Из Ферапонтова монастыря вышли и другие крупные церковные деятели. С одним из них, ростовским епископом Иоасафом, происходившим из знатного рода князей Оболенских и в прошлом ферапонтовским иноком, принято связывать начало каменного строительства в монастыре. Возвращение оставившего ростовскую кафедру епископа в Ферапонтов совпало с пожаром, уничтожившим многие монастырские постройки. Последовавшее за этим сооружение сохранившегося до наших дней каменного собора Рождества Богородицы вряд ли обошлось без помощи Иоасафа, тем более, что имеется рассказ о том, что во время пожара в его келье чудом уцелело некое "сокровище", предназначавшееся для монастырских нужд. Предполагают, что именно Иоасаф пригласил в монастырь для росписи собора Дионисия, крупнейшего художника Московской Руси.
Если строительная деятельность Ферапонтова монастыря в XV- XVI веках не может идти в сравнение с грандиозным строительством Кириллова монастыря, то все же ее масштабы были по тому времени значительны. К середине XVI века монастырь уже имел несколько каменных зданий: собор, трапезную, казенную палату.
В 1614 году, когда Ферапонтов монастырь захватили казацкие отряды, его постройки подверглись сравнительно малому разорению. Однако экономический упадок, связанный с литовским нашествием, задержал дальнейшие строительные работы более чем на два десятка лет. К 1640-м годам относится кратковременный период нового подъема монастыря, вызвавший оживление каменного строительства.
Вслед за этим начался постепенный упадок всего монастырского хозяйства. Характерно в этом отношении показание сосланного сюда во второй половине XVII века патриарха Никона: "Жизнь в Ферапонтовом монастыре скудная, вотчинка за ним небольшая и крестьянишки обнищали до конца".
Пребывание Никона в Ферапонтовской ссылке, продолжавшееся с 1666 по 1676 год, также немало способствовало разорению монастыря. Сосланный сюда после низложения его церковным собором, Никон не хотел считаться со своим падением и требовал воздаяния себе патриаршеских почестей. Этому способствовала неопределенность его положения. Периоды строгого, почти тюремного заточения чередовались со всевозможными поблажками и льготами. Опальный владыка не переставал надеяться на скорое возвращение, а монастырские власти вынуждены были считаться с капризами избалованного властью старца. Достаточно сказать, что для Никона выстроили по его указаниям какие-то особые хоромы - "кельи многие житей с двадцать пять", со "сходами и всходами". На строительство этих келий истратили немалую по тем временам сумму - 672 рубля. По распоряжению Никона среди Бородавского озера соорудили из камней искусственный остров, имевший форму креста. К столу бывшего патриарха доставлялись осетры, яблоки, арбузы. С девяти монастырей на его содержание ежегодно взимались всяческие припасы, а позднее - деньги в размере 839 рублей.
В 1676 году, после смерти Алексея Михайловича, положение Никона в монастыре резко ухудшилось. Патриарх Иоаким, его давний враг, предъявил ему многочисленные обвинения, в числе которых было и обвинение в сношениях с посланцами Степана Разина. Никона перевели под усиленный надзор в Кириллов монастырь, где он пробыл еще пять лет, почти до самой смерти.
С конца XVII века Ферапонтов монастырь находился на грани полного разорения. В 1798 году его упразднили, а церкви сделали приходскими. В XVIII и XIX веках древние монастырские здания подвергались перестройкам, многие из них сломали. В 1857 году вместо деревянных монастырских стен их обнесли невысокой оградой, частично сохранившейся до сего времени.
В начале нашего века, в связи с 500-летием со времени основания, монастырь вновь ненадолго открыли, но уже как женский. При подготовке к открытию начали новую перестройку, приостановленную вмешательством Императорской археологической комиссии. Тогда же внимание ученых привлекли замечательные росписи Рождественского собора, которым была посвящена вышедшая в 1911 году монография В. Т. Георгиевского. В 1908-1915 годах в монастыре проводились значительные восстановительные работы, завершенные уже в 1920-е годы. Реставрационное исследование было начато выдающимися знатоками древнерусского зодчества Л. П. Покрышкиным и К. К. Романовым, непосредственно руководил работами А. Г. Вальтер, а позднее В. В. Данилов. Особое внимание было уделено фрескам Рождественского собора, которые частично укрепили. После этого реставрационные работы надолго прекратились и были возобновлены только в 1970-е годы.
В Ферапонтовом монастыре долгое время существовал филиал Кирилловского музея, сейчас здесь находится музей фресок Дионисия.
АРХИТЕКТУРНЫЕ ПАМЯТНИКИ ФЕРАПОНТОВА МОНАСТЫРЯ
Собор Рождества Богородицы стал первой каменной постройкой не только Ферапонтова монастыря, но и всего Белозерского края. Сооруженный в 1490 году, шестью годами раньше кирилловского Успенского собора, он имеет с ним много сходных черт. Внутренняя структура с повышенными арками под барабаном, завершение четверика храма тремя ярусами кокошников, в каждом из которых на фасад выходило по три кокошника, одинаково расположенные орнаментальные пояса, включавшие тот же балясник и керамические плиты с растительным орнаментом, перспективный портал с килевидным завершением, вытесанный из естественного камня, и многие другие общие приемы говорят о близком родстве архитектуры обоих памятников, возможно построенных одним мастером.
Однако при большом сходстве декоративных приемов их архитектурный образ весьма различен. В отличие от массивного, несколько приземистого Успенского собора, увенчанного громадным каменным барабаном и создающего впечатление богатырской мощи, собор Рождества Богородицы имеет легкие, стройные пропорции, подчеркнутые постановкой здания на подклете, и завершается небольшим изящным барабаном. Особое внимание уделили строители западному фасаду, украсив его проходящим над цоколем дополнительным рядом керамических плит с изображением фантастических животных и заполнив кирпичным узорочьем все поле закомар. Другие фасады оформлены более скромно. Так, например, обрамление южного и северного порталов состоят из нескольких уступов кирпичной кладки, как это бывало еще в домонгольском зодчестве. Но и здесь строители собора очень скупыми средствами, включив в кладку керамические балясины, придали порталам ту особую изысканность, которой отмечена вся архитектура собора. Еще одним отличием от Успенского собора является устройство второго, малого барабана с главой, над юго-восточным углом собора, где находился Никольский придел.
Нам неизвестно, когда именно собор был опоясан каменными папертями, но к середине XVI века они, несомненно, существовали. Они более поздние, чем собор; это следует из того, что они сложены из другого кирпича, а штраба, пробитая при устройстве их кровли, на западном фасаде перерезает живописную композицию. Паперть сразу же выстроена двухъярусной. Низ ее был глухой, вверху с западной и южной сторон она имела вид сводчатой галереи с большими, сгруппированными по две, арками. Покрытие паперти было пощипцовым: каждому пряслу стен собора соответствовала своя ячейка со своей двускатной кровлей. Северная часть паперти отделялась стеной и вместо больших арок имела маленькие окошки. На северо-западном углу наверху прежде существовала палатка для часов, в которую вела узкая каменная лестница. Внешнюю стену палатки слегка вынесли вперед на каменных консолях, сохранившихся до нашего времени. В толще стены рядом с лестницей выложена вертикальная шахта, куда опускались часовые гири.