Баторий воевал с московским царем Иваном IV. Ему было нужно, чтобы казаки не трогали турок и татар, с которыми Речь Посполитая подписала мир. Однако его инициатива привела не к тем последствиям, которые ожидал Стефан Баторий.
Городами реестровых казаков стали Киев, Белая Церковь, Корсунь, Константинов, Черкассы, Бар, Чигирин, Кодак, Ямполь, Брацлав, Винница, Умань, Чернигов, Лубны, Переяслав, Фастов. Однако несколько десятков тысяч казаков лишились своих прав и привилегий и должны были перейти в крестьянское сословие — «поспольство». Казаки должны были стать крепостными польских панов. Не попавшие в реестр казаки пошли не к панам, а на Запорожскую Сечь. Запорожцы смеялись над запретом Батория выбирать себе кошевого атамана. Посланцев короля, приехавших за казацкой свободой, быстро утопили в Днепре. Из-за королевской глупости число запорожцев быстро достигло двадцати тысяч. С конца XVI века украинские казаки разделялись на городовых, реестровых и запорожских, низовых. К этому времени у запорожцев уже были свои земли.
Низ, или Запорожье составляли земли, лежавшие по обе стороны Днепра, ниже его порогов до Черного моря. Охота и рыбная ловля давали запорожцам почти все. В степи и плавнях было множество кабанов, медведей, волков, лисиц, барсуков, буйволов, выдр, диких лошадей, оленей, ланей, коз, куропаток, множество птиц, тетеревов, лебедей, гусей, уток, журавлей, соколов, ястребов, орлов. В Днепре и других реках водились осетры, севрюги, сомы, стерляди, лини, щуки, тарань, чабаки, окуни, ерши, судаки, плотва, язи, сельди.
Дорог на Низу не было никаких, только степь и Днепр. Паны даже не пробовали туда проникнуть. Запорожье от украинских черноземов отделяло Дикое поле, тянувшееся на западе от притока Буга реки Синюхи до правого берега Днепра и далее к югу. Только некоторые места около воды имели траву, там водилась дичь и рыба. Остальная степь была совершенно бесплодна.
Центром запорожских земель была укрепленная Сечь — Сича, располагавшаяся на Хортице, Базавлуке, Томаковке, Чертомлыке. Запорожцы для Сечи всегда выбирали неприступные места. Всегда с юга от Сечи лежала сеть плавней, с севера находился лиман, с запада — какая-нибудь река. Зимой запорожцы разбивали лед у берегов острова, чтобы неприятель не мог напасть на Сечь по льду.
Запорожцы искали удобное место, вырубали на нем лес, из которого изготавливали бревна для частокола. Отсюда и произошло само название «Сечь». Ее окружал ров, земляной вал и частокол, с выходами к воде. Когда турецкий султан прислал у запорожцев спросить, сколько их, ему ответили: «У нас, что куст, то казак, а где байрак, то там сто казаков».
Структура и управление украинского казачьего войска складывались десятилетиями и при
Богдане Великом приняли стройную организацию и систему. До 1648 года польские власти активно вмешивались в казацкую жизнь и постоянно меняли условия и правила казацкого управления, меняли структуру, уменьшали реестр, отменяли свои же собственные решения.
Из реестровых казаков были образованы полки-округа, центрами которых являлись города. По их названиям полки получали имена. Первой «столицей» реестровых казаков стал Канев. Там находились выбираемый казаками и утверждаемый королем гетман, высшая старшина, реестровая артиллерия, казна и госпиталь. В полковых городах находилась полковая старшина, в местечках располагались полковые сотни.
Казаки имели лошадей, ружья, пистоли, сабли, копья. Оружие поставлялось из Швеции, Польши, Турции. Служащие казаки получали жалованье и одежду, в походах — продовольствие и фураж для лошадей. Обязательная служба длилась до семи лет и потом почти всегда продолжалась добровольно. Добровольцы называли себя товариществом. Товарищи имели преимущества при голосовании, при выходе из службы их часто именовали старшинами. В начале казачества их одежда была простой — рубаха, шаровары, юфтевые сапоги, пояс кафтан. Верхняя одежда состояла из свитки и шапки из овечьего меха с суконным верхом.
Много украинских казаков жило в селениях, по околицам, по хатам, называемым и куренями. Курени управлялись куренными атаманами. Несколько куреней составляли сотню, несколько сотен — повет. Были сотенные и поветовые атаманы. В сотнях и поветах знамена и войсковые знаки хранили хорунжие, наблюдавшие за военной службой. При необходимости они собирали казаков в сборное место — в Батурин, Черкассы, Чигирин, Переяслав, Конотоп, Нежин, Чернигов. На общем сборе войско выбирало походных полковых старшин.
Украинские казаки подбривали волосы на голове чуть выше ушей, подстригая их в кружок, носили огромные усы, считавшиеся знаком казачества. Запорожцы всю голову брили, оставляя на макушке чуб — оселедец, по-русски хохол. Иногда чуб заплетали как косу и завертывали за левое ухо. Существует предание, что крымские татары, идя в нескончаемый набег на украинские земли, хвастались, что привезут домой головы запорожцев. Приходили за головами многие, возвращались немногие.
В походах казаки питались пшенной кашей с толчеными сухарями. Турки, татары и поляки боялись казачьих походов, ибо их было невозможно предупредить — по степи «казак шел в траве с травою ровен». Реки казаки переплывали на связках тростника, держась за коня. При преследовании они позади себя рассыпали «чеснок» — металлические шарики с четырьмя шипами, Которые калечили лошадей врага, приводя противника в ярость, что заставляло его делать ошибки. Если спешенных из-за «чеснока» преследователей становилось много, казаки возвращались и рубили врага. Все казаки любили свободу и рабству предпочитали смерть — поэтому их так боялись. «Сегодня пан, а завтра пропал» — говорили витязи.
На Левобережье Днепра были построены караульные стоянки, вокруг которых на высоких местах располагались «фигуры» — двадцать просмоленных бочек одна над другой. При приближении крымских татар бочки поджигали и население, оповещенное о враге, уходило в укрепленные места, которые охраняли казаки, сражавшиеся с татарами. Казаки великолепно владели всеми видами оружия, прекрасно знали военное дело — иначе не было бы их славных побед.
Если встречались большие группы вражеских войск, казаки вместо каре строились треугольником в три шеренги, имея по углам пушки; в середине находились знамена и старшина.
В походе казаки шли колонной по трое в ряду, впереди несли знамена — хоругвь. Лагерь — табор был окружен возами, между которыми помещались пушки. Шатры ставились на пиках.
Полковники и сотники выбирались пожизненно. Полковые города были укреплены валом, рвом, палисадом, внутри находился укрепленный «замок» с частоколом, валом с пушками. В городе всегда существовал подземный ход — выход к воде. Такой порядок держался до середины XVIII века.
Богдан Хмельницкий провел нобилизацию — перепись населения. Все нобилированные, претендовавшие на казацкое достоинство и произведенные в казаки были вписаны в реестры и приведены к присяге. На Левобережной Украине, в Гетманщине, казаки имели почти дворянские права, выбирали гетмана, полковников, сотников, имели свои законы, суд. Казаки владели переходившей по наследству землей, имели право винокурения и продажи вина, меда, право торговли. Только суд мог исключить казака из своего сословия.
При гетмане Иване Скоропадском в начале XVIII века на украинских землях было десять полковых городов — Киев, Полтава, Нежин, Чернигов, Переяслав, Миргород, Гадяч, Лубны, Прилуки, Стародуб. В период Руины, в середине XVII века, много казаков переселилось на Слободскую Украину, где были построены Харьков, Сумы, Ахтырка, получившие наименование полковых городов. Позже звание полкового получил город Изюм.
При гетмане Иване Мазепе в Батурине была учреждена его личная гвардия — три сердюцких полка.
При гетмане Кирилле Разумовском все казаки получили одинаковую форму — верхний длинный кафтан — жупан, синего цвета с красными отворотами и обшлагами, белое суконное полукафтанье и белые суконные шаровары, красный пояс-кушак, польскую шапку, разноцветную в каждом полку.
Полк состоял из области с городами, местечками, селами, деревнями, хуторами. В руках полковников фактически находилась вся военная сила. От них во многом зависело избрание руководства казачьего войска. Непосредственно полком управляли есаул, писарь, обозный.
Казацкая сотня представляла собой большой уезд. Ей управляли сотник, есаул, хорунжий, обозный, сельские атаманы.
Все казацкие предводители выбирались. На казацком или войсковом совете — Раде, в которой могли участвовать все казаки, выбирали гетмана, атаманов, полковников, старшину, заключали договоры с другими государствами, вели судебные дела, утверждали планы военных доходов. Решение принималось большинством.
Со времен Богдана Хмельницкого Ясновельможный пан Еетман в Еетманщине имел все права государя. Запорожский кошевой атаман признавал его власть. Еетманы были верховными судьями, могли казнить и миловать, санкционировали выборы казацкой старшины, раздавали земли, местечки, полки, чеканили монету, вели иностранные дела, объявляли войну и заключали мир. Еетман ни перед кем не отчитывался, но на общей казацкой раде мог быть смещен, заключен в тюрьму и казнен. После смерти Богдана Хмельницкого гетманская власть постоянно ограничивалась Московским государством — «чтобы явно было всему свету, что монарх, а не гетман землей владеет». Еетманство было ликвидировано в 1803 году, после смерти последнего гетмана Кирилла Разумовского.