На следующий день, когда открылось второе заседание комиссии, православным предоставлено было подтвердить документами свои права, нарушенные униатами. И православные представили целый ряд документов, которые нарочно привезли с собою из Вильны и Киева и которые свидетельствовали, что Русские митрополиты в Литве и Польше, а с ними и их епископы, и все духовенство, и вся паства – русский народ постоянно находились под властию Константинопольского патриарха, что этим-то Русским митрополитам, епископам, всему духовенству и народу жаловались и подтверждались королями все церковные права – на архиерейские кафедры и имения, на церкви и монастыри с их имениями, вообще на свободу вероисповедания и что, следовательно, униаты поступили и поступают противозаконно, отняв у православных русских архиерейские кафедры и имения, отнимая церкви и монастыри, возбраняя православным свободу богослужения и принуждая их к принятию унии. Первым документом, какой представили православные комиссии, было подлинное, на пергамене писанное деяние Виленского Собора 1510 г. за подписями и печатями митрополита Иосифа Солтана и других владык и духовных лиц, дотоле хранившееся в Киево-Печерской лавре. Из деяния прочитаны были те места, которые показывали, что митрополит и все духовенство находились тогда под властию Константинопольского патриарха. Затем представлены и читаны были грамота короля Сигизмунда I, которою он в 1511 г. подтвердил митрополиту Иосифу Солтану, и епископам, и всему духовенству и людям греческого закона все духовные права, какие имели они от начала своей веры и какие подтверждаемы были им великим князем Витовтом и королями Казимиром и Александром, а также грамота того же короля, которою он извещал, что утверждает на митрополии преемника Иосифа Солтана новоизбранного митрополита Иосифа (III), посвященного отцом патриархом Константинопольским. Читаны были грамоты короля Сигизмунда Августа, что он посылал в 1557 г. своего дворянина к Константинопольскому патриарху за благословением и сакрою для нового митрополита Сильвестра Белькевича, а в 1567 г. посылал самого избранного митрополита Иону, епископа Туровского, для посвящения к тому же патриарху, равно как конституции 1569 и 1573 г., состоявшиеся при том же короле и обеспечившие людям греческого закона полную свободу вероисповедания. Читаны были грамоты Стефана Батория 1585 г., которыми он подтверждал русскому духовенству и людям греческой веры все духовные права, утвержденные прежде грамотами королей Казимира, Александра и Сигизмунда I, и запрещал принуждать русских к принятию нового календаря, пока не дозволит им того Константинопольский патриарх, несшись с папою. Читаны были грамоты короля Сигизмунда III, данные им в 1589 г. митрополиту Онисифору, патриарху Константинопольскому Иеремии и виленскому братству Святой Троицы: в первой грамоте король объявлял, что считает своим долгом сохранять неприкосновенными права и русского духовенства, как римско-католического; во второй предоставлял патриарху в своих владениях совершать беспрепятственно все дела, свойственные его власти, над всеми духовными и мирянами греческой веры; в третьей грамоте утверждал как братство Святой Троицы, уже благословенное Константинопольским патриархом Иеремиею, так и все сделанные в братстве патриархом распоряжения... и пр. и пр. Вообще православные на основании документов представили до 23 доказательств в защиту своих прав, попираемых униатами, и ясностию этих доказательств, дотоле малоизвестных или вовсе не известных членам комиссии, привели их в изумление. Тогда приглашены были давать ответ униаты, и на этот раз держал речь уже не сам митрополит Велямин Рутский, а его коадъютор епископ Пинский Paфаил Корсак. Он сказал: что Русь бывала под властию патриарха, мы не отвергаем, но чтобы Русь не имела права подчиниться папе, на это мы не только несогласны, но утверждаем совершенно противное. И в доказательство своих слов продолжал: Русь с самого Крещения своего, по свидетельству Барония, находилась в послушании Римскому первосвященнику. Ольга крестилась по грамоте, принесенной ей из Рима. Владимир принял крещение от патриарха Николая Фрига, бывшего в послушании папе. При Витовте, как видно из Статута Гербурта, на должности (ad ordines) избирались только лица католической веры и послушные Римской Церкви, т. е. униаты. Король Владислав тотчас после Флорентийского Собора, на котором Русь приняла унию с Римом, дал своею грамотою и русскому духовенству за принятие унии одинаковые права с духовенством римским. Митрополит Киевский Иосиф спрашивал патриарха Нифонта о Флорентийском Соборе и получил разрешение принимать этот Собор. Митрополит Мисаил был униат, как свидетельствует послание его к папе... и пр. Тут окончилось второе заседание комиссии.
В третье, четвертое и пятое заседания православные подробно опровергали доказательства, представленные Корсаком. Привели ряд свидетельств из Барония, Длугоша, Кромера, Стрыйковского, Бельского, что русские приняли веру из Греции, а не из Рима, что Ольга крестилась в Константинополе, что Владимир прямо отверг проповедников латинских и что тогдашние патриархи Цареграда не находились в единении с папою. Согласились, что не только при Витовте, но и после него по силе известного Городельского постановления 1413 г. на высшие должности в Литве и Польше допускались только лица католической веры, послушные Римской Церкви, но заметили, что там разумелись собственно католики, а вовсе не разумелись униаты, которых тогда и не было, и в объяснение этого прочитали две сеймовые конституции 1563 и 1568 г., которыми при Сигизмунде Августе было отменено то Городельское постановление. На прочие доказательства Корсака православные отвечали: король Владислав действительно пожаловал русскому духовенству грамоту после Флорентийского Собора в полной уверенности, что теперь, когда митрополит Русский Исидор принял унию, примет ее и все русское духовенство с своею паствою, но унии в Русской Церкви не приняли, и Исидор должен был бежать из России. Переписка митрополита Иосифа с патриархом Нифонтом не только не свидетельствует о существовании тогда унии в Литве, но показывает противное. Нифонт начинает свое ответное послание словами: «Ты извещаешь, что епископы Римской Церкви для вас несносны и принуждают вас к Флорентийской унии», – значит, унии между русскими вовсе тогда не было. Далее хотя и советует митрополиту иметь с римскими епископами дружеское общение, но заповедует бдительно сохранять веру отеческую и все постановления Восточной Церкви. Равным образом и в «епистолии» митрополита Мисаила к папе Сиксту IV, если даже признать ее неподложною, русские прямо жаловались папе, что латинское духовенство их притесняет, принуждает к перемене веры, даже перекрещивает, чего не могло бы быть, если бы русские держались тогда унии. Продолжая свои обличения против униатов, православные приводили еще несколько документов, которые объясняли не в пользу унии, каковы: две первые грамоты Сигизмунда III владыкам, изъявившим желание принять унию; протестация русских послов против унии на варшавском сейме 1596 г.; исповедание веры, какое произнесли в Риме Потей и Терлецкий и в котором они совершенно отреклись от православной веры и всецело приняли веру латинскую.
Очевидно было, что комиссия благосклонно относилась к православным, давала им высказывать все, что только они желали сказать в свою защиту, и терпеливо выслушивала все их продолжительные чтения документов и объяснения. При всем том она сделала для православных весьма немного, встретив резкое сопротивление со стороны униатов, нашедших себе сильных покровителей в латинском духовенстве. Комиссия могла составить только следующий проект соглашения между униатами и православными: а) в Киеве кафедральная церковь с имениями и Выдубицким монастырем должна оставаться за униатским митрополитом, а в прочих церквах киевских, брацлавских, галицких, львовских и жидичинских, состоящих во власти неунитов, предоставляется им свободное богослужение; б) полученную князем Тышкевичем привилегию (грамоту) на монастырь святого Михаила в Киеве отменить, а нынешнего владельца того монастыря (разумеется Исаия Копинский) оставить в покое; в) в Могилеве утвердить за неунитами четыре церкви, а в Орше две; г) дозволить неунитам окончить начатую ими каменную церковь Святого Духа (в Вильне) и возбужденный против нее судебный процесс прекратить; д) Львовское епископство с уневскою архимандриею предоставить неунитам; е) за ними же обеспечить архимандрию киево-печерскую и жидичинскую; ж) утвердить за братствами свободное управление их школами, семинариями и гошпиталями, а мещан-неунитов по городам допустить до всяких магистрацких должностей... и пр. Этот проект был скреплен подписями и печатями королевича Владислава, который назывался уже тогда королем шведским, и униатского митрополита Рутского, занесен в акты конвокационного сейма и для объявления как униатам, так и православным разослан в копиях на сеймики.