Из других отношений церковных при Феодоре заметим, что архиереи, как говорилось в их настольных грамотах, ставились "по избранию св. духа (на соборе) и по совету боговенчанного царя". В начале царствования Феодорова был любопытный случай, при котором опять послышалась укоризна осифлянам. Рязанский епископ Леонид подал царю следующую челобитную: "Пожаловал ты меня, государь, велел быть у себя за столом на Рождество Христово: а архиепископ ростовский Евфимий мне с собою есть с блюда не дал и меня вконец позорил; а прежде, при отце твоем, я едал с одного блюда с архиепископом новгородским; а он же нас, осифовских постриженников, называет всех не осифлянами, но жидовлянами". Неизвестно, чем решено было дело.
В июне 1594 года, по государеву приказу, патриарх Иов со всем освященным собором приговорил учредить в Москве 8 старост поповских, чтоб у каждого было по 40 попов, да по четыре дьякона в десятских, поставить им избу у Покрова богородицы на Рву (у Покровского собора или у Василия Блаженного), куда должны сходиться старосты и десятские каждый день. Старосты должны были наблюдать, чтоб в известные дни были по всем церквам молебны и обедни; рассылать для этого по всем церквам память, чтоб всем попам было ведомо; да и всякий день перед обеднями попы должны были по всем церквам петь молебны о вселенском устроении, благосостоянии церквей, о многолетнем здравии царя и царицы, о их чадородии, о христолюбивом воинстве и о всем православном христианстве. Старосты должны были наблюдать, чтоб все попы и дьяконы являлись в крестные ходы и до окончания их не расходились, а которые не явятся, о тех доносить патриарху. Служить должны по церквам попы сами, а наймитов не нанимать, кроме великой нужды или какого-нибудь прегрешения; от ружных церквей и приходских храмов попам по другим церквам служить не наниматься; безместные попы должны приходить к Покрову богородицы, к поповской избе и здесь наниматься служить с патриаршего доклада; найму брать в простые дни по алтыну, а в большие праздники и на Святой неделе по два алтына, а больше не брали бы и божественною литургиею не торговали бы, старосты должны за этим смотреть крепко. Черным попам у мирских церквей не наниматься служить. В который день панихиды служить и на завтрее обедни заупокойные по государям, в те дни старосты с десятскими давали бы памяти по всем церквам, к которым по книгам ведено каноны давать, а которые попы за государевы панихидные столы садятся, те должны знать, кого в какой день поминать. Если христолюбцы станут приносить милостыню на храмы о здравии или за упокой и велят разделить по храмам в поповской избе, то старосты должны эту милостыню раздать по храмам. Пяти протопопам поручено было смотреть, чтоб старосты поповские исполняли этот наказ.
Относительно монастырского благочиния царь в 1584 году писал в Соловецкий монастырь: "Слух до нас дошел, что у вас сытят квасы медвеные да квасят, и устав прежний монастырский переменен: так вы бы квасов не квасили и прежнего чина монастырского не рушили; и которые старцы станут роптать, тех бы смиряли по монастырскому чину". В 1592 году двое старцев били челом на игумена и келаря Кириллова Новгородского монастыря, что они монастырскую казну раздают взаймы, для своей прибыли, без братского ведома, дружатся с детьми боярскими, берут у них себе гостинцы всякие. Когда один из челобитчиков стал им об этом говорить, то они посадили его в двои железа да в цепь, а потом девять дней били его на правеже, правили деньги, которые он проездил в Москву по монастырским делам. Бить на них челом нельзя, откупаются монастырскою же казной; кроме субботы и воскресенья, службы никогда в монастыре нот и священника нет. В июле 1584 года постановили, чтоб тарханам не быть, с 1 сентября, на время, до государева указа, пока земля поустроится и помощь во всем учинится царским осмотренном. Но уже в октябре того же года царь дал тарханную грамоту митрополиту Дионисию на слободку Святославлю, которую великий князь Василий Дмитриевич дал митрополиту Киприану вместо города Алексина. Тогда же, в июле 1584, было подтверждено, чтоб вотчинникам вотчин своих по душам не давать; но видим, что это постановление пли было скоро отменено, или не исполнялось. В 1587 году знаменитый впоследствии князь Дмитрий Михайлович Пожарский, по приказу отца своего, дал в суздальский Спасо-Евфимиев монастырь вотчинную деревню без доклада государю; не перечисляем царских пожалований землями в монастыри. По-прежнему давалось монастырям право производить торговлю, право сбирать в своих селах таможенную пошлину; по-прежнему давались грамоты с освобождением монастырских владений от разных податей и повинностей; этих грамот от царствования Феодора дошло до нас очень много, и начинают они раздаваться очень рано.
Касательно отношений монастыря к тем, на чей счет он был построен и поддерживался, любопытна царская грамота 1595 года. В Двинском уезде, при устье Нижнего Моржа, был монастырь Никольский, построенный мирским иждивением. Староста этого монастыря бил челом государю, что десятильник митрополита новгородского разорил монастырь своим насильством; царь дал грамоту двинским данным старостам и становым земским судьям Калейского стана, где находился монастырь, чтобы они защищали монастырь от обид; а когда Калейского стана крестьяне захотят вперед переменить никольских старост и в монастырской казне их считать или сами старосты захотят перемениться и в казне отчет отдать, то все бы крестьяне Калейского стана четырьмя волостками никольских старост выбирали меж собою кого сами излюбят, новых старост приводили к крестному целованью, а старых с лучшими людьми в казне считали и счетные списки отдавали новым старостам.
По старым грамотам Грозного, монастырские крестьяне выбирали у себя прикащиков, старост, целовальников, сотских, пятидесятских, десятских, для губных дел прикащиков, губных целовальников и дьячков; монастыри продолжали определять свои отношения к крестьянам уставными грамотами.
Кроме приведенных указов о крестьянах и холопях от времен Феодора, до нас недошло других дополнений к Судебнику. Относительно заведывания судом любопытно известие разрядных книг под 1588 годом: царь велел отставить князя Меркурия Щербатова от плавной рати и послал его в Тверь судьею. Дошла до нас от описываемого времени любопытная челобитная царю старцев Иосифова монастыря по поводу спора о земле между их крестьянами и крестьянами боярина Ивана Васильевича Годунова: "Послана, государь, от тебя грамота в Козельский и Белевский уезд к Кузьме Безобразову: велено ему выбрать 10 лучших крестьян боярина Ивана Васильевича Годунова и столько же наших лучших крестьян и дать им жребий: чей жребий вынется, тем отводить землю и лес с образом". Кузьма лучших людей выбрал и говорил крестьянам Ивана Васильевича: "С образом с жребия идете ли отводить лес и землю, по своему отводному рубежу?" Слуга Ивана Васильевича отвечал: "Крестьянам Ивана Васильевича лесу и земли не отваживать и жребия не брать; пусть монастырские крестьяне отводят лес и землю без жребия". Монастырские крестьяне били челом Кузьме: "Ивана Васильевича крестьянам надобна земля и лес пречистой богородицы и чудотворца Иосифа, перелезши из Белевского уезда в Козельский уезд через вековую межу города с городом: так и лес им отводить с образом, землю и лес пречистой, а мы им верим и без жребия". "Крестьянцы наши с образом земли и лесу отводить не смеют, мы им не велим отводить твоего государева жалованья; а люди и крестьяне Ивана Васильевича нашим крестьянам грозят: велят им неволею отводить нашу прямую монастырскую землю, для того, чтоб нас, нищих твоих, опозорить, огласить и в грех ввесть, а крестьянец наших продать и вотчину монастырскую запустошить; а монастырские крестьянцы уже и так от них застращены, четвертый год беспрестанные обиды и насильства терпят. Государь милосердый царь! пощади свою богомолью, вели учинить безгрешно, чего не ведется, что иноческому чину землю отводить с образом: вели сыскать старыми писцовыми книгами и старыми гранями. Обыскные люди обоих городов, Козельска и Белева, все знают вековой рубеж городу с городом, да не смеют сказать правды, блюдутся Ивана Васильевича".
Относительно нравов и обычаев заметим известие о потехах царских: государь пожаловал Василия Усова, дано ему 15 рублей денег, да сукно доброе в 2 рубля: тешил он государя, заколол перед ним медведя; даны были подарки какому-то Молвенинову: государя тешил, привел медведя с хлебом да солью в саадаке и с диким медведем своего медведя спускал; дано сукно доброе в два рубля охотнику Глазову: тешился государь на царицыны именины медведями, волками и лисицами, и медведь Глазова ободрал. 1 августа государь ездил под Симонов для водоосвящения на реке и там купался (мочался). Смирное платье (траур) по царевне Феодосии для чинов придворных было цвету темно-зеленого, вишневого, багрового, синего, без саженья.