При выраженной сырьевой направленности поднимающейся со второй половины 1990-х гг. экономики, экологи-чиновники получили большую власть, особенно на местах. Они широко пользовались своей монополией на экологическую экспертизу, фактически определяя уровень «зеленого» обременения любой деловой активности. Параллельно с этим ведомством, в числе российских министерств еще продолжали существовать советские реликты, уже мало опасные для окружающей природной среды из-за скудости своих бюджетов – Министерства геологии, водного хозяйства и т. п. Пожалуй, только лесхозы Федеральной службы лесного хозяйства, совмещая статус государственной лесной охраны с собственной хозяйственной деятельностью, наращивали объемы рубок леса и занимали нишу леспромхозов, умирающих без бюджетной поддержки.
В середине 1990-х гг. в России наблюдались процессы наступления дикой природы на территории, контролируемые ранее человеческим сообществом. Опустевшие сельскохозяйственные земли в нечерноземной зоне России зарастали древесной и кустарниковой растительностью. На магистральных каналах, прорытых Минводхозом СССР во второй половине XX в., построили свои плотины и размножились бобры, а в реках вновь появились раки, так как цена минеральных удобрений и пестицидов сделала их малодоступными для российских крестьян. В то же время обвал промышленного производства и полный паралич социальной сферы оставил без средств к существованию большинство «индустриального» населения, часть из которого устремилась на «подножные корма».
В лесной зоне, вокруг леспромхозовских поселков в лесах и на реках собирательство, охота и рыболовство стали едва ли не единственным источником существования людей. Численность лосей и других крупных копытных в доступных районах быстро сокращалась. Вылов рыбы никак не контролировался, местами можно было видеть реки, полностью перегороженные многочисленными рядами сетей. Однако в товарное производство эти два занятия не могли вырасти из-за несопоставимого с ценой добычи роста стоимости техники и горючего, все ограничивалось физическими возможностями потребления «охотников».
Наибольшей опасности в этой ситуации подверглись редкие виды растений и животных, особенно реликты Приморья, например уссурийский тигр и леопард, откуда добыча легко переправлялась в Китай, через прозрачную границу, а также ценные породы рыбы Каспийского моря. В результате бесконтрольной массовой добычи и браконьерства популяция осетровых рыб на Каспии сократилась настолько, что Правительство РФ было вынуждено ввести запрет на продажу и экспорт черной икры.
В середине 1990-х гг. фактически безнадзорно разворачиваются газовые проекты на шельфе Сахалина, ставшие впоследствии предметом большого спора власти и транснациональных корпораций. Громкие криминальные и политические скандалы во второй половине 90-х гг. на Дальнем Востоке были связаны с перманентным переделом рынка и бесконтрольной добычей морепродуктов. В средствах массовой информации периодически возникали различные сюжеты, связанные с проектами ввоза на территорию России чужих радиоактивных отходов для переработки. Заготовка древесины в эти годы, хотя и не достигала половины от уровня конца 80-х гг., но в приграничных областях России рубить стали больше. Круглый лес из этих регионов вывозился в европейские страны и страны тихоокеанского бассейна, часто по демпинговым ценам. Экспорт леса из внутренних регионов России был невозможен из-за высоких железнодорожных тарифов.
В этот период экономической и социальной разрухи «зеленые» идеи быстро утратили свою актуальность для общества, озабоченного материальным благополучием. Характерно, что по результатам выборов 1995 и 1999 гг. Российская экологическая партия (избирательное объединение «Кедр») так и не получила мандатов в Государственной Думе.
Обозначившийся во второй половине 1990-х гг. экономический подъем и рост влияния предпринимателей незамедлительно отразился на статусе природоохранного ведомства. С 1996 г. это уже не министерство, а только государственный комитет. Влияние даже этого усеченного ведомства на деловую жизнь оставалось достаточно большим, так как за ним по-прежнему сохранялись функции государственной экспертизы, государственного экологического контроля и регулирования природопользования. Между тем давление на самостоятельное природоохранное ведомство нарастало со стороны предпринимательских кругов и властей. В 1999 г. принимаются поправки к Положению о Госкомэкологии, ощутимо размывшие его полномочия.
Новая администрация Президента Владимира Путина ликвидировала в 2000 г. Госкомэкологии. Самостоятельное природоохранное ведомство на фоне многочисленных коррупционных скандалов в нём уже не имело серьезной общественной поддержки. Попытки «зеленых» воссоздать самостоятельный природоохранный орган исполнительной власти или активизировать природоохранную деятельность созданного в 2000 г. Министерства природных ресурсов не дали желаемого эффекта: в ряду его приоритетов охрана окружающей среды осталась далеко позади проблем регулирования природопользования.
Одновременно с Госкомэкологии была упразднена федеральная служба лесного хозяйства. Лесхозы, возникшие в период «расцвета» социалистической экономики, на рубеже веков стали непонятны всему окружающему обществу. Для прагматичных федеральных чиновников, рассматривавших бюджетные средства как государственные инвестиции, было очевидно, что лесники не столько охраняют лес, сколько его воруют, да еще и системно уклоняются от налогов, пользуясь своим государственным статусом. Предприниматели воспринимали лесников исключительно как конкурентов, а для «зеленых» и обывателей лесник и топор стали неразрывными понятиями. Сами же лесники никак не могли адаптироваться в обществе развивающихся товарно-денежных отношений и объяснить всем окружающим, зачем государству необходимо рубить лес, чтобы его потом восстанавливать на этом месте.
Возникновение большого Министерства природных ресурсов было одним из шагов в системе административной реформы. Последовавшее в 2004 г. упорядочение органов исполнительной власти фактически декларировало отказ властей от прямого участия в хозяйственной деятельности вообще и в природопользовании в частности. Распределение нормотворческих, контрольных и хозяйственных функций между министерствами, службами и агентствами, несомненно, должно было положительно отразиться на качестве государственного управления природными ресурсами и охраны окружающей природной среды.
Выраженная политическая воля в разделении функций государственных институтов, подтвержденная конкретными действиями, фактически поставила точку в 15-летней дискуссии о судьбе лесхозов и системе государственного управления лесами. Далее последовал тяжелый трехлетний период подготовки нового лесного кодекса, в течение которого вполне проявилась неспособность «лесного сообщества» к адекватному восприятию действительности. Корпус профессиональных лесничих, обладавших определенными шансами на получение некоторых прав на леса, к сожалению, не смог ими воспользоваться, а для России была упущена возможность появления «среднего класса» лесовладельцев, который при минимальной государственной поддержке мог бы существенно сдерживать экспансию индустриального капитала на лесные территории.
С последствиями такой экспансии связана одна из самых больших природных катастроф в современной России. В центральных, восточных и юго-восточных районах Архангельской области с 2003 г. на нескольких миллионах гектаров происходит масштабное усыхание и гибель лесов. Общепринятого объяснения причин этого явления нет, однако никто не оспаривает влияния на него безоглядной вырубки лесов вдоль рек в этом регионе в XX в.
Наступивший период прагматичной политики в середине 2000-х гг. отличается сдержанным отношением к охране природы. Характерно, что с 1998 г. в России был образован только один новый заповедник – Кологривский лес – в 2007 г.
Росприроднадзор – служба, призванная следить за соблюдением законодательства, – ведет себя весьма активно в средствах массовой информации. Перипетии борьбы с незаконным строительством в береговой полосе на подмосковных водохранилищах широко освещались в телевизионных новостях и специальных передачах с участием популярнейших персонажей. Движение фенольного пятна из Китая по Амуру, незаконные рубки в Сибири, разлив мазута при железнодорожной катастрофе на реке Вазуза, любые скандальные ситуации сразу становились достоянием общественности. Нарушения природоохранного законодательства стали поводом для громкого пересмотра энергетических концессий на шельфе Сахалина, который закончился переходом этих проектов под российский контроль. В 2006 г. большие споры вызвал план строительства нефтепровода Восточная Сибирь – Тихий океан. Его первоначальная трасса проходила вдоль БАМа по берегу Байкала, ставя под угрозу уникальный природный комплекс этого реликтового озера. Этот план был изменен только под давлением общественных выступлений в Москве, Иркутске, Томске и других городах Сибири.