Не задолго до смерти Евфимий отправил священника Евмена к митрополиту просить от него прощальной грамоты. Может быть, тут действовало желание вполне примириться для своих преемников с митрополитом московским, от которого он не получил посвящения, и от которого, как кажется, во все время своего архиепископства он почитал себя независимым. Евмен привез желаемую грамоту уже шестнадцать дней спустя после его погребения. А между тем, прощальные грамоты давались в руки умершим при положении в гроб. Решились вскрыть гроб владыки. Тело оказалось нетленным, когда подняли крышку. Руки находились в благословляющем положении. "Еще хранит Господь Великий Новгород!" — сказали тогда новгородцы. Прочитавши над мертвым прощальную грамоту, положили ее в руку усопшему, опять закрыли гроб и опустили снова в землю. С тех пор над этим гробом творились чудеса; а железные вериги, висевшие над гробом, исцеляли от лихорадки тех, которые к ним прикасались и возлагали их на себя.
Преемник Евфимия, Иона, был родом из Новгорода. Биограф его, подобно большей части из своей собратьи, старается указать, что в детстве своем Иона был предъизбран к своему поприщу. Еще дитятей он осиротел: какая-то вдовица взяла его на воспитание, обходилась с ним как мать родная и отдала дьякону для научения священным книгам. Иона был сирота, терпел бедность, был слабого сложения и часто хворал. Мальчик всегда кроткий и грустный, он не резвился со школьными товарищами: г, после ученья ребятишки выходили тотчас играть на улице, а он стоял себе вдали от них.
Однажды вечером, когда дети играли на улице, а сирота стоял вдали и не принимал участия в играх сверстников, проходил по улице юродивый Михаил Клопский. Он творил свое первое шествие по Новугороду. Ребятишки как только завидели, что идет по улице какой-то чудак, стали над ним дурачиться, кидали ему сор в лицо и катали камешки под ноги. Михаил, не обращая внимания на шалунов, побежал к углу улицы, где стоял сирота.
"Дневной свет" — говорит жизнеописатель — "уже оскудевал; а внутренния очеса Михайловы были пресветлы". Подошедши к сироте, юродивый взял его за волосы, поднял выше себя и закричал: "Иване! учи книги прилежно! Будешь архиепископом в Великом Новегороде!" Потом он обнял его и ушел.
Грустная сиротская судьба, меланхолическое настроение нрава, наконец, быть может, и пророчество юродивого — все это расположило юношу сделаться иноком. Он поступил в Отенский монастырь, верстах в сорока пяти от Новгорода, неизвестно когда и как. Там он был со временем избран в игумены, а после смерти Евфимия наречен владыкой Великого Новагорода и Пскова. Много лет прошло: Михаила юродивого не было уже на свете; мальчик-сирота стал старик; а пророчество юродивого сбылось.
Как предшественник его Евфимий заботился о Вяжищенской обители, откуда был возведен в архиепископский сан, так Иона любил и украшал Отенскую обитель: построил в ней церковь, расписал ее, снабдил сосудами и книгами, купил ей рыбные ловли и села. Он приказал себе заранее приготовить гроб в созданной церкви трех святителей. Жизнеописатель заметил, что он тратил на это не церковное имущество, необходимое для содержания священников и нищей братии, а свое особное. При нем-то и по его побуждению стали сочинять жития и службы разным русским святым. Так захожий серб Пахомий написал жития св. Ольги, Варлаама, архиепископа Моисея, митрополита Алексия, преподобного Саввы Вишерского и архиепископа Евфимия.
Чрезвычайно замечателен рассказ о поездке Ионы в Москву. Князья Василий и Иван и митрополит потребовали к себе архипастыря. Уже стар и дряхл был Иона, тяжко было ему поднять долготу путную; но жалость над людьми своими побудила его все преодолеть (видяше бо ков на люди свая, зависти ради). За три версты от Москвы его встречали высланные великим князем бояре, а митрополитом — архимандриты и игумены. В Кремле ему устроено было несколько почетных встреч, одна за другой — перед великокняжеским двором и потом внутри двора; на ступенях великокняжеских хором встречали его княжеские сыновья, а в предверии сам великий князь ввел его в дом свой. За архиепископом несли дары великому князю от Великого Новагорода; митрополиту также привезены были дары. Несмотря на такие почести, архиепископ скоро увидел, что великий князь не расположен к Великому Новгороду. Его самого как будто задерживали в Москве. Московские бояре, приходя к нему, жаловались, что Великий Новгород держит великокняжеское имя не по лепоте, и намекали, что великий князь хочет воздвигнуть руку свою на строптивый город. Однажды были все вместе — и великий князь, и сын его, и митрополит Иона, и наш архиепископ. "Я презираем от Новгорода! — сказал великий князь: — а мне Бог даровал власть великаго княжения над всеми князьями русскими, — хочу поднять руки на Великий Новгород". Иона стал защищать новгородцев, но князь приходил от того в пущую досаду и говорил с сердцем. Тогда владыка, обратясь к митрополиту, сказал: "Если ты не отведешь зависти от моего града, не преложишь вражды на любовь, презришь моление наше о граде нашем; если великий князь занесет руку на кротких людей, ничем его не обидевших, то знай — зависть и разделение узрятся в чадах его! " Обратясь к великому князю, Иона сказал: "Ныне услыши молитву мою и избери благое; ты, князь, благочестив, силен, над князьями меньшими поставлен, ты можешь добро творить; не воздвигай же неправды на праведных, не доверяй клевете нечестивых языков, взирай тихими очами на повинующихся тебе, и не покушайся порабощать свободных! Тебе самому приближаются дни! Сыну твоему Ивану придется держать хоругви русския; да не нарушит он свободы Великаго Новгорода, а я со всеми своими буду молить за него всесильнаго Бога; я испрошу ему свободу от ордынских царей за свободу града моего. Я буду молить Господа, да возвысит десницу сына твоего над всеми, и покорит ему всех супостатов его; да прославится он властью паче своих прародителей; да укрепится княжение его в руках его, и да прострется сила его над многими и примет он под власть свою великия страны; пусть только живет благочестно и смотрит тихими очами на подвластных".
Великому князю очень понравилось обещание свободы сыну своему от ордынских царей. Иона говорил так, что великий князь верил его словам, или по крайней мере боялся не поверить речам старика святой жизни. И великий князь обещал архиепископу хранить свободу Великого Новгорода, отложил гнев и даровал мир, утвердил свое слово перед митрополитом, и просил святителя помнить свое обещание. А Иона повторил свое обещание: за хранение свободы Великого Новагорода выпросить ему у Бога обещанную сыну его свободу от ордынских царей и начальство над русскими хоругвями. Старец заплакал. Князь и митрополит удивились этому внезапному плачу. "Кто в силах озлобить людей моих толикое множество? Кто может смирить величество града моего? — сказал владыка: — усобицы смя-тут их; разделение между ними низложит их; лесть неправды расточит их, и неправда зависти развеет их! Но по крайней мере я не увижу этого; во дни мои даст Бог мир и тишину, и благословение моим людям!" Он выпросил у князя судебную свободу своему монастырю от всякого насилия. Так Иона, защищая свободу своего града, в то же время заискивал покровительство великого князя над своим любимым монастырем. "Он духом прозревал, — говорит биограф, — что недолго будет держаться свобода его града, ради множества неправды и насилий в нем, и потому-то выпросил навеки свободу своей Отенской пустыни". Василий с радостью дал ему грамоту; с честью возвратился Иона и, исполнив обещание, данное им на пути в Москву, построил храм препод. Сергию. Через несколько времени пришло ему письмо от митрополита; последний просил архиепископа прибыть к нему, ибо сам чувствовал себя нездоровым и хотел посоветоваться с новгородским владыкой о преемничестве по себе. Но архиепископ отговорился болезнью и вскоре услышал, что митрополит скончался. Тогда он повелел своему монаху Пахомию, составителю житий, написать житие и службу Ионе митрополиту.
Житие говорит об архиеп. Ионе, что его уважали не только князья московские, но и в се соседние — тверские, смоленские, полоцкие, литовские, владетели немецкие. Все соседи хранили союз с Новгородом; глубокий мир почивал на пределах его. Новгородские граждане, внимая поучениям своего архипастыря, воздерживались от междоусобий; плодороднее, чем в прежние годы, стали поля в Новгородской и Псковской Землях; изобиловала страна овощами; благодать почивала над ней молитвами архипастыря Ионы; радость, веселие, тишина, мир, любовь царствовали повсюду; не слышно было голоса вражды и мятежа: таковы были лета его владычества. Однажды только постигла при нем Новгород смертоносная болезнь. Тогда он утешал скорбящих людей своих златоустовскими словесами и так поучал их: "язва сия постигла нас за то, что мы упитались как тельцы и, живучи в довольстве, забыли страх Божий. А все же и тут видна милость к нам Божия: не подвиг на нас Господь иноплеменников, не отдал страны нашей на расхищение и пленение; кого постигнет язва, все-таки тот умрет в дому своем на руках ближних своих и погребен будет руками священников, и поминовение по нем совершится священными службами. Прибегните к покаянию, молитесь Богу и поступайте лучше. И Бог вам даст здоровье." И люди, слушая своего владыку, крепились и с твердостью переносили бедствие.