Уже в 1807 году драгунский генерал сменяет Лаврова на посту командующего, а год спустя руководит передислокацией: размещенных в Сибири регулярных полков на западные границы России.
К началу войны генерал-майор А. А. Скалон командовал драгунской бригадой, состоявшей из Сибирского, Иркутского и Оренбургского полков и входившей в 3-й кавалерийский корпус графа П. П. Палена. С первых же дней боев с французами корпусу пришлось отступать от белорусского города Лиды фактически в полуокружении вражеских соединений генерала Нансути и маршала Мюрата. На пути к Смоленску бригада Скалона сдерживала натиск восьми дивизий Мюрата и трижды удостаивалась благодарности командующего армией Барклая-де-Толли.
Наконец, обе русские армии соединились под Смоленском, и измученные полки получили короткую передышку. В посланном тогда же письме к жене Антон Антонович на ее вопрос о возможном исходе войны отвечал: «Я тебе не пишу ничего о военных действиях, но только скажу, что Бог русских никогда не оставлял. Хотя враг и зашел далеко, но он падет от оружия нашего!»
Во время кровопролитного Смоленского сражения особенно напряженные бои шли у Молоховских ворот, в Рачевском предместье крепости. Здесь позиции защищали батарейная рота полковника Апушкина и Иркутский драгунский полк во главе с самим бригадным командиром А. А. Скалоном, а Сибирский и Оренбургский полки бригады вместе с казачьими сотнями прикрывали их фланги. Постоянно атакуемые конной дивизией Брюйера и корпусом маршала Нея, полки несли тяжелые потери, у артиллерийских орудий четырежды менялась прислуга, но русские рубежей не оставляли. Когда поступил приказ об отступлении, генерал с Иркутским драгунским полком остался в арьергарде, прикрывая отход артиллерии и егерей. В это время кавалерия Брюйера начинает еще одну атаку. И вот тогда Скалон, желая выиграть время для отвода пушек и пехоты, решается на отчаянный шаг. Сразу за последним залпом русских орудий последовала молниеносная контратака драгунских эскадронов во фланг наступающих французских полков. Неприятель дрогнул, сметал ряды и на короткое время утратил наступательный порыв. Но этих десяти – пятнадцати минут оказалось достаточно для спасения батарей и пехотного прикрытия.
Противник тем временем подтянул артиллерию и под прикрытием ее убийственных залпов картечью и гранатами начал перегруппировку. Как свидетельствовали участники того боя, генерал Скалон, видя задачу выполненной, «скомандовал эскадронам по три налево и полк левым флангом ретировался в крепость, находясь совершенно под огнем неприятельским». По традициям боевого российского офицерства сам командир во время отхода находился в рядах последнего эскадрона. Внезапно рядом разорвалось несколько гранат, и все скрылось в густом пороховом дыму, в котором адъютант и вестовые потеряли командира из виду…
Героическая оборона Молоховских ворот сорвала попытку французов прорваться к Днепровскому мосту и отрезать оборонявшие Смоленск дивизии русских от основных сил армии. К ночи 5 августа сражение утихло, а на следующий день корпус генерала Дохтурова оставил город. Борьба за Смоленск значительно ослабила армию Наполеона и охладила наступательный порыв французов настолько, что некоторые из его маршалов и генералов в открытую заговорили о необходимости мирных переговоров.
Долгое время ни близкие, ни сослуживцы ничего не знали о судьбе генерала Скалона. Был ли он убит или раненым попал во французский плен? В списках «убыли за смертию в сражении либо от понесенных ран» генерал не числился, так как о его гибели не было достоверных известий и, стало быть не было никаких оснований для назначения его жене и пятерым детям воинской пенсии. Ни поместий, ни крепостных генерал не нажил, и его семья осталась без всяких средств к существованию. Лишь после вмешательства самого Александра I, с декабря 1812 г., вдове и сыновьям пожаловали ежегодную пенсию в размере 1800 рублей годового оклада А. А. Скалона.
Подлинные сведения об обстоятельствах гибели Скалона и месте его погребения близкие получили только к концу 1813 года. Оказалось, что тело сраженного картечью российского генерала было обнаружено французами 6 августа, на следующий день после кровопролитного боя у Молоховских ворот. По личному указанию императора Наполеона 8 августа генерал Скалон был предан земле у подножия Королевского бастиона Смоленской крепости «с отданием всех почестей, приличествующих его воинскому подвигу, с ружейными и артиллерийскими залпами». Отдавая дань мужеству А. А. Скалона французский император сам присутствовал при погребении и, по русскому обычаю, бросил горсть земли на его могилу.
Спустя сто лет, 5 августа 1912 года, на месте гибели генерала был воздвигнут обелиск из серого гранита с выбитым на лицевой грани крестом. Этот памятник, сохранившийся до наших дней, поставили внуки павшего – генерал-адьютант Георгий Антонович и генерал от кавалерии Дмитрий Антонович Скалоны. В одном из залов знаменитой Военной галереи героев Отечественной войны 1812 года, в Зимнем дворце, среди 332 портретов военачальников русской армии есть портрет генерала средних лет в парадном драгунском мундире с золотыми эполетами, грудь его украшают четыре ордена за воинскую доблесть. Открытое, благородное лицо, вьющиеся волосы с начинающими седеть прядями, спокойный и твердый взгляд. Таким предстает перед нами родившийся в нашем городе генерал-майор от кавалерии Антон Антонович Скалон.
Все сыновья генерала по примеру отца и предков служили Отечеству на военном поприще. Старший, Александр Антонович (1796–1854), будучи декабристом и членом «Союза благоденствия», с 1826 по 1828 гг. состоял под негласным надзором полиции. Однако активного участия в движении он не принимал, и во время личной встречи с Николаем I император демонстративно разорвал все следственные рапорта по его делу и «милостиво даровал монаршее прощение за легкомысленные дела и суждения молодости». Годом позже капитан гвардейского Генерального Штаба Александр Скалон за составление «Описания Российской империи казачьих войск гражданского ведомства» был пожалован бриллиантовым перстнем. В 1831–1836 гг. А. А. Скалон в звании полковника Генерального Штаба присутствовал в качестве полномочного комиссара Российской империи при определении новых границ между Турцией и Грецией, а за год до смерти произведен в чин генерал-майора. Второй, Николай Антонович (1800-?), генерал-майор, служил в Генеральном штабе, а затем командиром Белостокского пехотного полка. Третий, Василий Антонович (1805–1882), капитан, служил помощником инспектора классов Петровского кадетского корпуса. Его жена, Софья Васильевна, была младшей дочерью автора знаменитой в то время комедии «Ябеда» и многих известных стихов В. В. Капниста. Семейство Скалонов находилось и дружеских и родственных связях с декабристами; братьями Муравьевыми-Апостолами, П. И. Пестелем, М. П. Бестужевым-Рюминым. М. С. Луниным. Важной страницей в жизни Василия Антоновича и его семьи была дружба с Н. В. Гоголем. Софья Скалон, знала писателя с детства. Их искренняя и дружеская переписка продолжалась до самой смерти писателя. Четвертый, Антон Антонович (1806–1872), генерал-лейтенант, окончил Академию Генерального штаба, многое сделал для развития военной статистики, был членом Русского Географического общества. Пятый, Данило Антонович (1808–1856), генерал-майор, служил офицером-воспитателем, командиром кондукторской роты в Инженерном училище в Петербурге, где тогда воспитывался юный Федор Достоевский; известный русский писатель Д. Г. Григорович в своих воспоминаниях называет Скалона «добрейшим» человеком.