Архимандрит Феофилакт Лопатинский объявил: «Однажды встретил я Тверитинова у графа Ив. Алексеевича Мусина-Пушкина, который был болен; граф говорил ему: „Для чего это ты затеваешь? Для чего не отстанешь от своего злоумствования? Бедный, бедный, жаль мне тебя! Если ты не от ереси, а от любопрения приводишь эти противности, то для чего говоришь перед невеждами? Для удостоверения о своем православии отвечай на свои тетради“. Тверитинов сказал на это: „Не могу решить я этих писаний, которые собрал от священнейшего писания“. „Вот тебе поможет архимандрит Феофилакт“, — сказал граф. Тверитинов промолчал».
Симоновский архимандрит Петр Смилянич, родом серб, показал: «Приезжал в Москву по сербским делам полковник Пантелеймон Божич, которому отвели квартиру вместе с лекарем Дмитрием Тверитиновым. Полковник приезжал к суздальскому митрополиту Ефрему (Янковичу, сербу) и говорил ему: „Мы думали, что в Москве лучше нашего благочестие, а вместо того худшее иконоборство, чем у лютеран и кальвинов, начинается какая-то новая ересь, что не только икон не почитают, но ругают и идолами называют, а поклоняющихся — заблудшими и ослепленными. Человек, у которого отведена мне квартира, какой-то лекарь и, кажется, в политике не глуп, а на церковь православную страшный хулитель, иконы святые и священнический чин сильно уничижает; всякий вечер приходят к нему русские молодые люди, сказываются учениками немецкой школы, которых он поучает своей ереси, про священнический чин, про исповедь и причастие так ругательно говорит, что и сказать невозможно. Я не мог снести ругательства вере христианской и чуть в беду не попал, вчера вечером саблею чуть всех не перерубил, вынул саблю и всех еретиков выгнал из хором; а нынче поутру пришел он ко мне с женою, упал в ноги и просил прощенья: «Пожалуй, не гневайся на нас, ныне у нас на Москве, слава богу, вольно всякому — кто какую веру себе изберет, такую и верует, а мы при милости твоей больше об этом не станем говорить, если тебе не нравится“.
Князь Семен Михайлович Козловский сказал: «Тверитинов говорил мне: „Откуда вы взяли поклоняться иконам?“ — и о многом церковном поведении толковал по лютеранскому разумению, монашество и посты уничтожил; я ему воспрещал градским судом, а он мне на это говорил: „Вы истины познать не можете, только стращаете мучительством“».
Московский вице-губернатор Василий Ершов донес: «Знаю подлинно, что лекарь Тверитинов еретик и учитель ереси, а ученик его Котельной слободы Михайла Андреев Косой (фискал) ереси его излиха ревнитель: комиссар Сергеев, у которого болели глаза, спросил Тверитинова, чем ему лечиться. Еретик отвечал: „У вашей милости есть лекарство изрядное: изволь купить глазок или оба серебряные и отнеси к Пятнице Проще, что на Пятницкой улице, и глазки твои здоровы будут; а ежели у вашей милости болят зубки, то изволь купить зубок серебряный Антипе чудотворцу“. При этих словах еретик так расхохотался, что повалился на то место, где сидел. Однажды мне случилось вешать иконы в хоромах моих; случился тут еретический послушник Косой и. смеясь, говорил: „Для чего гвозди колотишь? Поставь к стене так, чтоб сами собою стояли, без гвоздей, а на гвоздях и все другое стоит“. Во все время моего знакомства с Тверитиновым и Косым не помню ни одного свидания, чтобы не слыхал от них какой-нибудь противности».
Игумен Макарьевой пустыни (Бельского уезда) Тихон сказал: «Ночевал я однажды у Тверитинова в доме, и он, вставши поутру, по обыкновению умылся и, обратясь к картине, что-то немного пошептал, а на картине написаны золотыми буквами две первые заповеди».
Леонтий Магницкий показал, что Тверитинов при нем говорил: «Святые по смерти ничего не чувствуют и себя не знают», на что пленный швед Брендер сказал: «И нашему лютерскому учению противен».
Справщик Федор Поликарпов объявил, что присутствовал при споре между Тверитиновым и графом Мусиным-Пушкиным: «Нача убо граф обличати Димитрия чином диалектическим и аргументами; но Димитрий отречеся, сказуя себя тоя науки несведуща, и потом отвещеваше на всякое предложение нерегулярно, но яко не ведая писания, ни силы божия, опираясь токмо на письмо нагое, яко же древле и ныне иудеи, к ним же речеся: письмо убивает, а дух живит. И от правые убо страны рать не без огня Илиины ревности яже по бозе и по восточной церкви бяше; от левые же тихотинная вода изливаше глаголы потопные, языком льстивым и ласкательным, но словесы ненавистными, обаче не сильными и чинными, по мужицкими неправильно».
Подали донос на Тверитинова теща его, купчиха, шурья, из которых один был ученик лекарских дел, другой монах Пафнутий, написавший против зятя-еретика книгу «Рожнец духовный ». Показывали, что учениками Тверитинова наполнен Серпухов, что ученики его все живут в довольстве, потому что друг другу помогают. Современники оставили нам любопытное описание Тверитинова, его разговора: «Имеет понравие уклонное, мягкое и весьма льстивое, так что уже и телом своим не может быть не уклонен, не уступчив, не прегибателен на тот бок и на другой; також де и шею свою и на то и на другое плечо полагает и сам весь изгибается и говорит очень вежливо, утешно, смехом растворяя; приступает и уступает и всячески мастерит, дабы тому, что с кем-нибудь говорит, приятен был, и таковым понравием так одарен, что едва равного ему обрести можно».
Вследствие этих доносов дело началось снова и тянулось долго. Стефан был обвинен в неисполнении царского указа, был вызван в Петербург, и здесь дело о Тверитинове рассматривалось в Сенате. По свидетельству одного современного известия, в первое заседание «начали говорить немирно и нечинно, но рвением и укоризнами митрополита всячески поносили с великим и бесчинным криком»: обвиняли его в злобе, гордости, клевете, укоряли за проповедь о фискалах; говорили, что он накупил на Тверитинова и товарищей его ложных свидетелей. Стефан говорил своим противникам: «Вы не тех дел судьи; вам надлежит судить тех, кого мы пришлем к вам, в гражданский суд, уже осудивши духовно». Только Апраксин и Меншиков заступались за Яворского. Говорят, что Петр, узнавши о ходе дела, писал сенаторам, чтоб «суд вели правильнее, следовало бы настоящее, им порученное дело и посторонних дел и речей не привносили, чтобы крику не было, а было бы все благочинно». 14 мая назначили произвести очные ставки между обвиненными и свидетелями. Приехал и Яворский, но сенаторы сказали ему, что ему при очных ставках быть не следует. Стефан не соглашался уехать; наконец после долгих перебранок вышел из заседания и отправил письмо к государю: «По твоему, великого государя, указу велено мне в св. четыредесятницу присутствовать в судебной избе при деле, которое зачалось с новоявленными еретиками; и я в то время хаживал беспрепятно во всю седмицу крестопоклонную, и никто же мене тогда не изгонял; а ныне, мая в 14 день, по прежнему указу пришел я в судебную избу для слушания и решения того же дела, и меня превосходительные господа сенаторы с великим моим стыдом и жалем изгнали вон, и я, плачущ исходя из палаты судебной, говорил: бойтеся бога, для чего не по правде судите? Сего же речения моего сия суть вины: а) книги, Дмитрием Тверитиновым писанные, и лист на развращение народа от него же писан и раздаван в народ, яве его показуют быти еретика. То все на суде уничижено или на какое время оставлено, и вида тому не показано, б) Велят давать очные ставки ответчикам с свидетельми, а в прошлом 205 (1697) именным царским повелением писана статья: велено во всяких делах допрашивать свидетелей и верить свидетелям трем, и двум, и одному, буде не бывало какой ссоры и вражды между ответчиком и свидетелем, а ныне на оных раскольщиков многое число священного и монашеского и мирского чина знатных персон, свидетельствуя их неистовство, письменно обличают: и тем свидетелям и явному обличению не поверено, а для чего, тому вида не показано, а надлежало против всякого свидетельства раскольщиков допрашивать, а они ни против одного не допрашиваны. в) Неции от раскольщиков винились в Преображенском, и прочих товарищей своих, и учителя своего, Дмитрия Тверитинова, выдали, а пред Сенатом всего того заперлись, и то мимо пущено и в пременных речах не разыскивано».
Удивительно, что в этом доношении митрополит не упомянул о происшествии, случившемся еще 5 октября 1714 года. Один из еретиков, Фома Иванов, был отдан под начал в Чудов монастырь, и велено его в оковах приводить в церковь во время службы; 5 октября, после заутрени, Фома вынул косарь, принесенный им тайно из кельи, и перерубил по лицу образ св. Алексия митрополита «в церкви Благовещения, за железною решеткою стоящий по человечеству резной на серебре»; монахи и лампадчики едва успели схватить его и удержать. Приведенный в Духовный патриарший приказ, Фома сказал: отец его был посадский человек и жил в Твери; он, Фома, учился грамоте у попа; 22 года тому назад приехал в Москву, жил в разных домах, нанимался работать, на исповеди не бывал, в церкви хаживал и молился истинному богу, а иконам не поклонялся; в прошлом 1713 году велено сыскать его в Преображенский приказ, где расспрашиван об иконоборстве, послан был в Петербург, оттуда — в Чудов монастырь и порубил образ для того, что икон, креста и мощей не почитает и не поклоняется, ибо иконы и крест — дела рук человеческих, а мощи его, Фому, не милуют; призывания святых и молитвы за умерших не приемлет, в евхаристии не верует быти истинному телу и крови Христовой, но просвира и вино церковное просто, и в книгах Ветхого и Нового завета не нашел ничего этого. Ни у кого не учился, до всего дошел сам, других не учил и не знает, кто бы с ним одинаково думал; подал покаяние, чтоб получить свободу, а если б получил свободу, творил бы прежнее; лекарь Тверитинов ему брат двоюродный.