С распространением границ государства, с переселением русских людей в новые страны распространялись, разумеется, и пределы церкви. Но, приобретая новых членов между инородцами церковь должна была принимать меры, чтоб не отпадали от нее старые. В 1593 году казанский владыка Гермоген писал царю, что в Казани и в уездах Казанском и Свияжском живут новокрещены вместе с татарами, чувашами, черемисами и вотяками, едят и пьют с ними, к церквам божиим не приходят, крестов на себе не носят, в домах образов и крестов не держат, попов не призывают и отцов духовных не имеют; обвенчавшись в церкви, перевенчиваются у попов татарских, едят скоромное в посты, живут мимо своих жен с немецкими пленницами. Он, владыка, призывал их н поучал, но они ученья не принимают и от татарских обычаев не отстают и совершенно от христианской веры отстали, о том сильно скорбят, что от своей веры отстали и в православной вере не утвердились, потому что живут с неверными вместе, от церквей далеко; и видя такое неверье в новокрещенах, иные татары не только не крестятся в православную веру, но и ругаются ей; да прежде, в сорок лет от казанского взятья, не бывали в татарской слободе мечети, а теперь стали мечети ставить близ посада, на лучной выстрел. Получивши это донесение, царь приказал воеводам, чтоб они, переписавши всех новокрещен, устроили им слободу в Казани с церковию и полным причтом; кто из них не захочет переселиться и ставить себе двор на слободе, тех давать на поруки, а иных в тюрьму сажать; чтоб воеводы выбрали сына боярского доброго и приказали ему эту слободу ведать, беречь, чтоб новокрещены христианскую веру держали крепко, женились бы у русских людей и дочерей своих выдавали за русских же; которые не станут христианской веры крепко держать, тех смирять, в тюрьму сажать, в железа, в цепи, бить, а других отсылать к владыке, чтоб налагал епитимью. Все мечети воеводы должны были посметать и вконец их извести. Гермоген писал также, что многие русские люди живут у татар, черемис, чувашей, женятся у них, многие живут у немцев по слободам и деревням добровольно и в деньгах и все эти люди от христианской веры отпали, обратились у татар в татарскую веру, а у немцев в римскую и лютеранскую: царь приказал воеводам распорядиться, чтоб русские люди не жили у татар и у немцев; должников, которые служат в небольших деньгах, выкупить, а которые в больших, тех отдать новокрещенам, у которых взамен взять литву и латышей и отдать татарам и немцам, которым запретить, чтоб они русских людей вперед не принимали и денег им взаймы не давали. В 1597 году князю Василию Ухтомскому назначенному воеводою в Пустоозерский острог, велено было призывать самоедов и других иноземцев в православную христианскую веру. Ухтомский бил челом, что Пустоозерский острог место дальнее, деревень у него, воеводы, по той дороге нет, из Москвы запас взять далеко: почему государь пожаловал бы, велел ему дать с устюжского кружечного двора 300 ведер вина по подрядной цене. Царь велел ему дать 50 ведер.
Главный пастырь русской церкви в царствование Феодора переменил звание митрополита на звание патриарха. Мы видели, вследствие каких причин северо-восточная русская церковь получила на деле самостоятельность от церкви константинопольской, хотя самое название главного пастыря ее: митрополит, обличало номинальную зависимость ее от патриарха. Взятие Константинополя турками, зависимость восточных патриархов от султана должны были возбудить в Москве желание приобресть самостоятельность совершенную, а в патриархах уничтожить противоборство исполнению этого желания; возвышение северо-восточной русской церкви, как самостоятельной и цветущей, требовало по крайней мере уравнения ее с старшими церквами, которые страдали под игом неверных, нуждались в ее помощи; в Москве возникло даже мнение, что опасно иметь единение с людьми, рабствующими неверным, мнение, против которого должен был вооружиться Максим Грек. Желание полной самостоятельности должно было еще более усилиться, когда обнаружились враждебные движения католические, когда иезуиты главною укорою русской церкви ставили зависимость ее от раба султанова. Необходимо было, следовательно, для русской церкви иметь своего патриарха; выгодно было иметь его для Москвы, ибо этим наносился удар делу Витовтову: Москва брала неоспоримое преимущество пред Киевом, и глаза православных в Литве не могли не обращаться к патриарху всероссийскому.
Посланник Благов, отправленный к султану, повез патриарху константинопольскому на помин души царя Иоанна милостыни 1000 рублей; у патриарха, по обычаю, учились греческому языку два русских паробка, Ушаков и Внуков; к ним Благов отвез шубы и деньги по 10 рублей; посланник должен был им сказать, чтоб они учились греческому языку и грамоте радетельно, пристально, а не гуляли, патриарха во всем слушались бы, а патриарху должен был сказать, чтоб велел учить паробков радетельно, держал бы их у себя в наказанье, а воли бы им не давал. Посланы были богатые милостыни и другим православным церквам, греческим и славянским. Летом 1586 года приехал в Москву за милостынею антиохийский патриарх Иоаким. Любопытны подробности свидания его с митрополитом Дионисием: когда он вошел в Успенский собор, то митрополит стоял в святительском сане на устроенном месте, окруженный знатным духовенством; приложившись к образам, патриарх пошел к митрополиту, тот сошел к нему навстречу с сажень от своего места и благословил его наперед и потом уже принял благословение от патриарха; Иоаким поговорил слегка, что пригоже было митрополиту от него принять благословение наперед, да и перестал. Здесь, при этом столкновении значения действительного с значением номинальным, всего яснее высказалась несообразность отношений московского митрополита к патриархам, и очень может быть, что именно прибытие патриарха Иоакима в Москву и это столкновение его с митрополитом Дионисием, показавши на деле несообразность отношений между значением действительным и значением номинальным, и побудили к решительному шагу. Как бы то ни было, предложение об учреждении патриаршества было сделано царем Думе во время пребывания Иоакима в Москве, и побуждением к этому делу царь именно выставил бедственное состояние церкви греческой и возвеличение церкви русской: "По воле божией, в наказание наше, восточные патриархи и прочие святители только имя святителей носят, власти же едва ли не всякой лишены; наша же страна, благодатию божиею, во многорасширение приходит, и потому я хочу, если богу угодно и писания божественные не запрещают, устроить в Москве превысочайший престол патриаршеский; если вам это угодно, объявите; по-моему, тут нет повреждения благочестию, но еще больше преуспеяния вере Христовой". Духовенство и вельможи похвалили мысль царскую, но прибавили, что надобно приступить к делу с согласия всей церкви восточной, "да не скажут пишущие на святую нашу веру латыны и прочие еретики, что в Москве патриарший престол устроился одною царскою властию". Эти слова показывают, что в Москве знали о враждебных движениях на православие в Западной России и принимали их в соображение. Иоакиму дали знать о желании царя, и он обещал предложить об этом деле собору греческой церкви.
Летом 1587 года приехал в Москву грек Николай с объявлением, что патриархи цареградский и антиохийский уже созывали собор, послали за двумя другими патриархами, иерусалимским и александрийским, будут советоваться с ними и пришлют в Москву патриарха иерусалимского с наказом об учреждении патриаршества. Но через год, летом 1588, государю дали знать, что в Смоленск нечаянно приехал старший из патриархов, византийский Иеремия. В ответ на это извещение смоленские воеводы получили выговор, зачем патриарх пришел к ним к пристани безвестно? "Вперед так просто не делайте, чтоб на рубеж никакой посланник и никакой человек под посад безвестно не приезжал". Епископу смоленскому царь писал: "Если патриарх станет проситься у воевод в церковь Пречистой богородицы помолиться, то мы ему в церковь идти позволили: и у тебя в церкви в то время было бы устроено чинно и людно, архимандритов, игуменов и попов было бы много, встречал бы ты патриарха и чтил его честно, точно так же как митрополита нашего чтите". Пристав, отправленный встречать и провожать патриарха, получил наказ: "Разведать, каким обычаем патриарх к государю поехал, и теперь он патриаршество цареградское держит ли и нет ли кого другого на его месте? И кроме его нужды, что едет за милостынею, есть ли с ним от всех патриархов с соборного приговора к государю приказ? Честь к патриарху держать великую, такую же, как к здешнему митрополиту".
В Москве Иеремию поместили на дворе рязанского владыки; самого его велено было поместить в больших хоромах в горнице с комнатою; провожатых его, митрополита мальвазийского и архиепископа элассонского, в Столовой избе и в комнате, архимандриту дать подклет особый, а старцев и слуг устроить по подклетам. Греков, турок и других иноземцев не велено было пускать на двор, слуг патриарших со двора, если от митрополита Иова, от знатного духовенства и бояр станут приходить с кормом, таких людей пускать было позволено; если же какой иноземец станет проситься к патриарху или сам патриарх захочет видеться с каким-нибудь иноземцем, то приставы должны были ему отвечать, что скажут об этом боярам и посольскому дьяку Андрею Щелкалову. Купцов, приехавших с Иеремиею, поставили на литовском гостином дворе.