она теперь не имела никакого отношения.
Румынам, получившим от дохлой кобылы хвост и окруженным врагами со всех сторон, даже чисто с военной точки зрения не имело никакого смыслы выводить свои войска, а молдаване не стремились стать украинцами. В этой ситуации 27 марта депутаты «Стафул Цэрия» проголосовали за присоединение Бессарабии к Румынии на правах автономии. За это решение проголосовали 86 человек, трое были против и 36 воздержались. По свидетельству депутата Центральной Рады от Заднестровья И. Думитрашку, это известие вызвало в Киеве взрыв негодования. На специальном заседании Рады ее председатель профессор М. Грушевский заявил, что «Бессарабия с момента образования не принадлежала Молдове» (имелась в виду румынская Молдова). Председатель зачитал ноту протеста против «аннексии Бессарабии Румынией».
Румыния между тем была совершенно не в состоянии продолжать войну против Центрального блока и по примеру России вступила с ним в сепаратные переговоры. В обмен на территориальные уступки с румынской стороны в пользу Болгарии и доступ к румынской нефти Германия и Австро-Венгрия согласились признать Бессарабию за Румынией. Это было закреплено Бухарестским мирным договором, подписанным 7 мая. Державы Антанты, естественно, его не признали, а пришедшее на смену Центральной Раде правительство гетмана П.П. Скоропадского 11 мая разорвало с Румынией дипломатические отношения.
Однако поражение Германии, особенно после вступления в Первую мировую войну США, было неизбежным. В сентябре 1918 года началось общее наступление союзников на всех фронтах. На Балканах французы прорвали Болгарский фронт, заставили Софию капитулировать и форсировали Дунай. Уцелевшие германские войска начали отход из Румынии через Трансильванию. 29 октября в Германии разразилась революция, кайзер бежал в Голландию, а 7 ноября начались мирные переговоры. Германская империя прекратила существование, и все договоры с ней утратили силу. 10 ноября, за сутки до подписания перемирия, Румыния успела еще раз объявить австро-германскому блоку войну, вскочив в последний момент на подножку колесницы победителей, и оккупировала венгерскую провинцию Трансильванию, приступив, таким образом, к строительству «Большой Румынии» с включением в нее всех земель, населенных в той или иной степени народами румынской языковой группы.
27 ноября 1918 года «Стафул Цэрий» проголосовал за вхождение Бессарабии в состав Румынского королевства, упразднив существующую автономию. На следующий день, находясь в аналогичных условиях, Буковинский национальный совет в Черновицах также принял решение о присоединении к Румынии. Понятно, что в присутствии румынской армии, твердо решившей остаться, волеизъявление «избранников народа» мало походило на праздник демократии.
«Надо признать, что атмосфера для подобного акта была в достаточной мере подготовлена, – рассказывал бывший член Учредительного собрания от Бессарабской губернии М. Слоним. – За несколько дней перед этим в тюрьме было расстреляно несколько человек, была устроена камера пыток, румынский диктат достиг в этот момент своего апогея. В этих условиях под наведенными на депутатов ружьями С.Ц. голосовал за присоединение Бессарабии к Румынии с ограничением автономных прав Бессарабии… Вслед за этим началось полное хозяйничанье Румынии в Бессарабии и уничтожение в Бессарабии всего, что носит печать русского, причем всякая попытка бессарабского населения освободиться от ига пресекалась… Наконец, бессарабское население неоднократно доказывало свое отношение к Румынии крестьянскими восстаниями, доходившими до самых внушительных размеров, причем румынским войскам для подавления этих восстаний приходилось сметать артиллерийским огнем с лица земли целые деревни… В 2 часа ночи на заседании С.Ц. был поставлен вопрос об отказе Бессарабии от всяких автономных прав и ее слиянии с Румынией в качестве провинции Румынии, не обладающей никакими самостоятельными правами. Это голосование было произведено 36 депутатами, и тотчас после него С.Ц. был объявлен распущенным».
Румыны, в свою очередь, считали, что исправляют историческую несправедливость, допущенную в 1812 году.
Правомерность действий Румынии поначалу не была признана ни Антантой, ни тем более Советской Россией, руководство которой спешно сформировало Временное рабоче-крестьянское правительство Украины, немедленно опубликовавшее манифест о низложении гетмана Скоропадского и «восстановлении всех завоеваний Октября». Вслед за манифестом «на помощь трудящимся» двинулись в поход советские войска, образовавшие в январе 1919 года Украинский фронт под командованием В.А. Антонова-Овсеенко. 5 февраля они взяли Киев, 6 апреля – Одессу, 18 апреля – Бендеры. Едва установив Советскую власть на Украине, Красная Армия сделала первую попытку прорваться в Европу через Галицию и Бессарабию на помощь Венгерской республике, где установился коммунистический режим и где полки товарища Бела Куна сражались с румынскими войсками, пытаясь вернуть Трансильванию. 18 мая Советская Россия объявила Румынии войну. Одновременно была провозглашена Бессарабская ССР и сформировано ее Временное правительство во главе с И.Н. Криворуковым. Оно тут же огласило манифест, провозглашавший добровольное вхождение в РСФСР на условиях федеративных отношений. Правительство БССР пыталось вести переговоры с представителями французского командования по вопросам военного и политического урегулирования. Однако победоносные красные полки сначала были задержаны поляками, занявшими Галицию, и григорьевским мятежом, а затем разбиты войсками Добровольческой армии А.И. Деникина. Не дождавшись помощи, Венгерская республика пала под ударами «реакции», в первую очередь румынской армии, занявшей Будапешт. Прекратила свое существование и виртуальная Бессарабская ССР.
26 июля правительство Украины, видя в Румынии потенциального союзника в борьбе как против «красных», так и против «белых», согласилось признать присоединение Бессарабии к Румынии. Большевиков летом 1919 года, когда Деникин двинулся в поход на Москву и народные комиссары заготавливали заграничные паспорта и, как выражался Николай Бухарин, «пети-мети», вопрос о Бессарабии пока не волновал.
Перемирие Советской России с Румынией было подписано только 2 марта 1920 года. Достичь политического компромисса, однако, не удавалось: Румыния отказывалась от выполнения условий Ясского мира. По поручению советского правительства заместитель наркома иностранных дел, полпред в Варшаве Л.М. Карахан, вступил в контакт с послом Румынии в Польше и в предварительном порядке обсудил с ним возможность возвращения Бессарабии России при условии отдачи реквизированного румынского золота. В полноценные переговоры этот зондаж не перерос, так как Бухарест отказался их санкционировать.
Стремясь оказать дипломатическую поддержку Румынии, объявившей себя аванпостом на фронте борьбы с большевизмом и требующей вознаграждения за услуги, 20 марта 1920 года Антанта особой нотой признала права Румынии на Бессарабию, а 28 октября Англия, Франция, Италия, Япония и Румыния подписали в Париже так называемый Бессарабский протокол, согласно которому они признавали суверенитет Румынии над Бессарабией и постановили, что этот суверенитет «не может быть поставлен на обсуждение».
Протокол не имел юридической силы, так как не был ратифицирован одной из подписавших его держав – Японией. Советское правительство не признало парижских решений. Для укреплений своих позиций в конфликте с Москвой румынское правительство 3 марта 1921 года заключило оборонительный союз с Польшей, направленный против Советской России.