Командование флотом было возложено на адмирала С. О. Макарова, одного из лучших русских моряков, пользовавшегося огромной популярностью во флоте. Адм. Макаров тотчас же выехал на Д. Восток и 24 февраля уже был в Порт-Артуре.
Общее руководство военными действиями оставалось за наместником Д. Востока, адм. Е. С. Алексеевым. В случае разногласий между высшими инстанциями решающий арбитраж принадлежал государю. В отношении флота двоевластие почти не проявилось; но между Куропаткиным и Алексеевым не замедлило возникнуть разногласие, т. к. наместник стоял за иной, более активный, более рискованный образ действий, нежели командующий армией.
За первые два с половиной месяца войны операции сосредоточивались почти исключительно вокруг Порт-Артура. Японские суда, правда, показались 22 февраля перед Владивостоком; в свою очередь, русская крейсерская эскадра из этого порта совершила набег на северное побережье Японии. У берегов Кореи японская эскадра атаковала 27 января крейсер «Варяг» и канонерку «Кореец», еще не знавшие о начале войны, но мужественно принявшие неравный бой, в котором они нашли гибель. После этого японцы начали высаживать войска в западной Корее; они захватили власть в Сеуле, посадив под стражу корейского императора. Русские передовые отряды, проникшие для разведки в северную часть Кореи, медленно отходили по мере усиления противника. Но центром борьбы оставался Порт-Артур.
В первые дни после начала войны там царила подавленность. На собственных минах взорвались небольшой крейсер «Боярин» и минный транспорт «Енисей». Поврежденные ночной атакой суда были введены в порт, но починка их требовала много времени. 12 февраля японцы предприняли первую попытку использовать слабую сторону порт-артурской гавани - заградить выход из внутреннего рейда, затопив в нем «брандеры».
С приездом адм. С. О. Макарова дух во флоте поднялся. Новый командующий флотом поднял флаг на быстроходном крейсере «Аскольд», постоянно выходил в море, вступал в перестрелку с японским флотом, когда тот показывался перед Порт-Артуром, и даже предпринял «вылазку» в поисках ближней базы вражеской эскадры. С. О. Макаров был высокого мнения о качестве русского флота и не давал себя парализовать неблагоприятным численным соотношением (хотя в то время русский флот насчитывал всего шесть боеспособных бронированных судов, а японский - четырнадцать); он не боялся идти на риск, учитывая, что японцы едва ли отважатся на решительный бой, так как им больше неоткуда ждать подкреплений, а в Балтийском море уже готовилась новая русская эскадра, численно равная первой.
Но 31 марта адм. С. О. Макаров погиб вместе с броненосцем «Петропавловск», затонувшим в каких-нибудь две минуты от взрыва мины. Гибель С. О. Макарова была роковым ударом для русского флота. Она произвела во всей стране угнетающее впечатление. «Тяжелое и невероятно грустное известие… Целый день не мог опомниться от этого ужасного несчастья. Во всем да будет воля Божия, но о милости Господней к нам, грешным, мы должны просить…» - написал в этот день государь, обычно не выражавший чувств в своей повседневной записи.
Так как от мины в этот день пострадал еще один броненосец («Победа»), русская эскадра фактически сошла со сцены на целых два месяца. Преемником адм. Макарова был назначен адмирал Скрыдлов; но ему так и не удалось достигнуть эскадры. Только владивостокский крейсерский отряд сохранял свободу действий, и в течение первого полугодия войны несколько раз переходил в наступление, то спускаясь к югу до Корейского пролива, то проникая в Тихий океан и крейсируя у берегов Японии. Ему удалось потопить несколько японских транспортов с войсками, а также с тяжелыми орудиями, предназначенными для осады Порт-Артура (это на два-три месяца задержало обстрел крепости). Но, конечно, три бронированных крейсера57 не могли вступить в открытую борьбу со всем японским флотом.
30 марта ( 12 апреля), за день до катастрофы с «Петропавловском», подписано было англо-французское соглашение, установившее «сердечное согласие» между этими странами на основе отказа Франции от притязаний на Египет, в обмен за признание ее прав на (в ту пору еще независимое) Марокко. Значение этого соглашения было огромно. Это оно положило начало «Антанте». Сближение Франции, союзницы России, с Англией, союзницей Японии, вызвало известное недоумение. Но формального противоречия с союзными договорами не было - соглашение касалось как будто только конкретных вопросов. Французская печать утверждала, что Россия только от этого выиграет - явится возможность оказывать на Англию «умеряющее влияние». Русские круги почти не реагировали на этот важный дипломатический акт, хотя в «Новом Времени"58 промелькнула фраза «Почти все почувствовали веяние холода в атмосфере франко-русских отношений… «
Англо-французское соглашение вызвало толки о готовящемся посредничестве между Россией и Японией, которые были пресечены решительным циркуляром русского правительства: Россия сочтет недружественным актом всякое вмешательство в навязанную ей войну.
Во второй половине апреля выпал следующий удар - на суше. Японская армия, сосредоточиваясь в северной Корее, имела перед собою, за широкой долиной реки Ялу, немногочисленные русские части, которые ген. Куропаткин, по своей теории глубокого отхода, именовал «арьергардом». Им было поручено возможно дольше задерживать противника, не вступая, однако, в серьезный бой.
Между тем первое столкновение на суше имело большое психологическое значение. Японцы с особой тщательностью готовились к нему. Они приняли все меры для того, чтобы обеспечить себе бесспорное преобладание. У них было около 45 000 человек; у русских на всем фронте Ялу - около 18 000, ауТюренчена, где фактически произошел бой, японцы имели пятикратный численный перевес.
Русские войска (которыми командовал ген. Засулич) занимали хорошую позицию на возвышенном правом берегу реки. Но японцы, переправившись через Ялу выше русских позиций, 18 апреля атаковали их с фланга; сибирские стрелки оказали мужественное сопротивление, но перевес противника был слишком велик; двум батальонам пришлось пробиваться сквозь кольцо японских войск, чтобы избежать плена. От этого боя остался образ полкового священника Щербаковского, который с крестом в руках вел русский отряд во время прорыва. Русские потеряли 2268 человек убитыми и ранеными, а также несколько орудий; потери японцев были вдвое меньше.
В Британской энциклопедии говорится, что этот бой - как сражение при Вальми в 1792 г. - был «началом новой эпохи» - первой победой над «белыми». Но, конечно, сам по себе Тюренченский бой не получил бы такого значения, если бы война в дальнейшем пошла иначе…
18 апреля японцы с боем перешли Ялу; в ночь на 20-е была сделана новая попытка заградить «брандерами» вход в порт-артурскую гавань, причем на этот раз это отчасти удалось им. 21-го японские войска начали высаживаться у Бицзыво, в северной части Ляодунского полуострова. 23 апреля наместник успел еще проехать из Порт-Артура в Мукден; но в тот же вечер железнодорожное сообщение с Квантуном было прервано. Оно еще было восстановлено на два дня русскими разъездами; удалось пропустить на юг два поезда со снарядами; затем в ночь на 30-е оно окончательно прервалось. С этого времени Порт-Артур общался с внешним миром только при помощи судов, изредка прорывавших блокаду.
Эти события, в их быстрой последовательности, вдруг заставили русское общество почувствовать, что положение серьезнее, чем думали. Порт-Артур был отрезан от маньчжурской армии; флот почти целиком выведен из строя. Нельзя было даже предвидеть начала поворота. «У нас, - писал Суворин о медленном прибытии подкреплений, - даже не ручеек, а капли…» - «Терпение!» - гласила передовая статья «Нового Времени», напоминавшая слова Куропаткина при его отъезде.
В начале мая военное счастье повернулось на мгновение против Японии: два броненосца натолкнулись на мины перед Порт-Артуром. «Хатцусе» затонул на месте, в 50 секунд, на глазах русских, а «Яшима» был уведен на буксире и затонул в пути; в течение года японцы успешно скрывали его гибель. В тот же день столкнулись два японских крейсера - один из них затонул - и на мине взорвалось посыльное судно. Японский флот после этого «реванша» за «Петропавловск» уже не решался близко подходить к Порт-Артуру.
Японские войска, высадившиеся у Бицзиво, оставив заслон на севере против маньчжурской армии, направились прежде всего на юг. Квантунский полуостров в одном месте суживается; получается как бы естественная крепость - Цинь-Чжоуская позиция. Она была наскоро укреплена и снабжена тяжелой артиллерией. Но командующий войсками Квантунского района ген. А. М. Стессель счел, что эта позиция слишком далека от Порт-Артура, что на охрану побережья между ними не хватает сил гарнизона, и дал генералу Фоку, защищавшему позицию, такой же приказ, какой был дан ген. Засуличу на Ялу: задерживать противника, но не слишком рисковать.