В соответствии с судебной реформой 1864 г. наряду с назначением и порядком деятельности прокуроров в уголовном и гражданском судопроизводстве весьма четко определялось то, что прокуратура не должна вмешиваться в деятельность суда, ущемлять или ограничивать самостоятельность судей при принятии ими решений по рассматриваемым делам. При этом уравнивались в правах прокурор-обвинитель и защитник. В обязанность прокуроров входило поддержание обвинения. Прокуроры приносили протесты на решения судов в апелляционном и кассационном порядке; им вменялось в обязанность осуществление надзора за точностью и безотлагательностью исполнения судебных приговоров по уголовным делам.
В ходе судебной реформы, при некотором изменении роли прокуратуры, за ней остался надзор за соблюдением законов, касающихся прав граждан.
В тот период органы прокуратуры составляли единую, централизованную и достаточно стройную систему. В соответствии с законом, вышестоящие прокуроры имели право давать нижестоящим обязательные для исполнения указания, заменять нижестоящих прокуроров в суде гражданском и уголовном, но не могли требовать от последних, чтобы они действовали вопреки своему внутреннему убеждению, сложившемуся у них на основе изучения конкретного дела, что было существенной гарантией прав нижестоящих прокуроров.
Смысл реорганизации прокуратуры в соответствии с основными принципами судебной реформы 1864 г. состоял в ограничении прокурорского надзора исключительно судебной сферой, возложении на прокурора функций поддержания государственного обвинения в суде и в таком усилении надзора за дознанием и следствием, который фактически превращал прокуроров в руководителей предварительного расследования. В связи с этим менялась и система органов прокурорского надзора: вместо губернской прокуратуры появилась прокуратура, создаваемая в судебных округах. Однако в силу того, что судебная реформа шла достаточно медленно и закончилась лишь к началу ХХ века, в 60—90-е гг. ХIХ века в прокурорском надзоре существовали две подсистемы: губернская и «судебная» прокуратура.
В апреле 1866 г. новые прокуроры и их товарищи приступили к своим обязанностям лишь в десяти губерниях, а также в Петербургской и Московской судебных палатах. Комиссии, высочайше учрежденной для окончания работ по преобразованию судебной части, было поручено введение их в действие. 7 марта 1866 г. было принято новое Положение о губернской прокуратуре, которое действовало во всех губерниях, где еще не приступили к работе общие суды и соответствующие прокуроры. В этом акте, сохраняя губернскую прокуратуру, законодатель стремился максимально приблизить ее к суду, сократив по возможности функции общего надзора.
В отличие от новой прокуратуры, губернская прокуратура вначале не осуществляла функции обвинительной власти. За ней сохранились некоторые обязанности надзора за местами лишения свободы, за губернскими по крестьянским делам присутствиями, за губернскими правлениями, полицией и другими органами. Губернские прокуроры оставались в непосредственном подчинении министру юстиции. Товарищи губернского прокурора в отличие от прежних стряпчих подчинялись только прокурору и были независимы от губернской администрации.
Судебная реформа 1864 г. была крупным шагом вперед. В результате этой реформы появились судебные следователи; стала более понятной и доступной система судов; судопроизводство начало осуществляться на принципах гласности и устности, состязательности и признания права на защиту; в судах появились избираемые мировые судьи и присяжные заседатели, была организована адвокатура. При этом доктрина изначально задумывавшегося прокурорского надзора постепенно давала крен в сторону обвинительной деятельности в уголовном судопроизводстве. В императорской России прокуратура претерпела трансформацию от органа надзора за исполнением законов, как было задумано Петром I, до придатка судов, занимавшегося возбуждением уголовного преследования и поддержанием обвинения.[9]
Во второй половине ХIХ – начале ХХ века развитие системы прокурорского надзора проходило в двух основных направлениях:
вытеснение губернской прокуратуры по мере проведения судебной реформы на территории страны;
усиление надзора за судами и адвокатурой и наделение прокуратуры функциями государственного юрисконсульта.
Послереформенная прокуратура, хотя и продолжала оставаться органом исполнительной власти, непосредственно подчиненным правительству по сравнению с губернской прокуратурой, оказалась более самостоятельной и независимой от местных властей, что, соответственно, способствовало постепенному возрастанию авторитета прокуратуры. Независимости прокуроров от местного влияния способствовал порядок их назначения и освобождения от занимаемой должности. Генерал-прокурор и губернские прокуроры назначались и освобождались рескриптом императора, назначение на должности нижестоящих прокуроров и их освобождение осуществлял генерал-прокурор Российской империи. Прокуроры всех рангов назначались на соответствующие посты пожизненно. На вакансии прокуроров могли претендовать, в основном, представители дворянского сословия.
После 1864 г. прокуратура стала одним из главных звеньев в государственном аппарате борьбы с революционным движением в стране. В соответствии с Уставом уголовного судопроизводства судебное преследование по государственным преступлениям возлагалось на прокуроров судебных палат. Предварительное следствие по государственным преступлениям производилось одним из членов судебной палаты при обязательном личном присутствии прокурора палаты или его товарища. Кроме того, прокурор судебной палаты имел право до начала следствия поручить производство дознания по этим делам прокурору окружного суда или его товарищу, или полиции. Таким образом, именно прокуратуре принадлежало руководство расследованием государственных преступлений. Составлять обвинительный акт и поддерживать обвинение в суде по государственным преступлениям должны были прокуроры судебных палат, обер-прокуроры Сената, министр юстиции или его товарищ.
Усиление реакции в 70—80-х гг. привело к некоторым изменениям не только в деятельности прокуратуры, но и в ее статусе. Для усиления надзора за судами высшие чины прокуратуры, вплоть до товарищей прокурора судебной палаты, получили право ревизовать окружные и мировые суды. Таким образом, они, по существу, превращались в ревизионные органы Министерства юстиции. Постепенно усиливается и прокурорский надзор за деятельностью адвокатуры.
Прокуратура начинает участвовать в работе некоторых административных органов. Так, представитель прокуратуры был введен в состав губернского присутствия по крестьянским делам. Теперь прокурор осуществлял не только наблюдение за тюрьмами, но и практически принимал непосредственное участие в управлении ими. Впоследствии прокуроры вошли в состав практически всех губернских присутствий, которые представляли собой административные коллегиальные учреждения и состояли из губернских начальников различных ведомств. Прокурор участвовал в работе губернских присутствий по городским делам, воинским делам, фабричным делам, по земским делам и др., а также принимал участие в губернском правлении при освидетельствовании сумасшедших. Всего насчитывалось около тридцати таких присутствий, комитетов и комиссий. В 1887 г. прокуратура была привлечена к участию в составлении списков присяжных заседателей.
Со времени своего образования прокуратура осуществляла надзор по арестантским делам, за местами содержания заключенных под стражей. Губернские прокуроры были уполномочены следить за скорейшим разрешением арестантских дел и ревизовать смирительные и работные дома. Соблюдение правил о задержании под стражей закон возлагал на прокуроров, которые были обязаны при отсутствии постановления уполномоченных на то мест и лиц немедленно освободить неправильно лишенного свободы, а при содержании не в надлежащем месте заключения принять меры к восстановлению порядка. Чины прокурорского надзора не могли входить в обсуждение по существу того или другого постановления, они были обязаны лишь удостовериться в том, есть ли требуемое законом постановление о задержании под стражею и уполномочено ли вообще на это законом то лицо или место, по распоряжению которого находящийся под стражею задержан.
Рескриптом Александра III была учреждена во главе с генерал-прокурором Н.В. Муравьевым комиссия, которая в течение шести лет работала над проектом закона об усилении прокурорского надзора, о превращении прокуратуры в сугубо карательный орган.
Установленный Судебными уставами (с последующими изменениями и дополнениями) порядок деятельности прокурорского надзора в России сохранялся до октября 1917 г.: прокуратура России продолжала оставаться органом, верно служащим самодержавию, вплоть до ликвидации ее вместе с рухнувшим строем в 1917 г.