Вскоре после вступления своего на митрополитскую кафедру Рутский, вероятно, сделал попытку в видах большего сближения униатов с латинянами, чтобы униатские священники совершали службы и в костелах, а ксендзы – в униатских церквах и чтобы униаты крестили своих детей и исповедовались у ксендзов, как у своих священников. Ибо не без причины же 17 октября 1614 г. жители города Ратна вместе с своими священниками обратились к Рутскому с челобитною, в которой, называя его своим милостивым пастырем и отцом и испрашивая себе его благословения, просили вместе, чтобы им дозволено было оставаться при всех стародавних церемониях и богослужении святой Восточной Церкви, держаться старого календаря и по нему совершать свои праздники; чтобы униатские священники не отправляли служб в костелах, а только в своих церквах, униатских детей крестили только свои священники, а не ксендзы и униатов не заставляли исповедоваться у ксендзов. В заключение просители присовокупляли: «Мы признаем и таинства Римской Церкви за таинства и имеем католиков за наших братий, а не за еретиков, но усердно просим нашего милостивого пана и пастыря оставить нас при нашей стародавней церковности, при наших таинствах и обрядах». Впрочем, могло быть, что Рутский решился было на такую попытку не по доброй своей воле, а под давлением или латинских прелатов и иезуитов, или даже короля. По крайней мере в следующем году сам Рутский писал к папе Павлу V, что попытка эта многих соблазняет, и по его настоятельным просьбам папа издал бреве (10 декабря 1615 г.), которым повелевал: отнюдь не изменять и не касаться всех священных обрядов и церемоний, какими пользуются униаты в своем богослужении и при совершении таинств, если обряды те и церемонии не противны истине католической веры и общению с Римскою Церковию, как и было обещано при начале унии папою Климентом VIII и еще прежде постановлено на Флорентийском Соборе. Папа дозволил только по просьбе Рутского другою своею грамотою, данною в тот же день, чтобы в случаях нужды униатские высшие духовные лица получали посвящение при соучастии (assistentibus) двух или трех латинских епископов, а латинские такие же лица – при соучастии двух или трех униатских епископов.
Главным поприщем борьбы между униатами и православными и во дни митрополита Рутского был город Вильна. Здесь преимущественно действовали друг против друга два монастыря: Свято-Троицкий униатский с своим братством и Свято-Духовский православный с своим братством. Архимандритом Троицкого монастыря оставался сам Рутский, хотя находились в монастыре и другие архимандриты, вероятно, в качестве наместников митрополита: с 1614 г. Иоасаф Кунцевич, настоятельствовавший пред тем понемногу в монастырях Бытенском и потом в Жировицком, а с 1617 г. Лев Кревза. Средства Троицкого монастыря постоянно увеличивались. Кроме прежних имений, которые он приобрел еще до унии, кроме недавно переданных ему плаца и домов Пятницкой церкви в Вильне он владел уже имениями пяти других монастырей, к нему присоединенных: Брацлавского, минского Вознесенского и трех овручских. Теперь Рутский подарил Троицкому монастырю (1613) еще свое отцовское имение Руту, находившееся неподалеку от Новогрудка; король вновь приказал (6 августа 1614 г.) виленским медовым братствам отдавать на Троицкий монастырь половину их доходов, которые все назначил было три года тому назад на возобновление погоревших в Вильне русских церквей, а какой-то земский виленский писарь Ян Коленда подарил тому же монастырю (20 июня 1619 г.) свой дом, который с дозволения Рутского построил на плацу бывшей русской церкви Козмы и Дамиана. Казалось, довольно имел Свято-Троицкий монастырь, но ему хотелось иметь и то, что принадлежало его соседу, хотелось отнять у Свято-Духовского монастыря все, чем он владел, даже самое право на существование. Начать это дело Рутский предоставил Свято-Троицкому братству.
В 1614 г. русские радцы виленского магистрата Леон Мамонич (содержатель известной типографии) и Петр Коптевич и виленский мещанин Игнатий Дубович, бывшие некогда православными, пожаловались королю от имени всего униатского Троицкого братства, будто бы называющие себя церковным братством при новой церкви Святого Духа в Вильне незаконно присвоили себе королевские грамоты, пожалованные именно Троицкому братству: грамоту 1589 г. (21 июля), которою король утвердил Троицкое братство, его устав, школу и типографию, и грамоту 1592 г. (9 октября), которою король утвердил за тем же братством его дома и грунты и дозволил ему построить на тех грунтах церковь, и будто бы эти своевольные люди, незаконно пользуясь имениями и всеми доходами Троицкого братства, причинили уже ему убытку на сорок тысяч коп литовских, а из типографии, принадлежащей Троицкому братству, выпускали и выпускают книги еретические, противные святой Восточной Церкви и оскорбительные для государя и государственных чинов. Король прислал в Вильну свой мандат от 18 июля на имя попов новой церкви Святого Духа: Логвина Карповича, Василия Игнатовича и Григория Дудцы – и старшин братства той же церкви, повелевая им лично явиться в его задворный суд и представить, если какие имеют, привилегии и грамоты, также книгу братского впису и реестра братских приходов и расходов для удовлетворения по жалобе Троицкого братства. Трудно предположить, чтобы жаловавшиеся униаты не знали содержания тех королевских грамот, которые хотели теперь отнять у Свято-Духовского православного братства; а если знали, то они действовали, очевидно, против совести и всякой правды. В грамоте 1589 г. король ясно говорит, что утверждает при Троицком монастыре то самое братство и его устав, которое уже благословил и утвердил своею грамотою Константинопольский патриарх Иеремия, утверждает за этим братством ту самую школу и типографию, которые оно уже имело за благословением того же патриарха, и даже позволяет этому братству употреблять печать, пожалованную ему патриархом. А в грамоте 1592 г. выражается, что, утвердивши прежде при Троицком монастыре церковное братство, его устав, школу и типографию, «водлуг листов и благословенства звирхнейшего пастыря в религии их, патриарха Константинопольскаго отца Иеремии», утверждает теперь за этим братством домы и грунты, недавно им приобретенные, и дозволяет ему построить на тех грунтах свою церковь, какую угодно. Несмотря, однако ж, на такое непререкаемое свидетельство самих грамот, что они пожалованы королем вовсе не униатскому братству, а православному, которое действительно и существовало прежде при Троицком монастыре, но потом принуждено было удалиться от него и устроило свою церковь и монастырь во имя Святого Духа, иск, начатый униатским Троицким братством против Свято-Духовского, крайне огорчил членов последнего. Они знали по опыту, что это дело будет стоить им многих хлопот, скорбей и издержек, что оно может тянуться очень долго и при всей их правоте может окончиться на задворном королевском суде вовсе не в их пользу и лишить их всего, чем владеет их братство. Потому старшины Свято-Духовского братства, виленские мещане, поименованные в королевском мандате, тогда же подали протестацию в виленский гродский суд на своих сограждан-униатов, Мамонича, Коптевича и Дубовича, возбудивших этот совершенно беззаконный иск с целию ввести православных в убытки и причинить им затруднения и огорчения. В следующем году Свято-Духовское братство, жалуясь на притеснения со стороны Рутского, просило (22 мая) дворян, собиравшихся в Вильне для избрания послов на будущий сейм, чтобы они походатайствовали пред королем об отмене его мандата и задворного процесса по делу о братской типографии и о братских церковных грунтах и прочих имениях. А в 1616 г. то же братство само отправило свою подробнейшую просьбу на генеральный сейм и вместе писало (2 марта) к виленскому воеводе князю Христофору Радзивиллу: «Не только вашей милости, нашему милостивому пану, но и всему почти свету известно, что мы в продолжение двадцати уже лет не перестаем подавать в каждый сейм и съезд наши слезные просьбы и жалобы на оскорбления главнейшего нашего права свободы совести и веры бывшими нашими пастырями, теперь отступниками, которые хотят принудить нас также к отступничеству и лишить нас всех прав и привилегий, когда-либо данных королями нашей православной старожитной вере... Хотят отнять у нас самую церковь и монастырь наш братский, на вольных грунтах шляхетских построенный и сеймом утвержденный; усиливаются отобрать от нас и денежные наши суммы, на которые не имеют никакого права. Монахи ксендза Рутского и другие факторы, согласившись с некоторыми виленскими мещанами, отступившими от нашей старожитной религии, мучат нас позвами, арестами и открытыми нападениями...» В заключение члены братства просили Радзивилла как одного из могущественных сенаторов защитить на сейме их права и посодействовать, чтобы просьба их могла быть там подана. Но этот сейм, верно, не сделал ничего для Свято-Духовского братства, потому что спустя два года члены братства вновь послали такую же свою просьбу на генеральный сейм и вновь умоляли князя Радзивилла заступиться за них на сейме, причем уведомляли князя, что монахи Рутского не только хотят отнять у православного братства грунты, церковь, школу и монастырь, но усиливаются еще взыскать сто тысяч злотых с тех членов братства, которые поименованы в мандате короля, как штраф за их неявку на задворный суд и уже наложили запрещение на имения их, а с виленским городским судом заключили сделку, по которой суд не принимает от православных ни заявлений, ни протестов на притеснение от униатов. Сейм 1618 г., хотя также не рассмотрел дела по жалобам православных и решение его отложил до следующего сейма, по крайней мере постановил, чтобы до того времени православное духовенство и миряне были оставлены в покое, свободно пользовались своим богослужением и чтобы их не принуждали к унии и не волочили приказными позвами.