Священноначалие Церкви подвергалось критике и со стороны реформаторов, и со стороны ревнителей «древлего благочестия», и со стороны прессы, публиковавшей разоблачительные материалы об «агентах КГБ в рясах» с той же готовностью, с какой прежде публиковала материалы о «церковном мракобесии». Волна деятельных неофитов захлестнула Церковь, привнося свое понимание церковности, часто искаженное, начетническое, экзальтированное. Незнание традиции, исторического и богословского наследия Церкви, радикализм и ригоризм стали неизбежными следствиями массового крещения и массового же вынужденного рукоположения в духовенство лиц, не получивших систематического богословского образования.
Народ после десятилетий государственного атеизма искал духовного утешения, руководства, назидания старчества. Но подлинных духоносных старцев было мало (как и всегда), а на приходах и в монастырях в условиях утраты монашеских и духовнических традиций росло число молодых пастырей, требовавших от пасомых беспрекословного послушания. Подчас, при отсутствии у этих пастырей должного духовного опыта и образования, подобная практика приводила к печальным последствиям, вплоть до психических расстройств. Это явление получило название «младостарчество» и было осуждено Церковью как искажение церковной традиции.
На Архиерейском соборе, проходившем в ноябре-декабре 1994 г. в Москве, обсуждались вопросы внутриприходской жизни (к этому времени численность православных приходов составляла 15 985 при 12 841 священнике и 1402 дьяконах). Церковь беспокоило значительное число вакантных священнических мест при отсутствии достойных и образованных кандидатов в клирики, а также служение в Церкви «различных групп мирян» – братств, сестричеств. Говорилось о полезности деятельности братств и одновременно об опасности «уклонения, как в радикальный консерватизм, так и в чрезмерно реформаторский подход к принципам устроения церковной жизни». Самостоятельность братств представлялась чрезмерной, существовали опасения, что бесконтрольность их деятельности может привести к расколу. После собора в результате ужесточения позиции некоторых правящих архиереев в отношении братств их количество сократилось, часть мирян отошла от активной приходской деятельности. Тем не менее наиболее крупные и деятельные братства, занимавшиеся широкой просветительской, издательской, миссионерской деятельностью, не прекратили своего существования.
На приходской жизни 1990-х гг. отрицательно сказались экономические и политические трансформации в бывшем СССР, приведшие к резкому падению уровня жизни населения во всех новообразованных государствах. В то же время благодаря появлению состоятельных прихожан, помощи со стороны местных властей (постепенно все более значимой), организации приходского хозяйства, у общин появились возможности для реставрации храмов, создания воскресных школ. Стали образовываться приходские попечительские советы, средства массовой информации, издательства. В общинах возвращались к уставному богослужению, восстанавливая практику оглашения (подготовки взрослых новоначальных к таинству крещения), строительства крестильных храмов и баптистериев для совершения таинства крещения через погружение. В 1998 г. в Москве имелось 6 крестильных храмов и еще 8 – в Подмосковье. В это же время начали появляться больничные и тюремные домовые храмы, где духовенство получает возможность проводить пастырские беседы и совершать богослужения.
Церковь, перед которой после 70 лет тотальной несвободы открывались не ограничиваемые светской властью возможности для миссионерского, просветительского и социального служения, оказалась в кадровом отношении не готова к нему. Сказывались десятилетия жестокого государственного преследования верующих граждан, сознательная политика уничтожения духовных школ, лучших, наиболее деятельных пастырей и мирян. Именно поэтому одной из приоритетных задач Церкви уже в начале 1990-х гг. стала подготовка пастырей и образованных мирян. Конкурс в духовные школы в эти годы был громадным. В епархиях открывались новые духовные семинарии и пастырские училища, но преподавателями в них были, преимущественно, миряне – отсутствовало достаточное количество богословски и педагогически подготовленных клириков.
В 1992 г. в Москве были созданы два вуза для мирян – Православный Свято-Тихоновский богословский институт (преобразованный позже в гуманитарный университет – ПСТГУ), возникший на базе Богословско-катехизаторских курсов, и Российский православный университет св. Иоанна Богослова (РПУ). Оба стали крупнейшими центрами богословского образования, церковно-научных исследований и издательской деятельности, получив государственную аккредитацию по различным специальностям и образовательным направлениям. ПСТГУ стал крупнейшим православным богословским вузом мира, обучая к 2006 г. на очном и заочном отделениях около 4 тысяч студентов, а также главным инициатором и движителем идеи теологического образования в светских вузах, предлагая и духовно-учебным заведениям (семинариям и академиям) перейти на теологические образовательные стандарты. Это давало возможность выпускникам получать дипломы государственного образца. Дискуссии о будущности теологического образования бушевали и в секулярной среде, и в церковном обществе, разделившемся на сторонников теологии и ее критиков, видевших в теологических вузах и кафедрах ненужных конкурентов духовным школам.
Не менее важным направлением было церковное просвещение в общеобразовательной школе. С 1992 г. в Москве стали ежегодно проводиться Рождественские образовательные чтения, ставшие постепенно крупнейшим церковно-образовательным форумом России и Зарубежья, объединившим церковных и светских педагогов, стремившихся сформулировать общие принципы и методологические подходы к православному школьному и воскресному образованию.
К 1994 г. в епархиях РПЦ действовало более 1200 воскресных школ, в которых обучалось около 58 тыс. детей. Позже именно на Рождественских чтениях возникнет движение за преподавание «Основ православной культуры» в школе. Поначалу робко, а затем все более настойчиво православная общественность, а затем и духовенство заговорили о необходимости факультативного, а то и обязательного преподавания знаний о религии в школе. Как и в вопросе о преподавании теологии в светских вузах, возникла дискуссия о правомерности и целесообразности преподавания в школе религиозно-культурной дисциплины. Против выступили правозащитники, религиеведы, а также ряд религиозных лидеров иных конфессий, предлагавшие преподавать «Историю мировых религий». Несмотря на все дискуссии, «Основы православной культуры» стали внедряться во многих регионах и к 2007 г. в той или иной форме преподавались более чем в пятидесяти регионах России.
Необходимость церковных реформ, обусловленных новыми историческими условиями бытия Церкви, а также дотоле немыслимые возможности, открывшиеся для социального, миссионерского и социального служений, потребовали от Церкви изменений и в административной структуре. Появились новые синодальные учреждения: Комиссия по канонизации святых (1989), Комиссия по богослужению (1989), Отдел по церковной благотворительности и социальному служению (1991), Отдел религиозного образования и катехизации (1991), Синодальная богословская комиссия (1993), Издательский совет (1994), Отдел по взаимодействию с вооруженными силами и правоохранительными органами (1995), Миссионерский отдел (1995), Комиссия по экономическим и гуманитарным вопросам (1997), Синодальный отдел по делам молодежи (2000).
Начинается постепенное восстановление и церковной науки. В 1996 г. был создан Церковно-научный центр (ЦНЦ) «Православная энциклопедия», начавший с 2000 г. издание фундаментальной многотомной «Православной энциклопедии», получившей статус учебного пособия для вузов России. Центр впервые за весь послереволюционный период объединил усилия российских и зарубежных церковных и светских ученых в деле возрождения церковной науки, проведения исторических, агиографических, библейских и других исследований. В 1995 г. был возрожден учрежденный еще в 1882 г. Фонд по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова) (Макариевский фонд), учредителями которого выступили РПЦ, Правительство Москвы и Российская академия наук. Возрожденные церковные Макариевские премии впервые были вручены лауреатам в 1997 г.
Во внешнем строе жизни Церкви также произошли разительные перемены. Восстанавливается регулярное богослужение в Кремлевских храмах и соборе Василия Блаженного, прекращенные насильственно в 1918 г., воссоздаются разрушенные при советской власти Казанский собор на Красной площади, часовня Иверской иконы Божией Матери у Воскресенских ворот Китай-города, сотни храмов и монастырей по всей стране. Значимым символом эпохи стало возвращение Казанского собора в Петербурге Русской Церкви (более полувека в нём располагался музей атеизма).