После занятия поляками Кремля Боярская дума во главе с Ф.И. Мстиславским, известная как «Семибоярщина», потеряла значение правительства. Власть в Москве теперь находилась в руках Госевского. Ему помогали тушинцы, переметнувшиеся к полякам, — «кривые» Смутного времени, как их называл И.Е. Забелин. Из «кривых» на первых ролях были боярин Михаил Салтыков Кривой и «торговый мужик» Фёдор Андронов, ставший в Тушине думным дьяком, а при поляках — московским казначеем. Салтыков и Андронов избрали в конфиденты литовского канцлера Льва Сапегу. Они писали ему обо всём, что узнавали, и доносили на Госевского и друг на друга. Особенно старался угодить бывший кожевник, а ныне думный дворянин и хранитель царских сокровищ Андронов. «Милостивый пане, пане, а пане милостивый...» — частил он, спеша сообщить Сапеге о новинах в Москве. Вот эти «правители» и решили взяться за Гермогена.
30 ноября Салтыков и Андронов пришли к патриарху с требованием, чтобы «их и всех православных крестьян благословил крест целовать» Сигизмунду. Гермоген их прогнал, но наутро о том же просил глава Боярской думы князь Фёдор Мстиславский. «И патриарх им отказал, что он их и всех православных крестьян королю креста целовать не благословляет. И у них де о том с патриархом и брань была, и патриарха хотели за то зарезать. И посылал патриарх по сотням к гостям и торговым людям, чтобы они [шли] к нему в соборную церковь. И гости, и торговые и всякие люди, прийдя в соборную церковь, отказали, что им королю креста не целовать. А литовские люди к соборной церкви в те поры приезжали ж на конях и во всей збруе. И они литовским людям отказали ж, что им королю креста не целовать», — так писали казанцы вятичам в январе 1611 г.
После гибели второго «Дмитрия», 11 декабря 1610 г., завоеватели не могли больше утверждать, что они пришли с оружием для защиты русских от Вора. Всем стало ясно, что Сигизмунд хочет подчинить Россию. В Рязани Прокопий Ляпунов начал собирать ополчение освобождать Москву. Тогда паны решили использовать патриарха и бояр, чтобы заставить сдаться Смоленск, побудить народ присягнуть Сигизмунду и запретить Ляпунову идти на Москву. Им помогали «Михаил Салтыков с товарищами». Изменники убедили думских бояр написать грамоты. Одну — королю, «чтобы дал своего сына на государство: «А мы на твою волю полагаемся»; другую о том же послам, «а все к тому вели, чтобы крест целовать самому королю»; третью — Ляпунову, «чтобы он к Москве не собирался». Подписав грамоты, бояре пошли к патриарху, чтоб и он руку приложил, но Гермоген «стоял в твердости, яко столп непоколебимый», и говорил им:
«Стану писать к королю грамоты... и вас благословлю писать, если король даст сына своего на Московское государство и крестит его в православную христианскую веру и литовских людей из Москвы выведет... А если такие грамоты писать, что во всем нам положиться на королевскую волю, и послам о том бить челом королю... то стало ведомое дело, что нам целовать крест самому королю, а не королевичу, то я к таким грамотам не только сам руки не приложу, но и вас не благословляю писать, но проклинаю, кто такие грамоты учнёт писать. А к Прокопию Ляпунову стану писать: если будет королевич на Московское государство и крестится в православную христианскую веру, благословляю его служить, а если королевич не крестится... и литвы из Московского государства не выведет, я их благословляю и разрешаю... идти на Московское государство и всем помереть за православную христианскую веру».
Речь патриарха взбесила Салтыкова: он начал его ругать и, «вынув на него нож, хотел его резать». Гермоген против ножа не устрашился и сказал громким голосом, осеняя изменника крестным знамением: «Сие крестное знамение против твоего окаянного ножа, да будешь ты проклят в сем веке и в будущем». А князю Фёдору Мстиславскому сказал тихо: «Твоё есть начало, тебе за то хорошо пострадать за православную христианскую веру; а если прельстишься на такую дьявольскую прелесть, пресечёт Бог твой корень от земли живых, да и сам какою смертью умрёшь». Пророчество его сбылось. На другой день Гермоген повелел народу собраться в соборной церкви, но поляки окружили церковь стражей. Все же некоторые русские успели прийти заранее и слушали проповедь патриарха. Гермоген призывал их стоять за православную веру и о том сообщить в другие города. После такой проповеди поляки приставили к патриарху стражу.
Тем временем бояре послали грамоты в королевский лагерь. Когда послы получили грамоту, они стали скорбеть и друг друга укреплять, поняв, что им придется пострадать за православную веру. Вскоре их собрал король и стал читать грамоту, где бояре писали, что надо положиться на королевскую волю. От послов говорил митрополит Филарет: «Видим сии грамоты за подписями боярскими, а отца нашего патриарха Гермогена руки нет... и ныне мы на королевскую волю полагаемся: если даст на Московское государство сына своего и крестится в православную христианскую веру... а на ту королевскую волю полагаться, что королю крест целовать и литовским людям быть в Москве, того у нас и в уме нет; рады пострадать и помереть за православную христианскую веру». Узнали о грамоте и в Смоленске и ещё больше укрепились не сдаваться Сигизмунду.
Слово Гермогена разошлось по Русской земле и породило грамоты, призывавшие стать за православную веру. В среде русских, живших при королевском лагере под Смоленском, была составлена грамота, отправленная в Москву. В ней пишется о разорении Смоленщины, гибели и пленении семей, о поругании литвой православной веры. Грамота ссылается на патриарха и призывает всею землею восстать за православную христианскую веру. В Москве грамоту смолян переписали во многих списках и разослали по городам вместе с московской грамотой. В ней писали о наступлении латинства, но что у православных в Москве, помимо Божьей милости, есть «святейший Ермоген патриарх прям яко сам пастырь, душу свою за веру крестьянскую полагает несумненно». Обе грамоты дошли и до Прокопия Ляпунова, собиравшего ополчение. Ляпунов приложил обе грамоты к собственному письму и разослал по городам. Он призывал стоять всей землею за Московское государство и биться насмерть с поляками и литовцами.
Обстановка в Москве накалялась. Госевский разослал московских стрельцов по городам и запретил москвичам носить оружие. У Гермогена увели дьяков и подьячих и отняли бумагу, чтобы не мог писать грамоты, отняли и дворовых, чтобы не с кем было их посылать. Одно не учли — рот не запечатали, и патриарх говорил с русскими людьми. Пришли к нему нижегородцы — сын боярский Роман Пахомов да посадский человек Родион Мосеев. Гермоген сказал им: «Писать мне нельзя, все побрали поляки, и двор у меня пограбили, а вы, памятуя Бога и Пресвятую Богородицу и московских чудотворцев, стойте все заодно против наших врагов». Слова патриарха посланцы принесли в Нижний Новгород, там нижегородцы присягнули на кресте идти ополчением против поляков. Многие тогда думали, что патриарх рассылал грамоты с призывом вооружаться и идти на Москву; верили этому и поляки. Но он грамот не писал — просто не подчинялся полякам и изменникам и стоял непоколебимо.
В январе—феврале 1611 г. по Москве ходила по рукам в списках «Новая повесть о преславном Российском царстве и великом государстве Московском». Автор, скрывший свое имя, ненавидит изменников-бояр и призывает людей «всяких чинов» «за православную свою веру стояти до крове», выступить против Сигизмунда — «лютого врага сопостата нашего». Прославляется патриарх Гермоген: «Яко столп, непобедимо стоит посреди нашея великия земли... и всех тех душенагубных наших волков и губителей увещевает, и стоит един противу всех их». Автор восхищен мужеством защитников Смоленска, осажденного поляками, и призывает следовать их примеру: «Мужайтеся и вооружайтеся и совет межу собою чините, како бы нам от тех врагов своих избыти! Время, время пришло, во время дело подвиг показати». В Москве назревало восстание.
Бояре-изменники занервничали: они боялись прихода ополчения Ляпунова. Снова Салтыков пошел к патриарху и сказал: «Что... ты писал к ним, чтобы они шли под Москву, а ныне ты же к ним пиши, чтобы они воротились вспять». Гермоген ответил: «Я... к ним не писал, а ныне стану писать; если ты, изменник Михаил Салтыков, с литовскими людьми из Москвы выйдешь вон, я им не велю ходить к Москве, а если будете вы сидеть в Москве, я их всех благословлю помереть за православную веру». После таких слов Салтыков позорил и ругал его, приставил стражу и не велел никого к нему пускать. В ставке короля тоже забеспокоились. Там не могли понять, что дело уже не в Гермогене — против поляков поднялся народ. Паны решили договориться с патриархом. В марте 1611 г. канцлер Лев Сапега отправил к нему посольство во главе с Адамом Жолкевским, племянником гетмана, говорить «о делах всего государства Московского». Но говорить было поздно: 19 марта в Москве началось восстание, и поляки подожгли город.