Во второй половине XVI века казачество за днепровскими порогами создало свой военный центр — Запорожскую Сечь. Запорожская земля стала центром казачьей силы. Великий Тарас Шевченко писал:
«I пiду я одружуся
З моiм вiрним другом —
На Хортицi у матерi
Буду добре жити,
У оксамитi ходити,
Меда — вина питии!»
Первая казацкая крепость, ставшая прообразом Запорожской Сечи, была построена в 1550-х годах на днепровском острове Малая Хортица князем Дмитрием Вишневецким, позднее прозванным или отождествлявшимся народом с украинским народным героем казаком Байдой. Потомок Рюриковичей и Гедиминовичей, староста черкасский и канеский Дмитрий Вишневецкий собрал и объединил казацкие отряды, совершил несколько походов в Крым и в 1553 — 1556 годах построил первый форт на Малой Хортице — «город напротив Конских Вод», колыбель украинского казачества.
Казаки назвали Дмитрия Вишневецкого своим гетманом. До этого предводители казачьих отрядов назывались атаманами. Это слово, вероятно тюрского происхождения, означало выборного предводителя. Позднее у запорожцев главой войска стал кошевой атаман. Само слово «гетман» (польское «hetman», чешское «hejtman», немецкое «hauptman») означало «начальник, предводитель». В Чехии в период гуситских войн именно гетман руководил таборитскими войсками. В Польше и Литве первоначально гетманами назывались командующие наемными войсками. Позднее, с XVI века, пожизненное звание гетмана носили командующий всеми вооруженными силами государства — великий гетман, коронный гетман, его заместитель польный гетман. С первого казацкого командующего Д. Вишневецкого гетманами стали называть выборных глав реестровых и запорожских казаков.
Первые запорожцы взяли турецкую крепость Ислам-Кермен и пушки оттуда встали на хортицких камнях, охраняя запорожский кош. Крымский хан дважды осаждал Хортицкую крепость, но взять ее не смог. Запорожцы ушли сами, когда кончились еда и боеприпасы.
С этого времени казаки стали постоянно жить на днепровских островах, «чиня большие шкоды кочевьям перекопского хана». Уже тогда запорожцы не очень считались с верховной властью Польской Короны. Они быстро становились грозной силой. Казачество дралось с крымскими татарами, наказывая их за набеги. Казаки выходили в море и атаковали турецкие суда. У запорожцев стали складываться обычаи и традиции.
После объединения Польши и Великого княжества Литовского в 1569 году в Речь Посполитую, созданные в украинских городах казачьи полки поступили под начало особого «казачьего старшого», непосредственно подчиненного коронному гетману. Запорожские казаки не подчинились королю Сигизмунду и, несмотря на его запреты, продолжали драться с турками и татарами. Несколько тысяч казаков не смогли в 1574 году остановить объединенные турецко-татарские войска. Враги сожгли окраинные города и местечки, набрали громадный полон и вернулись в Крым. Запорожцев не поддержали ни Польша, ни Литва — захватчики до собственно польских и литовских земель пока еще не доходили.
Кроме городских и реестровых казаков, были созданы полки охочекомонных — конных добровольцев. Эти полки назывались по именам назначаемых гетманом полковников. В зависимости от внешней угрозы их было от пяти до двадцати.
Ставший во главе запорожцев и охочекомонных Иван Подкова, ломавший подкову двумя пальцами одной руки, совершил несколько удачных походов в турецкие земли. Победив турецкие войска в 1577 году в бою на реке Прут, казацкие войска заняли молдавскую столицу Яссы. Иван Подкова предложил польскому королю «взять Молдавию под свою руку». Король не захотел ссориться с султаном и приказал казакам уйти из турецкой Молдавии. Иван Подкова был обманом пленен в Немирове и казнен поляками во Львове.
Татары несколько раз пытались уничтожить казацкие укрепления на днепровских островах. Казачий лагерь — кош — состоял из больших куреней — сараев, землянок, которые казаки легко бросали в случае нужды. Татары занимали остров и вскоре уходили, a «ciч» появлялась на другом острове. Остров с «сiчью» укреплялся рядами окопов и пушечных батарей. На пристани находился паром и множество лодок, байдарок, «душегубок», походных чаек, стояли кузницы, мастерские, торговые лавки. В больших котлах кипела смола, лодки готовили к походам. На самом острове стояли курени — большие сараи, небольшая деревянная церковь. С пристанью их разделяла небольшая караульная застава, наблюдавшая за проезжавшими и проходившими. Сами запорожцы, обычно очень причудливо одетые, всегда носили лихо заломленную казацкую шапку с красным верхом — знак казацкого достоинства. Под страхом смерти на Сечь не допускались женщины, запорожцем мог стать только хороший казак.
В запорожцы принимали всех православных желающих. Куреней бывало до нескольких десятков, каждый имел своего атамана. В курене — длинном сарае на сто-двести человек и покрытом дерном, — хранилось казацкое добро и припасы. Казна и оружие хранились в войсковой скарбнице — тайнике, иногда располагавшейся даже и под водой.
Если не было войны, запорожцы вставали с рассветом, умывались в Днепре и шли «на общественные работы» — чинили лодки, объезжали коней, рубились на саблях, стреляли в цель, ловили рыбу, охотились. Повара в котлах диаметром более двух метров варили уху, борщ, кашу, галушки, на железных прутьях жарили целых баранов, кабанов, сайгаков, быков, иногда туров, пекари пекли груды хлеба. Каждый курень готовил отдельно.
К обеду запорожцы куренями рассаживались кругами на земле. В центр ставили деревянные мисы с ухой диаметром более метра, после ухи ели кашу, дичь, рыбу. После обеда почти вся Сечь отдыхала, спала. Потом казаки опять шли по делам. Вечерами они слушали рассказы бывалых запорожцев о боях с турками и татарами, о морских походах. От каждого куреня постоянно находилась в степи разведка, сторожа. Здесь на деле показывали молодые казаки то, чему они научились на острове.
Запорожцы владели множеством военных хитростей. Если их было меньше татар, то они разделялись на несколько небольших групп и разъезжались по разным направлениям. Большие группы скакали след в след, маленькие по четыре в ряд, топча при этом как можно больше травы. Татары делились на отряды и рвались в погоню. Казаки быстро собирались в назначенном месте и в яростных сшибках вырубали татар, у которых уже не было численного преимущества. Запорожцы не могли заблудиться в бесконечных степях, они днем и ночью легко могли определить, который час, определяли стороны света — по солнцу, по звездам. Казаки выли по-волчьи, шипели по-змеиному, ревели как туры, кричали перепелами, куковали. Крик «пугу-пугу» был условным криком запорожцев. Все звериные и птичьи крики были условными сигналами, которыми запорожцы переговаривались, обманывали врага, вводили его в заблуждение. Обнаружив отряд татар на ночевке, несколько запорожцев в высокой траве подползали к табору и спугивали лошадей. Остальные запорожцы вихрем налетали и рубили метавшихся без лошадей татар. При свете костров шла беспощадная молчаливая рубка, скорее резня. Небольшой отряд запорожцев на лучших лошадях перехватывал татарский табун. Хороший конь считался лучшей добычей для казака.
Сшибки разведки казаки не считали «настоящим делом». Почти каждый год они ходили в морские походы в Крым или к турецким берегам. Количество запорожцев постоянно увеличивалось. В них вступали крестьяне, горожане, торговцы, слуги, ремесленники, мелкая служилая шляхта, которую магнаты переводили в разряд государственных крестьян. Это была уже сложившаяся военная сила, не подчинявшаяся Польской Короне. И с ней надо было что-то делать.
Первая попытка решить проблему украинского казачества принадлежала польскому королю Стефану Баторию. Он попытался упорядочить казачество, которое уже страшилась Польская Корона. «Желающих» казаков записали в новый реестр, а затем разделили на шесть полков. Число реестровых казаков колебалось от нескольких сот до нескольких тысяч. Они получили свою старшину и свой суд. Казачьего гетмана выбирали сами казаки, его утверждал или нет польский король. Казацкой столицей стал город Трахтемиров у Канева. Там с 1578 года появились арсенал и госпиталь.
Баторий воевал с московским царем Иваном IV. Ему было нужно, чтобы казаки не трогали турок и татар, с которыми Речь Посполитая подписала мир. Однако его инициатива привела не к тем последствиям, которые ожидал Стефан Баторий.
Городами реестровых казаков стали Киев, Белая Церковь, Корсунь, Константинов, Черкассы, Бар, Чигирин, Кодак, Ямполь, Брацлав, Винница, Умань, Чернигов, Лубны, Переяслав, Фастов. Однако несколько десятков тысяч казаков лишились своих прав и привилегий и должны были перейти в крестьянское сословие — «поспольство». Казаки должны были стать крепостными польских панов. Не попавшие в реестр казаки пошли не к панам, а на Запорожскую Сечь. Запорожцы смеялись над запретом Батория выбирать себе кошевого атамана. Посланцев короля, приехавших за казацкой свободой, быстро утопили в Днепре. Из-за королевской глупости число запорожцев быстро достигло двадцати тысяч. С конца XVI века украинские казаки разделялись на городовых, реестровых и запорожских, низовых. К этому времени у запорожцев уже были свои земли.