Германии, остались верны католицизму. На сейме в Шпейере (1529) большинство оказалось за ними, и они постановили, что реформа не должна иметь нигде дальнейшего распространения. Тогда часть Саксонии (Кур-Саксония, т. е. находившаяся под властию курфюрста), Гессен, Люнебург, Ангальт, маркграф Бранденбургский и 14 имперских городов подали
протест против постановления Шпейерского сейма; от этого
протеста последователи реформы получили название
протестантов.
Протестанты хотели составить союз для защиты своего дела против католиков; но им мешала рознь между последователями Лютера и Цвингли. Филипп, ландграф Гессенский, хотел помирить реформаторов и пригласил обоих, Лютера и Цвингли, в Марбург на публичную беседу, которая кончилась, однако, ничем: реформаторы не согласились относительно Евхаристии. Вследствие этого разошлись, ничего не постановивши о союзе, два собрания протестантов; на третье, в Нюренберге, не явились депутаты многих городов, потому что города эти не хотели подчиниться мнению Лютера об Евхаристии, на принятии которого настаивал курфюрст Саксонский. В 1530 году император созвал сейм в Аугсбурге для решения религиозного вопроса. Протестанты представили свое исповедание веры, написанное Мелан-хтоном и утвержденное Лютером; католики написали возражения; назначены были конференции для соглашений между обеими сторонами, но не повели ни к чему; протестанты оставили сейм, не дожидаясь решения, которое не могло быть для них благоприятно; сейм постановил, что все должно быть возвращено в прежнее состояние под страхом жестокого наказания ослушникам. Постановление это должно было иметь следствием междоусобную войну; протестантские князья заключили в Смалькалдене (1531) оборонительный союз на случай нападения со стороны католиков, но этого нападения не последовало, потому что у католических князей было мало охоты к междоусобной войне, и, кроме того, страшные враги — турки — грозили империи. Император счел за нужное заключить перемирие с протестантами; оно было заключено в 1532 году на 12 лет в Нюренберге, почему и носит название Нюренбергского религиозного мира; по этому миру ни одна из сторон под предлогом веры не должна была нападать на другую до собора или до нового сеймового решения.
Во время этого перемирия протестантизм не переставал обнаруживать больные места; кроме ссоры между лютеранами и цвинглианами продолжало высказываться и крайнее направление реформы. Анабаптистский писатель Себастиан Франке высказывал, что нет греха перед Богом, ибо что считается грехом перед людьми, то не грех перед Богом, что Бог присутствует в растениях, животных и во всем существующем, что Христу нельзя приписывать какой-нибудь особенной божественности, кроме той, которая присуща всем великим людям.
После смерти Мюнцера анабаптисты, жестоко преследуемые в Германии, нашли убежище и последователей в Нидерландах. Прогнанные наконец и отсюда, они перешли в Вестфалию и утвердились в Мюнстере под предводительством своих апостолов, булочника Яна Матисона и портного Яна Бокольда из Лейдена, которые хвалились, что находятся под непосредственным наитием Святого Духа. Бокольд воцарился в Новом Сионе (как был назван Мюнстер); имение было роздано поровну между всеми жителями, все книги, какие только нашлись в городе, были сожжены; Бокольд, царь Нового Израиля, взял себе 14 жен по примеру Соломона. Лютер, Меланхтон и другие протестантские богословы тщетно старались сочинениями своими обратить своих собратий, которые быстро скатились с верхушки горы к подошве, тогда как богословы спускались с той же самой горы, только тормозя. Князья употребили светское оружие против анабаптистов; в 1535 году Мюнстер был взят с страшным кровопролитием с обеих сторон; Бокольда постигла участь Мюнцера; во всех областях Германии анабаптистам определена была смертная казнь; один Филипп, ландграф Гессенский, не позволял казнить людей за то только, что они анабаптисты; но Лютер был очень недоволен такою снисходительностию.
Протестанты воспользовались продолжительным отсутствием императора, его борьбою с Франциею, чтоб усилить свой Смалькалденский союз, во главе которого стояли Иоанн Фридрих, курфюрст Саксонский (преемник Фридриха Мудрого), и Филипп, ландграф Гессенский. Император постарался противопоставить протестантскому союзу католический, который составился в 1538 году в Нюренберге из архиепископов майнцского и залцбургского, герцога Баварского, герцога Георга Саксонского и Гейнриха Брауншвейгского: союз принял название Священного.
В 1541 году была опять в Вормсе беседа между католическими и протестантскими богословами для соглашения в спорных пунктах и кончилась ничем; а между тем борьба между католическими и протестантскими князьями Германии разгоралась, причем протестанты не обращали никакого внимания на императорские решения; религиозная борьба имела следствием то, что, когда турки из Венгрии грозили Вене, то империя могла выставить ничтожное войско, нуждавшееся в деньгах и жизненных припасах; для войны с французами сейм также дал императору ничтожную помощь людьми и деньгами. Лютер усиливал ожесточение, напечатавши книгу «Против римского папства, установленного дьяволом».
Лютер умер в начале 1546 года, но его смерть не ослабила борьбы между католиками и протестантами. Незадолго до смерти Лютера (в декабре 1545 года) папа Павел III созвал собор. Император считал собор единственным средством для умирения Церкви и восстановления ее единства, причем имел в виду необходимые преобразования в Церкви, необходимые уступки протестантским требованиям. Император хотел, чтобы собор был в Германии, но папа требовал, чтоб он был в Италии; наконец выбрали место на границе между Германиею и Италиею: Тридент в Тироле. Но протестанты расстроили планы императора, отказавшись присутствовать на соборе. Весною 1546 года император созвал сейм в Регенсбурге: главы протестантского союза, курфюрст Саксонский и ландграф Гессенский, не явились на сейм. Тогда император, свободный от внешних войн, решился оружием покончить дело: он выставил три армии, папа помогал ему и войском и деньгами против еретиков, католические князья Германии были на его стороне; на его стороне был самый даровитый из протестантских князей — Мориц, герцог Саксонский, человек, равнодушный к религиозному вопросу и руководившийся одними политическими расчетами. Он был во вражде с своим двоюродным братом, курфюрстом Иоанном Фридрихом, и присоединился к императору, несмотря на то что был женат на дочери другого главы протестантского союза, Филиппа Гессенского; император привлек Морица обещанием расширить его владения в Саксонии на счет Иоанна Фридриха.
Летом 1546 года открылась так называемая Смалькалденская война (война императора против Смалькалденского союза). Карл V твердил, что дело идет не об искоренении протестантского учения, но что он вооружился против сепаратизма, против политического союза, который представляет государство в государстве и бунтует против императорской власти. Протестанты не были приготовлены к войне, у них не было денег, а главное — между ними господствовало несогласие. В апреле 1547 года курфюрст Иоанн Фридрих был разбит наголову и взят в плен при Мюльберге; он был осужден императором на вечное заточение, земли его и курфюршеское достоинство переданы были Морицу.
Филипп Гессенский, отчаявшись в возможности сопротивления, начал хлопотать о мире через зятя своего Морица, который вместе с Бранденбургским курфюрстом поручился, что его