На начало 1950-х гг. приходится и наступление на заповедники. В эту первую волну реорганизаций были ликвидированы полностью и «освоены» или сильно сокращены в размерах 88 из 128 заповедников. Сильно урезанными оказались старейшие заповедники России – «Центральный лесной», Печеро-Илычский и Баргузинский. Уже в конце 1950-х площади заповедников в большинстве случаев были восстановлены или приближены к первоначальным размерам. Хрущёвская «оттепель» спровоцировала многие социальные явления, в том числе и всплеск агрессивного отношения к природе как препятствию для «строек коммунизма». Именно на начало 1960-х гг. приходится вторая волна сокращения площадей заповедников, вплоть до полной ликвидации 16 из них. Аргумент приводился простой: «Коммунисты рационально эксплуатируют природу и потому она в особом сохранении не нуждается. Заповедники нужны только для научных исследований».
В середине 1950-х начато своеобразное покорение Сибири. В 1957 г. в Новосибирске перекрыта река Обь плотиной высотой в 33 метра. В эти же годы в Иркутске перекрыта река Ангара. Высота плотины 44 метра, водохранилищем стал Байкал, уровень воды в котором поднялся на 1 метр. Эта плотина стала первой в грандиозном каскаде Енисейско-Ангарских гидроэлектростанций, последняя из которых, Богучанская, еще не возведена и поныне. В 1961 г. пущена Братская ГЭС с высотой плотины 124,5 метра, затем в 1963-м – Усть-Илимская ГЭС с плотиной 105 метров. На Енисее, выше Красноярска в 1967 г. введена в строй Красноярская ГЭС, высота плотины – 117 метров. Самая грандиозная Саяно-Шушенская ГЭС, с высотой плотины 242 метра, дала первое электричество в 1974 г.
Как и в европейской части России, водохранилища на сибирских реках затапливали наиболее обжитые земли и поймы с максимальным биологическим разнообразием. Все русское заселение Сибири происходило по рекам. Вдоль сибирских рек, в течение трех столетий формировался сельский уклад жизни русского вольного крестьянства. Водохранилища уничтожили долины рек, которые были единственным возможным местом в Восточной Сибири для существования такого уклада жизни. Переселение живых сел и деревень из зон затопления происходило особенно трагично, о чем ярко рассказал Валентин Распутин в повести «Прощание с Матерой». Потери биологического разнообразия были также весьма заметны. Так, даже в наиболее узком из всех сибирских водохранилищ, Саяно-Шушенском, при минимальном разливе по площади, произошли необратимые изменения. В результате на большей части склонов, обращенных к Енисею, из состава растительности на многие десятилетия практически выпала сосна, которая прежде составляла наибольший удельный вес в биомассе приенисейских ландшафтов.
Дешевая электроэнергия сибирских рек позволила развернуть масштабное промышленное строительство в регионе. Стройки того времени в Сибири отличались гигантскими масштабами. Каждый завод, каждая фабрика должны были стать если не самыми большими в мире, то, по крайней мере, крупнейшими в СССР. Во второй половине 1960-х и в 1970-х гг. в Сибири были построены такие опаснейшие для окружающей среды гиганты, как Братский и Красноярский алюминиевые заводы, Братский и Усть-Илимский целлюлозно-бумажные комбинаты. Алюминиевые заводы выбрасывают в атмосферу свободный фтор. Соединяясь в атмосфере с водой, он превращается в токсичную и очень агрессивную плавиковую кислоту. Уже к концу 1970-х гг. вокруг Братска площадь погибших от промышленных выбросов в атмосферу лесов составляла тысячи гектаров.
Гигантские целлюлозные производства (ЦБК) потребляли в огромных количествах древесину из окружающих лесов. Феномен знаменитой ангарской сосны, возобновляющейся на вырубках без смены пород, позволял проектировщикам рассчитывать на большой и воспроизводящийся сырьевой ресурс. Один из самых больших в мире Усть-Илимский ЦБК проектировался и строился в расчете на неограниченные ресурсы древесины региона и минимальные транспортные издержки в себестоимости сырья. В реальности, из-за неизбежного роста затрат на заготовку и транспорт древесины, близлежащие к комбинату леса в 70-х и 80-х гг. вырубались безоглядно для выполнения планов и ради побед в социалистическом соревновании. В результате к концу 80-х гг. уникальная по качеству древесины и способности к естественному воспроизводству сырьевая база – массив ангарской сосны (запас древесины – сотни миллионовкубических метров, ежегодный прирост – миллионы кубических метров) – была сильно подорвана перерубами. Комбинат начал испытывать острый дефицит сырья, а до 40 % производственных мощностей – простаивать.
Абсурдность социалистического природопользования ярко проявилась в практике лесозаготовок. В 1960–1980-е гг. леспромхозы получали раздельные планы по заготовке, т. е. по вырубке леса и вывозке древесины на склады. Так как все «командиры производства» стремились заработать грамоты, медали, ордена и премии, бригады лесорубов рубили, сколько могли, а вывозить срубленную древесину всегда не успевали – на строительстве дорог «отличиться» было гораздо сложнее. Вследствие ведомственного обособления на «нижних» складах, куда стекалась вывезенная древесина со сплавных рек, в ожидании железнодорожных вагонов годами простаивали и гнили гигантские штабели леса.
Одним из масштабных последствий разграбления деревни и ведомственной разобщенности в 1970–1980-х гг. явились результаты мелиорации сельскохозяйственных земель. Комплекс мер по улучшению качества сельскохозяйственных земель основывается на регулировании водного режима почв и включает множество других взаимосвязанных действий, включая сложные агрономические приемы. План по гидротехнической мелиорации получал и успешно выполнял Минводхоз. Это ведомство громко отчитывалось «перед партией и правительством» миллионами гектаров осушенных болот, километрами каналов и спрямленных речек, получая громкие награды и поощрения.
Остальная же, агрономическая и не столь эффектная, часть мелиорации доставалась совхозам, у которых не было ни средств, ни большого желания доводить начатые «улучшения» до конца. Урожаи росли медленно, заставляя партийное и хозяйственное руководство расширять мелиоративные работы для выполнения планов по заготовкам сельхозпродукции. Наиболее пострадали от таких «улучшений» области так называемого «Нечерноземья», где мелиоративные работы ежегодно проводились на площади около 1 млн га. Средств на содержание мелиоративных систем, как правило, не хватало, и каналы довольно быстро засорялись, теряя дренажную способность. Обобществленное сельское хозяйство не в состоянии было «переваривать», в Нечерноземье особенно, такой объем мелиорированных земель. На больших площадях начинался процесс вторичного заболачивания, и мелиорированные земли постепенно выбывали из пользования, удивляя прохожих бессмысленными канавами на заливных лугах и курганами на опушках лесов, куда мощные бульдозеры сгребали «лишнюю» землю, выкорчёванные кусты и деревья.
Похожая на мелиорацию ситуация сложилась с применением минеральных удобрений и пестицидов. В 1980-х гг. среди советских городских обывателей было распространено мнение о чрезмерной химизации сельского хозяйства и повсеместном заражении сельхозпродукции остатками удобрений и пестицидов. Между тем, средние удельные объемы применения минеральных удобрений, и особенно пестицидов, в СССР были в несколько раз меньше, чем соответствующая химическая нагрузка на полях в Европе и США. Однако безответственность государственных крестьян позволяла лихому механизатору свалить кучу суперфосфата или аммиачной селитры на краю поля у речки, а не вносить равномерно удобрения по всему полю. Механизатору в совхозе платили за вывоз удобрений в поля, вот они и «вывозили». Подобными «приписками» не брезговало и начальство ради отличий в соцсоревновании и вожделенных наград. Страдали в первую очередь мелкие речки, пруды и озера, в которых, из-за стока сотен тонн удобрений, буйно развивалась растительность и стремительно сокращалось видовое разнообразие рыб, а раки, особо чувствительные к загрязнению вод, и вовсе стали большой редкостью.
С конца 1950-х гг. с профессорских кафедр авторитетных факультетов, прежде всего МГУ, «сеялись зерна сомнения» в разумности идеи «покорения» природы. В 1958 г. в Петербурге, в лесной академии (тогда Ленинградская лесотехническая академия) возник студенческий кружок, участники которого хотели воздействовать на реальную практику ведения лесного хозяйства. Первоначально коммунистическая власть отнеслась к начинанию враждебно-настороженно – ведь это было движение «снизу». Один из основоположников движения и идеолог «Кедрограда» Ф. Я. Шипунов в 1958 г. был исключен из вуза в день защиты диплома за самодеятельную рассылку анкет по лесхозам. Но вскоре отношение изменилось. В 1959 г. в кедровых лесах Алтая было позволено провести общественно-научный эксперимент по комплексному и щадящему использованию лесов (так называемая программа «Кедроград»). Идея «Кедрограда» получила известность. Поток писем от желающих участвовать измерялся мешками, однако вскоре начинание молодых питерских лесоводов увязло в партийно-советской бюрократии (см. В. Чивилихин. «Кедроград»).