23 октября 1941 года командиром партизанских отрядов Крыма был назначен руководивший партизанской борьбой во времена Гражданской войны и участник боев в Испании А. В. Мокроусов, а комиссаром – секретарь Симферопольского горкома партии С. В. Мартынов.
Командование нацистских войск придавало Крыму особое значение, его положение в Черном море делало его стратегически важным для развития дальнейших военных действий. Для захвата Крыма были выделены 11-я армия Манштейна и румынский горный корпус.
После ряда ожесточенных боев советские войска в Крыму оказались разделены на две части. 51-я Отдельная армия под командованием генерал-лейтенанта П. И. Батова с боями отходила на Керченский полуостров, откуда 16 ноября 1941 года переправилась на Таманский, в то время как Приморская армия генерал-майора И. Е. Петрова, переброшенная в Крым из Одессы, отходила к Севастополю.
К ноябрю 1941 года территория полуострова почти целиком была оккупирована захватчиками. Немецкие войска подступили к Севастополю.
4 ноября 1941 года был создан Севастопольский оборонительный район. Командовать оборонительным районом был назначен командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ф. С. Октябрьский. В оборонительный район входили войска Приморской армии, отступившие в Севастополь, гарнизон Севастополя, части морской пехоты и береговой обороны флота, корабли, оставленные для поддержки сухопутных войск с моря, авиационная группа Черноморского флота. На полуостров регулярно перебрасывались пополнения с Кавказского побережья.
В октябре того же года в Севастополе был создан городской комитет обороны, задачей которого была организация жителей на борьбу с врагом и оказание поддержки войскам.
Многие промышленные предприятия были переведены под землю, но продолжали функционировать даже при авиационных налетах и артобстрелах. Там шло изготовление минометов, гранат, мин, ремонтировались танки, автомашины, тракторы, корабли.
В декабре, во время наиболее напряженных боев под Севастополем, в районе Керчи и Феодосии была предпринята первая за время Великой Отечественной войны крупная десантная операция. Главной целью было овладение Керченским полуостровом и создание предпосылок для освобождения Крыма. Второй задачей было облегчить положение защитников Севастополя. В десантной операции участвовали войска 51-й армии под командованием генерал-майора В. Н. Львова, войска 44-й армии под командованием генерал-майора А. Н. Первушина. Перевозку и высадку десантов обеспечивали Азовская военная флотилия под командованием контр-адмирала С. Г. Горшкова, корабли Черноморского флота под командованием капитана 1 ранга Н. Е. Басистого. Высадка десантов 51-й армии началась 26 декабря, 44-й армии – 28 декабря. Во время этих операций советские воины проявили исключительный героизм. 30 декабря были освобождены Керчь и Феодосия, а ко 2 января 1942 года – весь Керченский полуостров.
Керченско-Феодосийская десантная операция вынудила нацистское командование оттянуть часть сил от Севастополя. Защитники города получили передышку.
И все же к весне 1942 года положение советских войск в Крыму оказалось очень тяжелым. Под натиском противника, начавшего наступление 8 мая, советские войска вынуждены была оставить Керченский полуостров. На Таманский полуостров удалось эвакуировать до 120 тыс. советских солдат, но некоторые подразделения, прикрывавшие отход, не смогли переправиться из Керчи. Вместе с остатками местного населения они укрылись в Аджимушкайских каменоломнях. Оборона каменоломен продолжалась пять с половиной месяцев.
Отступление советских войск с Керченского полуострова резко ухудшило положение Севастополя. 7 июня 1942 года вермахт предпринял попытку штурма города – к этому времени уже третью. Упорные кровопролитные бои шли на всех участках фронта. «В этих тяжелых боях, – писал в те дни генерал-майор И. Е. Петров, – как никогда сказалось замечательное боевое содружество всех родов войск… Охваченный неугасимой ненавистью к врагу каждый из защитников Севастополя, выполнял свой долг до конца». 1 июля 1942 года, когда все возможности были исчерпаны, советским войскам было приказано оставить город. Тем не менее, на отдельных участках Херсонесского мыса бои продолжались до 9-12 июля 1942 года – моряки-черноморцы стояли насмерть; немногим из них удалось с боями прорваться в горы к партизанам.
Оборона Севастополя вошла в историю – и стала одним из героических мифов войны как одна из самых ярких ее страниц и оказала большое влияние на дальнейший ход войны.
После победы в Сталинграде, послужившей началом коренного перелома в ходе войны, советские войска перешли в наступление по всему фронту. Попытка немецко-фашистской армии развернуть в июле 1943 года наступательную операцию в районе Курска и Белгорода завершилась ее сокрушительным разгромом в Курской битве. Продолжая наступление, советские войска осенью 1943 года вышли на подступы к Крыму. Войска 4-го Украинского фронта под командованием генерала армии Ф. И. Толбухина во второй половине октября 1943 года освободили Мелитополь и вышли к Перекопу, Сивашу и Геническу. В Крыму была блокирована 17-я немецко-фашистская армия.
В первых числах ноября передовые части 19-го танкового корпуса захватили плацдарм южнее Турецкого вала на Перекопском перешейке, а 10-й стрелковый корпус 51-й армии – на южном берегу Сиваша. В захвате плацдарма на южном берегу Сиваша большая заслуга принадлежит 346-й стрелковой дивизии генерал-майора Д. И. Станкевского. Она первой преодолела Сиваш вброд и, удерживая плацдарм, обеспечила переправу остальных дивизий 10-го стрелкового корпуса. Одновременно войска Северо-Кавказского фронта под командованием генерала И. Е. Петрова 1 ноября 1943 года начали десантную операцию на Керченском полуострове. Первым в районе Эльтигена высадился десантный отряд 18-й армии генерала К. Н. Леселидзе и полковника Л. И. Брежнев, в составе 318-й стрелковой дивизии полковника В. Ф. Гладкова, и 386-го батальона морской пехоты под командованием капитана Н. А. Белякова. Десантники проявили огромное мужество и героизм. 36 дней и ночей продолжались здесь кровопролитные бои. Овладев плацдармом, десантники отражали одну за другой атаки врага. Они приковали к себе большие силы противника и тем самым содействовали высадке на Керченском полуострове крупных воинских соединений. 3 ноября северо-восточнее Керчи на участке Еникале – Маяк начала высадку 56-я армия. К 20 ноября она захватила значительный плацдарм севернее и северо-западнее Керчи.
В течение зимы 1944 года войска 4-го Украинского фронта и Отдельной Приморской армии вели непрерывные бои за расширение захваченных плацдармов. Эти плацдармы сыграли важную роль при освобождении Крыма от немецко-фашистских захватчиков.
Гитлеровское командование стремилось любой ценой удержать Крым в своих руках, рассчитывая сковать здесь значительные силы советских войск, не дать возможности использовать их на других участках фронта.
В северной части Крыма против 4-го Украинского фронта и на Керченском полуострове против Отдельной Приморской армии, а также в районе Севастополя враг создал мощную глубоко эшелонированную оборону. В составе гитлеровской 17-й армии имелось 12 дивизий, значительное количество отдельных пехотных, артиллерийских, танковых, инженерных частей усиления. Общая численность вражеских войск на полуострове превышала 195 тыс. солдат и офицеров.
В Крымской наступательной операции, начавшейся весной 1944 года, участвовали соединения 4-го Украинского фронта (генерал армии Ф. И. Толбухин): 2-я гвардейская армия под командованием генерал-лейтенанта Г. Ф. Захарова, 51-я армия генерал-лейтенанта Я. Г. Крейзера, летчики прославленной 8-й воздушной армии генерал-лейтенанта авиации Т. Т. Хрюкина, 19-й танковый корпус генерал-лейтенанта И. Д. Васильева, Отдельная Приморская армия, генерала армии А. И. Еременко, 4-я воздушная армия генерал-полковника авиации К. А. Вершинина, Черноморский флот под командованием адмирала Ф. С. Октябрьского и Азовская военная флотилия, которой командовал контрадмирал С. Г. Горшков. Координацию действий войск осуществляли представители Ставки Верховного Главнокомандования Маршалы Советского Союза К. Е. Ворошилов и А. М. Василевский. Советские войска насчитывали около 470 тыс. солдат и офицеров. Они имели 5932 орудия и миномета (не считая реактивных и 50-миллиметровых минометов), 772 зенитных орудия, 559 танков и самоходно-артиллерийских установок. Их поддерживали 1250 самолетов.
Численное превосходство в живой силе и технике, а также в морских силах создало условия для быстрого освобождения Крыма. 8 апреля 1944 года части 2-й гвардейской и 51-й армий перешли в наступление. Уже на второй день 2-я гвардейская армия, прорвав перекопские укрепления, овладела Армянском. Умело управляли своими подразделениями в этих боях командир роты лейтенант П. Г. Карелин, парторг роты лейтенант Р. К. Акопян и командир батальона капитан М. М. Бакиров – все из 9-го гвардейского стрелкового полка 3-й гвардейской стрелковой дивизии. В боях за Армянск они за сорок минут заняли четыре траншеи, преодолели противотанковый ров, пять рядов проволочных заграждений, многочисленные минные поля и ворвались в поселок, уничтожив до 200 гитлеровцев, 4 миномета и самоходную пушку, 3 дзота, 7 пулеметов. М. М. Бакирову, П. Г. Карелину (посмертно) и Р. К. Акопяну было присвоено звание Героя Советского Союза.