Особенности управления Украиной были связаны и с тем, что на нее фактически не распространялось действие российских законов: там продолжал действовать Литовский статут 1588 г. Но иным, чем в центре, было и правовое положение населения некоторых других окраин страны. Так, например, после окончательного присоединения в 1667 г. Смоленской земли московский царь гарантировал местной шляхте сохранение привилегий, данных польским королем. Основной формой обложения коренных народов Сибири и Дальнего Востока служил ясак. Даже действие такого важнейшего социального института, как крепостничество, распространялось преимущественно лишь на Центральную Россию: оно практически отсутствовало на Украине, в Сибири и на Русском Севере.
С изменением положения России на мировой арене, обретением ею имперского статуса и дальнейшим расширением ее территории перед центральной властью с особой остротой встали новые задачи, связанные не только с повышением эффективности управления всем имперским пространством, но и предотвращением распада страны и отделения от нее тех или иных территорий имперской периферии. В этих условиях был взят курс на унификацию системы управления, однако в отношении отдельных территорий власть проявляла большую осторожность и воздерживалась от слишком резких действий. Так, когда в 1710 г. к России были присоединены Лифляндия и Эстляндия, там были сохранены многие органы местного сословного и городского самоуправления, а дворянству было гарантировано соблюдение традиционных привилегий, пожалованных шведскими королями, в том числе привилегий судебных.
Начало унификации системы управления было положено губернской реформой Петра I 1708–1709 гг., когда было создано восемь губерний: Санкт-Петербургская (Ингерманландская), Московская, Архангельская, Смоленская, Киевская, Казанская, Азовская и Сибирская. В 1710 г. из Казанской губернии были выделены Астраханская и Нижегородская. Это привело к постепенной ликвидации территориальных приказов: в 1709 г. — Приказа Казанского дворца, в 1710 г. — Приказа княжества Смоленского, в 1711 г. — Сибирского приказа и т. д. Впрочем, Сибирский приказ в 1730 г. был восстановлен и просуществовал до 1763 г., но уже исключительно с финансовыми функциями.
Восшествие на престол в 1762 г. Екатерины II ознаменовало начало нового этапа в унификации системы управления, причем императрица была сознательной и последовательной сторонницей этой политики. В 1764 г. в секретной инструкции вновь назначаемому генерал-прокурору она писала: «Малая Россия, Лифляндия и Финляндия — суть провинции, которые правятся конфирмованными им привилегиями; нарушить оные все вдруг весьма непристойно б было, однакож и называть их чужестранными и обходиться с ними на таком же основании есть больше, нежели ошибка, а можно назвать с достоверностию глупостию. Сии провинции, также и Смоленскую, надлежит легчайшими способами привести к тому, чтоб они обрусели и перестали бы глядеть как волки к лесу… когда же в Малороссии гетмана не будет, то должно стараться, чтоб навек и имя гетманов исчезло».
В 1775 г. Екатерина II осуществила новую губернскую реформу, основанную на «Учреждениях о губерниях Всероссийской империи», согласно которым было введено административно-территориальное деление страны на наместничества (генерал-губернаторства), губернии и уезды. Все территории, вошедшие в состав империи после этой реформы: Белоруссия, Литва, Правобережная Украина, Крым, — теперь сразу получали систему управления в соответствии с «Учреждениями». Сложнее обстояло дело с теми имперскими перифериями, которые уже находились в составе империи, обладая при этом особым статусом.
Первая попытка заменить гетманское правление на Украине имперскими учреждениями была предпринята еще в петровское время, когда в 1722 г. учредили Малороссийскую коллегию, располагавшуюся непосредственно в гетманской резиденции в Глухове. При этом на коллегию возлагались обязанности контроля за деятельностью всех местных органов самоуправления и приема от населения жалоб на Генеральную войсковую и полковые канцелярии, а также на судебные органы. Иначе говоря, имперская власть брала на себя роль защитника населения от местного произвола. Однако деятельность коллегии привела к росту недовольства казацкой старшины и распространению в ее среде сепаратистских настроений. Поскольку это совпало с обострением отношений с Турцией и, соответственно, создавало угрозу безопасности страны, в 1727 г. Малороссийская коллегия была ликвидирована, а избрание гетмана возобновлено. В 1734–1750 гг. гетман вновь не избирался, а Украиной управляли Правление гетманского уряду и Канцелярия министерского правления, ликвидированные с избранием гетманом К.Г. Разумовского. Но восстановление «самостийности» не остановило процесс экономической интеграции украинских земель в общеимперское пространство. Так, в 1754 г. после отмены в России внутренних таможен они были ликвидированы и на границе с Украиной.
В 1764 г. Екатерина II приняла отставку последнего украинского гетмана и назначила П.А. Румянцева малороссийским губернатором. В данной ему инструкции подчеркивалось, что центр рассматривает Украину исключительно как имперскую периферию, которая должна приносить ему соответствующую выгоду, в то время как «Россия при всем том весьма малую, а во время последнего гетманского правления почти и никакой от [украинского] народа пользы и доходов поныне не имела». Румянцев возглавил и вновь созданную Малороссийскую коллегию, в которой заседали четверо русских и четверо украинских членов. Но процесс политической и административной интеграции Украины осуществлялся при этом осторожно и постепенно. В 1765 г. были распущены казацкие полки в Слободской Украине, а еще через десять лет упразднена Запорожская Сечь. Однако лишь в 1781 г. было окончательно ликвидировано деление на полки и сотни, и на Левобережной Украине учреждено три наместничества: Киевское, Черниговское и Новгород-Северское. Одновременно была упразднена и ставшая уже ненужной Малороссийская коллегия. В 1783 г. последовал указ, окончательно запретивший крестьянские переходы и, таким образом, утвердивший на Украине крепостное право.
В Уложенной комиссии 1767–1768 гг. представители украинской шляхты требовали уравнения ее в правах с российским дворянством. В последующие годы начался процесс интенсивной миграции представителей украинского дворянства в Россию; некоторые из них получили видные места при российском дворе, что не только означало их личный карьерный рост, но в определенной степени давало им возможность, став частью общеимперской политической элиты, отстаивать интересы своего региона.
Еще осторожнее обращалась центральная власть с прибалтийскими провинциями. На протяжении XVIII в. существовал ряд центральных ведомств (Камер-контора лифляндских, эстляндских и финляндских дел, Юстиц-коллегия лифляндских, эстляндских и финляндских дел, Коллегия лифляндских и эстляндских дел), ведавших финансовыми вопросами и управлением государственными имениями на этих территориях, исполнявших функции высшей апелляционной инстанции и т. д. Однако при этом сохранялись местные органы самоуправления, а также система судебных учреждений, обеспечивавшая важнейшую привилегию прибалтийского дворянства — возможность судиться в соответствии со шведскими законами и процедурами. Более того, делопроизводство в Прибалтике велось на немецком языке, в латышской части Лифляндии жалованье местным чиновникам выплачивалось не русскими рублями, а в иностранной валюте; местное население не было положено в подушный оклад и на него не распространялась рекрутская повинность.
Как и на других имперских окраинах, центральная власть сознавала, что важнейшим путем инкорпорации Прибалтики в состав империи является включение местного дворянства в общероссийскую элиту. Так, в 1730 г. был создан лейб-гвардии Измайловский полк, офицерский состав которого формировался из лифляндцев, эстляндцев и курляндцев. В 1731 г. основан Сухопутный Шляхетный кадетский корпус для дворянских детей, причем из 200 его воспитанников 50 должны были быть остзейцами. В уставе корпуса специально оговаривалось, что «в одном покое могут жить по 6 и по 7 человек кадетов, и у всех позволяется быть двум служителем; и можно определить к российским чужестранных, а к эстляндским и лифляндским российских служителей, дабы тем способом всякой наилучше другим языком обучаться и к оным привыкать мог». Требования представителей лифляндского и эстляндского рыцарства в Уложенной комиссии подтвердить его традиционные привилегии вызвало у Екатерины II нескрываемое раздражение, и в последующие годы на прибалтийское дворянство было оказано сильное давление, в частности с целью уменьшить произвол в его отношениях с крепостными. Вместе с тем императрица активно использовала опыт прибалтийских провинций в организации местного управления при подготовке Учреждений для управления губерниями 1775 г.