От середины XVII века в монастыре сохранились два храма. Один из них церковь Мартиниана, построенная в 1640 году над гробницей прославленного игумена. Церковь завершается большим каменным шатром. Памятник сильно искажен поздними переделками. Некоторые следы его первоначального декора видны на южном фасаде. Из наиболее грубых искажении можно отметить пристройку с западной стороны совершенно новой трапезной (при этом в западной стене храма на месте древнего портала пробит широкий проем), сооружение новой граненой апсиды на месте древней, полукруглой, обвалившейся в конце XVIII века, и растеску окон. При строительстве трапезной на ее западную стену перенесли старую каменную плиту с надписью о строительстве церкви Мартиниана. Памятник в его теперешнем виде страдает известной сухостью деталей.
Иконостас в церкви - первой половины XIX века, довольно простой, с некоторыми характерными ампирными мотивами. Его резьба имеет большие утраты. У северной стены церкви в нише находится захоронение преподобного Мартиниана, который по традиции погребен у южной стены собора, тогда еще деревянного. Захоронение Мартиниана издавна служило местом поклонения и, вероятно, было отмечено деревянным навесом или палаткой. Над могилой стоит резная позолоченная деревянная рака. Вырезанный на ней текст сообщает об изготовлении раки в 1646 году и кратко излагает житие Мартиниана.
В глубине ниши на внешней стене Рождественского собора имеется роспись, выполненная одновременно с росписью его интерьера. Средняя часть этой композиции утрачена. Судя по описи XVIII века, здесь была изображена сидящая на троне Богоматерь с младенцем. Сохранились изображения предстоящих ей в молении: архангела Михаила (слева), архангела Гавриила и Св. Николая (справа), а также фрагменты фигур двух коленопреклоненных в монашеских одеждах, в которых есть все основания видеть Ферапонта и Мартиниана. Эта композиция связана с захоронением Мартиниана, а изображение Св. Николая напоминает о придельной церкви этого Святого, расположенной за стеной. Еще не канонизированные в момент исполнения фрески преподобные молятся Св. Николаю и вместе с ним - Богоматери.
В 1649 году сооружено здание Святых ворот, в верхнем этаже которого расположены церкви Богоявления и Ферапонта. Своеобразная и живописная композиция этого небольшого здания, увенчанного двумя стройными шатрами, с примыкающей к нему с юга казенной палатой, образует главный фасад монастыря.
Церковь фланкирована двумя симметричными двухэтажными пристройками. Одна из них, северная, сооружена в позднее время на месте прежних каменных келий, часть стен которых включена в ее нижний этаж. Вторая пристройка, древняя в основе, тоже сильно переделана, а ее стена со стороны монастыря вообще новая. Сейчас в ней устроена лестница, ведущая в церковь. Прежде наверх поднимались по деревянному крыльцу. В годы пребывания в монастыре патриарха Никона церковь Богоявления служила ему домовой церковью. К ней вели деревянные переходы от выстроенных Никоном хором.
Внутри обе церкви, объединенные в одно помещение, очень своеобразны. Иконостасы поставлены вдоль длинной оси здания, оставляя свободным узкое пространство, мало напоминающее внутренность храма. Увенчивающие здание каменные восьмерики с шатрами поставлены над его серединой без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек.
К XVII веку относится также дошедшая до нас монастырская колокольня. Она занимает место на середине каменного крытого перехода, соединяющего паперти собора и трапезной. Судя по этому ее положению и ориентации, она с самого начала была связана с переходом. Правда, существующий переход вместе с пристроенным к колокольне крыльцом построен не ранее рубежа XVIII-XIX веков, но он точно повторил трассу более раннего, существовавшего уже в XVII столетии. Остатки его сохранились в нижнем этаже.
Ферапонтовская колокольня довольно архаична. Это сказывается не только в простоте декорации, не характерной для колоколен XVII века, но и в самом ее устройстве. Очень редки квадратный план звона и четырехгранный, выглядящий несколько грубоватым, шатер. Тем не менее некоторые детали, в частности, профилировка карнизов, не позволяют отнести ее постройку к более раннему времени.
Монастырь когда-то имел в своем составе и другие здания - поварню, погреба, кельи. Некоторые из них строились из камня, но большая часть - из дерева. Все они давно уже утрачены. Деревянной была и монастырская ограда с четырьмя башнями по углам. С южной стороны она несколько отступала за пределы Казенной палаты. В целом она же более или менее совпадала с существующей, относящейся ко времени бытования монастырских церквей как приходских. В значительной части она выстроена заново уже в 1870 году. Немногочисленность сохранившихся построек способствует еще большему слиянию ферапонтовских храмов с окружающим пейзажем.
Несмотря на то, что Ферапонтов монастырь имеет несравненно более скромные размеры, чем его могучий сосед, архитектурное значение ансамбля столь же велико. Памятники обоих монастырей создавались в одну историческую эпоху, выражали одни художественные идеи и зачастую принадлежат одним и тем же мастерам. Суровая, величественная крепость Кирилло-Белозерского монастыря и живописный, поэтичный Ферапонтовский ансамбль в равной мере являются замечательными памятниками высокой художественной и строительной культуры древней Руси.
Музей
.Музей
Музей в Ферапонтове возник в 1918 году как часть Кирилло-Белозерского музея-монастыря. В 1975 году он получил статус филиала и свое современное название - Музей фресок Дионисия. В 1979 году впервые был поставлен вопрос о самостоятельности Музея, но до сих пор он не решен. В 1997 году в составе Кирилловского музея Музей фресок Дионисия включен в свод особо ценных объектов историко-культурного наследия народов Российской Федерации.
К лету 1998 года, когда монастырю исполняется 600 лет, открыты для обозрения экспозиция "История Ферапонтова монастыря", церковь Мартиниана и две выставки под общим названием "Монастырская вотчина".
Экспозиция "История Ферапонтова монастыря" развернута в трапезной палате. История обители представлена на ней не последовательно, но в наиболее важных, узловых ее моментах.
Традиция считает, что преподобный Ферапонт пришел на Бородаевское озеро в 1398 году и прожил здесь 10 лет, дав начало монастырю. С тех давних пор практически ничего не сохранилось. В первой витрине экспозиции помещен антиминс церкви пречистой Богородицы, освященный 8 сентября 1409 года. Он был обнаружен в ходе реставрационных работ 1913 года в престоле собора Рождества Богородицы Ферапонтова монастыря и с того времени считается происходящим из первой монастырской церкви. Но одна особенность памятника заставляет усомниться в этом. На всех монастырских антиминсах обычно указывалось имя игумена или одного из соборных старцев, заменявших его. Здесь же написан текст, характерный для антиминсов немонастырских церквей: указаны только имена архиепископа, великого и удельного князей. Логично предположить, что преподобный Ферапонт положил начало не общежительному монастырю, а небольшой пустыни, то есть поселению монахов, удалившихся от основного монастыря.