В церкви присутствовали сенаторы; на другой день они явились к митрополиту с упреком за возмутительную для народа и оскорбительную для царской чести проповедь; они вытребовали проповедь на письме для отсылки к государю и запретили Стефану проповедовать. Петр, получа проповедь и прочтя в ней обличение человеку, бросившему свою жену, не хранящему постов, не слушающему церкви и потому долженствующему быть для членов церкви как язычник и мытарь, заметил собственноручно: «Перво одному, потом с свидетели ». Из этого видно, что Петр не считал проповедника обязанным щадить слабости и пороки сильных; но в свою очередь заметил, что и Стефан не соблюл евангельского правила, повелевающего сначала обличить наедине, потом со свидетелями, наконец, уже в церкви. Стефан написал ему оправдательное письмо: «Известно вашему царскому величеству, как я на едино повеление царское оставил свое схимническое житье, которое обещал господу богу, на смертной постели лежачи, и хотя ужасно мне было сломати обет, однако ж монаршей воли не дерзал противитися и ныне послушание свое по силе моей божиею помощию управляю, в проповеди слова божия, как могу, так труждаюся. Но враг, ненавидя добра человеческого, различные мне в том препятия творит и ныне сотворил таковым образом: говорил я казанье, кричал к народу, увещевая, дабы хранили заповеди господни, если хотят иметь и на сем свете благополучие, и в небе живот вечный. Были на том казании господа сенаторы; на другой день они пришли ко мне и стали меня, бедного, обличать, укорять и претить за то, будто я в бунт и мятеж народ возмущал и будто царской чести касаюся дерзословием. Богу свидетельствующу, ниже в помышлении моем, кольми, паче в намерении такого лукавого дела я и не думал. Уже тринадцать лет, как в царствующем граде по вашему, монаршему, указу проповеданием слова божия труждаюся, и вся Москва меня слушала, да и сам ваше царское величество изволили слушать моей убогой беседы, и никто не ощутил в моих словах мятежа. А господа сенаторы ставят мне в вину то, что я говорил о фискалах, и хотели послать слова мои к вашему царскому величеству, а мне отселе запретили казанья говорить». Стефан по-прежнему просился в Донской монастырь, где бы мог посхимиться; по-прежнему он остался митрополитом и блюстителем патриаршего престола; адмирал Апраксин дал ему знать об этом, и Стефан писал царю: «Яко радостни бывают корабленицы, по страшных шумах водных получивши ведро, тако и я, волнами печалей смущаем, ныне получил радостную тишину, егда известился писанием его милости господина адмирала о премилостивом вашего царского величества на мене, раба своего, призрении. Аще же сподоблюся хотя едину литеру, самою монаршею ручкою ко мне начертанну, видели, то и паче возрадуюся и всех печалей, сердце мое снедающих, забуду». Дело Тверитинова с товарищами произвело новые шумы водные: в действиях Стефана царь видел превышение власти, и Яворский счел нужным умолять царя о прощении «писанием, слезами, а не чернилами писанным».
Между тем царь принял меры для обеспечения и себя от «шумов водных»: в 1716 году константинопольский патриарх Иеремия прислал ему разрешение: по причине нездоровья есть мясо во все посты, кроме недели перед причастием; у того же патриарха испрошено разрешение употреблять скоромную пищу в посты солдатам за границею во время похода. В начале 1716 года Стефану хотелось съездить в Нежин, где он строил монастырь; для этого он обратился к новорожденному царевичу Петру Петровичу, поздравил его с пришествием на сей свет и бил челом, чтоб исходатайствовал ему у отца отпуск. Отпуск был дан, но еще прежде митрополит получил от царя любопытное письмо: «Понеже архиереи хотя по положениям и обетам и обещаются хранить церковные уставы вкупе, но ради некоторых у нас небрегомых дел, изъяснение особливое написав, при сем посылаю». По этому особливому изъяснению, архиерей при поставлении должен был обещаться: 1) «еже кого-либо по моей страстной воле или каких ради ссор со мною или с моими подчиненными вседомовно и единолично не проклинать и от таинств церковных не отлучать разве кто покажет себя явным преступником и разорителем заповедей божиих или против церкви еретиком; а по Христову словеси по триех увещаниях непокоршегося и неисправившегося токмо единолично, а не вседомовно проклинать и отлучать. 2) С противными церкви святой с разумом, правильно и кротостию поступать. 3) Монахов содержать по положенным им правилам и уставам, не дая скитаться из монастыря в монастырь и ниже в мирские домы входить. 4) Церквей свыше потребы для прихотей вновь самому мне не строить и другим не попускать, дабы потом не пустели. 5) Також-де священников и дьяконов и прочих церковников свыше подобающие потребы скверного ради прибытка не умножать, ниже для наследия ставить. 6) Паству всю на всякое лето, аще возможно будет, по крайней же мере в два или в три года, самому посещать и назирать, не ради лихоимания и чести, но апостольски; запрещать, дабы расколов, суеверия и богопротивного чествования не было, дабы невидимых и от церкви не свидетельствованных гробов за святыню не почитали; притворных, беснующих в колтуках, босых и в рубашках ходящих, не точию наказывать, но и к мирскому суду отсылать; дабы св. икон не боготворили и им ложных чудес не вымышляли, от чего противным способ дается к поношению на православных, но почитали бы оные по разуму св. православные кафолические церкви. 7) В мирские дела и обряды не входить ни для чего, разве какая явная неправда показана будет, о том первое увещать, а потом и писать на таковых к его царскому величеству, по апостолу, заступати немощные».
«Водные шумы» не прекращались. В том же 1716 году рязанский дьячок Попов донес, что митрополит держал на своем архиерейском дворе Мазепина купчину, который умер, оставил пожитков на 100000 и больше, а Яворский об этом не объявил. Попов доносил также, что архиерейским жалованным людям в 1705 году велено давать половинное жалованье, а другую половину высылать в Монастырский приказ; но Яворский этой половины не отсылал, а взял себе в келью больше 6000 рублей; держит у себя на оброке посадских людей с тягла, дворовых и пришлых людей, и оброчных денег к великому государю не высылает; из крестьянства с тягла в подьячие, приставы и в другие всякие чины переводит; в 1715 году потаил дело в смертном убийстве и в винном куреньи игуменьи Марфы Пустынские; рукополагает Церковников в попы и в дьяконы, в том числе беглых и записных солдат, из крестьянства с тягла, из подьячих и пытанных воров, не умеющих грамоте и школьному учению, ставит по два и по три попа туда, где прежде столько не бывало; ставленнику становится поповство по 20, 30 и 40 рублей, а дьяконство — по 15 и 20; дает вдовым попам и дьяконам патрахильные и постихарные грамоты на всякий год по 4 рубля и больше, и от того освященный чин весь разорился без остатка. Во время дела о Мазепиных пожитках захваченный по подозрению малороссиянин Савостьян Кондратьев говорил: «Губернатор киевский князь Дм. Мих. Голицын святым печерским не верует, а верует еретичествующей бабе, которая ему волшебствует, и как ему уволшебствует, то он и поедет в Петербург явиться к царскому величеству; ту бабу князь поит и кормит, и держит та баба. у себя многое число кошек вместо сатаны».
Дело затянулось, а вслед за ним новые «водные шумы»: дело царевича Алексея. Петр сильно подозревал рязанского архиерея, который торжественно называл Алексея «единою надеждою»; но ничего преступного не оказалось. Стефан остался с прежним значением, но столкновения с царем не прекращались. В 1718 году Яворский получил указ приехать в Петербург; он думал, что пребывание будет временное, но 16 июля великий государь указал преосвященному Стефану, митрополиту рязанскому, жить в С.-Петербурге, а при нем в первой очереди быть Игнатию, епископу суздальскому, а прочих архиереев из С.-Петербурга отпустить в свои епархии, а по прошествии первой чреды в С.-Петербург архиереям приезжать поочередно против того, как в Москву приезжали. Стефан, недовольный указом, подал царю пункты, на которые получил резкие ответы. 1) «Выехал я из Москвы, — писал Яворский, — на почтовых подводах, не взяв с собою ни ризницы, ни певчих, ни запасов никаких, ни платья, ни келейной рухляди, и для скорого выезда порядка никакого не учинил ни в соборной церкви, ни в приказах, ни в школах, ни в дому своем, чая скорого возвращения; ныне, скитаясь в Петербурге, живу в наемном дворе, далече от церкви и от воды, и в таком дворе, в котором зимою мне, немощному, отнюдь жить невозможно, и ожидаю милостивого отпуска, чтоб зимою совсем собраться и здесь жить вовсе, и о том что великий государь укажет?» Ответ: «О житье здешнем уже за три года сказано, и сам ваша милость на просухе хотел быть, как я с вами прощался на Москве, а зачем в три года не собрался и не распорядился, не знаю, ибо и более того делано, ездил на Украйну для освящения церкви». 2) «Было милостивое слово о дворе, и написано было ко мне рукою монаршескою: приезжай, а двор для тебя будет готов; сего милостивого обещания будет ли исполнение или нет?» Ответ: «Место готово, а построить самому можно, понеже всем архиереям определенное дается, а вам все, как было прежде, еще ж и Тамбовское епископство поддано». 3) «Во многих епархиях архиереев нет». Ответ: «Выбрать на пример и подать роспись; так же и впредь для таких избраний надлежит заранее добрых монахов сюда, в монастырь Невский, привезть, дабы здесь жили, чтоб таких не поставить, как тамбовский и ростовский были; а для лучшего впредь управления, мнится, быть удобно Духовной коллегии, дабы удобнее такие великие дела исправлять было возможно».