Так возникла надзорная функция прокуратуры, которая многие годы доминировала в ее деятельности. Появилась и функция надзора за судом, которая затем получила дальнейшее развитие. Надзор имел важный отличительный признак, позволяющий выделить его из иных видов государственной деятельности. Этот признак заключался в том, что прокурор не пользовался решающим голосом ни по одному административному вопросу: средства прокурора носили чисто надзорный характер, и основным среди них являлась так называемая протестанция, т. е. принесение протеста в орган, нарушивший закон, или в вышестоящий орган. Генерал-прокурор непосредственно надзирал за тем, чтобы высший государственный орган – Сенат – рассматривал все относящиеся к его компетенции дела, действовал в строгом соответствии с Регламентом и императорскими указами. Генерал-прокурор наделялся полномочиями и в сфере правотворчества: предлагал Сенату принимать решения по вопросам, не урегулированным правом. Ему подчинялись обер-прокурор, прокуроры коллегий Сената, провинций. Он же был подотчетен только императору.
Надзирала прокуратура за законностью деятельности и других государственных органов и структур. Так, она вела наблюдение за интересами казны, вела надзор по арестантским делам, за местами содержания заключенных под стражей. Прокуратура с момента ее создания и до судебных реформ Александра II была преимущественно органом общего (административного) надзора, а судебная, обвинительная или исковая деятельность составляла лишь одно из частных дополнений к функции надзора, едва намеченное в законе, слабое и незначительное на практике.
Петр I полагал, что прокуратура должна стоять на страже интересов государя, государства, церкви и всех граждан. Создавая прокуратуру, возлагая на генерал-прокурора надзор за соблюдением интересов государства и исполнением законов, Петр I уже 17 апреля 1722 г. издал Указ «О хранении прав гражданских». Защищая и охраняя права гражданские, Петр I, наряду с другими задачами, возлагал решение этой проблемы на прокуратуру как орган надзора.
По мнению историков, в России институт надзора включал элементы французской прокуратуры, шведских омбудсменов и немецких фискалов и чисто русские изобретения. Из Франции была заимствована главная функция – надзор за точным исполнением закона тем органом, при котором находится прокурор. По своему назначению русский генерал-прокурор был ближе шведскому омбудсмену, основной задачей которого была защита прав и свобод населения от нарушений со стороны властей. Однако в истории высказывалось и иное мнение о причинах возникновения прокуратуры как одного из проявлений борьбы двух начал в государственном строительстве Петра I – коллегиальности и единоначалия. Н.В. Муравьев усматривал причины учреждения прокуратуры главным образом в недостатках фискальной формы надзора. Причина возникновения и развития органов надзора вообще и прокуратуры в частности в период петровских реформ виделась историкам и в крайнем упадке нравственности в обществе.
Никаких особых личных требований для службы в прокуратуре в тот период не определялось. Прокуроры назначались на должности Сенатом по предложению генерал-прокурора. За те или иные проступки они могли быть наказаны только Сенатом. Сам же генерал-прокурор или обер-прокурор несли ответственность только перед императором. При этом в Табели о рангах прокурорам были присвоены высокие классы: генерал-прокурору – третий, соответствующий генерал-лейтенанту; обер-прокурору – четвертый; коллежским прокурорам – шестой, прокурорам надворных судов – седьмой наравне с обер-фискалом.
Надзор прокуратуры, а также средства реагирования прокуроров заключались в следующем. Обнаружив нарушение, прокурор вначале устно предлагал устранить его, а если его обращение не помогало, он приносил протест. Письменный протест поступал в тот орган, который нарушил закон и от которого зависело либо принять его или же остаться при своем мнении. При этом руководитель учреждения обязан был направить в вышестоящую инстанцию или Сенат вместе с протестом прокурора свои объяснения о причинах несогласия с прокурором. Принесение прокурором протеста приостанавливало действие того постановления, которое опротестовывалось. Непосредственное уголовное преследование прокуратурой не осуществлялось: прокуроры наблюдали только за ходом расследования дела и имели «попечение» об арестантских делах. В круг ведения прокуроров входил также надзор за фискалами, которые доносили обо всех замеченных ими злоупотреблениях прокурорам. Кроме того, прокуратура обладала правом законодательной инициативы.
Таким образом, по мнению историков, прокуратура создавалась в России как представительный орган императорской власти, осуществляющий от ее имени и по ее поручению повсеместный и постоянный надзор и контроль за действиями и решениями Правительствующего Сената, других центральных и местных учреждений.
Во время правления Екатерины Iвласть постепенно сосредоточилась в руках аристократии, что, соответственно, не могло не сказаться на положении генерал-прокурора, а затем и всей прокуратуры. При Екатерине I отмечается значительный отход от установленного Петром I порядка осуществления высшего надзора прокуратуры за соблюдением законов в государстве, сужается государственное значение прокуратуры и возглавляющего ее генерал-прокурора. Во главе правительства был установлен Верховный тайный совет, а затем Кабинет, что привело к существенному ограничению полномочий Сената. В некоторых сферах деятельности государственных органов вновь возрождается фискальная служба.
Восстановление статуса российской прокуратуры пришлось на период правления императрицы Анны Иоанновны. В сентябре 1733 г. учреждена должность губернского прокурора, который был вправе опротестовывать незаконные действия местных властей и судов с одновременным уведомлением об этом генерал-прокурора. Однако влияние прокуроров на местах было утрачено, и придать прокуратуре статус, какой она имела при Петре I, не удавалось.
Вторично прокуратура была отменена в регентство Анны Леопольдовны. 15 декабря 1740 г. был издан Указ об утверждении обер-прокуроров в Сенате и Святейшем Синоде, которым упразднялась должность генерал-прокурора, а обер-прокурора оставлена без подчиненных.
Попытка восстановить статус прокуратуры была предпринята императрицей Елизаветой Петровной. Однако существенной проблемой того периода истории развития прокуратуры стал недостаток и подбор надлежащих кадров. В докладе императрице Елизавете Петровне генерал-прокурор Н.Ю. Трубецкой проблему отсутствия кадров характеризовал следующим образом: «Ныне в сенатской конторе и во многих коллегиях и в прочих судебных местах и губерниях прокуроров почти никого нет, а в некоторых малых, хотя и есть, токмо люди уже зело престарелые и к тому неспособные».
И только при Екатерине II роль прокурора вновь стала возрастать. С разделением Сената на департаменты генерал-прокурор охватывает своим контролем всю их деятельность, а к концу XVIII века, продолжая оставаться органом надзора, фактически становится высшим органом управления общей компетенции. Перед прокуратурой ставились задачи защиты государства и справедливости, в том числе и защиты интересов подданных Российского государства. Генерал-прокурору было поручено ведение важнейших государственных дел, включая в ряде случаев и вопросы отправления правосудия.
В «Учреждении для управления губерний Российской империи» от 7 ноября 1775 г. предусматривалась специальная глава «О прокурорской и стряпческой должности», в которой устанавливались широкие полномочия прокуроров по общему и судебному надзору, а также надзору за местами лишения свободы, конкретизировались должностные обязанности. Согласно указанному акту, прокуроры осуществляли: 1) охранение общего благоустройства в губернии; 2) надзор по казенному управлению; 3) надзор по суду и расправе. Следовательно, у прокуроров сохранялась общенадзорная функция и вводилась функция надзора за судами.
В целом в период правления Екатерины II основными задачами российской прокуратуры были: осуществление надзора за соблюдением законов, за деятельностью присутственных мест, судебного надзора, защиты прав граждан, охраны интересов государства (императорского величества), борьбы со взяточничеством, надзора за местами лишения свободы и соблюдением прав лиц (на гуманные условия содержания), пребывающих в них.
В период правления Павла Iштаты прокуратуры были значительно сокращены. Однако в целом статус прокуратуры сохранял первостепенное значение в государстве. Это был активно действующий правительственный орган, а генерал-прокурор был одновременно министром юстиции, министром финансов и министром внутренних дел.